ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52942

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 32, 14, 8, 2, 1, 3, 12, 9, 6, 9, 13, 12, 4, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.020, 0.042, 0.065, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.042 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.951, 1.271, 1.590, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.271 std_dev=0.319
O2' B 0, 0.313, 0.642, 0.971, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.642 std_dev=0.329
N9 B 0, 0.339, 0.669, 0.999, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.669 std_dev=0.330
C4 B 0, 0.328, 0.664, 1.000, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.664 std_dev=0.336
C1' B 0, 0.333, 0.673, 1.013, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.673 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.339, 0.713, 1.087, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.713 std_dev=0.374
N3 B 0, 0.324, 0.702, 1.080, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.702 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.355, 0.760, 1.166, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.760 std_dev=0.405
C8 B 0, 0.377, 0.786, 1.195, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.786 std_dev=0.409
N7 B 0, 0.370, 0.781, 1.193, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.781 std_dev=0.412
O4' B 0, 0.387, 0.880, 1.372, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.880 std_dev=0.492
C2' A 0, 0.271, 0.822, 1.374, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.822 std_dev=0.552
C6 B 0, 0.377, 0.930, 1.483, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.930 std_dev=0.553
C2 B 0, 0.350, 0.910, 1.469, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.910 std_dev=0.559
C3' B 0, 0.375, 0.977, 1.579, 2.717 max_d=2.717 avg_d=0.977 std_dev=0.602
C4' B 0, 0.423, 1.067, 1.711, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.067 std_dev=0.644
O4' A 0, 0.157, 0.815, 1.472, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.815 std_dev=0.657
N6 B 0, 0.405, 1.064, 1.722, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.064 std_dev=0.658
N1 B 0, 0.371, 1.030, 1.689, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.030 std_dev=0.659
O3' A 0, 1.695, 2.374, 3.053, 4.046 max_d=4.046 avg_d=2.374 std_dev=0.679
O3' B 0, 0.394, 1.102, 1.811, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.102 std_dev=0.708
C3' A 0, 0.629, 1.428, 2.227, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.428 std_dev=0.799
C5' B 0, 0.485, 1.373, 2.262, 3.033 max_d=3.033 avg_d=1.373 std_dev=0.888
C4' A 0, 0.218, 1.232, 2.245, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.232 std_dev=1.013
O5' B 0, 0.456, 1.521, 2.585, 4.010 max_d=4.010 avg_d=1.521 std_dev=1.065
P B 0, 0.569, 1.865, 3.161, 4.138 max_d=4.138 avg_d=1.865 std_dev=1.296
OP2 B 0, 0.589, 1.920, 3.251, 5.122 max_d=5.122 avg_d=1.920 std_dev=1.331
OP1 B 0, 0.616, 2.149, 3.682, 4.818 max_d=4.818 avg_d=2.149 std_dev=1.533
C5' A 0, 0.382, 2.136, 3.890, 4.681 max_d=4.681 avg_d=2.136 std_dev=1.754
O5' A 0, 0.610, 2.387, 4.163, 5.003 max_d=5.003 avg_d=2.387 std_dev=1.776
P A 0, 0.319, 2.780, 5.240, 6.151 max_d=6.151 avg_d=2.780 std_dev=2.460
OP1 A 0, 0.608, 3.594, 6.579, 7.865 max_d=7.865 avg_d=3.594 std_dev=2.985
OP2 A 0, 0.368, 3.903, 7.439, 8.090 max_d=8.090 avg_d=3.903 std_dev=3.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.10 0.28 0.29 0.13
C2 0.03 0.00 0.45 0.36 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.29 0.30 0.38 0.95 0.38
