ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52941

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 14, 19, 21, 26, 19, 7, 6, 6, 11, 4, 7, 3, 5, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.025, 0.039, 0.054, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.039 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.026, 0.045, 0.064, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.045 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.024, 0.044, 0.065, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.044 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.030, 0.055, 0.081, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.055 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.016, 0.046, 0.077, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.046 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.018, 0.050, 0.081, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.050 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.026, 0.062, 0.097, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.062 std_dev=0.036
N3 B 0, 0.261, 0.516, 0.771, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.516 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.217, 0.492, 0.768, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.492 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.299, 0.605, 0.911, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.605 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.261, 0.579, 0.897, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.579 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.200, 0.521, 0.842, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.521 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.254, 0.588, 0.922, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.588 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.245, 0.649, 1.053, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.649 std_dev=0.404
N1 B 0, 0.345, 0.750, 1.155, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.750 std_dev=0.405
O2' B 0, 0.187, 0.596, 1.006, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.596 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.273, 0.711, 1.150, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.711 std_dev=0.439
C5 B 0, 0.301, 0.781, 1.260, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.781 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.227, 0.726, 1.225, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.726 std_dev=0.499
C6 B 0, 0.354, 0.861, 1.368, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.861 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.269, 0.788, 1.308, 2.644 max_d=2.644 avg_d=0.788 std_dev=0.520
C5' B 0, 0.446, 1.024, 1.603, 3.182 max_d=3.182 avg_d=1.024 std_dev=0.578
N7 B 0, 0.285, 0.907, 1.529, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.907 std_dev=0.622
O3' B 0, 0.253, 0.926, 1.598, 4.464 max_d=4.464 avg_d=0.926 std_dev=0.672
N6 B 0, 0.397, 1.078, 1.758, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.078 std_dev=0.681
O5' B 0, 0.563, 1.272, 1.981, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.272 std_dev=0.709
P B 0, 0.904, 1.789, 2.673, 5.100 max_d=5.100 avg_d=1.789 std_dev=0.884
O4' A 0, 0.194, 1.209, 2.223, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.209 std_dev=1.014
OP1 B 0, 2.548, 3.635, 4.723, 7.461 max_d=7.461 avg_d=3.635 std_dev=1.087
OP2 B 0, 0.537, 1.698, 2.858, 6.564 max_d=6.564 avg_d=1.698 std_dev=1.161
C2' A 0, 0.139, 1.315, 2.491, 2.795 max_d=2.795 avg_d=1.315 std_dev=1.176
C4' A 0, 0.237, 1.611, 2.986, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.611 std_dev=1.375
O2' A 0, 0.305, 1.717, 3.129, 3.520 max_d=3.520 avg_d=1.717 std_dev=1.412
C3' A 0, 0.173, 1.931, 3.689, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.931 std_dev=1.758
O3' A 0, 0.210, 2.641, 5.073, 5.851 max_d=5.851 avg_d=2.641 std_dev=2.431
C5' A 0, 0.468, 2.983, 5.498, 6.120 max_d=6.120 avg_d=2.983 std_dev=2.515
