ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 10, 12, 7, 12, 19, 28, 19, 6, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.022, 0.036, 0.051, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.031, 0.050, 0.070, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.050 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.027, 0.046, 0.066, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.033, 0.054, 0.074, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.054 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.043, 0.070, 0.097, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.070 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.046, 0.078, 0.110, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.078 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.061, 0.101, 0.141, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.101 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.071, 0.114, 0.157, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.114 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.084, 0.137, 0.190, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.137 std_dev=0.053
N1 B 0, 0.285, 0.447, 0.609, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.447 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.314, 0.521, 0.728, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.521 std_dev=0.207
C2' B 0, 0.270, 0.488, 0.706, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.488 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.303, 0.539, 0.775, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.539 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.278, 0.554, 0.831, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.554 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.162, 0.490, 0.818, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.490 std_dev=0.328
C4 B 0, 0.114, 0.464, 0.815, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.464 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.477, 0.845, 1.212, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.845 std_dev=0.367
C5 B 0, 0.487, 0.871, 1.254, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.871 std_dev=0.383
O2 B 0, 0.496, 0.929, 1.361, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.929 std_dev=0.433
N4 B 0, 0.138, 0.611, 1.084, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.611 std_dev=0.473
C3' B 0, 0.462, 0.981, 1.500, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.981 std_dev=0.519
O4' B 0, 0.453, 1.025, 1.596, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.025 std_dev=0.572
O3' B 0, 0.590, 1.245, 1.900, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.245 std_dev=0.655
C4' B 0, 0.465, 1.149, 1.833, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.149 std_dev=0.684
O2' A 0, 0.052, 0.778, 1.503, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.778 std_dev=0.726
C2' A 0, 0.090, 0.847, 1.604, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.847 std_dev=0.757
O4' A 0, 0.132, 0.905, 1.678, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.905 std_dev=0.773
C5' B 0, 0.745, 1.838, 2.930, 3.691 max_d=3.691 avg_d=1.838 std_dev=1.093
C4' A 0, 0.286, 1.443, 2.600, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.443 std_dev=1.157
O5' B 0, 1.003, 2.223, 3.442, 4.115 max_d=4.115 avg_d=2.223 std_dev=1.220
C3' A 0, 0.273, 1.498, 2.723, 3.231 max_d=3.231 avg_d=1.498 std_dev=1.225
O3' A 0, 0.434, 2.118, 3.802, 4.528 max_d=4.528 avg_d=2.118 std_dev=1.684
P B 0, 1.610, 3.427, 5.243, 5.761 max_d=5.761 avg_d=3.427 std_dev=1.816
