ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52938

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5' A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O3' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O2 B 0, 0.000, 0.193, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C2' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C4' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C2 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O4' B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C3' B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
P A 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
OP2 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N4 B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
P B 0, 0.000, 0.344, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.344 std_dev=0.344
O5' B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.000, 0.365, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.365 std_dev=0.365
OP1 A 0, 0.000, 0.443, 0.886, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.443 std_dev=0.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.17 0.10
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.15 0.09
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.17 0.11
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.19 0.12
C8 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.13 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.15 0.19 0.12
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.14 0.08
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.17 0.21 0.14
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.17 0.11
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.13 0.08 0.10 0.11 0.04 0.13 0.07 0.15 0.09 0.15 0.11 0.17 0.12 0.08 0.04 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.17 0.06 0.04 0.15 0.01 0.17 0.06 0.19 0.13 0.19 0.14 0.21 0.17 0.11 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.04 0.05 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.08 0.12 0.08 0.14 0.11 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.06 0.03
C2 0.00 0.07 0.06 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.09 0.10 0.07 0.03 0.08 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01
C2' 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.08 0.07 0.02 0.03 0.05 0.02
C3' 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.09 0.04 0.05 0.07 0.05
C4 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.04 0.06 0.04
C4' 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.09 0.04 0.05 0.08 0.05
C5 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.05 0.07 0.08 0.06
C5' 0.07 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.11 0.07 0.07 0.10 0.07
C6 0.06 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.03 0.00 0.09 0.05 0.07 0.08 0.06
C8 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.10 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.02 0.06 0.04 0.03 0.08 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.08 0.09 0.07 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.05 0.03
N3 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02 0.08 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01
N6 0.09 0.01 0.04 0.05 0.03 0.09 0.00 0.09 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.04 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09
N7 0.08 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08
N9 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.05 0.07 0.04
O2' 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.02 0.10 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01
O3' 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.09 0.04 0.05 0.07 0.05
O4' 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.04
O5' 0.02 0.05 0.07 0.07 0.08 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.07 0.10 0.05 0.06 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
OP1 0.08 0.09 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.13 0.14 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07
OP2 0.12 0.13 0.17 0.17 0.14 0.12 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.17 0.19 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10
P 0.05 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.09 0.11 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
N4 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.09 0.10 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.08 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00