ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52928

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 9, 36, 36, 9, 10, 11, 8, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.029, 0.041, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.041 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.023, 0.035, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.034, 0.047, 0.060, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.043, 0.059, 0.074, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.059 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.039, 0.063, 0.087, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.063 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.039 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.046 std_dev=0.033
C2' B 0, 0.474, 0.691, 0.908, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.691 std_dev=0.217
N1 B 0, 0.359, 0.604, 0.848, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.604 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.810, 1.056, 1.301, 1.730 max_d=1.730 avg_d=1.056 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.620, 0.871, 1.122, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.871 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.619, 0.884, 1.149, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.884 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.509, 0.793, 1.077, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.793 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.603, 0.901, 1.199, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.901 std_dev=0.298
N4 B 0, 0.792, 1.154, 1.516, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.154 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.563, 0.932, 1.301, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.932 std_dev=0.369
C5 B 0, 0.601, 0.976, 1.350, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.976 std_dev=0.374
C3' B 0, 0.862, 1.242, 1.623, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.242 std_dev=0.380
O2 B 0, 0.917, 1.310, 1.704, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.310 std_dev=0.394
O4' B 0, 0.843, 1.313, 1.783, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.313 std_dev=0.470
C2' A 0, 0.741, 1.222, 1.702, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.222 std_dev=0.480
O4' A 0, 0.686, 1.188, 1.690, 1.962 max_d=1.962 avg_d=1.188 std_dev=0.502
O3' B 0, 1.120, 1.625, 2.129, 2.909 max_d=2.909 avg_d=1.625 std_dev=0.505
C4' B 0, 1.063, 1.595, 2.127, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.595 std_dev=0.532
C3' A 0, 1.194, 1.819, 2.444, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.819 std_dev=0.625
O3' A 0, 1.705, 2.353, 3.001, 3.161 max_d=3.161 avg_d=2.353 std_dev=0.648
O5' B 0, 0.958, 1.721, 2.484, 3.971 max_d=3.971 avg_d=1.721 std_dev=0.763
C4' A 0, 1.034, 1.822, 2.611, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.822 std_dev=0.788
O2' A 0, 0.778, 1.571, 2.364, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.571 std_dev=0.793
C5' B 0, 1.430, 2.233, 3.036, 4.437 max_d=4.437 avg_d=2.233 std_dev=0.803
C5' A 0, 1.866, 2.913, 3.961, 4.489 max_d=4.489 avg_d=2.913 std_dev=1.048
P B 0, 1.154, 2.250, 3.346, 5.873 max_d=5.873 avg_d=2.250 std_dev=1.096
OP2 B 0, 0.936, 2.228, 3.520, 7.609 max_d=7.609 avg_d=2.228 std_dev=1.292
OP1 B 0, 1.739, 3.061, 4.384, 7.420 max_d=7.420 avg_d=3.061 std_dev=1.323
O5' A 0, 2.105, 3.497, 4.889, 5.845 max_d=5.845 avg_d=3.497 std_dev=1.392