C2' 0.00 0.45 0.00 0.01 0.23 0.02 0.10 0.11 0.20 0.24 0.35 0.45 0.13 0.13 0.02 0.00 0.03 0.04 0.25 0.31 0.18 0.28
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.02 0.43 0.30 0.41 0.30 0.46 0.38 0.25 0.02 0.01 0.02 0.13 0.22 0.21 0.10
C4 0.02 0.01 0.23 0.33 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.15 0.38 0.31 1.02 0.46
C4' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.09 0.30 0.06 0.15 0.14 0.27 0.11 0.30 0.01 0.00 0.01 0.21 0.27 0.07
C5 0.01 0.01 0.10 0.40 0.00 0.13 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.19 0.06 0.57 0.30 1.49 0.72
C5' 0.04 0.15 0.11 0.02 0.13 0.01 0.28 0.00 0.23 0.48 0.12 0.15 0.32 0.48 0.20 0.19 0.17 0.01 0.01 0.17 0.45 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.43 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.22 0.13 0.57 0.32 1.58 0.73
C8 0.01 0.01 0.24 0.30 0.01 0.30 0.01 0.48 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.53 0.17 0.19 0.65 0.31 1.44 0.77
N1 0.03 0.01 0.35 0.41 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.18 0.23 0.44 0.35 1.30 0.57
N3 0.03 0.00 0.45 0.30 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.13 0.29 0.23 0.38 0.74 0.29
N6 0.02 0.01 0.13 0.46 0.01 0.14 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.33 0.28 0.08 0.67 0.35 1.88 0.89
N7 0.01 0.01 0.13 0.38 0.01 0.27 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.52 0.24 0.11 0.73 0.35 1.78 0.91
N9 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.06 0.01 0.37 0.27 0.90 0.44
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.11 0.30 0.29 0.19 0.23 0.53 0.13 0.29 0.33 0.52 0.24 0.00 0.07 0.21 0.16 0.18 0.21 0.20
O3' 0.23 0.14 0.03 0.01 0.11 0.01 0.19 0.17 0.22 0.17 0.18 0.13 0.28 0.24 0.06 0.07 0.00 0.12 0.26 0.65 0.26 0.25
O4' 0.01 0.29 0.04 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.13 0.19 0.23 0.29 0.08 0.11 0.01 0.21 0.12 0.00 0.12 0.33 0.16 0.17
O5' 0.10 0.30 0.25 0.13 0.38 0.01 0.57 0.01 0.57 0.65 0.44 0.23 0.67 0.73 0.37 0.16 0.26 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.28 0.38 0.31 0.22 0.31 0.21 0.30 0.17 0.32 0.31 0.35 0.38 0.35 0.35 0.27 0.18 0.65 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.95 0.18 0.21 1.02 0.27 1.49 0.45 1.58 1.44 1.30 0.74 1.88 1.78 0.90 0.21 0.26 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.38 0.28 0.10 0.46 0.07 0.72 0.02 0.73 0.77 0.57 0.29 0.89 0.91 0.44 0.20 0.25 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.19 0.19 0.27 0.14 0.37 0.14 0.42 0.16 0.20 0.20 0.14 0.17 0.17 0.19 0.22 0.39 0.36 0.33 0.38 0.36 0.39
C2 0.26 0.17 0.20 0.26 0.20 0.29 0.20 0.31 0.19 0.24 0.17 0.18 0.19 0.22 0.23 0.21 0.36 0.30 0.28 0.27 0.35 0.31
C2' 0.67 0.19 0.60 0.75 0.34 0.95 0.30 1.04 0.18 0.57 0.20 0.22 0.18 0.44 0.53 0.67 0.82 0.88 0.91 1.04 0.86 1.00
C3' 0.83 0.40 0.64 0.72 0.64 0.95 0.64 1.04 0.52 0.83 0.40 0.51 0.51 0.75 0.77 0.65 0.68 1.00 0.97 1.04 0.97 1.07
C4 0.22 0.15 0.15 0.21 0.14 0.28 0.14 0.30 0.14 0.19 0.15 0.13 0.14 0.16 0.18 0.17 0.34 0.30 0.24 0.26 0.29 0.28
C4' 0.34 0.19 0.16 0.20 0.26 0.37 0.28 0.43 0.24 0.35 0.21 0.21 0.25 0.33 0.31 0.17 0.33 0.47 0.36 0.38 0.39 0.43
C5 0.17 0.16 0.12 0.15 0.13 0.19 0.13 0.20 0.14 0.15 0.16 0.13 0.15 0.14 0.14 0.12 0.29 0.24 0.17 0.19 0.23 0.20
C5' 0.46 0.39 0.21 0.26 0.44 0.42 0.48 0.47 0.46 0.52 0.42 0.39 0.49 0.52 0.47 0.20 0.40 0.58 0.42 0.40 0.45 0.50
C6 0.15 0.13 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.11 0.27 0.19 0.16 0.20 0.23 0.19
C8 0.18 0.23 0.12 0.16 0.13 0.23 0.14 0.26 0.19 0.15 0.24 0.16 0.21 0.14 0.14 0.14 0.31 0.28 0.19 0.22 0.23 0.23
N1 0.20 0.17 0.13 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.18 0.20 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.12 0.28 0.22 0.19 0.19 0.26 0.22
