Doublet Group distance statistics: 52937

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.019
N6	A	0, 0.019, 0.042, 0.065, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.021, 0.046, 0.072, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.026
N7	A	0, 0.026, 0.053, 0.080, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.053 std_dev=0.027
O2	B	0, 0.238, 0.641, 1.043, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.641 std_dev=0.402
C2	B	0, 0.312, 0.788, 1.264, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.788 std_dev=0.476
O2'	B	0, 0.391, 0.886, 1.380, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.886 std_dev=0.494
C2'	B	0, 0.326, 0.824, 1.323, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.824 std_dev=0.499
C1'	B	0, 0.374, 0.887, 1.400, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.887 std_dev=0.513
C2'	A	0, 0.251, 0.769, 1.287, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.769 std_dev=0.518
N3	B	0, 0.321, 0.849, 1.378, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.849 std_dev=0.529
N1	B	0, 0.368, 0.908, 1.448, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.908 std_dev=0.540
O4'	A	0, 0.254, 0.843, 1.432, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.843 std_dev=0.589
C4	B	0, 0.374, 0.993, 1.612, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.993 std_dev=0.619
C6	B	0, 0.407, 1.064, 1.721, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.064 std_dev=0.657
N4	B	0, 0.397, 1.064, 1.730, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.064 std_dev=0.666
O4'	B	0, 0.443, 1.119, 1.796, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.119 std_dev=0.677
C3'	B	0, 0.385, 1.071, 1.758, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.071 std_dev=0.686
C5	B	0, 0.410, 1.100, 1.789, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.100 std_dev=0.689
O2'	A	0, 0.354, 1.097, 1.841, 1.935 max_d=1.935 avg_d=1.097 std_dev=0.743
O3'	B	0, 0.475, 1.222, 1.968, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.222 std_dev=0.746
C4'	B	0, 0.418, 1.196, 1.974, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.196 std_dev=0.778
C3'	A	0, 0.395, 1.182, 1.968, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.182 std_dev=0.787
P	B	0, 0.705, 1.521, 2.337, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.521 std_dev=0.816
OP2	B	0, 0.704, 1.523, 2.343, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.523 std_dev=0.819
C4'	A	0, 0.323, 1.157, 1.991, 2.012 max_d=2.012 avg_d=1.157 std_dev=0.834
C5'	B	0, 0.508, 1.461, 2.415, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.461 std_dev=0.954
O5'	B	0, 0.538, 1.516, 2.494, 2.588 max_d=2.588 avg_d=1.516 std_dev=0.978
O3'	A	0, 0.560, 1.614, 2.668, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.614 std_dev=1.054
OP1	B	0, 0.840, 1.903, 2.967, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.903 std_dev=1.064
C5'	A	0, 0.497, 1.579, 2.660, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.579 std_dev=1.081
O5'	A	0, 0.884, 2.748, 4.611, 4.669 max_d=4.669 avg_d=2.748 std_dev=1.863
P	A	0, 1.505, 4.258, 7.011, 6.957 max_d=6.957 avg_d=4.258 std_dev=2.753
OP1	A	0, 1.520, 4.446, 7.371, 7.259 max_d=7.259 avg_d=4.446 std_dev=2.926
OP2	A	0, 1.976, 5.338, 8.699, 8.687 max_d=8.687 avg_d=5.338 std_dev=3.361

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.07	0.39	0.20	0.12
C2	0.02	0.00	0.23	0.14	0.00	0.15	0.00	0.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.06	0.26	0.31	0.63	0.23	0.43
