ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 5, 6, 3, 1, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.028, 0.054, 0.081, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.054 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.028, 0.063, 0.098, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.063 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.349, 0.566, 0.782, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.566 std_dev=0.217
C2' A 0, 0.374, 0.609, 0.845, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.609 std_dev=0.236
O2' A 0, 0.445, 0.727, 1.009, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.727 std_dev=0.282
C4' A 0, 0.505, 0.813, 1.121, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.813 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.710, 1.067, 1.424, 1.584 max_d=1.584 avg_d=1.067 std_dev=0.357
C3' A 0, 0.595, 0.953, 1.312, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.953 std_dev=0.359
C5 B 0, 0.673, 1.032, 1.392, 1.508 max_d=1.508 avg_d=1.032 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.630, 0.998, 1.366, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.998 std_dev=0.368
N1 B 0, 0.597, 0.978, 1.358, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.978 std_dev=0.380
N3 B 0, 0.646, 1.029, 1.413, 1.646 max_d=1.646 avg_d=1.029 std_dev=0.384
N4 B 0, 0.815, 1.210, 1.606, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.210 std_dev=0.396
C2 B 0, 0.571, 0.967, 1.364, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.967 std_dev=0.396
O2 B 0, 0.524, 0.988, 1.452, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.988 std_dev=0.464
C1' B 0, 0.583, 1.060, 1.537, 1.897 max_d=1.897 avg_d=1.060 std_dev=0.477
C2' B 0, 0.509, 1.027, 1.545, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.027 std_dev=0.518
O3' A 0, 0.834, 1.384, 1.933, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.384 std_dev=0.550
C5' A 0, 0.917, 1.493, 2.070, 2.190 max_d=2.190 avg_d=1.493 std_dev=0.577
O4' B 0, 0.504, 1.082, 1.661, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.082 std_dev=0.579
O2' B 0, 0.560, 1.168, 1.777, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.168 std_dev=0.609
C3' B 0, 0.315, 0.950, 1.585, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.950 std_dev=0.635
O5' A 0, 1.091, 1.751, 2.411, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.751 std_dev=0.660
C4' B 0, 0.375, 1.053, 1.732, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.053 std_dev=0.678
O3' B 0, 0.261, 1.000, 1.738, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.000 std_dev=0.739
C5' B 0, 0.338, 1.077, 1.817, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.077 std_dev=0.739
OP2 A 0, 1.273, 2.036, 2.799, 3.100 max_d=3.100 avg_d=2.036 std_dev=0.763
P A 0, 1.431, 2.309, 3.187, 3.349 max_d=3.349 avg_d=2.309 std_dev=0.878
O5' B 0, 0.472, 1.473, 2.474, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.473 std_dev=1.001
P B 0, 1.283, 2.319, 3.355, 4.199 max_d=4.199 avg_d=2.319 std_dev=1.036
OP1 A 0, 1.728, 2.989, 4.251, 4.428 max_d=4.428 avg_d=2.989 std_dev=1.262
OP2 B 0, 2.004, 3.306, 4.609, 5.013 max_d=5.013 avg_d=3.306 std_dev=1.303
OP1 B 0, 0.697, 2.187, 3.678, 4.804 max_d=4.804 avg_d=2.187 std_dev=1.491

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.17 0.21 0.28 0.07
C2 0.02 0.00 0.16 0.19 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.10 0.34 0.75 0.66 0.30
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.13 0.16 0.08 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.18 0.38 0.09
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.16 0.11 0.18 0.17 0.16 0.12 0.08 0.02 0.01 0.01 0.05 0.30 0.34 0.13
C4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.13 0.05 0.36 0.68 0.59 0.28
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.29 0.29 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.05 0.44 0.90 0.76 0.37
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.10 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.39 0.43 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.07 0.44 1.00 0.85 0.40
C8 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.05 0.44 0.72 0.59 0.31
N1 0.02 0.01 0.13 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.09 0.40 0.92 0.78 0.37
N3 0.02 0.01 0.16 0.17 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.18 0.09 0.30 0.61 0.55 0.25
N6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.18 0.06 0.49 1.14 0.96 0.46
N7 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.04 0.48 0.95 0.80 0.40
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.33 0.53 0.46 0.21
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.27 0.31 0.10
O3' 0.03 0.21 0.02 0.01 0.13 0.04 0.14 0.04 0.17 0.13 0.20 0.18 0.18 0.14 0.06 0.05 0.00 0.04 0.16 0.59 0.33 0.21
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.15 0.16 0.17 0.08
