ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52930

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 6, 14, 8, 4, 4, 3, 6, 5, 4, 3, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.013, 0.035, 0.056, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.020, 0.051, 0.081, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.051 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.007, 0.042, 0.076, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.042 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.462, 0.661, 0.861, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.661 std_dev=0.200
C1' B 0, 0.358, 0.581, 0.804, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.581 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.499, 0.770, 1.040, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.770 std_dev=0.270
O4' B 0, 0.501, 0.777, 1.052, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.777 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.452, 0.752, 1.052, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.752 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.671, 1.005, 1.339, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.005 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.601, 0.954, 1.307, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.954 std_dev=0.353
C5 B 0, 0.937, 1.382, 1.826, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.382 std_dev=0.444
O5' B 0, 0.551, 1.011, 1.470, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.011 std_dev=0.459
C4' B 0, 0.275, 0.742, 1.208, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.742 std_dev=0.467
O3' B 0, 0.756, 1.249, 1.742, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.249 std_dev=0.493
C2 B 0, 0.661, 1.157, 1.654, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.157 std_dev=0.496
O2 B 0, 0.990, 1.488, 1.986, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.488 std_dev=0.498
C2' A 0, 0.933, 1.471, 2.008, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.471 std_dev=0.537
O4' A 0, 0.896, 1.448, 1.999, 2.234 max_d=2.234 avg_d=1.448 std_dev=0.552
C4 B 0, 0.942, 1.498, 2.054, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.498 std_dev=0.556
P B 0, 0.855, 1.423, 1.992, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.423 std_dev=0.569
O3' A 0, 1.567, 2.176, 2.785, 2.651 max_d=2.651 avg_d=2.176 std_dev=0.609
C3' A 0, 1.291, 1.910, 2.528, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.910 std_dev=0.619
C5' B 0, 0.589, 1.212, 1.834, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.212 std_dev=0.622
N3 B 0, 0.725, 1.417, 2.110, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.417 std_dev=0.693
N4 B 0, 1.183, 1.903, 2.623, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.903 std_dev=0.720
C4' A 0, 1.351, 2.095, 2.839, 3.028 max_d=3.028 avg_d=2.095 std_dev=0.744
OP2 B 0, 2.236, 3.000, 3.765, 5.351 max_d=5.351 avg_d=3.000 std_dev=0.764
OP1 B 0, 2.881, 3.681, 4.482, 4.949 max_d=4.949 avg_d=3.681 std_dev=0.801
O2' A 0, 1.446, 2.279, 3.111, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.279 std_dev=0.833
C5' A 0, 1.969, 3.167, 4.365, 4.955 max_d=4.955 avg_d=3.167 std_dev=1.198
O5' A 0, 2.577, 3.812, 5.046, 5.710 max_d=5.710 avg_d=3.812 std_dev=1.235
P A 0, 3.107, 4.904, 6.701, 7.570 max_d=7.570 avg_d=4.904 std_dev=1.797
OP2 A 0, 4.794, 6.592, 8.391, 9.512 max_d=9.512 avg_d=6.592 std_dev=1.799
