ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52932

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 12, 12, 3, 3, 0, 5, 0, 2, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.002, 0.017, 0.036, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.017 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.032, 0.064, 0.096, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.064 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.021, 0.055, 0.090, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.055 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.029, 0.065, 0.101, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.065 std_dev=0.036
C1' B 0, 0.181, 0.457, 0.734, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.457 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.158, 0.440, 0.723, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.440 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.176, 0.463, 0.750, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.463 std_dev=0.287
O2 B 0, 0.138, 0.427, 0.715, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.427 std_dev=0.289
N1 B 0, 0.165, 0.460, 0.755, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.460 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.138, 0.440, 0.742, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.440 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.208, 0.530, 0.853, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.530 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.174, 0.522, 0.869, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.522 std_dev=0.348
N3 B 0, 0.131, 0.486, 0.841, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.486 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.237, 0.595, 0.952, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.595 std_dev=0.358
C3' B 0, 0.206, 0.573, 0.939, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.573 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.157, 0.551, 0.944, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.551 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.135, 0.531, 0.927, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.531 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.288, 0.710, 1.132, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.710 std_dev=0.422
O5' B 0, 0.298, 0.724, 1.149, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.724 std_dev=0.425
O3' B 0, 0.219, 0.655, 1.091, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.655 std_dev=0.436
N4 B 0, 0.135, 0.601, 1.067, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.601 std_dev=0.466
C2' A 0, -0.231, 0.333, 0.898, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.333 std_dev=0.564
O4' A 0, -0.255, 0.320, 0.895, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.320 std_dev=0.575
P B 0, 0.204, 0.844, 1.484, 2.411 max_d=2.411 avg_d=0.844 std_dev=0.640
O2' A 0, -0.252, 0.435, 1.122, 3.180 max_d=3.180 avg_d=0.435 std_dev=0.687
C3' A 0, -0.340, 0.499, 1.338, 3.044 max_d=3.044 avg_d=0.499 std_dev=0.839
C4' A 0, -0.342, 0.508, 1.359, 3.045 max_d=3.045 avg_d=0.508 std_dev=0.850
OP2 B 0, -0.074, 0.974, 2.022, 3.928 max_d=3.928 avg_d=0.974 std_dev=1.048
O3' A 0, -0.431, 0.664, 1.758, 4.210 max_d=4.210 avg_d=0.664 std_dev=1.094
OP1 B 0, 0.011, 1.157, 2.303, 4.090 max_d=4.090 avg_d=1.157 std_dev=1.146
O5' A 0, -0.397, 0.904, 2.204, 5.796 max_d=5.796 avg_d=0.904 std_dev=1.300
