ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52915

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O4 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C2 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C3' A 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
O2' B 0, 0.000, 0.239, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O2 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
P A 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
O3' A 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C3' B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O4' B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C5' A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C4' B 0, 0.000, 0.361, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.361 std_dev=0.361
O3' B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
OP2 A 0, 0.000, 0.376, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
OP1 B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O5' A 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
O5' B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
P B 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
OP2 B 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.00 0.04 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.04 0.08 0.10 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
C5' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.15 0.03 0.00 0.09 0.14 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.05 0.10 0.08 0.10 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01
N6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
N7 0.02 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.08 0.07 0.07 0.08
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.08 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.09 0.19 0.10
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.06 0.03 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04
O5' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.04 0.09 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.00 0.00 0.07 0.08 0.19 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.00 0.08 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.09 0.08 0.02 0.04 0.05
C2 0.02 0.09 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.10 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.10 0.07 0.07
C2' 0.08 0.00 0.08 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.04 0.02 0.07 0.10 0.05 0.09 0.08 0.01 0.04 0.05
C3' 0.07 0.01 0.06 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00
C4 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05 0.09 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01
C4' 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01
C5 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.06 0.07 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01
C5' 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.02 0.06 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03
C6 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02
C8 0.06 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.12 0.09 0.12 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.09 0.08 0.05 0.05 0.06
N1 0.02 0.10 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.13 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.08 0.06 0.06
N3 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.07 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.03
N6 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
N7 0.06 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.13 0.07 0.11 0.06 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.04 0.04 0.05
N9 0.07 0.01 0.06 0.07 0.00 0.08 0.10 0.08 0.11 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.02 0.03 0.04
O2' 0.09 0.00 0.09 0.12 0.01 0.13 0.09 0.13 0.12 0.07 0.04 0.02 0.07 0.11 0.04 0.12 0.12 0.07 0.11 0.11
O3' 0.06 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02
O4' 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.02
O5' 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.09 0.10 0.09
OP1 0.09 0.04 0.08 0.11 0.01 0.12 0.03 0.12 0.07 0.06 0.00 0.05 0.07 0.10 0.05 0.11 0.10 0.06 0.04 0.07
OP2 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03
P 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.09 0.07
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00
O2 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.06 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
O4 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
O5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00