OP1 A 0, 1.275, 3.682, 6.090, 7.657 max_d=7.657 avg_d=3.682 std_dev=2.408

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.38 0.46 0.62 0.39
C2 0.05 0.00 0.29 0.19 0.01 0.24 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.21 0.34 0.53 0.70 0.89 0.64
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.16 0.02 0.10 0.16 0.16 0.14 0.24 0.28 0.13 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.53 0.60 0.64 0.50
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.19 0.00 0.25 0.02 0.26 0.24 0.23 0.16 0.29 0.27 0.16 0.02 0.01 0.02 0.21 0.17 0.42 0.20
C4 0.02 0.01 0.16 0.19 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.18 0.13 0.17 0.52 0.77 0.96 0.67
C4' 0.01 0.24 0.02 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.08 0.24 0.16 0.24 0.10 0.20 0.07 0.21 0.03 0.01 0.02 0.25 0.48 0.13
C5 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.09 0.06 0.58 1.01 1.19 0.85
C5' 0.07 0.28 0.16 0.02 0.12 0.01 0.11 0.00 0.11 0.31 0.19 0.28 0.15 0.27 0.09 0.07 0.16 0.02 0.01 0.41 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.26 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.11 0.13 0.59 1.02 1.20 0.86
C8 0.02 0.01 0.14 0.24 0.01 0.24 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.11 0.21 0.63 1.12 1.21 0.92
N1 0.04 0.01 0.24 0.23 0.01 0.16 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.15 0.25 0.56 0.85 1.06 0.75
N3 0.05 0.01 0.28 0.16 0.00 0.24 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.23 0.35 0.51 0.62 0.80 0.57
N6 0.03 0.01 0.13 0.29 0.02 0.10 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.25 0.13 0.07 0.62 1.17 1.34 0.97
N7 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.20 0.01 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.35 0.13 0.13 0.65 1.24 1.35 1.01
N9 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.10 0.02 0.51 0.77 0.92 0.66
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.18 0.21 0.22 0.07 0.22 0.38 0.27 0.33 0.25 0.35 0.16 0.00 0.05 0.15 0.43 0.60 0.63 0.42
O3' 0.24 0.21 0.03 0.01 0.13 0.03 0.09 0.16 0.11 0.11 0.15 0.23 0.13 0.13 0.10 0.05 0.00 0.17 0.19 0.35 0.63 0.37
O4' 0.01 0.34 0.02 0.02 0.17 0.01 0.06 0.02 0.13 0.21 0.25 0.35 0.07 0.13 0.02 0.15 0.17 0.00 0.26 0.29 0.59 0.25
O5' 0.38 0.53 0.53 0.21 0.52 0.02 0.58 0.01 0.59 0.63 0.56 0.51 0.62 0.65 0.51 0.43 0.19 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.70 0.60 0.17 0.77 0.25 1.01 0.41 1.02 1.12 0.85 0.62 1.17 1.24 0.77 0.60 0.35 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 0.89 0.64 0.42 0.96 0.48 1.19 0.35 1.20 1.21 1.06 0.80 1.34 1.35 0.92 0.63 0.63 0.59 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.64 0.50 0.20 0.67 0.13 0.85 0.02 0.86 0.92 0.75 0.57 0.97 1.01 0.66 0.42 0.37 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.15 0.17 0.18 0.17 0.17 0.19 0.16 0.17 0.19 0.19 0.20 0.13 0.27 0.25 0.14 0.26 0.33 0.21
C2 0.21 0.21 0.18 0.18 0.20 0.15 0.19 0.16 0.19 0.20 0.20 0.20 0.23 0.15 0.29 0.27 0.14 0.24 0.30 0.19
C2' 0.35 0.32 0.30 0.32 0.33 0.36 0.35 0.39 0.35 0.34 0.31 0.32 0.31 0.29 0.33 0.41 0.39 0.53 0.59 0.46
C3' 0.39 0.42 0.22 0.19 0.44 0.31 0.42 0.34 0.40 0.40 0.44 0.46 0.43 0.19 0.21 0.45 0.33 0.45 0.55 0.42
C4 0.17 0.18 0.14 0.14 0.19 0.14 0.18 0.15 0.17 0.17 0.19 0.20 0.20 0.13 0.23 0.23 0.12 0.22 0.28 0.18
C4' 0.35 0.23 0.29 0.35 0.21 0.46 0.21 0.50 0.25 0.26 0.22 0.22 0.25 0.37 0.46 0.48 0.39 0.45 0.44 0.43
C5 0.15 0.18 0.13 0.13 0.20 0.13 0.19 0.14 0.17 0.17 0.19 0.21 0.18 0.15 0.20 0.20 0.13 0.20 0.24 0.16