C2'	0.00	0.23	0.00	0.00	0.13	0.04	0.08	0.17	0.12	0.09	0.19	0.22	0.09	0.03	0.02	0.00	0.06	0.02	0.09	0.35	0.23	0.04
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.18	0.00	0.26	0.02	0.25	0.28	0.20	0.11	0.29	0.31	0.18	0.03	0.01	0.02	0.34	0.28	0.37	0.14
C4	0.01	0.00	0.13	0.18	0.00	0.06	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.11	0.14	0.15	0.35	0.31	0.16
C4'	0.01	0.15	0.04	0.00	0.06	0.00	0.02	0.00	0.04	0.15	0.10	0.15	0.02	0.11	0.03	0.25	0.05	0.00	0.01	0.51	0.09	0.23
C5	0.01	0.00	0.08	0.26	0.00	0.02	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.16	0.23	0.07	0.12	0.13	0.54	0.16
C5'	0.12	0.28	0.17	0.02	0.22	0.00	0.20	0.00	0.23	0.16	0.26	0.27	0.22	0.17	0.16	0.08	0.18	0.01	0.01	0.07	0.07	0.01
C6	0.01	0.00	0.12	0.25	0.00	0.04	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.12	0.22	0.12	0.15	0.20	0.46	0.12
C8	0.01	0.00	0.09	0.28	0.00	0.15	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.27	0.28	0.14	0.32	0.29	0.83	0.48
N1	0.01	0.00	0.19	0.20	0.00	0.10	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.14	0.20	0.24	0.44	0.27	0.28
N3	0.02	0.00	0.22	0.11	0.00	0.15	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.05	0.26	0.28	0.63	0.21	0.41
N6	0.01	0.01	0.09	0.29	0.00	0.02	0.01	0.22	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.17	0.28	0.09	0.13	0.11	0.59	0.17
N7	0.01	0.00	0.03	0.31	0.00	0.11	0.00	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.26	0.32	0.07	0.26	0.30	0.88	0.47
N9	0.00	0.00	0.02	0.18	0.00	0.03	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.14	0.12	0.01	0.12	0.20	0.42	0.12
O2'	0.03	0.11	0.00	0.03	0.08	0.25	0.16	0.08	0.12	0.27	0.07	0.12	0.17	0.26	0.14	0.00	0.07	0.13	0.21	0.27	0.27	0.06
O3'	0.07	0.06	0.06	0.01	0.11	0.05	0.23	0.18	0.22	0.28	0.14	0.05	0.28	0.32	0.12	0.07	0.00	0.05	0.44	0.33	0.43	0.21
O4'	0.00	0.26	0.02	0.02	0.14	0.00	0.07	0.01	0.12	0.14	0.20	0.26	0.09	0.07	0.01	0.13	0.05	0.00	0.08	0.46	0.09	0.21
O5'	0.07	0.31	0.09	0.34	0.15	0.01	0.12	0.01	0.15	0.32	0.24	0.28	0.13	0.26	0.12	0.21	0.44	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.39	0.63	0.35	0.28	0.35	0.51	0.13	0.07	0.20	0.29	0.44	0.63	0.11	0.30	0.20	0.27	0.33	0.46	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.20	0.23	0.23	0.37	0.31	0.09	0.54	0.07	0.46	0.83	0.27	0.21	0.59	0.88	0.42	0.27	0.43	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.43	0.04	0.14	0.16	0.23	0.16	0.01	0.12	0.48	0.28	0.41	0.17	0.47	0.12	0.06	0.21	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.12	0.07	0.11	0.14	0.28	0.19	0.36	0.21	0.18	0.11	0.12	0.10	0.12	0.15	0.30	0.22	0.35	0.26	0.21
C2	0.13	0.08	0.07	0.12	0.09	0.25	0.10	0.28	0.12	0.09	0.09	0.10	0.09	0.10	0.14	0.23	0.24	0.31	0.36	0.20
C2'	0.48	0.34	0.31	0.41	0.37	0.64	0.48	0.77	0.52	0.45	0.31	0.33	0.26	0.26	0.34	0.65	0.47	0.73	0.25	0.50
C3'	0.51	0.48	0.25	0.29	0.57	0.53	0.63	0.66	0.62	0.55	0.50	0.57	0.40	0.15	0.16	0.63	0.38	0.64	0.25	0.46
C4	0.23	0.13	0.10	0.15	0.13	0.31	0.19	0.36	0.22	0.19	0.10	0.11	0.10	0.12	0.15	0.34	0.25	0.36	0.24	0.21
C4'	0.14	0.13	0.14	0.13	0.21	0.14	0.25	0.24	0.24	0.18	0.15	0.21	0.08	0.26	0.32	0.25	0.14	0.28	0.24	0.17
C5	0.30	0.19	0.15	0.19	0.18	0.35	0.25	0.38	0.28	0.26	0.15	0.15	0.16	0.16	0.17	0.40	0.31	0.39	0.16	0.23
C5'	0.12	0.14	0.31	0.30	0.16	0.12	0.18	0.15	0.17	0.13	0.15	0.17	0.18	0.42	0.49	0.19	0.22	0.23	0.34	0.20
C6	0.31	0.17	0.17	0.21	0.14	0.35	0.21	0.35	0.26	0.25	0.12	0.11	0.14	0.18	0.18	0.39	0.33	0.38	0.17	0.22
C8	0.31	0.23	0.14	0.18	0.24	0.36	0.30	0.42	0.33	0.30	0.21	0.21	0.20	0.15	0.17	0.42	0.31	0.42	0.14	0.27
