ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52924

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.002, 0.029, 0.056, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.029 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.003, 0.041, 0.078, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.041 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.010, 0.051, 0.092, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.051 std_dev=0.041
C8 A 0, -0.006, 0.047, 0.100, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.047 std_dev=0.053
N1 B 0, 0.424, 0.790, 1.156, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.790 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.281, 0.651, 1.021, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.651 std_dev=0.370
C1' B 0, 0.362, 0.757, 1.152, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.757 std_dev=0.395
C6 B 0, 0.421, 0.828, 1.234, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.828 std_dev=0.407
C3' B 0, 0.375, 0.826, 1.276, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.826 std_dev=0.450
C5 B 0, 0.441, 0.899, 1.356, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.899 std_dev=0.457
C2 B 0, 0.530, 0.999, 1.469, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.999 std_dev=0.469
O2' B 0, 0.314, 0.804, 1.293, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.804 std_dev=0.490
O4' B 0, 0.536, 1.064, 1.592, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.064 std_dev=0.528
C4' B 0, 0.480, 1.041, 1.602, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.041 std_dev=0.561
O2 B 0, 0.553, 1.117, 1.681, 1.946 max_d=1.946 avg_d=1.117 std_dev=0.564
C4 B 0, 0.570, 1.134, 1.699, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.134 std_dev=0.565
O5' B 0, 0.468, 1.057, 1.646, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.057 std_dev=0.589
OP2 B 0, 0.718, 1.321, 1.923, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.321 std_dev=0.602
N3 B 0, 0.610, 1.213, 1.815, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.213 std_dev=0.603
O3' B 0, 0.439, 1.098, 1.758, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.098 std_dev=0.659
C2' A 0, 0.223, 0.898, 1.573, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.898 std_dev=0.675
C5' B 0, 0.664, 1.344, 2.024, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.344 std_dev=0.680
O4' A 0, 0.169, 0.859, 1.550, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.859 std_dev=0.690
O4 B 0, 0.637, 1.366, 2.094, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.366 std_dev=0.728
P B 0, 0.664, 1.584, 2.505, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.584 std_dev=0.920
O2' A 0, 0.279, 1.287, 2.296, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.287 std_dev=1.008
C3' A 0, 0.339, 1.399, 2.459, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.399 std_dev=1.060
C4' A 0, 0.295, 1.440, 2.585, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.440 std_dev=1.145
O3' A 0, 0.509, 1.818, 3.127, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.818 std_dev=1.309
OP1 B 0, 0.785, 2.185, 3.584, 4.271 max_d=4.271 avg_d=2.185 std_dev=1.400
C5' A 0, 0.479, 2.041, 3.603, 3.971 max_d=3.971 avg_d=2.041 std_dev=1.562
O5' A 0, 0.648, 2.807, 4.966, 5.049 max_d=5.049 avg_d=2.807 std_dev=2.159
P A 0, 0.663, 3.139, 5.615, 5.980 max_d=5.980 avg_d=3.139 std_dev=2.476
OP1 A 0, 0.728, 3.403, 6.078, 7.050 max_d=7.050 avg_d=3.403 std_dev=2.675
OP2 A 0, 0.306, 3.565, 6.824, 8.635 max_d=8.635 avg_d=3.565 std_dev=3.259

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.01 0.39 0.19 0.83 0.43
C2 0.04 0.00 0.40 0.32 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.19 0.30 0.76 0.35 1.32 0.85
