ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 2, 2, 6, 7, 7, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.019, 0.036, 0.052, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N1 B 0, 0.334, 0.577, 0.820, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.577 std_dev=0.243
C5 B 0, 0.336, 0.611, 0.885, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.611 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.383, 0.673, 0.963, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.673 std_dev=0.290
C2 B 0, 0.479, 0.774, 1.069, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.774 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.409, 0.713, 1.017, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.713 std_dev=0.304
O2 B 0, 0.610, 0.935, 1.259, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.935 std_dev=0.324
O4' A 0, 0.230, 0.560, 0.890, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.560 std_dev=0.330
C2' A 0, 0.307, 0.644, 0.981, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.644 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.652, 1.025, 1.399, 1.598 max_d=1.598 avg_d=1.025 std_dev=0.374
O2' A 0, 0.423, 0.805, 1.186, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.805 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.462, 0.848, 1.234, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.848 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.719, 1.112, 1.506, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.112 std_dev=0.394
O2' B 0, 0.637, 1.045, 1.453, 1.875 max_d=1.875 avg_d=1.045 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.606, 1.027, 1.449, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.027 std_dev=0.422
C4' A 0, 0.401, 0.846, 1.291, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.846 std_dev=0.445
N4 B 0, 0.684, 1.159, 1.634, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.159 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.940, 1.441, 1.942, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.441 std_dev=0.501
C3' A 0, 0.482, 0.990, 1.498, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.990 std_dev=0.508
C4' B 0, 0.985, 1.498, 2.011, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.498 std_dev=0.513
O5' B 0, 1.316, 1.907, 2.497, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.907 std_dev=0.591
C5' B 0, 1.330, 1.958, 2.587, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.958 std_dev=0.628
O3' B 0, 1.192, 1.824, 2.455, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.824 std_dev=0.632
O3' A 0, 0.792, 1.494, 2.195, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.494 std_dev=0.702
C5' A 0, 0.676, 1.465, 2.254, 4.661 max_d=4.661 avg_d=1.465 std_dev=0.789
OP2 B 0, 2.055, 2.909, 3.763, 5.108 max_d=5.108 avg_d=2.909 std_dev=0.854
P B 0, 1.846, 2.827, 3.809, 4.073 max_d=4.073 avg_d=2.827 std_dev=0.982
O5' A 0, 0.557, 1.599, 2.641, 6.716 max_d=6.716 avg_d=1.599 std_dev=1.042
OP1 B 0, 2.345, 3.736, 5.126, 5.431 max_d=5.431 avg_d=3.736 std_dev=1.390
P A 0, 1.138, 2.689, 4.240, 9.487 max_d=9.487 avg_d=2.689 std_dev=1.551
OP1 A 0, 0.148, 1.776, 3.404, 10.135 max_d=10.135 avg_d=1.776 std_dev=1.628
OP2 A 0, 2.328, 4.108, 5.888, 10.222 max_d=10.222 avg_d=4.108 std_dev=1.780

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.34 0.27 0.14
C2 0.02 0.00 0.22 0.23 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.30 0.14 0.21 0.41 0.55 0.23
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.11 0.17 0.22 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.25 0.46 0.18
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.13 0.00 0.11 0.02 0.15 0.15 0.20 0.21 0.14 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.27 0.21 0.56 0.24
C4 0.01 0.01 0.11 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.07 0.25 0.39 0.58 0.30
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.13 0.08 0.10 0.07 0.11 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.29 0.33 0.13
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.02 0.39 0.52 0.85 0.50
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.12 0.22 0.11 0.11 0.15 0.22 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.13 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.05 0.36 0.51 0.88 0.49
C8 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.16 0.10 0.53 0.62 0.86 0.62
N1 0.02 0.00 0.17 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.25 0.10 0.27 0.43 0.72 0.34
N3 0.02 0.00 0.22 0.21 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.27 0.14 0.18 0.40 0.46 0.18
N6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.03 0.43 0.61 1.06 0.61
N7 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.06 0.54 0.69 1.06 0.70
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.30 0.39 0.53 0.33
