ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52943

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 8, 16, 18, 11, 17, 6, 2, 8, 2, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.044 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.041 std_dev=0.027
N3 B 0, 0.287, 0.497, 0.708, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.497 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.725, 0.945, 1.164, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.945 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.301, 0.544, 0.786, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.544 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.846, 1.096, 1.346, 1.650 max_d=1.650 avg_d=1.096 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.824, 1.115, 1.405, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.115 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.413, 0.706, 0.999, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.706 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.343, 0.636, 0.929, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.636 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.350, 0.679, 1.009, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.679 std_dev=0.330
O3' B 0, 1.135, 1.469, 1.803, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.469 std_dev=0.334
N9 B 0, 0.393, 0.730, 1.066, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.730 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.588, 0.963, 1.339, 2.595 max_d=2.595 avg_d=0.963 std_dev=0.376
O4' B 0, 0.420, 0.802, 1.184, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.802 std_dev=0.382
C5 B 0, 0.376, 0.772, 1.167, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.772 std_dev=0.396
C6 B 0, 0.386, 0.797, 1.208, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.797 std_dev=0.411
C8 B 0, 0.439, 0.904, 1.369, 2.454 max_d=2.454 avg_d=0.904 std_dev=0.465
O5' B 0, 1.395, 1.868, 2.341, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.868 std_dev=0.473
C5' B 0, 0.815, 1.292, 1.770, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.292 std_dev=0.478
N7 B 0, 0.436, 0.937, 1.438, 2.801 max_d=2.801 avg_d=0.937 std_dev=0.501
O4' A 0, 0.039, 0.545, 1.052, 2.476 max_d=2.476 avg_d=0.545 std_dev=0.506
N6 B 0, 0.441, 0.979, 1.517, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.979 std_dev=0.538
C2' A 0, -0.152, 0.441, 1.034, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.441 std_dev=0.593
C4' A 0, 0.123, 0.779, 1.435, 3.221 max_d=3.221 avg_d=0.779 std_dev=0.656
P B 0, 2.124, 2.857, 3.589, 5.006 max_d=5.006 avg_d=2.857 std_dev=0.732
OP1 B 0, 3.974, 4.731, 5.487, 6.295 max_d=6.295 avg_d=4.731 std_dev=0.757
O2' A 0, -0.105, 0.659, 1.423, 3.532 max_d=3.532 avg_d=0.659 std_dev=0.764
C3' A 0, -0.065, 0.775, 1.615, 3.984 max_d=3.984 avg_d=0.775 std_dev=0.840
O3' A 0, -0.184, 1.003, 2.190, 5.625 max_d=5.625 avg_d=1.003 std_dev=1.187
C5' A 0, 0.202, 1.419, 2.637, 5.996 max_d=5.996 avg_d=1.419 std_dev=1.218
OP2 B 0, 3.278, 4.550, 5.822, 7.446 max_d=7.446 avg_d=4.550 std_dev=1.272
O5' A 0, 0.226, 1.566, 2.907, 6.742 max_d=6.742 avg_d=1.566 std_dev=1.340
OP1 A 0, 0.886, 2.423, 3.960, 8.947 max_d=8.947 avg_d=2.423 std_dev=1.537
P A 0, 0.398, 2.196, 3.994, 9.234 max_d=9.234 avg_d=2.196 std_dev=1.798
OP2 A 0, 0.378, 2.626, 4.874, 11.308 max_d=11.308 avg_d=2.626 std_dev=2.248

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.17 0.31 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.37 0.01 0.37 0.02 0.58 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.36 0.25 0.33 0.42 0.33 0.37
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.12 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.21 0.22 0.24 0.15
C3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.14 0.01 0.11 0.02 0.13 0.29 0.25 0.38 0.13 0.25 0.09 0.02 0.01 0.01 0.26 0.35 0.19 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.13 0.31 0.28 0.45 0.23
