ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52926

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N7 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C8 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.013
O2' A 0, 0.005, 0.056, 0.106, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.056 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.003, 0.056, 0.109, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.056 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.002, 0.072, 0.141, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.072 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.006, 0.080, 0.155, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.080 std_dev=0.074
O4' B 0, 0.012, 0.108, 0.205, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.108 std_dev=0.096
O2' B 0, 0.009, 0.111, 0.213, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.111 std_dev=0.102
C4' B 0, 0.011, 0.120, 0.228, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.120 std_dev=0.109
C5' B 0, 0.012, 0.122, 0.232, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.122 std_dev=0.110
C1' B 0, 0.013, 0.125, 0.238, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.125 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.005, 0.128, 0.252, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.128 std_dev=0.123
C2' B 0, 0.011, 0.139, 0.268, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.128
N1 B 0, 0.015, 0.154, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.154 std_dev=0.139
C2 B 0, 0.013, 0.155, 0.297, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.155 std_dev=0.142
C3' B 0, 0.009, 0.153, 0.297, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.144
O2 B 0, 0.008, 0.157, 0.306, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.157 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.006, 0.156, 0.305, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.156 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.015, 0.168, 0.321, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.168 std_dev=0.153
OP2 A 0, 0.009, 0.162, 0.316, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.162 std_dev=0.153
P A 0, 0.007, 0.163, 0.319, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.163 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.020, 0.180, 0.341, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.180 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.021, 0.183, 0.345, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.183 std_dev=0.162
O3' B 0, 0.010, 0.176, 0.342, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.166
O4 B 0, 0.022, 0.189, 0.356, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.189 std_dev=0.167
O5' B 0, 0.015, 0.183, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.183 std_dev=0.168
C5 B 0, 0.023, 0.192, 0.362, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.192 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.006, 0.176, 0.345, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.170
P B 0, 0.017, 0.266, 0.514, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.266 std_dev=0.248
OP2 B 0, 0.016, 0.300, 0.583, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.300 std_dev=0.284
OP1 B 0, 0.019, 0.394, 0.768, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.374

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.07 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.08 0.10 0.09
C8 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.08 0.08
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05
N6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.10 0.12 0.11
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.07 0.11 0.09
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
O5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.09 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.08 0.05 0.07 0.03 0.10 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.09 0.08 0.04 0.12 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.07 0.08 0.05 0.11 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.18 0.08
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.16 0.08
C2' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.08 0.19 0.09
C3' 0.06 0.08 0.05 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.08 0.08 0.04 0.01 0.07 0.05 0.05 0.08 0.19 0.10
C4 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.18 0.09
C4' 0.05 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.16 0.07
C5 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.11 0.19 0.11
C5' 0.09 0.10 0.08 0.05 0.10 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.10 0.10 0.07 0.02 0.10 0.08 0.06 0.06 0.18 0.09
C6 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.11 0.19 0.11
C8 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.20 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.17 0.10
N3 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.16 0.08
N6 0.06 0.02 0.05 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.13 0.19 0.13
N7 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.07 0.12 0.20 0.12
N9 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.09 0.19 0.10
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.17 0.08
O3' 0.06 0.09 0.05 0.03 0.08 0.03 0.07 0.03 0.07 0.08 0.08 0.09 0.04 0.01 0.08 0.05 0.05 0.08 0.19 0.09
O4' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.15 0.06
O5' 0.09 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.03 0.09 0.08 0.05 0.03 0.16 0.07
OP1 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.05 0.10 0.10 0.07 0.04 0.17 0.08
OP2 0.10 0.11 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.06 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.03 0.10 0.09 0.06 0.04 0.17 0.08
P 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.04 0.10 0.09 0.07 0.04 0.17 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.11 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.13 0.04 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.09 0.09
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.12 0.14 0.09
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.15 0.04 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.09 0.05
O5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.11 0.00 0.02 0.13 0.00 0.09 0.01 0.05 0.08 0.14 0.12 0.01 0.06 0.15 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.11 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.09 0.14 0.05 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.09 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00