ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52916

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C3' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C4' A 0, 0.000, 0.053, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C5' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C4 B 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O5' A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
N3 B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O4 B 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
P A 0, 0.000, 0.120, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.120
P B 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O5' B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C5 B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
OP2 A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C5' B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C3' B 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
OP2 B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
OP1 A 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
OP1 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.000, 0.166, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.000, 0.167, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
O2 B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06
C8 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04
N3 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04
N6 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
O3' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03
O5' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01
C2 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00
C2' 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.10 0.05 0.11 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04
C3' 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.11 0.05 0.11 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05
C4 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02
C4' 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.10 0.05 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.08 0.04 0.05
C5 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03
C5' 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.09 0.06 0.10 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06
C6 0.04 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.05 0.08 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03
C8 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05
N1 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02
N3 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01
N6 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05
N7 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.04
N9 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02
O2' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.13 0.07 0.14 0.09 0.05 0.06 0.07 0.07 0.02 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06
O3' 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.10 0.04 0.10 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04
O4' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.04 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03
O5' 0.07 0.03 0.06 0.07 0.03 0.09 0.10 0.09 0.11 0.07 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08
OP1 0.07 0.02 0.06 0.07 0.01 0.09 0.08 0.10 0.10 0.06 0.01 0.01 0.06 0.05 0.05 0.10 0.10 0.12 0.08 0.09
OP2 0.08 0.02 0.06 0.07 0.00 0.10 0.06 0.10 0.09 0.06 0.01 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.10 0.12 0.07 0.09
P 0.08 0.03 0.06 0.08 0.02 0.10 0.09 0.10 0.10 0.07 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04 0.10 0.10 0.12 0.07 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.06 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C6 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.08 0.04 0.02 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03
O2 0.05 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03
O2' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.04
O4 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.07 0.10 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04
O5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00