O5' A 0, 0.546, 3.252, 5.958, 6.737 max_d=6.737 avg_d=3.252 std_dev=2.706
OP1 A 0, 1.221, 4.498, 7.776, 9.020 max_d=9.020 avg_d=4.498 std_dev=3.278
P A 0, 0.759, 4.453, 8.147, 9.254 max_d=9.254 avg_d=4.453 std_dev=3.694
OP2 A 0, 0.756, 5.342, 9.928, 11.151 max_d=11.151 avg_d=5.342 std_dev=4.586

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.23 0.33 0.35 0.18
C2 0.04 0.00 0.18 0.75 0.01 0.77 0.01 1.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.39 0.68 0.57 0.81 1.11 1.01 1.14
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.04 0.09 0.11 0.14 0.18 0.08 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.33 0.45 0.33 0.29
C3' 0.02 0.75 0.01 0.00 0.31 0.01 0.14 0.03 0.27 0.46 0.54 0.75 0.19 0.35 0.11 0.02 0.01 0.03 0.44 0.64 0.29 0.38
C4 0.02 0.01 0.09 0.31 0.00 0.32 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.24 0.30 0.35 0.65 0.41 0.43
C4' 0.01 0.77 0.02 0.01 0.32 0.00 0.11 0.01 0.26 0.50 0.56 0.76 0.16 0.36 0.08 0.10 0.02 0.01 0.02 0.22 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.12 0.61 0.82 0.89 0.59
C5' 0.04 1.23 0.04 0.03 0.46 0.01 0.22 0.00 0.43 0.81 0.90 1.14 0.29 0.63 0.18 0.08 0.07 0.02 0.01 0.40 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.26 0.01 0.43 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.23 0.24 0.49 0.84 0.66 0.55
C8 0.02 0.02 0.11 0.46 0.01 0.50 0.01 0.81 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.41 0.34 1.25 1.21 1.70 1.24
N1 0.04 0.01 0.14 0.54 0.01 0.56 0.01 0.90 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.49 0.43 0.55 0.95 0.64 0.83
N3 0.05 0.00 0.18 0.75 0.01 0.76 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.64 0.58 0.74 0.97 0.88 1.01
N6 0.02 0.02 0.08 0.19 0.01 0.16 0.01 0.29 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.18 0.15 0.66 0.98 0.99 0.69
N7 0.02 0.02 0.08 0.35 0.01 0.36 0.01 0.63 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.34 0.19 1.17 1.25 1.72 1.21
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.55 0.61 0.75 0.46
O2' 0.02 0.39 0.01 0.02 0.17 0.10 0.10 0.08 0.16 0.22 0.29 0.38 0.13 0.16 0.06 0.00 0.05 0.08 0.10 0.23 0.16 0.12
O3' 0.05 0.68 0.02 0.01 0.24 0.02 0.12 0.07 0.23 0.41 0.49 0.64 0.18 0.34 0.09 0.05 0.00 0.03 0.35 0.79 0.27 0.37
O4' 0.01 0.57 0.01 0.03 0.30 0.01 0.12 0.02 0.24 0.34 0.43 0.58 0.15 0.19 0.02 0.08 0.03 0.00 0.16 0.29 0.29 0.18
O5' 0.23 0.81 0.33 0.44 0.35 0.02 0.61 0.01 0.49 1.25 0.55 0.74 0.66 1.17 0.55 0.10 0.35 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 1.11 0.45 0.64 0.65 0.22 0.82 0.40 0.84 1.21 0.95 0.97 0.98 1.25 0.61 0.23 0.79 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 1.01 0.33 0.29 0.41 0.21 0.89 0.35 0.66 1.70 0.64 0.88 0.99 1.72 0.75 0.16 0.27 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 1.14 0.29 0.38 0.43 0.04 0.59 0.02 0.55 1.24 0.83 1.01 0.69 1.21 0.46 0.12 0.37 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.20 0.27 0.37 0.17 0.21 0.20 0.22 0.21 0.23 0.21 0.17 0.24 0.23 0.20 0.24 0.58 0.27 0.21 0.42 0.46 0.25
C2 0.25 0.23 0.27 0.34 0.23 0.22 0.24 0.23 0.24 0.27 0.23 0.22 0.25 0.27 0.25 0.25 0.53 0.30 0.21 0.37 0.43 0.23
C2' 0.26 0.22 0.29 0.31 0.20 0.28 0.20 0.28 0.20 0.23 0.22 0.20 0.22 0.22 0.22 0.29 0.43 0.30 0.27 0.39 0.49 0.25
C3' 0.73 0.27 0.76 0.84 0.43 0.95 0.38 0.99 0.27 0.60 0.25 0.36 0.25 0.48 0.59 0.84 0.92 0.88 0.88 0.91 0.69 0.81
C4 0.21 0.20 0.26 0.33 0.18 0.20 0.20 0.20 0.21 0.22 0.21 0.18 0.23 0.22 0.20 0.24 0.54 0.26 0.20 0.38 0.41 0.22
C4' 0.80 0.24 0.66 0.76 0.45 1.00 0.39 1.07 0.26 0.65 0.22 0.35 0.26 0.52 0.63 0.75 0.78 1.01 0.92 0.98 0.73 0.91
C5 0.19 0.20 0.26 0.31 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.20 0.21 0.17 0.22 0.20 0.18 0.25 0.50 0.24 0.19 0.40 0.39 0.23
C5' 1.26 0.31 1.10 1.28 0.69 1.65 0.59 1.77 0.36 1.03 0.30 0.52 0.35 0.81 1.00 1.23 1.29 1.60 1.56 1.67 1.28 1.57
C6 0.19 0.21 0.26 0.29 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.19 0.21 0.18 0.22 0.20 0.18 0.27 0.47 0.23 0.19 0.41 0.37 0.23
