ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52922

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 8, 1, 1, 3, 6, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.019, 0.039, 0.060, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.019, 0.042, 0.066, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.027, 0.054, 0.082, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.054 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.051 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.052, 0.248, 0.444, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.248 std_dev=0.196
C2' A 0, 0.061, 0.270, 0.478, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.270 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.138, 0.389, 0.641, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.389 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.218, 0.498, 0.778, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.498 std_dev=0.280
C4' A 0, 0.094, 0.394, 0.694, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.394 std_dev=0.300
C1' B 0, 0.195, 0.505, 0.816, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.505 std_dev=0.310
C3' A 0, 0.068, 0.389, 0.710, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.389 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.236, 0.564, 0.893, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.564 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.302, 0.653, 1.005, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.653 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.266, 0.643, 1.020, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.643 std_dev=0.377
O4' B 0, 0.277, 0.663, 1.048, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.663 std_dev=0.385
C4 B 0, 0.381, 0.773, 1.165, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.773 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.264, 0.663, 1.062, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.663 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.394, 0.795, 1.196, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.795 std_dev=0.401
O2 B 0, 0.244, 0.668, 1.092, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.668 std_dev=0.424
O2' B 0, 0.323, 0.753, 1.183, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.753 std_dev=0.430
C3' B 0, 0.365, 0.820, 1.275, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.820 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.061, 0.533, 1.005, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.533 std_dev=0.472
O4 B 0, 0.449, 0.935, 1.420, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.935 std_dev=0.486
C4' B 0, 0.252, 0.762, 1.271, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.762 std_dev=0.509
C5' A 0, 0.227, 0.770, 1.312, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.770 std_dev=0.542
O3' B 0, 0.498, 1.058, 1.617, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.058 std_dev=0.560
O5' B 0, 0.393, 1.014, 1.635, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.014 std_dev=0.621
C5' B 0, 0.361, 1.033, 1.705, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.033 std_dev=0.672
O5' A 0, 0.378, 1.217, 2.056, 3.814 max_d=3.814 avg_d=1.217 std_dev=0.839
P B 0, 0.526, 1.370, 2.214, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.370 std_dev=0.844
OP2 B 0, 0.740, 1.696, 2.653, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.696 std_dev=0.956
OP1 B 0, 0.591, 1.747, 2.902, 4.598 max_d=4.598 avg_d=1.747 std_dev=1.156
