ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52931

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 8, 3, 2, 2, 1, 1, 7, 4, 4, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.020, 0.049, 0.078, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.027, 0.059, 0.091, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.059 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.022, 0.058, 0.094, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.058 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.035, 0.218, 0.401, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.218 std_dev=0.183
C2' A 0, 0.063, 0.254, 0.446, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.254 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.045, 0.341, 0.637, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.341 std_dev=0.296
C3' A 0, 0.053, 0.399, 0.745, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.399 std_dev=0.346
C2 B 0, 0.209, 0.558, 0.908, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.558 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.160, 0.522, 0.884, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.522 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.153, 0.524, 0.896, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.524 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.123, 0.503, 0.884, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.503 std_dev=0.381
O2 B 0, 0.214, 0.595, 0.976, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.595 std_dev=0.381
O2' A 0, 0.001, 0.384, 0.767, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.384 std_dev=0.383
C5' A 0, 0.140, 0.558, 0.977, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.558 std_dev=0.418
N3 B 0, 0.248, 0.670, 1.091, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.670 std_dev=0.421
O2' B 0, 0.136, 0.563, 0.990, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.563 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.204, 0.639, 1.074, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.639 std_dev=0.435
C3' B 0, 0.187, 0.654, 1.120, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.654 std_dev=0.467
C6 B 0, 0.165, 0.645, 1.125, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.645 std_dev=0.480
C4 B 0, 0.261, 0.768, 1.275, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.768 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.211, 0.722, 1.232, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.722 std_dev=0.510
O3' B 0, 0.266, 0.800, 1.334, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.800 std_dev=0.534
C5 B 0, 0.220, 0.772, 1.324, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.772 std_dev=0.552
O3' A 0, 0.031, 0.606, 1.181, 2.617 max_d=2.617 avg_d=0.606 std_dev=0.575
N4 B 0, 0.315, 0.949, 1.584, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.949 std_dev=0.635
C5' B 0, 0.266, 0.950, 1.634, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.950 std_dev=0.684
O5' A 0, -0.064, 0.733, 1.530, 3.844 max_d=3.844 avg_d=0.733 std_dev=0.797
OP1 B 0, 0.175, 1.077, 1.980, 4.205 max_d=4.205 avg_d=1.077 std_dev=0.903
P A 0, -0.125, 0.930, 1.985, 5.102 max_d=5.102 avg_d=0.930 std_dev=1.055
O5' B 0, 0.317, 1.407, 2.498, 4.298 max_d=4.298 avg_d=1.407 std_dev=1.090
OP2 A 0, 0.024, 1.314, 2.605, 5.231 max_d=5.231 avg_d=1.314 std_dev=1.290
OP1 A 0, 0.085, 1.381, 2.678, 5.288 max_d=5.288 avg_d=1.381 std_dev=1.296
P B 0, 0.291, 1.654, 3.017, 5.537 max_d=5.537 avg_d=1.654 std_dev=1.363