C5' A 0, -0.528, 0.879, 2.286, 4.966 max_d=4.966 avg_d=0.879 std_dev=1.407
OP2 A 0, -0.231, 1.322, 2.876, 7.070 max_d=7.070 avg_d=1.322 std_dev=1.554
P A 0, -0.612, 1.101, 2.813, 7.784 max_d=7.784 avg_d=1.101 std_dev=1.712
OP1 A 0, -0.634, 1.639, 3.912, 9.483 max_d=9.483 avg_d=1.639 std_dev=2.273

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.18 0.68 0.23 0.22
C2 0.05 0.00 0.36 0.34 0.01 0.09 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.38 0.24 0.29 1.03 0.47 0.30
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.18 0.02 0.09 0.08 0.16 0.18 0.27 0.36 0.11 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.35 0.54 0.56 0.33
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.23 0.01 0.22 0.04 0.26 0.20 0.31 0.31 0.26 0.20 0.13 0.02 0.01 0.02 0.31 0.46 0.62 0.29
C4 0.02 0.01 0.18 0.23 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.21 0.12 0.25 1.07 0.47 0.36
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.09 0.19 0.08 0.10 0.13 0.18 0.08 0.15 0.03 0.00 0.02 0.28 0.27 0.06
C5 0.01 0.02 0.09 0.22 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.18 0.05 0.31 1.30 0.65 0.51
C5' 0.04 0.16 0.08 0.04 0.14 0.01 0.21 0.00 0.21 0.27 0.18 0.14 0.25 0.29 0.13 0.07 0.12 0.02 0.01 0.26 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.26 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.25 0.11 0.31 1.31 0.68 0.49
C8 0.02 0.02 0.18 0.20 0.01 0.19 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.28 0.19 0.15 0.41 1.32 0.67 0.63
N1 0.04 0.01 0.27 0.31 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.33 0.19 0.29 1.18 0.58 0.38
N3 0.05 0.01 0.36 0.31 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.34 0.24 0.27 0.94 0.40 0.26
N6 0.02 0.01 0.11 0.26 0.02 0.13 0.02 0.25 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.17 0.24 0.08 0.36 1.43 0.81 0.59
N7 0.01 0.02 0.11 0.20 0.01 0.18 0.01 0.29 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.26 0.18 0.09 0.41 1.47 0.79 0.68
N9 0.00 0.02 0.02 0.13 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.26 1.01 0.44 0.39
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.12 0.15 0.15 0.07 0.15 0.28 0.19 0.26 0.17 0.26 0.11 0.00 0.05 0.12 0.19 0.34 0.52 0.23
O3' 0.11 0.38 0.03 0.01 0.21 0.03 0.18 0.12 0.25 0.19 0.33 0.34 0.24 0.18 0.09 0.05 0.00 0.07 0.28 0.36 0.84 0.36
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.11 0.15 0.19 0.24 0.08 0.09 0.01 0.12 0.07 0.00 0.18 0.59 0.23 0.25
O5' 0.18 0.29 0.35 0.31 0.25 0.02 0.31 0.01 0.31 0.41 0.29 0.27 0.36 0.41 0.26 0.19 0.28 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.68 1.03 0.54 0.46 1.07 0.28 1.30 0.26 1.31 1.32 1.18 0.94 1.43 1.47 1.01 0.34 0.36 0.59 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.47 0.56 0.62 0.47 0.27 0.65 0.27 0.68 0.67 0.58 0.40 0.81 0.79 0.44 0.52 0.84 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.30 0.33 0.29 0.36 0.06 0.51 0.02 0.49 0.63 0.38 0.26 0.59 0.68 0.39 0.23 0.36 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.11 0.15 0.19 0.14 0.13 0.23 0.27 0.14
C2 0.14 0.18 0.15 0.13 0.18 0.11 0.16 0.11 0.16 0.16 0.19 0.19 0.19 0.13 0.14 0.14 0.13 0.25 0.33 0.13
C2' 0.38 0.24 0.39 0.41 0.26 0.44 0.33 0.46 0.37 0.33 0.21 0.23 0.20 0.40 0.42 0.44 0.43 0.48 0.63 0.44
C3' 0.52 0.38 0.43 0.45 0.42 0.55 0.50 0.59 0.53 0.48 0.36 0.40 0.32 0.42 0.40 0.60 0.56 0.60 0.72 0.55
C4 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.14 0.11 0.19 0.26 0.12