O5' 0.17 0.34 0.08 0.05 0.36 0.01 0.44 0.01 0.44 0.44 0.40 0.30 0.49 0.48 0.33 0.04 0.16 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.75 0.18 0.30 0.68 0.29 0.90 0.39 1.00 0.72 0.92 0.61 1.14 0.95 0.53 0.27 0.59 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.66 0.38 0.34 0.59 0.29 0.76 0.43 0.85 0.59 0.78 0.55 0.96 0.80 0.46 0.31 0.33 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.30 0.09 0.13 0.28 0.06 0.37 0.01 0.40 0.31 0.37 0.25 0.46 0.40 0.21 0.10 0.21 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.28 0.19 0.21 0.30 0.26 0.27 0.27 0.24 0.22 0.32 0.34 0.32 0.22 0.29 0.21 0.24 0.39 0.25 0.25
C2 0.22 0.34 0.22 0.20 0.34 0.24 0.29 0.26 0.26 0.26 0.37 0.37 0.42 0.20 0.24 0.21 0.23 0.35 0.24 0.22
C2' 0.30 0.31 0.27 0.25 0.33 0.31 0.33 0.32 0.32 0.30 0.34 0.35 0.34 0.28 0.24 0.31 0.35 0.42 0.43 0.43
C3' 0.34 0.30 0.28 0.25 0.30 0.36 0.30 0.36 0.32 0.30 0.31 0.31 0.32 0.32 0.24 0.38 0.42 0.45 0.48 0.48
C4 0.21 0.28 0.18 0.19 0.30 0.25 0.26 0.26 0.24 0.22 0.33 0.34 0.33 0.22 0.26 0.22 0.25 0.34 0.24 0.20
C4' 0.22 0.26 0.18 0.20 0.29 0.24 0.26 0.25 0.24 0.22 0.30 0.33 0.29 0.21 0.27 0.24 0.29 0.41 0.29 0.31
C5 0.22 0.25 0.20 0.20 0.29 0.27 0.25 0.25 0.22 0.21 0.31 0.33 0.28 0.26 0.26 0.24 0.29 0.33 0.28 0.16
C5' 0.25 0.25 0.17 0.19 0.28 0.25 0.25 0.25 0.23 0.22 0.29 0.33 0.27 0.23 0.27 0.27 0.32 0.42 0.27 0.30
C6 0.22 0.26 0.21 0.22 0.30 0.28 0.25 0.26 0.22 0.21 0.32 0.34 0.30 0.29 0.27 0.25 0.30 0.32 0.31 0.14
C8 0.22 0.24 0.19 0.20 0.28 0.26 0.25 0.25 0.22 0.21 0.29 0.32 0.25 0.25 0.28 0.24 0.28 0.33 0.26 0.18
N1 0.20 0.33 0.22 0.21 0.33 0.26 0.28 0.25 0.24 0.24 0.36 0.36 0.40 0.24 0.26 0.22 0.26 0.32 0.27 0.15
N3 0.22 0.32 0.20 0.20 0.33 0.25 0.29 0.27 0.25 0.25 0.35 0.36 0.39 0.20 0.25 0.22 0.24 0.37 0.25 0.25
N6 0.27 0.23 0.26 0.26 0.28 0.32 0.23 0.29 0.21 0.20 0.30 0.33 0.23 0.35 0.29 0.30 0.36 0.34 0.41 0.16
N7 0.24 0.22 0.21 0.21 0.27 0.28 0.24 0.26 0.22 0.21 0.28 0.32 0.23 0.28 0.28 0.26 0.31 0.33 0.30 0.15
N9 0.21 0.26 0.18 0.20 0.29 0.25 0.26 0.26 0.23 0.22 0.31 0.33 0.30 0.22 0.27 0.22 0.25 0.35 0.24 0.21
O2' 0.28 0.35 0.27 0.25 0.37 0.28 0.35 0.30 0.32 0.30 0.38 0.40 0.39 0.26 0.26 0.27 0.29 0.43 0.41 0.40
O3' 0.37 0.31 0.32 0.29 0.31 0.39 0.33 0.40 0.34 0.33 0.32 0.32 0.33 0.35 0.27 0.41 0.49 0.51 0.63 0.58
O4' 0.20 0.27 0.20 0.27 0.31 0.27 0.27 0.29 0.23 0.22 0.32 0.36 0.31 0.23 0.37 0.20 0.29 0.44 0.32 0.27
O5' 0.54 0.46 0.40 0.33 0.41 0.49 0.42 0.46 0.45 0.47 0.44 0.40 0.48 0.50 0.29 0.57 0.51 0.48 0.39 0.47
OP1 1.29 1.21 1.11 1.01 1.16 1.18 1.19 1.16 1.22 1.24 1.17 1.13 1.21 1.13 0.84 1.32 1.29 1.24 1.24 1.28
OP2 0.84 0.97 0.71 0.69 0.99 0.75 0.93 0.75 0.89 0.90 1.01 1.02 0.99 0.71 0.65 0.84 0.77 0.79 0.79 0.74
P 0.56 0.48 0.40 0.34 0.44 0.52 0.44 0.50 0.48 0.50 0.46 0.44 0.49 0.49 0.27 0.62 0.59 0.56 0.45 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.27 0.16 0.81 0.35
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.48 0.27 1.22 0.59
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.02 0.10 0.02 0.04 0.03 0.15 0.00 0.02 0.01 0.25 0.21 0.64 0.23
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.12 0.00 0.19 0.02 0.20 0.08 0.08 0.13 0.13 0.01 0.01 0.02 0.29 0.29 0.55 0.20
C4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.68 0.40 1.72 0.87
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.05 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.13 0.44 0.12
C5 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.23 0.05 0.72 0.41 1.80 0.91
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.17 0.10 0.13 0.18 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.21 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.22 0.05 0.65 0.34 1.53 0.77
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.48 0.26 1.20 0.57
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.58 0.33 1.47 0.73
N4 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.03 0.71 0.44 1.87 0.95
O2 0.03 0.01 0.15 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.18 0.07 0.37 0.22 0.99 0.46
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.07 0.02 0.07 0.03 0.16 0.00 0.05 0.05 0.09 0.16 0.41 0.16
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.23 0.04 0.22 0.07 0.08 0.16 0.18 0.05 0.00 0.02 0.21 0.34 0.29 0.20
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.20 0.14 0.72 0.31
O5' 0.27 0.48 0.25 0.29 0.68 0.02 0.72 0.01 0.65 0.48 0.58 0.71 0.37 0.09 0.21 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.27 0.21 0.29 0.40 0.13 0.41 0.21 0.34 0.26 0.33 0.44 0.22 0.16 0.34 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.81 1.22 0.64 0.55 1.72 0.44 1.80 0.35 1.53 1.20 1.47 1.87 0.99 0.41 0.29 0.72 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.59 0.23 0.20 0.87 0.12 0.91 0.02 0.77 0.57 0.73 0.95 0.46 0.16 0.20 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00