C8 0.19 0.20 0.27 0.33 0.16 0.18 0.19 0.18 0.21 0.20 0.22 0.17 0.24 0.20 0.18 0.25 0.53 0.24 0.20 0.42 0.40 0.23
N1 0.22 0.23 0.26 0.29 0.21 0.18 0.23 0.19 0.23 0.23 0.23 0.21 0.24 0.24 0.22 0.26 0.47 0.26 0.19 0.36 0.38 0.21
N3 0.25 0.21 0.28 0.35 0.21 0.23 0.23 0.24 0.22 0.26 0.22 0.20 0.24 0.25 0.23 0.25 0.55 0.30 0.22 0.39 0.45 0.24
N6 0.21 0.21 0.29 0.30 0.17 0.21 0.18 0.21 0.20 0.19 0.21 0.18 0.22 0.19 0.18 0.31 0.43 0.24 0.23 0.48 0.39 0.27
N7 0.19 0.21 0.27 0.32 0.17 0.18 0.19 0.18 0.21 0.19 0.22 0.18 0.24 0.20 0.18 0.26 0.51 0.23 0.20 0.44 0.39 0.24
N9 0.20 0.20 0.26 0.34 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.21 0.21 0.17 0.23 0.22 0.19 0.24 0.55 0.26 0.20 0.40 0.42 0.23
O2' 0.33 0.23 0.40 0.50 0.24 0.43 0.25 0.46 0.24 0.32 0.24 0.21 0.26 0.29 0.29 0.41 0.67 0.39 0.47 0.66 0.80 0.55
O3' 0.73 0.28 0.83 0.96 0.44 1.00 0.40 1.05 0.29 0.62 0.26 0.35 0.27 0.51 0.60 0.91 1.10 0.86 0.93 1.02 0.74 0.86
O4' 0.62 0.24 0.41 0.47 0.38 0.69 0.35 0.74 0.27 0.52 0.23 0.32 0.28 0.43 0.50 0.47 0.52 0.80 0.63 0.67 0.54 0.63
O5' 0.84 0.72 0.71 0.85 0.49 1.22 0.50 1.35 0.64 0.64 0.79 0.52 0.71 0.52 0.62 0.81 0.88 1.17 1.14 1.24 0.93 1.16
OP1 1.33 1.03 1.14 1.29 0.99 1.70 0.97 1.88 1.00 1.18 1.09 0.95 1.04 1.05 1.15 1.18 1.24 1.70 1.68 1.78 1.46 1.73
OP2 1.07 1.21 0.94 1.24 0.65 1.76 0.71 2.00 1.05 0.78 1.35 0.79 1.18 0.64 0.75 1.09 1.34 1.58 1.70 1.93 1.45 1.78
P 1.24 0.76 1.03 1.25 0.67 1.75 0.61 1.95 0.66 0.97 0.83 0.62 0.73 0.74 0.94 1.16 1.25 1.70 1.70 1.83 1.44 1.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.17 0.40 0.31 0.21
C2 0.04 0.00 0.19 0.19 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.18 0.25 0.10 0.32 0.65 0.57 0.37
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.06 0.10 0.09 0.15 0.19 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.22 0.32 0.32 0.23
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.16 0.16 0.18 0.17 0.17 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.30 0.36 0.36 0.28
C4 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.05 0.36 0.65 0.57 0.40
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.07 0.08 0.10 0.12 0.06 0.11 0.03 0.01 0.02 0.19 0.33 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.48 0.79 0.80 0.55
C5' 0.04 0.14 0.06 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.19 0.20 0.16 0.12 0.22 0.22 0.12 0.07 0.07 0.02 0.01 0.28 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.18 0.06 0.48 0.82 0.86 0.56
C8 0.02 0.02 0.09 0.16 0.01 0.12 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.15 0.07 0.53 0.76 0.75 0.58
N1 0.03 0.01 0.15 0.18 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.15 0.22 0.08 0.40 0.74 0.73 0.47
N3 0.04 0.01 0.19 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.10 0.27 0.58 0.46 0.32
N6 0.02 0.02 0.09 0.17 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.12 0.18 0.06 0.54 0.91 1.02 0.66
N7 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.12 0.16 0.05 0.57 0.88 0.95 0.66
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.35 0.59 0.49 0.38
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.09 0.11 0.10 0.07 0.12 0.13 0.15 0.17 0.12 0.12 0.06 0.00 0.06 0.09 0.13 0.25 0.35 0.15
O3' 0.09 0.25 0.02 0.01 0.14 0.03 0.14 0.07 0.18 0.15 0.22 0.23 0.18 0.16 0.07 0.06 0.00 0.06 0.28 0.50 0.43 0.30
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.08 0.10 0.06 0.05 0.02 0.09 0.06 0.00 0.15 0.36 0.39 0.22
O5' 0.17 0.32 0.22 0.30 0.36 0.02 0.48 0.01 0.48 0.53 0.40 0.27 0.54 0.57 0.35 0.13 0.28 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.40 0.65 0.32 0.36 0.65 0.19 0.79 0.28 0.82 0.76 0.74 0.58 0.91 0.88 0.59 0.25 0.50 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.57 0.32 0.36 0.57 0.33 0.80 0.36 0.86 0.75 0.73 0.46 1.02 0.95 0.49 0.35 0.43 0.39 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.37 0.23 0.28 0.40 0.09 0.55 0.02 0.56 0.58 0.47 0.32 0.66 0.66 0.38 0.15 0.30 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00