ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52923

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 2, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.014, 0.033, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.003, 0.022, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.004, 0.035, 0.065, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.035 std_dev=0.031
C2 B 0, 0.417, 0.713, 1.010, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.713 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.386, 0.709, 1.031, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.709 std_dev=0.323
C4' B 0, 0.574, 0.902, 1.230, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.902 std_dev=0.328
N1 B 0, 0.577, 0.907, 1.236, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.907 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.605, 0.939, 1.273, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.939 std_dev=0.334
C2' B 0, 0.380, 0.729, 1.079, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.729 std_dev=0.349
O4' B 0, 0.445, 0.805, 1.164, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.805 std_dev=0.359
N3 B 0, 0.605, 1.010, 1.416, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.010 std_dev=0.406
C5' B 0, 0.843, 1.252, 1.660, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.252 std_dev=0.409
O2 B 0, 0.118, 0.536, 0.953, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.536 std_dev=0.418
C2' A 0, 0.031, 0.471, 0.912, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.471 std_dev=0.440
O4' A 0, 0.009, 0.455, 0.902, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.455 std_dev=0.447
O3' B 0, 0.733, 1.184, 1.635, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.184 std_dev=0.451
C6 B 0, 0.933, 1.441, 1.949, 1.937 max_d=1.937 avg_d=1.441 std_dev=0.508
O2' B 0, 0.168, 0.698, 1.228, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.698 std_dev=0.530
C4 B 0, 0.950, 1.522, 2.094, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.522 std_dev=0.572
O2' A 0, -0.011, 0.596, 1.202, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.596 std_dev=0.607
C5 B 0, 1.146, 1.761, 2.376, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.761 std_dev=0.615
C3' A 0, 0.146, 0.766, 1.386, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.766 std_dev=0.620
O3' A 0, 0.424, 1.094, 1.764, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.094 std_dev=0.670
C4' A 0, 0.090, 0.767, 1.443, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.767 std_dev=0.676
O4 B 0, 1.074, 1.796, 2.518, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.796 std_dev=0.722
O5' B 0, 1.121, 2.063, 3.004, 3.312 max_d=3.312 avg_d=2.063 std_dev=0.942
OP2 B 0, 1.102, 2.084, 3.065, 3.790 max_d=3.790 avg_d=2.084 std_dev=0.981
P B 0, 1.527, 2.562, 3.598, 3.979 max_d=3.979 avg_d=2.562 std_dev=1.036
C5' A 0, 0.107, 1.146, 2.185, 4.383 max_d=4.383 avg_d=1.146 std_dev=1.039
O5' A 0, -0.123, 1.102, 2.326, 3.846 max_d=3.846 avg_d=1.102 std_dev=1.225
P A 0, 0.059, 1.382, 2.705, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.382 std_dev=1.323
OP1 B 0, 2.448, 3.790, 5.132, 5.529 max_d=5.529 avg_d=3.790 std_dev=1.342
OP1 A 0, 0.642, 2.270, 3.898, 4.604 max_d=4.604 avg_d=2.270 std_dev=1.628
OP2 A 0, 0.517, 2.172, 3.828, 6.648 max_d=6.648 avg_d=2.172 std_dev=1.655