C2' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.22 0.01 0.15 0.21 0.24 0.16 0.35 0.38 0.20 0.06 0.04 0.00 0.03 0.02 0.17 0.35 0.81 0.34
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.34 0.00 0.48 0.01 0.50 0.45 0.43 0.24 0.56 0.53 0.30 0.02 0.01 0.02 0.30 0.14 0.32 0.16
C4 0.02 0.01 0.22 0.34 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.15 0.79 0.30 1.38 0.85
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.13 0.35 0.09 0.15 0.19 0.32 0.14 0.30 0.02 0.00 0.02 0.05 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.15 0.48 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.18 0.06 0.99 0.42 1.74 1.09
C5' 0.07 0.16 0.21 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.19 0.39 0.13 0.17 0.27 0.40 0.14 0.09 0.22 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.24 0.50 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.19 0.13 1.00 0.46 1.81 1.14
C8 0.02 0.01 0.16 0.45 0.01 0.35 0.00 0.39 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.50 0.25 0.20 1.06 0.41 1.69 1.06
N1 0.03 0.00 0.35 0.43 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.10 0.23 0.90 0.40 1.60 1.02
N3 0.04 0.00 0.38 0.24 0.00 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.27 0.29 0.68 0.31 1.17 0.75
N6 0.01 0.02 0.20 0.56 0.01 0.19 0.01 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.32 0.30 0.08 1.10 0.55 2.04 1.28
N7 0.02 0.02 0.06 0.53 0.01 0.32 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.48 0.33 0.11 1.15 0.53 1.97 1.24
N9 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.14 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.08 0.01 0.74 0.24 1.28 0.77
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.13 0.30 0.29 0.09 0.23 0.50 0.14 0.20 0.32 0.48 0.24 0.00 0.04 0.21 0.16 0.22 0.84 0.27
O3' 0.35 0.19 0.03 0.01 0.10 0.02 0.18 0.22 0.19 0.25 0.10 0.27 0.30 0.33 0.08 0.04 0.00 0.23 0.44 0.60 0.36 0.43
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.13 0.20 0.23 0.29 0.08 0.11 0.01 0.21 0.23 0.00 0.41 0.15 0.60 0.39
O5' 0.39 0.76 0.17 0.30 0.79 0.02 0.99 0.00 1.00 1.06 0.90 0.68 1.10 1.15 0.74 0.16 0.44 0.41 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.19 0.35 0.35 0.14 0.30 0.05 0.42 0.07 0.46 0.41 0.40 0.31 0.55 0.53 0.24 0.22 0.60 0.15 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.83 1.32 0.81 0.32 1.38 0.22 1.74 0.17 1.81 1.69 1.60 1.17 2.04 1.97 1.28 0.84 0.36 0.60 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.43 0.85 0.34 0.16 0.85 0.04 1.09 0.01 1.14 1.06 1.02 0.75 1.28 1.24 0.77 0.27 0.43 0.39 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.38 0.19 0.13 0.43 0.22 0.36 0.26 0.33 0.33 0.45 0.39 0.10 0.24 0.48 0.43 0.17 0.20 0.31 0.21
C2 0.32 0.39 0.23 0.15 0.41 0.21 0.34 0.24 0.31 0.31 0.44 0.45 0.11 0.23 0.45 0.40 0.14 0.20 0.31 0.19
C2' 0.66 0.62 0.57 0.52 0.66 0.53 0.68 0.57 0.68 0.65 0.64 0.59 0.50 0.50 0.67 0.73 0.58 0.63 0.65 0.69
C3' 0.68 0.80 0.49 0.37 0.88 0.41 0.83 0.45 0.78 0.75 0.87 0.79 0.36 0.29 0.92 0.70 0.48 0.48 0.58 0.60
C4 0.33 0.38 0.16 0.12 0.43 0.23 0.36 0.27 0.33 0.32 0.45 0.39 0.11 0.21 0.48 0.42 0.14 0.18 0.32 0.21
C4' 0.34 0.43 0.15 0.25 0.50 0.36 0.40 0.41 0.35 0.35 0.52 0.45 0.24 0.47 0.57 0.46 0.28 0.36 0.27 0.25
C5 0.35 0.37 0.14 0.15 0.45 0.26 0.38 0.32 0.33 0.33 0.45 0.36 0.23 0.23 0.50 0.43 0.15 0.19 0.33 0.25
C5' 0.33 0.45 0.16 0.32 0.55 0.40 0.42 0.44 0.35 0.34 0.57 0.47 0.33 0.59 0.64 0.45 0.30 0.38 0.23 0.25
C6 0.35 0.37 0.15 0.17 0.45 0.28 0.38 0.34 0.34 0.33 0.46 0.37 0.29 0.23 0.49 0.42 0.15 0.20 0.34 0.27
C8 0.35 0.36 0.14 0.14 0.45 0.25 0.38 0.31 0.34 0.33 0.45 0.35 0.19 0.25 0.51 0.44 0.15 0.18 0.33 0.25