P A 0, 0.522, 1.876, 3.229, 4.961 max_d=4.961 avg_d=1.876 std_dev=1.354
OP2 A 0, 0.272, 2.026, 3.780, 7.213 max_d=7.213 avg_d=2.026 std_dev=1.754
OP1 A 0, 0.907, 3.133, 5.360, 6.878 max_d=6.878 avg_d=3.133 std_dev=2.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.37 0.78 0.39 0.41
C2 0.04 0.00 0.21 0.21 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.24 0.28 0.07 0.67 1.37 0.74 0.82
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.03 0.12 0.10 0.17 0.21 0.10 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.22 0.54 0.27 0.23
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.12 0.01 0.09 0.03 0.13 0.14 0.19 0.20 0.12 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.25 0.56 0.36 0.28
C4 0.02 0.01 0.11 0.12 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.13 0.04 0.68 1.39 0.76 0.83
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.12 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.43 0.30 0.11
C5 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.09 0.04 0.80 1.74 0.98 1.05
C5' 0.04 0.17 0.03 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.25 0.24 0.21 0.13 0.28 0.27 0.15 0.05 0.04 0.02 0.01 0.38 0.44 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.09 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.15 0.05 0.83 1.81 1.03 1.10
C8 0.02 0.02 0.10 0.14 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.15 0.07 0.77 1.65 0.95 0.99
N1 0.03 0.01 0.17 0.19 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.06 0.77 1.63 0.91 0.99
N3 0.04 0.00 0.21 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.25 0.07 0.60 1.20 0.63 0.71
N6 0.02 0.02 0.10 0.12 0.02 0.11 0.02 0.28 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.15 0.13 0.06 0.88 2.02 1.17 1.23
N7 0.02 0.02 0.07 0.10 0.01 0.12 0.00 0.27 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.11 0.06 0.85 1.93 1.11 1.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.63 1.25 0.69 0.74
O2' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.13 0.05 0.11 0.05 0.16 0.07 0.21 0.22 0.15 0.08 0.04 0.00 0.07 0.06 0.07 0.52 0.32 0.19
O3' 0.03 0.28 0.03 0.01 0.13 0.03 0.09 0.04 0.15 0.15 0.23 0.25 0.13 0.11 0.05 0.07 0.00 0.03 0.39 0.94 0.61 0.51
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.02 0.06 0.03 0.00 0.35 0.71 0.45 0.37
O5' 0.37 0.67 0.22 0.25 0.68 0.02 0.80 0.01 0.83 0.77 0.77 0.60 0.88 0.85 0.63 0.07 0.39 0.35 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.78 1.37 0.54 0.56 1.39 0.43 1.74 0.38 1.81 1.65 1.63 1.20 2.02 1.93 1.25 0.52 0.94 0.71 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.74 0.27 0.36 0.76 0.30 0.98 0.44 1.03 0.95 0.91 0.63 1.17 1.11 0.69 0.32 0.61 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.41 0.82 0.23 0.28 0.83 0.11 1.05 0.02 1.10 0.99 0.99 0.71 1.23 1.15 0.74 0.19 0.51 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.17 0.36 0.26 0.18 0.24 0.27 0.18 0.13 0.21 0.21 0.17 0.55 0.32 0.15 0.29 0.46 0.49 0.35
C2 0.19 0.23 0.21 0.36 0.27 0.19 0.25 0.24 0.20 0.19 0.26 0.27 0.19 0.55 0.31 0.17 0.26 0.40 0.39 0.29
C2' 0.24 0.17 0.20 0.31 0.23 0.22 0.23 0.24 0.21 0.19 0.20 0.17 0.18 0.46 0.29 0.29 0.23 0.48 0.33 0.26
C3' 0.28 0.12 0.15 0.25 0.15 0.21 0.14 0.20 0.15 0.16 0.13 0.16 0.20 0.42 0.22 0.35 0.17 0.38 0.29 0.19
C4 0.16 0.16 0.17 0.36 0.24 0.17 0.22 0.24 0.16 0.13 0.21 0.21 0.18 0.54 0.30 0.16 0.26 0.40 0.41 0.31
C4' 0.19 0.14 0.16 0.35 0.21 0.16 0.19 0.23 0.12 0.11 0.17 0.20 0.18 0.54 0.29 0.21 0.28 0.42 0.49 0.34