C4' 0.23 0.19 0.14 0.14 0.23 0.22 0.26 0.25 0.27 0.23 0.21 0.24 0.17 0.14 0.18 0.30 0.22 0.26 0.36 0.20
C5 0.14 0.11 0.11 0.10 0.13 0.14 0.14 0.15 0.14 0.13 0.12 0.13 0.10 0.10 0.11 0.18 0.13 0.17 0.24 0.14
C5' 0.36 0.33 0.22 0.22 0.38 0.35 0.42 0.40 0.42 0.37 0.35 0.40 0.30 0.21 0.23 0.46 0.36 0.37 0.45 0.34
C6 0.15 0.11 0.12 0.12 0.13 0.16 0.13 0.16 0.14 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.12 0.18 0.14 0.17 0.24 0.14
C8 0.15 0.11 0.11 0.10 0.14 0.14 0.15 0.15 0.16 0.14 0.12 0.14 0.11 0.10 0.13 0.18 0.13 0.17 0.24 0.15
N1 0.12 0.16 0.11 0.10 0.16 0.12 0.14 0.12 0.13 0.13 0.17 0.17 0.17 0.10 0.10 0.14 0.12 0.20 0.28 0.13
N3 0.13 0.15 0.15 0.14 0.16 0.11 0.15 0.10 0.14 0.14 0.16 0.16 0.16 0.14 0.17 0.13 0.13 0.25 0.32 0.13
N6 0.23 0.13 0.18 0.19 0.13 0.23 0.16 0.23 0.18 0.18 0.11 0.13 0.12 0.20 0.17 0.25 0.20 0.21 0.26 0.19
N7 0.17 0.12 0.12 0.11 0.14 0.16 0.16 0.18 0.17 0.15 0.12 0.14 0.11 0.11 0.11 0.21 0.15 0.18 0.25 0.17
N9 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.15 0.15 0.12 0.18 0.25 0.13
O2' 0.26 0.20 0.29 0.32 0.23 0.31 0.25 0.31 0.26 0.24 0.22 0.24 0.19 0.31 0.36 0.29 0.29 0.41 0.51 0.30
O3' 0.56 0.39 0.48 0.52 0.44 0.63 0.54 0.69 0.58 0.51 0.37 0.42 0.32 0.47 0.48 0.66 0.65 0.73 0.81 0.64
O4' 0.11 0.12 0.20 0.24 0.12 0.17 0.11 0.18 0.11 0.11 0.13 0.13 0.14 0.24 0.34 0.13 0.16 0.27 0.18 0.17
O5' 0.35 0.35 0.31 0.31 0.40 0.28 0.43 0.28 0.42 0.37 0.37 0.42 0.32 0.31 0.37 0.37 0.33 0.36 0.40 0.33
OP1 1.54 1.56 1.30 1.28 1.66 1.42 1.69 1.47 1.66 1.60 1.59 1.67 1.48 1.19 1.10 1.60 1.49 1.50 1.42 1.43
OP2 0.74 0.82 0.65 0.61 0.92 0.62 0.91 0.62 0.87 0.82 0.88 0.95 0.77 0.59 0.57 0.73 0.70 0.65 0.87 0.74
P 0.64 0.66 0.44 0.41 0.76 0.52 0.78 0.56 0.75 0.69 0.70 0.78 0.59 0.38 0.32 0.69 0.58 0.58 0.66 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.11 0.24 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.13 0.18 0.52 0.18
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.01 0.03 0.23 0.23 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.04 0.07 0.06 0.11 0.02 0.01 0.01 0.05 0.29 0.35 0.11
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.16 0.23 0.80 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.15 0.26 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.16 0.25 0.81 0.19
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.09 0.11 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.12 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.03 0.14 0.19 0.63 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.14 0.45 0.15
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.21 0.67 0.20
N4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04 0.17 0.25 0.90 0.22
O2 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.13 0.03 0.13 0.21 0.42 0.18
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.03 0.23 0.31 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.09 0.04 0.08 0.08 0.13 0.03 0.00 0.02 0.09 0.43 0.66 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.07 0.10 0.19 0.15
O5' 0.07 0.13 0.03 0.05 0.16 0.01 0.16 0.01 0.14 0.11 0.16 0.17 0.13 0.03 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.18 0.23 0.29 0.23 0.15 0.25 0.12 0.19 0.14 0.21 0.25 0.21 0.23 0.43 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.52 0.23 0.35 0.80 0.26 0.81 0.31 0.63 0.45 0.67 0.90 0.42 0.31 0.66 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.09 0.11 0.20 0.03 0.19 0.01 0.17 0.15 0.20 0.22 0.18 0.06 0.20 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00