ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52935

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 8, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O4' A 0, -0.004, 0.065, 0.134, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.065 std_dev=0.069
C2' A 0, -0.005, 0.068, 0.142, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.068 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.017, 0.096, 0.175, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.096 std_dev=0.079
O2 B 0, 0.137, 0.232, 0.327, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.232 std_dev=0.095
C4' A 0, -0.007, 0.097, 0.201, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.097 std_dev=0.104
C3' A 0, -0.012, 0.103, 0.218, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.103 std_dev=0.115
C2 B 0, 0.105, 0.224, 0.343, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.224 std_dev=0.119
N1 B 0, 0.101, 0.235, 0.369, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.235 std_dev=0.134
C6 B 0, 0.133, 0.271, 0.408, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.271 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.099, 0.239, 0.379, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.239 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.130, 0.277, 0.423, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.277 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.094, 0.244, 0.394, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.244 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.098, 0.255, 0.413, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.255 std_dev=0.158
O3' A 0, -0.013, 0.152, 0.318, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.152 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.101, 0.275, 0.449, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.275 std_dev=0.174
C5' A 0, -0.008, 0.168, 0.345, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.168 std_dev=0.176
N4 B 0, 0.110, 0.291, 0.471, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.291 std_dev=0.181
O2' B 0, 0.114, 0.299, 0.485, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.299 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.015, 0.201, 0.388, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.201 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.074, 0.278, 0.483, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.278 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.060, 0.270, 0.480, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.270 std_dev=0.210
P A 0, 0.003, 0.225, 0.446, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.225 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.045, 0.280, 0.516, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.280 std_dev=0.235
C3' B 0, 0.086, 0.323, 0.559, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.323 std_dev=0.237
C4' B 0, 0.063, 0.316, 0.569, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.316 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.082, 0.367, 0.653, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.367 std_dev=0.286
OP2 B 0, 0.111, 0.405, 0.700, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.405 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.079, 0.383, 0.687, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.383 std_dev=0.304
C5' B 0, 0.060, 0.370, 0.680, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.370 std_dev=0.310
P B 0, 0.066, 0.402, 0.738, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.402 std_dev=0.336
OP1 B 0, 0.063, 0.440, 0.817, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.440 std_dev=0.377

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.12 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.08 0.10 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.10 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.10 0.10 0.07
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.09 0.09 0.10 0.08
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.13 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.09 0.09 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.08 0.10 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.12 0.11 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.10 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.04 0.05
O5' 0.04 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.10 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.05 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.06 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.07 0.08 0.08 0.05 0.10 0.05 0.10 0.09 0.10 0.07 0.12 0.11 0.07 0.06 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05
C2 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12
C2' 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.05 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04
C3' 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.06 0.11 0.06 0.10 0.08 0.10 0.12 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05
C4 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.11 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07
C4' 0.06 0.08 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.06 0.09 0.08 0.10 0.13 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05
C5 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07
C5' 0.06 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.10 0.13 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05
C6 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09
C8 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07
N1 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12
N3 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10
N6 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.07 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10
N7 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08
N9 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05
O2' 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05
O3' 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.11 0.09 0.10 0.13 0.08 0.11 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05
O4' 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.07 0.11 0.06 0.09 0.08 0.10 0.13 0.08 0.10 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05
O5' 0.06 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06
OP1 0.13 0.14 0.15 0.15 0.16 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.15 0.17 0.13 0.18 0.18 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11
OP2 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.13 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08
P 0.07 0.08 0.08 0.08 0.12 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.11 0.14 0.08 0.12 0.10 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.09 0.11 0.09
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.09 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.05 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.08 0.03 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.07 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.09 0.11 0.07 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00