OP2 B 0, 0.417, 2.725, 5.032, 8.240 max_d=8.240 avg_d=2.725 std_dev=2.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.16 0.36 0.28 0.18
C2 0.03 0.00 0.19 0.22 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.24 0.03 0.36 0.77 0.73 0.47
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.08 0.10 0.08 0.15 0.20 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.15 0.28 0.24 0.15
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.18 0.20 0.21 0.21 0.20 0.20 0.11 0.02 0.01 0.01 0.24 0.26 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.10 0.02 0.34 0.72 0.66 0.43
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.05 0.15 0.02 0.00 0.01 0.20 0.20 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.09 0.02 0.41 0.88 0.83 0.53
C5' 0.03 0.13 0.08 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.17 0.12 0.12 0.14 0.17 0.07 0.07 0.10 0.02 0.01 0.32 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.12 0.03 0.42 0.94 0.91 0.57
C8 0.01 0.02 0.08 0.20 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.12 0.17 0.03 0.43 0.76 0.66 0.46
N1 0.02 0.00 0.15 0.21 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.18 0.02 0.40 0.88 0.86 0.54
N3 0.03 0.00 0.20 0.21 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.23 0.04 0.32 0.67 0.61 0.41
N6 0.03 0.01 0.08 0.20 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.20 0.13 0.04 0.46 1.02 1.02 0.63
N7 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.11 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.15 0.03 0.46 0.92 0.85 0.56
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.31 0.60 0.52 0.35
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.15 0.15 0.17 0.07 0.19 0.12 0.20 0.18 0.20 0.16 0.10 0.00 0.05 0.11 0.19 0.20 0.29 0.16
O3' 0.14 0.24 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.10 0.12 0.17 0.18 0.23 0.13 0.15 0.07 0.05 0.00 0.09 0.28 0.37 0.36 0.30
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.11 0.09 0.00 0.14 0.30 0.20 0.17
O5' 0.16 0.36 0.15 0.24 0.34 0.01 0.41 0.01 0.42 0.43 0.40 0.32 0.46 0.46 0.31 0.19 0.28 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.77 0.28 0.26 0.72 0.20 0.88 0.32 0.94 0.76 0.88 0.67 1.02 0.92 0.60 0.20 0.37 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.73 0.24 0.27 0.66 0.20 0.83 0.36 0.91 0.66 0.86 0.61 1.02 0.85 0.52 0.29 0.36 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.47 0.15 0.22 0.43 0.03 0.53 0.02 0.57 0.46 0.54 0.41 0.63 0.56 0.35 0.16 0.30 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.14 0.16 0.23 0.18 0.22 0.24 0.26 0.24 0.18 0.14 0.20 0.20 0.16 0.34 0.26 0.18 0.21 0.20 0.23
C2 0.24 0.21 0.22 0.27 0.24 0.25 0.28 0.28 0.27 0.23 0.22 0.25 0.23 0.17 0.37 0.28 0.18 0.18 0.20 0.23
C2' 0.24 0.20 0.21 0.24 0.24 0.17 0.29 0.20 0.28 0.23 0.21 0.25 0.22 0.19 0.36 0.26 0.20 0.28 0.37 0.34
C3' 0.25 0.24 0.24 0.25 0.29 0.20 0.31 0.21 0.30 0.26 0.26 0.30 0.24 0.22 0.34 0.26 0.22 0.30 0.43 0.36
C4 0.21 0.16 0.16 0.21 0.20 0.21 0.25 0.23 0.24 0.19 0.16 0.21 0.19 0.14 0.31 0.26 0.16 0.18 0.17 0.19
C4' 0.21 0.16 0.15 0.20 0.19 0.18 0.24 0.20 0.23 0.19 0.16 0.21 0.19 0.14 0.30 0.24 0.15 0.22 0.26 0.26
C5 0.21 0.15 0.13 0.17 0.21 0.18 0.25 0.19 0.24 0.19 0.17 0.23 0.18 0.13 0.26 0.26 0.18 0.20 0.22 0.19
C5' 0.19 0.17 0.13 0.18 0.19 0.14 0.21 0.16 0.20 0.17 0.17 0.20 0.20 0.12 0.29 0.24 0.13 0.23 0.25 0.25
C6 0.20 0.16 0.14 0.16 0.22 0.18 0.24 0.19 0.23 0.19 0.18 0.23 0.17 0.15 0.24 0.27 0.20 0.21 0.26 0.21