P A 0, 1.722, 3.432, 5.142, 7.171 max_d=7.171 avg_d=3.432 std_dev=1.710
OP1 A 0, 1.540, 3.294, 5.049, 6.481 max_d=6.481 avg_d=3.294 std_dev=1.754
OP2 A 0, 1.549, 3.482, 5.415, 9.227 max_d=9.227 avg_d=3.482 std_dev=1.933

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.01 0.40 0.47 0.49 0.33
C2 0.03 0.00 0.38 0.41 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.16 0.78 1.01 0.76 0.86
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.20 0.01 0.12 0.22 0.20 0.16 0.31 0.37 0.16 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.30 0.47 0.89 0.44
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.37 0.01 0.46 0.02 0.50 0.38 0.48 0.34 0.55 0.46 0.28 0.02 0.01 0.02 0.19 0.36 0.74 0.32
C4 0.01 0.01 0.20 0.37 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.14 0.09 0.84 1.05 0.76 0.88
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.20 0.13 0.09 0.19 0.21 0.11 0.33 0.02 0.00 0.02 0.22 0.36 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.46 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.21 0.05 1.06 1.41 0.99 1.19
C5' 0.08 0.11 0.22 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.19 0.22 0.15 0.09 0.23 0.24 0.10 0.11 0.22 0.02 0.01 0.33 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.20 0.50 0.01 0.16 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.25 0.08 1.08 1.48 1.05 1.25
C8 0.01 0.01 0.16 0.38 0.01 0.20 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.37 0.22 0.10 1.08 1.34 0.91 1.12
N1 0.02 0.00 0.31 0.48 0.01 0.13 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.24 0.13 0.95 1.28 0.93 1.09
N3 0.03 0.00 0.37 0.34 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.28 0.16 0.67 0.84 0.66 0.71
N6 0.02 0.01 0.16 0.55 0.01 0.19 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.36 0.33 0.07 1.19 1.72 1.20 1.44
N7 0.01 0.01 0.08 0.46 0.01 0.21 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.29 0.05 1.19 1.61 1.09 1.35
N9 0.01 0.01 0.03 0.28 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.08 0.01 0.79 0.93 0.69 0.77
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.21 0.33 0.32 0.11 0.30 0.37 0.23 0.16 0.36 0.40 0.23 0.00 0.07 0.23 0.23 0.48 0.86 0.39
O3' 0.34 0.27 0.03 0.01 0.14 0.02 0.21 0.22 0.25 0.22 0.24 0.28 0.33 0.29 0.08 0.07 0.00 0.24 0.21 0.39 0.78 0.30
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.16 0.07 0.05 0.01 0.23 0.24 0.00 0.44 0.55 0.37 0.34
O5' 0.40 0.78 0.30 0.19 0.84 0.02 1.06 0.01 1.08 1.08 0.95 0.67 1.19 1.19 0.79 0.23 0.21 0.44 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 1.01 0.47 0.36 1.05 0.22 1.41 0.33 1.48 1.34 1.28 0.84 1.72 1.61 0.93 0.48 0.39 0.55 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.76 0.89 0.74 0.76 0.36 0.99 0.30 1.05 0.91 0.93 0.66 1.20 1.09 0.69 0.86 0.78 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.86 0.44 0.32 0.88 0.10 1.19 0.01 1.25 1.12 1.09 0.71 1.44 1.35 0.77 0.39 0.30 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.16 0.17 0.27 0.20 0.18 0.15 0.22 0.13 0.13 0.21 0.24 0.19 0.13 0.44 0.24 0.22 0.47 0.40 0.32
C2 0.17 0.20 0.19 0.27 0.21 0.18 0.17 0.21 0.15 0.15 0.23 0.24 0.23 0.11 0.42 0.22 0.22 0.42 0.36 0.29
C2' 0.38 0.26 0.24 0.25 0.24 0.39 0.26 0.40 0.30 0.30 0.25 0.25 0.27 0.31 0.31 0.48 0.32 0.47 0.42 0.38
C3' 0.60 0.57 0.36 0.29 0.54 0.48 0.54 0.47 0.55 0.57 0.56 0.54 0.59 0.42 0.34 0.67 0.39 0.52 0.48 0.45
C4 0.17 0.17 0.16 0.26 0.20 0.18 0.15 0.20 0.13 0.13 0.22 0.23 0.20 0.12 0.41 0.24 0.20 0.41 0.34 0.28
C4' 0.26 0.21 0.17 0.31 0.21 0.23 0.16 0.27 0.17 0.19 0.24 0.25 0.26 0.18 0.53 0.34 0.26 0.56 0.47 0.38