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.09 0.12 0.16 0.05 0.07 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.39 0.44 0.18
O3' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.15 0.02 0.13 0.03 0.18 0.16 0.25 0.27 0.17 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.24 0.29 0.71 0.25
O4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.10 0.14 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.39 0.17 0.18
O5' 0.12 0.21 0.20 0.27 0.25 0.01 0.39 0.01 0.36 0.53 0.27 0.18 0.43 0.54 0.30 0.07 0.24 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.34 0.41 0.25 0.21 0.39 0.29 0.52 0.13 0.51 0.62 0.43 0.40 0.61 0.69 0.39 0.39 0.29 0.39 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.55 0.46 0.56 0.58 0.33 0.85 0.27 0.88 0.86 0.72 0.46 1.06 1.06 0.53 0.44 0.71 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.23 0.18 0.24 0.30 0.13 0.50 0.01 0.49 0.62 0.34 0.18 0.61 0.70 0.33 0.18 0.25 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.17 0.19 0.16 0.22 0.17 0.24 0.18 0.17 0.15 0.15 0.16 0.18 0.24 0.26 0.24 0.30 0.50 0.34
C2 0.21 0.19 0.22 0.22 0.19 0.23 0.19 0.24 0.20 0.19 0.20 0.19 0.20 0.22 0.26 0.27 0.25 0.30 0.53 0.30
C2' 0.29 0.17 0.29 0.34 0.16 0.40 0.21 0.44 0.25 0.23 0.15 0.15 0.16 0.31 0.37 0.38 0.42 0.57 0.75 0.59
C3' 0.34 0.18 0.29 0.35 0.17 0.48 0.23 0.55 0.29 0.26 0.18 0.18 0.19 0.30 0.36 0.48 0.52 0.72 0.81 0.72
C4 0.20 0.16 0.17 0.18 0.16 0.21 0.17 0.23 0.18 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.21 0.25 0.23 0.28 0.45 0.31
C4' 0.23 0.14 0.17 0.19 0.14 0.30 0.18 0.36 0.21 0.19 0.14 0.14 0.15 0.18 0.23 0.35 0.33 0.45 0.60 0.50
C5 0.19 0.15 0.15 0.16 0.15 0.20 0.16 0.23 0.18 0.17 0.15 0.15 0.16 0.17 0.20 0.26 0.22 0.27 0.37 0.32
C5' 0.23 0.15 0.15 0.16 0.15 0.30 0.19 0.37 0.22 0.18 0.16 0.17 0.17 0.16 0.23 0.38 0.34 0.49 0.59 0.54
C6 0.19 0.15 0.15 0.16 0.16 0.20 0.17 0.22 0.17 0.17 0.15 0.16 0.15 0.17 0.18 0.25 0.22 0.26 0.35 0.29
C8 0.19 0.16 0.16 0.16 0.15 0.21 0.16 0.24 0.18 0.17 0.15 0.15 0.18 0.18 0.23 0.27 0.23 0.30 0.39 0.36
N1 0.20 0.18 0.20 0.20 0.18 0.22 0.18 0.23 0.19 0.18 0.19 0.19 0.19 0.20 0.22 0.26 0.23 0.27 0.43 0.27
N3 0.20 0.17 0.20 0.21 0.18 0.23 0.18 0.24 0.19 0.18 0.18 0.18 0.18 0.20 0.24 0.26 0.25 0.30 0.54 0.31
N6 0.19 0.15 0.15 0.15 0.15 0.20 0.16 0.22 0.17 0.16 0.15 0.15 0.16 0.19 0.19 0.25 0.22 0.26 0.30 0.31
N7 0.19 0.16 0.16 0.16 0.15 0.20 0.16 0.24 0.18 0.17 0.15 0.15 0.19 0.18 0.23 0.28 0.23 0.30 0.36 0.36
N9 0.19 0.15 0.16 0.17 0.15 0.21 0.17 0.23 0.18 0.17 0.15 0.15 0.16 0.17 0.22 0.26 0.23 0.29 0.45 0.34
O2' 0.27 0.18 0.30 0.34 0.18 0.36 0.21 0.39 0.24 0.22 0.17 0.17 0.17 0.31 0.39 0.34 0.39 0.51 0.75 0.53
O3' 0.41 0.21 0.39 0.48 0.21 0.62 0.28 0.71 0.35 0.31 0.22 0.22 0.21 0.42 0.51 0.57 0.66 0.93 0.98 0.89
O4' 0.20 0.17 0.20 0.21 0.16 0.22 0.17 0.25 0.18 0.18 0.16 0.16 0.17 0.23 0.31 0.27 0.23 0.27 0.44 0.31
O5' 0.32 0.34 0.29 0.24 0.36 0.31 0.35 0.36 0.35 0.33 0.37 0.38 0.36 0.27 0.28 0.40 0.34 0.52 0.51 0.57
OP1 0.63 0.62 0.43 0.43 0.68 0.63 0.69 0.70 0.69 0.64 0.66 0.71 0.61 0.39 0.38 0.76 0.67 0.84 0.88 0.90
OP2 0.92 1.16 0.91 0.84 1.21 0.82 1.10 0.84 1.02 1.02 1.27 1.30 1.21 0.83 0.79 0.91 0.89 1.02 0.90 1.00
P 0.54 0.58 0.42 0.36 0.63 0.50 0.62 0.56 0.61 0.56 0.64 0.66 0.60 0.37 0.31 0.64 0.56 0.76 0.73 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.18 0.19
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.03 0.17 0.15 0.37 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.05 0.13 0.00 0.01 0.01 0.11 0.21 0.22 0.12
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.09 0.08 0.14 0.02 0.01 0.01 0.16 0.35 0.31 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.25 0.24 0.65 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.24 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.26 0.25 0.67 0.39
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.23 0.20 0.50 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.16 0.15 0.33 0.25
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.21 0.20 0.52 0.32
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.27 0.27 0.75 0.41
O2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.17 0.05 0.12 0.12 0.27 0.21
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.04 0.04 0.03 0.13 0.32 0.12
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.11 0.04 0.12 0.11 0.17 0.04 0.00 0.01 0.14 0.49 0.49 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.06 0.20 0.24 0.25
O5' 0.07 0.17 0.11 0.16 0.25 0.01 0.26 0.01 0.23 0.16 0.21 0.27 0.12 0.03 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.15 0.21 0.35 0.24 0.11 0.25 0.16 0.20 0.15 0.20 0.27 0.12 0.13 0.49 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.37 0.22 0.31 0.65 0.24 0.67 0.18 0.50 0.33 0.52 0.75 0.27 0.32 0.49 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.26 0.12 0.18 0.37 0.08 0.39 0.01 0.32 0.25 0.32 0.41 0.21 0.12 0.24 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00