ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52921

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 8, 8, 5, 9, 5, 4, 5, 5, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.106, 0.328, 0.551, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.328 std_dev=0.222
O4' A 0, 0.023, 0.258, 0.492, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.258 std_dev=0.235
N3 B 0, 0.370, 0.644, 0.918, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.644 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.349, 0.624, 0.898, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.624 std_dev=0.275
O2' B 0, 0.418, 0.693, 0.969, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.693 std_dev=0.276
O2 B 0, 0.344, 0.623, 0.903, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.623 std_dev=0.279
C4 B 0, 0.387, 0.670, 0.952, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.670 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.361, 0.648, 0.934, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.648 std_dev=0.286
O4 B 0, 0.399, 0.692, 0.986, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.692 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.377, 0.672, 0.968, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.672 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.353, 0.651, 0.949, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.651 std_dev=0.298
C5 B 0, 0.387, 0.702, 1.016, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.702 std_dev=0.315
C6 B 0, 0.377, 0.699, 1.020, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.699 std_dev=0.321
C3' A 0, 0.010, 0.356, 0.702, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.356 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.169, 0.543, 0.916, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.543 std_dev=0.373
C4' A 0, -0.059, 0.326, 0.710, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.326 std_dev=0.384
O4' B 0, 0.342, 0.736, 1.130, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.736 std_dev=0.394
C3' B 0, 0.320, 0.729, 1.137, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.729 std_dev=0.408
O3' B 0, 0.275, 0.729, 1.182, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.729 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.327, 0.783, 1.239, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.783 std_dev=0.456
O3' A 0, -0.128, 0.342, 0.811, 3.036 max_d=3.036 avg_d=0.342 std_dev=0.470
O5' A 0, 0.213, 0.721, 1.228, 3.647 max_d=3.647 avg_d=0.721 std_dev=0.508
C5' A 0, 0.044, 0.590, 1.136, 3.853 max_d=3.853 avg_d=0.590 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.343, 0.917, 1.491, 2.631 max_d=2.631 avg_d=0.917 std_dev=0.574
O5' B 0, 0.385, 0.972, 1.558, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.972 std_dev=0.586
OP1 A 0, 0.570, 1.222, 1.874, 5.092 max_d=5.092 avg_d=1.222 std_dev=0.652
P B 0, 0.420, 1.164, 1.909, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.164 std_dev=0.745
OP2 B 0, 0.452, 1.197, 1.943, 3.417 max_d=3.417 avg_d=1.197 std_dev=0.745
P A 0, -0.155, 0.594, 1.344, 5.386 max_d=5.386 avg_d=0.594 std_dev=0.750
OP1 B 0, 0.376, 1.223, 2.069, 4.092 max_d=4.092 avg_d=1.223 std_dev=0.847
OP2 A 0, 0.865, 1.788, 2.712, 8.104 max_d=8.104 avg_d=1.788 std_dev=0.924

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.05 0.14 0.14 0.06
C2 0.02 0.00 0.17 0.12 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.16 0.11 0.13 0.20 0.14
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.08 0.09 0.08 0.14 0.17 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.33 0.05 0.18
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.17 0.15 0.15 0.10 0.19 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.17 0.06
C4 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.08 0.11 0.12 0.21 0.14
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.04 0.13 0.05 0.09 0.06 0.12 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.03 0.17 0.11 0.28 0.22
C5' 0.02 0.10 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.16 0.08 0.10 0.10 0.15 0.05 0.04 0.09 0.01 0.01 0.14 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.07 0.17 0.11 0.29 0.24
C8 0.01 0.00 0.08 0.15 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.06 0.09 0.19 0.12 0.29 0.23
N1 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.12 0.14 0.12 0.25 0.19
N3 0.02 0.00 0.17 0.10 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.15 0.09 0.14 0.17 0.10
N6 0.01 0.00 0.07 0.19 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.04 0.20 0.11 0.33 0.29
N7 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.08 0.05 0.22 0.12 0.33 0.28