C8 0.21 0.16 0.13 0.17 0.22 0.18 0.26 0.19 0.25 0.20 0.18 0.25 0.19 0.13 0.26 0.26 0.18 0.20 0.22 0.19
N1 0.22 0.20 0.19 0.21 0.23 0.20 0.25 0.22 0.25 0.21 0.22 0.24 0.22 0.13 0.30 0.27 0.17 0.19 0.18 0.19
N3 0.23 0.18 0.20 0.27 0.22 0.25 0.27 0.29 0.26 0.21 0.19 0.23 0.21 0.18 0.36 0.28 0.19 0.19 0.21 0.24
N6 0.22 0.16 0.16 0.16 0.23 0.21 0.25 0.22 0.23 0.19 0.20 0.26 0.13 0.22 0.22 0.30 0.28 0.27 0.40 0.31
N7 0.21 0.17 0.12 0.15 0.24 0.18 0.27 0.19 0.25 0.20 0.19 0.26 0.19 0.13 0.24 0.27 0.21 0.22 0.28 0.22
N9 0.21 0.15 0.15 0.20 0.20 0.20 0.25 0.22 0.24 0.19 0.15 0.21 0.19 0.14 0.31 0.26 0.16 0.19 0.17 0.19
O2' 0.36 0.28 0.20 0.20 0.27 0.31 0.33 0.34 0.34 0.32 0.25 0.26 0.31 0.24 0.26 0.43 0.28 0.40 0.37 0.41
O3' 0.34 0.29 0.24 0.23 0.31 0.28 0.34 0.30 0.35 0.32 0.29 0.31 0.30 0.26 0.25 0.37 0.24 0.38 0.49 0.40
O4' 0.23 0.17 0.17 0.23 0.19 0.23 0.24 0.26 0.23 0.19 0.15 0.20 0.22 0.18 0.33 0.27 0.18 0.22 0.18 0.21
O5' 0.29 0.31 0.32 0.34 0.34 0.28 0.34 0.28 0.33 0.31 0.33 0.35 0.31 0.31 0.43 0.29 0.33 0.37 0.42 0.41
OP1 0.91 0.91 0.93 0.92 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.90 0.90 0.89 0.93 0.91 0.93 0.90 0.92 0.94 1.15 1.06
OP2 0.98 1.05 0.80 0.76 1.09 0.84 1.08 0.85 1.04 1.03 1.08 1.11 1.04 0.78 0.67 0.99 0.91 0.92 0.86 0.90
P 0.49 0.52 0.45 0.44 0.55 0.43 0.54 0.42 0.52 0.50 0.54 0.58 0.51 0.44 0.48 0.50 0.47 0.52 0.61 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.33 0.39 0.40 0.28
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.07 0.61 0.57 0.95 0.67
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.19 0.01 0.02 0.01 0.25 0.26 0.42 0.22
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.06 0.10 0.10 0.16 0.01 0.01 0.02 0.32 0.28 0.49 0.25
C4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.04 0.80 0.72 1.52 0.98
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.07 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.21 0.31 0.10
C5 0.02 0.02 0.08 0.11 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.06 0.82 0.71 1.56 0.99
C5' 0.04 0.13 0.01 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.19 0.12 0.16 0.21 0.12 0.05 0.06 0.02 0.01 0.34 0.41 0.01
C6 0.02 0.02 0.10 0.12 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.14 0.08 0.72 0.62 1.22 0.79
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.58 0.54 0.87 0.60
N3 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.13 0.06 0.72 0.66 1.26 0.85
N4 0.03 0.02 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.04 0.85 0.77 1.71 1.09
O2 0.04 0.01 0.19 0.16 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.21 0.11 0.51 0.50 0.72 0.53
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.08 0.02 0.08 0.04 0.18 0.00 0.05 0.05 0.07 0.16 0.21 0.19
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.06 0.14 0.06 0.13 0.12 0.21 0.05 0.00 0.02 0.37 0.33 0.35 0.26
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.11 0.05 0.02 0.00 0.32 0.43 0.26 0.17
O5' 0.33 0.61 0.25 0.32 0.80 0.01 0.82 0.01 0.72 0.58 0.72 0.85 0.51 0.07 0.37 0.32 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.39 0.57 0.26 0.28 0.72 0.21 0.71 0.34 0.62 0.54 0.66 0.77 0.50 0.16 0.33 0.43 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.95 0.42 0.49 1.52 0.31 1.56 0.41 1.22 0.87 1.26 1.71 0.72 0.21 0.35 0.26 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.67 0.22 0.25 0.98 0.10 0.99 0.01 0.79 0.60 0.85 1.09 0.53 0.19 0.26 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00