OP2 B 0, 1.746, 3.607, 5.467, 7.311 max_d=7.311 avg_d=3.607 std_dev=1.860
C5' A 0, 0.316, 2.311, 4.306, 5.169 max_d=5.169 avg_d=2.311 std_dev=1.995
OP1 B 0, 1.982, 4.198, 6.414, 7.392 max_d=7.392 avg_d=4.198 std_dev=2.216
O5' A 0, 0.210, 3.030, 5.850, 6.946 max_d=6.946 avg_d=3.030 std_dev=2.820
OP2 A 0, 0.899, 3.987, 7.075, 8.529 max_d=8.529 avg_d=3.987 std_dev=3.088
P A 0, 0.152, 3.839, 7.527, 9.089 max_d=9.089 avg_d=3.839 std_dev=3.688
OP1 A 0, 1.183, 5.019, 8.855, 10.329 max_d=10.329 avg_d=5.019 std_dev=3.836

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.26 0.42 0.40 0.31
C2 0.03 0.00 0.50 0.47 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.62 0.33 0.42 0.74 0.80 0.46
C2' 0.01 0.50 0.00 0.01 0.27 0.01 0.15 0.05 0.26 0.22 0.41 0.49 0.21 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.33 0.47 0.54 0.39
C3' 0.01 0.47 0.01 0.00 0.30 0.01 0.27 0.02 0.36 0.15 0.44 0.41 0.35 0.16 0.12 0.02 0.01 0.02 0.41 0.59 0.57 0.46
C4 0.01 0.01 0.27 0.30 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.35 0.17 0.55 0.83 0.89 0.67
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.20 0.11 0.11 0.16 0.19 0.08 0.08 0.02 0.01 0.02 0.26 0.22 0.09
C5 0.01 0.01 0.15 0.27 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.31 0.07 0.85 1.29 1.26 1.08
C5' 0.04 0.18 0.05 0.02 0.11 0.01 0.22 0.00 0.19 0.39 0.15 0.16 0.26 0.38 0.16 0.05 0.06 0.02 0.01 0.34 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.26 0.36 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.45 0.14 0.78 1.25 1.29 1.03
C8 0.02 0.02 0.22 0.15 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.17 0.21 1.14 1.60 1.34 1.35
N1 0.03 0.01 0.41 0.44 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.58 0.26 0.57 0.93 1.04 0.72
N3 0.03 0.01 0.49 0.41 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.53 0.32 0.35 0.63 0.67 0.36
N6 0.02 0.01 0.21 0.35 0.02 0.16 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.43 0.09 0.95 1.55 1.52 1.29
N7 0.01 0.02 0.10 0.16 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.16 0.12 1.18 1.79 1.55 1.49
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.65 0.91 0.86 0.76
O2' 0.02 0.40 0.00 0.02 0.17 0.08 0.09 0.05 0.17 0.21 0.31 0.39 0.13 0.14 0.05 0.00 0.04 0.07 0.09 0.37 0.46 0.20
O3' 0.07 0.62 0.02 0.01 0.35 0.02 0.31 0.06 0.45 0.17 0.58 0.53 0.43 0.16 0.11 0.04 0.00 0.05 0.28 0.62 0.70 0.39
O4' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.02 0.14 0.21 0.26 0.32 0.09 0.12 0.01 0.07 0.05 0.00 0.11 0.30 0.27 0.19
O5' 0.26 0.42 0.33 0.41 0.55 0.02 0.85 0.01 0.78 1.14 0.57 0.35 0.95 1.18 0.65 0.09 0.28 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.74 0.47 0.59 0.83 0.26 1.29 0.34 1.25 1.60 0.93 0.63 1.55 1.79 0.91 0.37 0.62 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.80 0.54 0.57 0.89 0.22 1.26 0.25 1.29 1.34 1.04 0.67 1.52 1.55 0.86 0.46 0.70 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.46 0.39 0.46 0.67 0.09 1.08 0.02 1.03 1.35 0.72 0.36 1.29 1.49 0.76 0.20 0.39 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.16 0.15 0.19 0.16 0.30 0.18 0.35 0.21 0.20 0.17 0.18 0.16 0.15 0.31 0.39 0.24 0.34 0.32 0.31
C2 0.23 0.19 0.16 0.18 0.17 0.23 0.18 0.24 0.19 0.19 0.18 0.17 0.20 0.16 0.29 0.29 0.18 0.28 0.30 0.24
C2' 0.26 0.27 0.43 0.46 0.27 0.32 0.25 0.32 0.25 0.25 0.28 0.28 0.28 0.45 0.64 0.28 0.33 0.50 0.54 0.46
C3' 0.36 0.37 0.48 0.50 0.39 0.40 0.38 0.40 0.37 0.36 0.39 0.40 0.38 0.50 0.63 0.37 0.42 0.58 0.64 0.57
C4 0.26 0.16 0.14 0.18 0.16 0.27 0.17 0.31 0.20 0.20 0.17 0.17 0.16 0.14 0.31 0.37 0.21 0.27 0.29 0.27