N3 0.26 0.14 0.20 0.28 0.18 0.33 0.17 0.36 0.15 0.23 0.15 0.15 0.15 0.20 0.22 0.22 0.38 0.33 0.31 0.32 0.36 0.35
N6 0.13 0.13 0.18 0.20 0.13 0.10 0.14 0.11 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.29 0.15 0.23 0.28 0.28 0.23
N7 0.15 0.23 0.12 0.14 0.13 0.17 0.15 0.18 0.19 0.13 0.23 0.16 0.21 0.14 0.13 0.12 0.29 0.23 0.15 0.19 0.22 0.18
N9 0.22 0.18 0.15 0.22 0.13 0.30 0.13 0.33 0.16 0.18 0.19 0.14 0.17 0.15 0.17 0.18 0.35 0.32 0.25 0.28 0.29 0.30
O2' 0.30 0.65 0.33 0.55 0.33 0.66 0.38 0.77 0.56 0.22 0.70 0.45 0.61 0.26 0.22 0.42 0.77 0.49 0.62 0.83 0.58 0.70
O3' 0.63 0.27 0.44 0.52 0.47 0.76 0.49 0.87 0.39 0.67 0.28 0.35 0.40 0.61 0.60 0.42 0.52 0.81 0.82 0.92 0.86 0.94
O4' 0.15 0.19 0.20 0.24 0.14 0.17 0.14 0.20 0.16 0.14 0.19 0.16 0.17 0.14 0.13 0.19 0.41 0.22 0.16 0.19 0.25 0.19
O5' 0.88 0.68 0.57 0.57 0.82 0.84 0.85 0.90 0.80 0.94 0.71 0.73 0.82 0.93 0.88 0.56 0.49 1.01 0.84 0.81 0.86 0.93
OP1 0.44 0.34 0.33 0.37 0.40 0.39 0.43 0.44 0.41 0.50 0.36 0.35 0.43 0.50 0.44 0.32 0.62 0.60 0.37 0.37 0.40 0.45
OP2 1.98 2.12 1.54 1.44 2.16 1.73 2.27 1.78 2.31 2.22 2.23 2.07 2.38 2.31 2.12 1.40 1.11 2.04 1.82 1.67 1.93 1.91
P 1.07 0.96 0.71 0.67 1.07 0.96 1.13 1.02 1.10 1.18 1.01 0.98 1.13 1.19 1.11 0.67 0.53 1.19 0.97 0.90 1.01 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.13 0.14 0.23 0.13
C2 0.03 0.00 0.16 0.19 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.04 0.22 0.25 0.27 0.19
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.07 0.10 0.06 0.14 0.16 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.23 0.23 0.20
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.14 0.13 0.17 0.17 0.15 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.22 0.29 0.16 0.17
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.24 0.25 0.25 0.18
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.03 0.10 0.02 0.01 0.02 0.11 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.30 0.31 0.29 0.23
C5' 0.04 0.11 0.07 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.07 0.04 0.08 0.01 0.01 0.12 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.15 0.04 0.30 0.32 0.32 0.24
C8 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.11 0.05 0.31 0.30 0.24 0.22
N1 0.02 0.00 0.14 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.20 0.04 0.27 0.29 0.30 0.22
N3 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.04 0.20 0.22 0.24 0.17
N6 0.03 0.01 0.10 0.15 0.02 0.07 0.02 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.13 0.15 0.05 0.33 0.35 0.36 0.28
N7 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.10 0.05 0.34 0.34 0.30 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.23 0.22 0.22 0.16
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.10 0.10 0.04 0.12 0.08 0.14 0.13 0.13 0.09 0.06 0.00 0.04 0.07 0.11 0.17 0.24 0.16
O3' 0.09 0.23 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.08 0.15 0.11 0.20 0.20 0.15 0.10 0.04 0.04 0.00 0.07 0.21 0.41 0.16 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.00 0.06 0.11 0.29 0.15
O5' 0.13 0.22 0.21 0.22 0.24 0.02 0.30 0.01 0.30 0.31 0.27 0.20 0.33 0.34 0.23 0.11 0.21 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.25 0.23 0.29 0.25 0.11 0.31 0.12 0.32 0.30 0.29 0.22 0.35 0.34 0.22 0.17 0.41 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.27 0.23 0.16 0.25 0.22 0.29 0.24 0.32 0.24 0.30 0.24 0.36 0.30 0.22 0.24 0.16 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.19 0.20 0.17 0.18 0.05 0.23 0.01 0.24 0.22 0.22 0.17 0.28 0.26 0.16 0.16 0.22 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00