C5 0.15 0.12 0.19 0.37 0.22 0.17 0.20 0.23 0.14 0.10 0.18 0.17 0.20 0.54 0.28 0.17 0.26 0.36 0.39 0.30
C5' 0.33 0.28 0.26 0.39 0.28 0.25 0.25 0.29 0.22 0.26 0.27 0.35 0.33 0.57 0.33 0.34 0.35 0.38 0.51 0.41
C6 0.15 0.13 0.21 0.37 0.22 0.18 0.19 0.22 0.14 0.11 0.19 0.18 0.20 0.52 0.27 0.18 0.24 0.33 0.36 0.27
C8 0.16 0.11 0.19 0.37 0.23 0.18 0.22 0.24 0.15 0.10 0.17 0.17 0.20 0.55 0.31 0.17 0.28 0.40 0.44 0.34
N1 0.16 0.20 0.20 0.36 0.24 0.17 0.21 0.22 0.17 0.16 0.23 0.25 0.17 0.53 0.28 0.16 0.24 0.34 0.33 0.26
N3 0.18 0.21 0.19 0.36 0.27 0.19 0.25 0.26 0.20 0.17 0.25 0.25 0.19 0.55 0.32 0.17 0.27 0.43 0.43 0.31
N6 0.17 0.10 0.27 0.37 0.21 0.20 0.19 0.23 0.14 0.11 0.18 0.12 0.25 0.49 0.26 0.21 0.25 0.31 0.41 0.28
N7 0.17 0.11 0.21 0.38 0.23 0.18 0.22 0.23 0.15 0.11 0.17 0.16 0.21 0.54 0.30 0.19 0.28 0.37 0.44 0.32
N9 0.15 0.14 0.17 0.36 0.24 0.18 0.22 0.25 0.16 0.11 0.19 0.19 0.18 0.55 0.31 0.16 0.28 0.42 0.44 0.33
O2' 0.26 0.25 0.29 0.40 0.33 0.29 0.33 0.33 0.30 0.26 0.29 0.23 0.21 0.55 0.37 0.28 0.33 0.62 0.42 0.37
O3' 0.33 0.15 0.22 0.28 0.16 0.31 0.18 0.29 0.21 0.22 0.14 0.16 0.25 0.43 0.21 0.43 0.23 0.48 0.26 0.24
O4' 0.17 0.18 0.23 0.44 0.28 0.26 0.28 0.36 0.21 0.15 0.22 0.23 0.24 0.63 0.36 0.18 0.40 0.50 0.61 0.47
O5' 0.89 0.84 0.61 0.45 0.73 0.65 0.72 0.57 0.76 0.82 0.78 0.92 0.72 0.38 0.71 0.89 0.53 0.48 0.43 0.48
OP1 1.92 2.06 1.65 1.47 2.01 1.60 1.95 1.54 1.93 1.98 2.07 2.13 1.63 1.24 2.01 1.86 1.59 1.43 1.55 1.56
OP2 1.13 1.18 0.86 0.73 1.13 0.88 1.09 0.83 1.09 1.13 1.17 1.24 0.86 0.62 1.14 1.12 0.80 0.82 0.79 0.78
P 1.20 1.22 0.89 0.68 1.09 0.91 1.07 0.82 1.10 1.17 1.17 1.31 0.96 0.47 1.06 1.19 0.79 0.69 0.67 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.24 0.15 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.10 0.35 0.44 0.12
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.08 0.12 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.10 0.06 0.10 0.10 0.03 0.01 0.14 0.02 0.10 0.18 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.06 0.15 0.48 0.75 0.18
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.09 0.01 0.02 0.11 0.20 0.02
C5 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.02 0.07 0.16 0.50 0.75 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.05 0.08 0.05 0.14 0.02 0.01 0.18 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.10 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.02 0.07 0.15 0.43 0.55 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.11 0.34 0.38 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.03 0.12 0.42 0.61 0.15
O2 0.04 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.02 0.05 0.09 0.30 0.35 0.10
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.09 0.15 0.00 0.07 0.06 0.08 0.06 0.15 0.13 0.07
O3' 0.03 0.09 0.04 0.01 0.13 0.03 0.14 0.05 0.11 0.06 0.11 0.12 0.07 0.00 0.16 0.03 0.17 0.40 0.30 0.18
O4 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.16 0.00 0.06 0.16 0.51 0.84 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.06 0.00 0.11 0.27 0.11 0.11
O5' 0.07 0.10 0.06 0.10 0.15 0.02 0.16 0.01 0.15 0.11 0.12 0.09 0.06 0.17 0.16 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.24 0.35 0.08 0.18 0.48 0.11 0.50 0.18 0.43 0.34 0.42 0.30 0.15 0.40 0.51 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.44 0.12 0.16 0.75 0.20 0.75 0.34 0.55 0.38 0.61 0.35 0.13 0.30 0.84 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.07 0.11 0.18 0.02 0.19 0.02 0.15 0.11 0.15 0.10 0.07 0.18 0.20 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00