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.22 0.00 0.36 0.71 0.25 0.35
C2 0.05 0.00 0.26 0.25 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.32 0.23 0.66 1.27 0.68 0.72
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.11 0.15 0.12 0.22 0.25 0.12 0.07 0.03 0.01 0.04 0.02 0.33 0.48 0.36 0.33
C3' 0.03 0.25 0.00 0.00 0.23 0.01 0.28 0.02 0.30 0.23 0.29 0.22 0.33 0.27 0.17 0.01 0.01 0.02 0.24 0.24 0.44 0.20
C4 0.03 0.01 0.15 0.23 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.23 0.12 0.67 1.25 0.62 0.70
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.19 0.11 0.14 0.13 0.18 0.08 0.19 0.03 0.00 0.01 0.19 0.23 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.24 0.06 0.82 1.52 0.80 0.89
C5' 0.03 0.15 0.11 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.16 0.25 0.14 0.14 0.21 0.26 0.10 0.10 0.14 0.01 0.01 0.31 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.30 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.29 0.10 0.84 1.60 0.88 0.94
C8 0.02 0.01 0.12 0.23 0.01 0.19 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.30 0.15 0.13 0.79 1.40 0.67 0.81
N1 0.05 0.01 0.22 0.29 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.31 0.18 0.77 1.47 0.81 0.86
N3 0.05 0.01 0.25 0.22 0.01 0.14 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.30 0.22 0.58 1.12 0.57 0.62
N6 0.03 0.02 0.12 0.33 0.02 0.13 0.02 0.21 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.17 0.30 0.07 0.92 1.76 1.01 1.06
N7 0.02 0.01 0.07 0.27 0.01 0.18 0.00 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.22 0.07 0.88 1.64 0.86 0.97
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.14 0.01 0.62 1.11 0.49 0.61
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.07 0.19 0.16 0.10 0.12 0.30 0.09 0.15 0.17 0.28 0.14 0.00 0.08 0.14 0.17 0.36 0.23 0.23
O3' 0.22 0.32 0.04 0.01 0.23 0.03 0.24 0.14 0.29 0.15 0.31 0.30 0.30 0.22 0.14 0.08 0.00 0.14 0.45 0.65 0.67 0.46
O4' 0.00 0.23 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.13 0.18 0.22 0.07 0.07 0.01 0.14 0.14 0.00 0.31 0.65 0.24 0.30
O5' 0.36 0.66 0.33 0.24 0.67 0.01 0.82 0.01 0.84 0.79 0.77 0.58 0.92 0.88 0.62 0.17 0.45 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.71 1.27 0.48 0.24 1.25 0.19 1.52 0.31 1.60 1.40 1.47 1.12 1.76 1.64 1.11 0.36 0.65 0.65 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.68 0.36 0.44 0.62 0.23 0.80 0.35 0.88 0.67 0.81 0.57 1.01 0.86 0.49 0.23 0.67 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.72 0.33 0.20 0.70 0.03 0.89 0.02 0.94 0.81 0.86 0.62 1.06 0.97 0.61 0.23 0.46 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.23 0.11 0.27 0.22 0.12 0.16 0.17 0.16 0.19 0.25 0.27 0.14 0.47 0.27 0.22 0.12 0.38 0.48 0.24
C2 0.32 0.30 0.14 0.26 0.24 0.13 0.21 0.18 0.23 0.28 0.27 0.35 0.24 0.51 0.25 0.26 0.12 0.33 0.39 0.20
C2' 0.36 0.30 0.22 0.27 0.26 0.29 0.24 0.28 0.27 0.30 0.29 0.33 0.26 0.40 0.28 0.40 0.24 0.20 0.37 0.23
C3' 0.38 0.38 0.18 0.20 0.33 0.24 0.28 0.21 0.29 0.34 0.38 0.43 0.23 0.36 0.37 0.42 0.18 0.16 0.30 0.14
C4 0.22 0.24 0.14 0.33 0.21 0.15 0.16 0.22 0.16 0.19 0.24 0.29 0.10 0.54 0.25 0.20 0.16 0.39 0.49 0.28
C4' 0.24 0.19 0.16 0.33 0.17 0.21 0.12 0.25 0.15 0.16 0.21 0.26 0.19 0.55 0.24 0.27 0.22 0.50 0.51 0.31
C5 0.15 0.22 0.24 0.43 0.22 0.22 0.17 0.29 0.15 0.17 0.25 0.28 0.11 0.63 0.26 0.15 0.24 0.45 0.56 0.35
C5' 0.22 0.21 0.17 0.36 0.19 0.19 0.10 0.24 0.12 0.15 0.24 0.31 0.19 0.60 0.28 0.25 0.25 0.56 0.56 0.35