N1 0.34 0.39 0.15 0.14 0.42 0.26 0.36 0.30 0.33 0.32 0.45 0.43 0.20 0.19 0.46 0.41 0.14 0.20 0.33 0.23
N3 0.32 0.39 0.22 0.15 0.41 0.20 0.34 0.24 0.31 0.31 0.45 0.43 0.11 0.24 0.46 0.41 0.14 0.20 0.31 0.18
N6 0.36 0.36 0.24 0.24 0.46 0.32 0.40 0.40 0.34 0.33 0.45 0.35 0.42 0.30 0.50 0.41 0.18 0.24 0.36 0.33
N7 0.35 0.36 0.16 0.17 0.45 0.27 0.39 0.34 0.34 0.33 0.45 0.35 0.26 0.27 0.51 0.44 0.15 0.19 0.34 0.27
N9 0.34 0.37 0.16 0.12 0.44 0.23 0.37 0.28 0.33 0.32 0.45 0.38 0.11 0.23 0.49 0.43 0.15 0.18 0.32 0.22
O2' 0.41 0.39 0.46 0.46 0.42 0.38 0.40 0.40 0.40 0.38 0.44 0.41 0.45 0.57 0.44 0.49 0.41 0.56 0.47 0.50
O3' 0.30 0.46 0.16 0.16 0.55 0.18 0.48 0.26 0.41 0.38 0.55 0.45 0.19 0.41 0.61 0.38 0.12 0.27 0.20 0.21
O4' 0.37 0.30 0.30 0.42 0.36 0.53 0.29 0.56 0.29 0.27 0.38 0.32 0.43 0.60 0.43 0.52 0.43 0.54 0.41 0.37
O5' 1.08 1.18 0.89 0.87 1.28 0.96 1.20 0.99 1.15 1.13 1.26 1.17 0.91 0.93 1.34 1.11 0.98 0.85 0.91 0.99
OP1 0.61 0.71 0.45 0.53 0.84 0.59 0.75 0.62 0.68 0.65 0.82 0.69 0.59 0.80 0.92 0.70 0.55 0.52 0.44 0.57
OP2 1.85 2.10 1.55 1.43 2.25 1.53 2.14 1.55 2.03 2.00 2.23 2.08 1.48 1.27 2.35 1.82 1.62 1.38 1.62 1.67
P 1.24 1.36 1.06 1.04 1.47 1.11 1.40 1.13 1.33 1.30 1.45 1.33 1.07 1.09 1.55 1.26 1.14 1.00 1.08 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.01 0.20 0.40 0.08 0.28
C2 0.03 0.00 0.18 0.19 0.01 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.03 0.05 0.24 0.34 0.21 0.34
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.10 0.03 0.15 0.30 0.01 0.03 0.10 0.03 0.06 0.20 0.22 0.08
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.20 0.01 0.26 0.03 0.27 0.11 0.20 0.29 0.01 0.01 0.23 0.01 0.12 0.17 0.36 0.14
C4 0.03 0.01 0.07 0.20 0.00 0.23 0.00 0.48 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.21 0.01 0.06 0.22 0.44 0.35 0.46
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.23 0.00 0.28 0.01 0.27 0.13 0.18 0.15 0.05 0.03 0.25 0.00 0.03 0.25 0.15 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.26 0.00 0.28 0.00 0.52 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.29 0.01 0.07 0.17 0.44 0.31 0.44
C5' 0.09 0.31 0.05 0.03 0.48 0.01 0.52 0.00 0.45 0.29 0.40 0.26 0.05 0.04 0.51 0.03 0.01 0.22 0.11 0.03
C6 0.02 0.01 0.10 0.27 0.02 0.27 0.01 0.45 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.28 0.02 0.06 0.13 0.34 0.19 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.03 0.13 0.01 0.29 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.03 0.03 0.19 0.33 0.15 0.30
N3 0.03 0.01 0.15 0.20 0.01 0.18 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.02 0.18 0.21 0.02 0.05 0.24 0.37 0.30 0.40
O2 0.06 0.01 0.30 0.29 0.02 0.15 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.00 0.34 0.37 0.04 0.07 0.27 0.36 0.20 0.32
O2' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.18 0.34 0.00 0.05 0.11 0.11 0.07 0.19 0.25 0.10
O3' 0.04 0.22 0.03 0.01 0.21 0.03 0.29 0.04 0.28 0.10 0.21 0.37 0.05 0.00 0.25 0.04 0.30 0.30 0.56 0.32
O4 0.04 0.03 0.10 0.23 0.01 0.25 0.01 0.51 0.02 0.03 0.02 0.04 0.11 0.25 0.00 0.07 0.25 0.52 0.41 0.51
O4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.11 0.04 0.07 0.00 0.28 0.53 0.20 0.38
O5' 0.20 0.24 0.06 0.12 0.22 0.03 0.17 0.01 0.13 0.19 0.24 0.27 0.07 0.30 0.25 0.28 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.40 0.34 0.20 0.17 0.44 0.25 0.44 0.22 0.34 0.33 0.37 0.36 0.19 0.30 0.52 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.21 0.22 0.36 0.35 0.15 0.31 0.11 0.19 0.15 0.30 0.20 0.25 0.56 0.41 0.20 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.34 0.08 0.14 0.46 0.09 0.44 0.03 0.34 0.30 0.40 0.32 0.10 0.32 0.51 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00