N9 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.09 0.13 0.21 0.12
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.12 0.11 0.04 0.08 0.21 0.08 0.13 0.12 0.20 0.09 0.00 0.03 0.09 0.14 0.34 0.08 0.17
O3' 0.15 0.13 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.14 0.09 0.08 0.06 0.03 0.00 0.10 0.10 0.16 0.32 0.16
O4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.12 0.15 0.04 0.05 0.00 0.09 0.10 0.00 0.05 0.06 0.19 0.09
O5' 0.05 0.11 0.18 0.03 0.11 0.01 0.17 0.01 0.17 0.19 0.14 0.09 0.20 0.22 0.09 0.14 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.13 0.33 0.09 0.12 0.07 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11 0.12 0.13 0.34 0.16 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.20 0.05 0.17 0.21 0.09 0.28 0.06 0.29 0.29 0.25 0.17 0.33 0.33 0.21 0.08 0.32 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.18 0.06 0.14 0.02 0.22 0.01 0.24 0.23 0.19 0.10 0.29 0.28 0.12 0.17 0.16 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.12 0.09 0.18 0.10 0.08 0.10 0.16 0.14 0.12
C2 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.07 0.11 0.11 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08
C2' 0.18 0.16 0.15 0.15 0.14 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.18 0.16 0.16 0.14 0.19 0.16 0.15 0.13 0.15
C3' 0.17 0.21 0.13 0.13 0.19 0.12 0.17 0.12 0.16 0.18 0.21 0.25 0.12 0.18 0.20 0.16 0.11 0.15 0.13 0.12
C4 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.07 0.14 0.09 0.07 0.08 0.12 0.10 0.08
C4' 0.12 0.11 0.19 0.26 0.12 0.21 0.15 0.24 0.15 0.12 0.12 0.15 0.18 0.36 0.12 0.14 0.25 0.35 0.30 0.28
C5 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.14 0.09 0.08 0.07 0.11 0.10 0.08
C5' 0.13 0.12 0.21 0.30 0.13 0.23 0.16 0.26 0.17 0.12 0.13 0.17 0.20 0.41 0.13 0.14 0.28 0.40 0.34 0.31
C6 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.12 0.09 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07
C8 0.07 0.09 0.09 0.12 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.13 0.08 0.18 0.10 0.08 0.09 0.13 0.13 0.10
N1 0.07 0.09 0.06 0.07 0.10 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08 0.10 0.12 0.07 0.10 0.10 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07
N3 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.12 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.12 0.11 0.09
N6 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10
N7 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.13 0.09 0.17 0.10 0.09 0.09 0.12 0.12 0.10
N9 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.12 0.08 0.16 0.09 0.07 0.09 0.13 0.12 0.10
O2' 0.10 0.09 0.11 0.14 0.09 0.14 0.09 0.15 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.17 0.10 0.13 0.14 0.15 0.12 0.14
O3' 0.15 0.14 0.20 0.26 0.14 0.21 0.15 0.23 0.16 0.14 0.14 0.15 0.20 0.34 0.14 0.15 0.23 0.31 0.26 0.25
O4' 0.18 0.12 0.24 0.31 0.14 0.27 0.19 0.29 0.20 0.16 0.12 0.13 0.24 0.38 0.13 0.20 0.29 0.38 0.33 0.32
O5' 0.14 0.19 0.11 0.16 0.18 0.11 0.17 0.12 0.16 0.15 0.20 0.25 0.12 0.26 0.19 0.12 0.12 0.23 0.17 0.15
OP1 0.10 0.08 0.18 0.25 0.10 0.16 0.14 0.18 0.14 0.10 0.08 0.13 0.18 0.35 0.10 0.10 0.20 0.30 0.26 0.22
OP2 0.24 0.32 0.12 0.13 0.24 0.14 0.19 0.13 0.19 0.24 0.31 0.41 0.14 0.23 0.26 0.24 0.13 0.19 0.17 0.14
P 0.20 0.28 0.08 0.09 0.24 0.09 0.20 0.08 0.19 0.22 0.29 0.35 0.09 0.20 0.26 0.19 0.07 0.15 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.09 0.10 0.14 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.12 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.12 0.15 0.19 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.12 0.15 0.17 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.10 0.11 0.12 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.08 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.11 0.13 0.17 0.13
O2 0.01 0.00 0.12 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.01 0.05 0.08 0.09 0.13 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.09 0.14 0.02 0.00 0.08 0.01 0.03 0.09 0.06 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.13 0.17 0.22 0.17
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
O5' 0.04 0.09 0.03 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.08 0.11 0.08 0.02 0.03 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.10 0.06 0.07 0.15 0.04 0.15 0.03 0.11 0.08 0.13 0.09 0.06 0.09 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.14 0.06 0.05 0.19 0.02 0.17 0.01 0.12 0.11 0.17 0.13 0.05 0.06 0.22 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.04 0.04 0.16 0.01 0.15 0.01 0.12 0.09 0.13 0.09 0.03 0.06 0.17 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00