C5 0.19 0.17 0.16 0.24 0.20 0.18 0.15 0.19 0.14 0.14 0.21 0.24 0.19 0.14 0.38 0.26 0.18 0.35 0.29 0.25
C5' 0.29 0.27 0.18 0.30 0.27 0.25 0.21 0.27 0.22 0.24 0.30 0.32 0.32 0.20 0.52 0.38 0.25 0.53 0.44 0.37
C6 0.19 0.17 0.17 0.23 0.19 0.18 0.15 0.19 0.14 0.14 0.21 0.23 0.19 0.16 0.35 0.26 0.18 0.32 0.26 0.23
C8 0.19 0.17 0.16 0.25 0.20 0.18 0.16 0.20 0.15 0.15 0.22 0.25 0.18 0.14 0.40 0.27 0.19 0.38 0.31 0.27
N1 0.17 0.19 0.17 0.25 0.20 0.17 0.16 0.18 0.14 0.14 0.23 0.23 0.23 0.13 0.38 0.23 0.18 0.35 0.28 0.24
N3 0.17 0.19 0.18 0.27 0.20 0.18 0.16 0.22 0.15 0.14 0.22 0.24 0.22 0.11 0.43 0.23 0.23 0.45 0.38 0.31
N6 0.23 0.17 0.20 0.23 0.20 0.21 0.17 0.21 0.17 0.17 0.21 0.23 0.18 0.21 0.32 0.29 0.20 0.31 0.26 0.24
N7 0.21 0.17 0.17 0.24 0.21 0.19 0.17 0.20 0.16 0.16 0.22 0.25 0.18 0.15 0.37 0.28 0.19 0.35 0.29 0.25
N9 0.18 0.17 0.16 0.26 0.20 0.18 0.15 0.20 0.14 0.14 0.21 0.24 0.19 0.12 0.42 0.25 0.20 0.42 0.35 0.29
O2' 0.27 0.36 0.34 0.36 0.38 0.29 0.32 0.32 0.30 0.30 0.40 0.41 0.38 0.28 0.45 0.30 0.33 0.52 0.50 0.40
O3' 0.34 0.32 0.31 0.45 0.31 0.38 0.28 0.44 0.30 0.30 0.34 0.34 0.36 0.31 0.71 0.43 0.40 0.74 0.57 0.52
O4' 0.19 0.17 0.32 0.47 0.24 0.31 0.22 0.37 0.20 0.17 0.24 0.29 0.17 0.25 0.66 0.26 0.42 0.67 0.60 0.52
O5' 1.16 1.24 0.84 0.66 1.23 0.90 1.19 0.85 1.17 1.19 1.25 1.25 1.26 0.88 0.44 1.18 0.81 0.70 0.77 0.80
OP1 1.64 1.87 1.31 1.13 1.95 1.31 1.86 1.28 1.77 1.76 1.96 2.02 1.87 1.26 0.88 1.61 1.30 1.16 1.32 1.29
OP2 1.14 1.27 0.85 0.73 1.31 0.90 1.25 0.90 1.21 1.21 1.32 1.35 1.29 0.83 0.61 1.17 0.92 0.85 0.95 0.95
P 1.39 1.55 1.03 0.85 1.60 1.09 1.54 1.06 1.48 1.47 1.62 1.65 1.56 1.01 0.57 1.40 1.07 0.94 1.09 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.14 0.21 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.24 0.28 0.39 0.24
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.17 0.00 0.02 0.01 0.15 0.21 0.13 0.13
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.08 0.18 0.02 0.01 0.01 0.19 0.28 0.13 0.17
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.31 0.41 0.60 0.35
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.16 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.04 0.32 0.43 0.62 0.37
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09 0.12 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.19 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.12 0.04 0.29 0.34 0.49 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.22 0.25 0.36 0.23
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.03 0.28 0.35 0.50 0.30
N4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04 0.33 0.46 0.67 0.38
O2 0.04 0.01 0.17 0.18 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.21 0.04 0.21 0.25 0.32 0.21
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.06 0.04 0.04 0.20 0.16 0.08
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.12 0.04 0.12 0.10 0.21 0.06 0.00 0.02 0.16 0.39 0.23 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.09 0.12 0.25 0.15
O5' 0.13 0.24 0.15 0.19 0.31 0.02 0.32 0.01 0.29 0.22 0.28 0.33 0.21 0.04 0.16 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.28 0.21 0.28 0.41 0.16 0.43 0.19 0.34 0.25 0.35 0.46 0.25 0.20 0.39 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.39 0.13 0.13 0.60 0.19 0.62 0.26 0.49 0.36 0.50 0.67 0.32 0.16 0.23 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.13 0.17 0.35 0.05 0.37 0.02 0.31 0.23 0.30 0.38 0.21 0.08 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00