N1	0.21	0.06	0.12	0.17	0.07	0.30	0.11	0.30	0.15	0.13	0.07	0.07	0.07	0.14	0.16	0.30	0.26	0.33	0.28	0.17
N3	0.15	0.07	0.08	0.12	0.08	0.25	0.12	0.31	0.14	0.11	0.07	0.08	0.06	0.11	0.14	0.25	0.24	0.32	0.33	0.21
N6	0.39	0.26	0.24	0.25	0.21	0.38	0.28	0.36	0.34	0.34	0.19	0.16	0.25	0.23	0.22	0.44	0.44	0.42	0.07	0.28
N7	0.35	0.26	0.17	0.21	0.26	0.38	0.32	0.41	0.35	0.32	0.23	0.22	0.23	0.18	0.18	0.45	0.36	0.43	0.11	0.28
N9	0.25	0.16	0.10	0.15	0.17	0.32	0.23	0.38	0.26	0.22	0.14	0.14	0.13	0.13	0.16	0.36	0.25	0.38	0.21	0.22
O2'	0.21	0.13	0.16	0.28	0.13	0.46	0.15	0.59	0.19	0.16	0.15	0.15	0.15	0.17	0.30	0.39	0.34	0.53	0.26	0.33
O3'	0.44	0.46	0.17	0.21	0.58	0.44	0.63	0.59	0.60	0.51	0.50	0.60	0.36	0.12	0.11	0.56	0.27	0.56	0.21	0.39
O4'	0.07	0.04	0.27	0.27	0.04	0.11	0.07	0.11	0.07	0.05	0.04	0.04	0.08	0.36	0.43	0.11	0.28	0.16	0.44	0.25
O5'	0.14	0.19	0.34	0.36	0.29	0.13	0.31	0.13	0.27	0.20	0.24	0.33	0.17	0.49	0.62	0.23	0.17	0.23	0.24	0.18
OP1	0.23	0.13	0.63	0.74	0.29	0.49	0.25	0.43	0.16	0.13	0.24	0.40	0.10	0.83	1.09	0.23	0.53	0.38	0.58	0.45
OP2	0.51	0.74	0.21	0.24	0.95	0.24	0.90	0.29	0.78	0.69	0.88	1.04	0.65	0.31	0.56	0.55	0.31	0.44	0.25	0.41
P	0.10	0.24	0.45	0.55	0.40	0.27	0.35	0.22	0.25	0.19	0.35	0.49	0.19	0.64	0.89	0.12	0.26	0.15	0.35	0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.09	0.12	0.43	0.12
C2	0.01	0.00	0.05	0.08	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.09	0.01	0.28	0.19	0.36	0.12
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.05	0.01	0.07	0.03	0.07	0.03	0.05	0.06	0.08	0.00	0.02	0.00	0.21	0.28	0.29	0.12
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.10	0.00	0.12	0.02	0.11	0.05	0.09	0.11	0.11	0.01	0.01	0.01	0.31	0.37	0.18	0.20
C4	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.03	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.14	0.00	0.41	0.21	0.27	0.17
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.04	0.06	0.04	0.01	0.00	0.03	0.13	0.37	0.07
C5	0.00	0.01	0.07	0.12	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.15	0.01	0.42	0.18	0.27	0.17
C5'	0.04	0.11	0.03	0.02	0.10	0.01	0.08	0.00	0.07	0.08	0.12	0.11	0.11	0.03	0.02	0.02	0.01	0.15	0.38	0.02
C6	0.00	0.01	0.07	0.11	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.13	0.01	0.34	0.14	0.37	0.13
N1	0.00	0.00	0.03	0.05	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.01	0.25	0.15	0.39	0.11
N3	0.01	0.00	0.05	0.09	0.00	0.04	0.01	0.12	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.01	0.36	0.21	0.31	0.15
N4	0.01	0.01	0.06	0.11	0.00	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.16	0.01	0.44	0.23	0.22	0.20
O2	0.01	0.00	0.08	0.11	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.11	0.01	0.22	0.20	0.38	0.12
O2'	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.04	0.04	0.03	0.04	0.01	0.02	0.03	0.05	0.00	0.02	0.03	0.07	0.24	0.33	0.09
O3'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.14	0.01	0.15	0.02	0.13	0.07	0.12	0.16	0.11	0.02	0.00	0.01	0.26	0.46	0.12	0.25
O4'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.08	0.05	0.49	0.19
O5'	0.09	0.28	0.21	0.31	0.41	0.03	0.42	0.01	0.34	0.25	0.36	0.44	0.22	0.07	0.26	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.12	0.19	0.28	0.37	0.21	0.13	0.18	0.15	0.14	0.15	0.21	0.23	0.20	0.24	0.46	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.43	0.36	0.29	0.18	0.27	0.37	0.27	0.38	0.37	0.39	0.31	0.22	0.38	0.33	0.12	0.49	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.12	0.12	0.20	0.17	0.07	0.17	0.02	0.13	0.11	0.15	0.20	0.12	0.09	0.25	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00