C5' 0.38 0.23 0.38 0.47 0.24 0.55 0.23 0.59 0.27 0.27 0.25 0.29 0.24 0.48 0.63 0.51 0.48 0.53 0.47 0.50
C6 0.15 0.18 0.13 0.13 0.20 0.13 0.18 0.13 0.17 0.16 0.19 0.21 0.18 0.17 0.19 0.19 0.14 0.19 0.22 0.16
C8 0.15 0.18 0.14 0.14 0.21 0.13 0.19 0.14 0.18 0.17 0.20 0.22 0.18 0.14 0.21 0.20 0.13 0.22 0.26 0.17
N1 0.18 0.19 0.14 0.14 0.19 0.13 0.18 0.13 0.17 0.18 0.20 0.20 0.21 0.14 0.22 0.22 0.12 0.19 0.22 0.15
N3 0.21 0.20 0.17 0.18 0.19 0.16 0.19 0.17 0.18 0.19 0.20 0.20 0.22 0.14 0.29 0.27 0.15 0.26 0.33 0.21
N6 0.16 0.17 0.17 0.17 0.21 0.16 0.20 0.16 0.18 0.17 0.20 0.23 0.15 0.23 0.21 0.19 0.20 0.22 0.25 0.20
N7 0.15 0.18 0.14 0.14 0.22 0.13 0.20 0.14 0.18 0.17 0.21 0.23 0.18 0.16 0.21 0.19 0.15 0.22 0.25 0.17
N9 0.17 0.18 0.14 0.14 0.19 0.14 0.18 0.15 0.17 0.17 0.19 0.20 0.19 0.13 0.23 0.22 0.13 0.23 0.29 0.18
O2' 0.30 0.22 0.43 0.51 0.21 0.46 0.23 0.50 0.26 0.25 0.23 0.23 0.23 0.47 0.62 0.34 0.46 0.64 0.58 0.49
O3' 0.25 0.27 0.26 0.33 0.26 0.29 0.24 0.33 0.24 0.24 0.28 0.28 0.29 0.28 0.52 0.34 0.28 0.46 0.49 0.37
O4' 0.38 0.20 0.36 0.42 0.17 0.52 0.21 0.54 0.27 0.28 0.16 0.16 0.22 0.45 0.52 0.50 0.44 0.45 0.42 0.45
O5' 0.65 0.63 0.61 0.63 0.64 0.70 0.63 0.71 0.63 0.63 0.64 0.65 0.63 0.65 0.70 0.70 0.66 0.69 0.66 0.66
OP1 0.92 1.12 0.82 0.78 1.19 0.82 1.08 0.82 0.99 1.00 1.22 1.28 1.14 0.80 0.83 0.89 0.81 0.82 0.83 0.80
OP2 1.09 1.34 1.05 0.97 1.41 0.91 1.30 0.89 1.21 1.21 1.43 1.49 1.35 0.96 0.94 1.01 0.96 0.93 1.03 0.96
P 0.84 0.96 0.81 0.80 1.01 0.81 0.94 0.82 0.90 0.89 1.03 1.07 0.97 0.80 0.86 0.84 0.81 0.83 0.83 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.12 0.11 0.15 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.03 0.22 0.21 0.36 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.07 0.13 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.14 0.07
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.12 0.06 0.09 0.10 0.12 0.02 0.01 0.01 0.06 0.14 0.15 0.09
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.27 0.31 0.57 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.12 0.12 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.15 0.04 0.28 0.30 0.58 0.34
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.12 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.14 0.04 0.26 0.22 0.45 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.21 0.17 0.32 0.21
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.04 0.25 0.27 0.48 0.29
N4 0.03 0.02 0.07 0.10 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.14 0.05 0.28 0.35 0.64 0.36
O2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.13 0.14 0.05 0.19 0.20 0.28 0.18
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.06 0.13 0.00 0.04 0.04 0.05 0.17 0.20 0.10
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.04 0.14 0.07 0.11 0.14 0.14 0.04 0.00 0.02 0.10 0.22 0.25 0.15
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.11 0.11 0.11 0.09
O5' 0.12 0.22 0.07 0.06 0.27 0.01 0.28 0.01 0.26 0.21 0.25 0.28 0.19 0.05 0.10 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.21 0.13 0.14 0.31 0.12 0.30 0.12 0.22 0.17 0.27 0.35 0.20 0.17 0.22 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.36 0.14 0.15 0.57 0.12 0.58 0.11 0.45 0.32 0.48 0.64 0.28 0.20 0.25 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.23 0.07 0.09 0.33 0.05 0.34 0.01 0.28 0.21 0.29 0.36 0.18 0.10 0.15 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00