C4' 0.17 0.17 0.22 0.25 0.19 0.22 0.16 0.26 0.15 0.15 0.21 0.23 0.19 0.23 0.37 0.25 0.19 0.32 0.35 0.31
C5 0.27 0.16 0.15 0.18 0.16 0.28 0.18 0.31 0.21 0.20 0.17 0.18 0.15 0.15 0.31 0.40 0.21 0.23 0.26 0.27
C5' 0.19 0.24 0.28 0.29 0.28 0.22 0.24 0.23 0.20 0.20 0.28 0.32 0.25 0.29 0.42 0.23 0.18 0.30 0.39 0.33
C6 0.27 0.16 0.15 0.18 0.16 0.26 0.18 0.28 0.20 0.20 0.16 0.17 0.16 0.16 0.29 0.37 0.19 0.20 0.25 0.25
C8 0.28 0.15 0.15 0.19 0.17 0.31 0.18 0.35 0.22 0.20 0.17 0.20 0.15 0.14 0.32 0.43 0.24 0.27 0.28 0.31
N1 0.24 0.18 0.15 0.17 0.17 0.22 0.17 0.23 0.19 0.19 0.17 0.17 0.19 0.15 0.28 0.30 0.17 0.22 0.25 0.21
N3 0.24 0.18 0.15 0.18 0.17 0.25 0.18 0.28 0.20 0.19 0.17 0.17 0.19 0.15 0.30 0.33 0.20 0.31 0.32 0.26
N6 0.28 0.15 0.18 0.19 0.17 0.27 0.19 0.29 0.22 0.21 0.16 0.18 0.14 0.19 0.28 0.38 0.21 0.18 0.26 0.27
N7 0.28 0.15 0.16 0.19 0.18 0.30 0.19 0.34 0.22 0.21 0.18 0.21 0.14 0.15 0.32 0.43 0.23 0.24 0.28 0.31
N9 0.27 0.16 0.14 0.18 0.16 0.29 0.18 0.33 0.21 0.20 0.17 0.18 0.16 0.14 0.32 0.40 0.23 0.29 0.30 0.30
O2' 0.21 0.22 0.35 0.39 0.22 0.27 0.20 0.30 0.20 0.20 0.24 0.24 0.23 0.37 0.57 0.27 0.29 0.47 0.48 0.41
O3' 0.54 0.51 0.66 0.70 0.52 0.62 0.53 0.61 0.54 0.52 0.51 0.52 0.51 0.70 0.83 0.55 0.64 0.81 0.83 0.76
O4' 0.42 0.29 0.37 0.39 0.27 0.48 0.30 0.51 0.35 0.34 0.26 0.25 0.28 0.40 0.45 0.51 0.41 0.44 0.37 0.41
O5' 0.67 0.82 0.57 0.54 0.91 0.54 0.86 0.55 0.79 0.77 0.90 0.97 0.80 0.53 0.55 0.67 0.60 0.61 0.89 0.76
OP1 1.10 1.41 1.04 1.00 1.55 0.90 1.43 0.90 1.30 1.28 1.55 1.67 1.40 0.96 1.06 1.03 1.02 0.98 1.28 1.08
OP2 1.31 1.53 1.08 1.02 1.68 1.10 1.63 1.14 1.53 1.47 1.65 1.77 1.47 0.94 0.86 1.34 1.26 1.28 1.61 1.48
P 0.93 1.17 0.70 0.64 1.31 0.71 1.25 0.74 1.14 1.09 1.28 1.40 1.12 0.59 0.55 0.95 0.86 0.88 1.23 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.07 0.12 0.23 0.20
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.15 0.23 0.37 0.27
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.07 0.03 0.05 0.07 0.10 0.00 0.02 0.01 0.10 0.20 0.20 0.13
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.02 0.12 0.05 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.14 0.30 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.19 0.33 0.51 0.34
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.14 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.04 0.20 0.33 0.52 0.36
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.03 0.16 0.26 0.42 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.13 0.20 0.34 0.26
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.18 0.28 0.45 0.31
N4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04 0.21 0.37 0.56 0.37
O2 0.04 0.01 0.10 0.09 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.11 0.05 0.14 0.20 0.33 0.24
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.06 0.10 0.00 0.05 0.04 0.07 0.19 0.20 0.09
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.03 0.14 0.06 0.09 0.15 0.11 0.05 0.00 0.02 0.16 0.46 0.31 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.07 0.16 0.23 0.24
O5' 0.07 0.15 0.10 0.14 0.19 0.02 0.20 0.01 0.16 0.13 0.18 0.21 0.14 0.07 0.16 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.23 0.20 0.30 0.33 0.09 0.33 0.13 0.26 0.20 0.28 0.37 0.20 0.19 0.46 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.37 0.20 0.20 0.51 0.14 0.52 0.12 0.42 0.34 0.45 0.56 0.33 0.20 0.31 0.23 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.27 0.13 0.16 0.34 0.07 0.36 0.01 0.31 0.26 0.31 0.37 0.24 0.09 0.25 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00