C6 0.15 0.23 0.27 0.47 0.21 0.25 0.17 0.32 0.16 0.17 0.24 0.30 0.16 0.67 0.24 0.15 0.26 0.46 0.54 0.36
C8 0.15 0.23 0.23 0.41 0.26 0.20 0.20 0.28 0.16 0.17 0.27 0.27 0.10 0.60 0.31 0.16 0.25 0.46 0.60 0.37
N1 0.24 0.28 0.15 0.38 0.22 0.19 0.18 0.26 0.19 0.23 0.26 0.35 0.10 0.63 0.24 0.18 0.18 0.40 0.45 0.28
N3 0.30 0.27 0.13 0.25 0.22 0.13 0.19 0.17 0.21 0.25 0.26 0.33 0.22 0.47 0.24 0.26 0.12 0.34 0.41 0.20
N6 0.16 0.22 0.42 0.56 0.22 0.35 0.20 0.41 0.19 0.18 0.24 0.28 0.32 0.72 0.24 0.19 0.37 0.53 0.61 0.45
N7 0.14 0.24 0.29 0.47 0.27 0.25 0.21 0.32 0.18 0.18 0.28 0.28 0.16 0.65 0.31 0.15 0.29 0.49 0.62 0.41
N9 0.20 0.23 0.15 0.34 0.22 0.15 0.16 0.22 0.15 0.18 0.25 0.28 0.09 0.53 0.27 0.19 0.17 0.41 0.52 0.29
O2' 0.31 0.27 0.19 0.25 0.25 0.24 0.23 0.24 0.25 0.27 0.26 0.28 0.23 0.41 0.27 0.34 0.20 0.23 0.37 0.20
O3' 0.40 0.27 0.21 0.25 0.23 0.35 0.26 0.34 0.32 0.32 0.25 0.29 0.29 0.41 0.23 0.48 0.31 0.39 0.26 0.29
O4' 0.28 0.22 0.29 0.45 0.26 0.32 0.25 0.38 0.26 0.23 0.25 0.25 0.29 0.64 0.31 0.29 0.36 0.64 0.66 0.47
O5' 0.91 0.95 0.65 0.49 0.88 0.68 0.86 0.61 0.88 0.91 0.93 1.00 0.71 0.41 0.88 0.90 0.66 0.54 0.45 0.57
OP1 1.58 1.73 1.43 1.33 1.77 1.37 1.72 1.33 1.67 1.67 1.78 1.74 1.38 1.24 1.81 1.54 1.45 1.30 1.35 1.39
OP2 1.06 1.16 0.77 0.70 1.13 0.87 1.08 0.86 1.08 1.10 1.17 1.21 0.77 0.63 1.15 1.09 0.86 0.85 0.88 0.87
P 0.99 1.07 0.72 0.58 1.03 0.75 0.99 0.69 0.98 1.02 1.08 1.13 0.76 0.49 1.05 0.98 0.74 0.60 0.55 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.13 0.07
C2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.15 0.01 0.04 0.13 0.16 0.24 0.16
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.19 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.14 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.12 0.19 0.02 0.01 0.07 0.01 0.17 0.15 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.16 0.21 0.27 0.22
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.02 0.06 0.00 0.01 0.09 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.16 0.20 0.24 0.21
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.11 0.10 0.06 0.04 0.12 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.04 0.15 0.15 0.19 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.12 0.13 0.18 0.13
N3 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.01 0.04 0.15 0.19 0.27 0.20
O2 0.05 0.00 0.19 0.19 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.24 0.02 0.06 0.12 0.16 0.25 0.15
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.08 0.15 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.09 0.11 0.04
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.10 0.03 0.15 0.24 0.03 0.00 0.10 0.02 0.23 0.22 0.18 0.16
O4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.16 0.23 0.28 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.13 0.11 0.14 0.11
O5' 0.07 0.13 0.08 0.17 0.16 0.01 0.16 0.01 0.15 0.12 0.15 0.12 0.06 0.23 0.16 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.16 0.10 0.15 0.21 0.09 0.20 0.10 0.15 0.13 0.19 0.16 0.09 0.22 0.23 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.24 0.14 0.15 0.27 0.11 0.24 0.12 0.19 0.18 0.27 0.25 0.11 0.18 0.28 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.05 0.10 0.22 0.02 0.21 0.01 0.16 0.13 0.20 0.15 0.04 0.16 0.24 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00