C4' 0.01 0.37 0.01 0.01 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.26 0.27 0.37 0.09 0.19 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.12 0.22 0.05
C5 0.01 0.02 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.06 0.51 0.41 0.80 0.45
C5' 0.02 0.58 0.02 0.02 0.22 0.01 0.11 0.00 0.21 0.40 0.43 0.54 0.15 0.31 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.22 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.11 0.44 0.39 0.71 0.38
C8 0.02 0.02 0.07 0.29 0.01 0.26 0.01 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.28 0.15 0.80 0.60 1.12 0.76
N1 0.03 0.01 0.08 0.25 0.01 0.27 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.25 0.19 0.33 0.37 0.42 0.29
N3 0.03 0.01 0.12 0.38 0.01 0.37 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.35 0.25 0.30 0.38 0.28 0.33
N6 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.09 0.02 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.17 0.08 0.54 0.50 0.94 0.52
N7 0.02 0.02 0.06 0.25 0.01 0.19 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.26 0.08 0.79 0.64 1.23 0.79
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.42 0.30 0.59 0.34
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.15 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.06 0.08 0.16 0.18 0.07
O3' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.03 0.15 0.28 0.25 0.35 0.17 0.26 0.09 0.04 0.00 0.02 0.18 0.43 0.20 0.18
O4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.15 0.19 0.25 0.08 0.08 0.01 0.06 0.02 0.00 0.10 0.19 0.27 0.11
O5' 0.18 0.33 0.21 0.26 0.31 0.02 0.51 0.01 0.44 0.80 0.33 0.30 0.54 0.79 0.42 0.08 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.42 0.22 0.35 0.28 0.12 0.41 0.22 0.39 0.60 0.37 0.38 0.50 0.64 0.30 0.16 0.43 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.33 0.24 0.19 0.45 0.22 0.80 0.28 0.71 1.12 0.42 0.28 0.94 1.23 0.59 0.18 0.20 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.37 0.15 0.20 0.23 0.05 0.45 0.02 0.38 0.76 0.29 0.33 0.52 0.79 0.34 0.07 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.18 0.13 0.16 0.11 0.22 0.11 0.25 0.15 0.15 0.19 0.13 0.16 0.12 0.14 0.14 0.22 0.26 0.22 0.22 0.50 0.25
C2 0.18 0.19 0.13 0.15 0.14 0.19 0.14 0.20 0.16 0.15 0.18 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.21 0.24 0.18 0.19 0.46 0.21
C2' 0.19 0.20 0.13 0.16 0.14 0.25 0.14 0.30 0.16 0.19 0.20 0.15 0.17 0.17 0.17 0.14 0.22 0.29 0.28 0.27 0.51 0.30
C3' 0.28 0.25 0.33 0.39 0.19 0.39 0.19 0.43 0.20 0.26 0.24 0.21 0.21 0.23 0.23 0.38 0.49 0.36 0.42 0.42 0.56 0.44
C4 0.16 0.18 0.12 0.14 0.10 0.18 0.11 0.20 0.14 0.13 0.18 0.13 0.15 0.11 0.12 0.13 0.20 0.23 0.18 0.17 0.46 0.21
C4' 0.36 0.23 0.35 0.40 0.23 0.47 0.22 0.51 0.20 0.32 0.22 0.22 0.21 0.27 0.30 0.39 0.45 0.46 0.49 0.47 0.62 0.51
C5 0.15 0.18 0.12 0.13 0.10 0.15 0.10 0.16 0.15 0.11 0.19 0.12 0.16 0.10 0.11 0.14 0.18 0.20 0.15 0.16 0.43 0.20
C5' 0.60 0.26 0.59 0.69 0.37 0.80 0.34 0.85 0.26 0.52 0.25 0.30 0.26 0.43 0.50 0.65 0.74 0.75 0.81 0.85 0.85 0.85
C6 0.14 0.18 0.13 0.13 0.09 0.14 0.10 0.14 0.14 0.10 0.18 0.12 0.15 0.09 0.10 0.15 0.18 0.19 0.14 0.16 0.41 0.20
C8 0.15 0.19 0.12 0.13 0.10 0.17 0.11 0.18 0.16 0.12 0.21 0.13 0.18 0.11 0.12 0.13 0.19 0.22 0.17 0.16 0.44 0.22
N1 0.15 0.19 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.15 0.15 0.12 0.18 0.15 0.15 0.11 0.12 0.14 0.18 0.20 0.14 0.16 0.42 0.18
N3 0.18 0.18 0.13 0.16 0.13 0.21 0.13 0.23 0.15 0.16 0.18 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.22 0.26 0.21 0.21 0.48 0.23
N6 0.16 0.18 0.17 0.17 0.11 0.15 0.12 0.16 0.15 0.12 0.18 0.13 0.16 0.11 0.13 0.17 0.19 0.19 0.18 0.20 0.39 0.23
N7 0.15 0.19 0.13 0.14 0.11 0.15 0.12 0.16 0.16 0.12 0.21 0.13 0.18 0.11 0.12 0.14 0.18 0.20 0.16 0.16 0.42 0.21
N9 0.16 0.18 0.12 0.14 0.10 0.19 0.11 0.21 0.15 0.13 0.19 0.12 0.16 0.11 0.12 0.13 0.20 0.24 0.19 0.18 0.47 0.23
O2' 0.29 0.20 0.22 0.28 0.17 0.40 0.17 0.47 0.16 0.27 0.20 0.16 0.17 0.22 0.24 0.24 0.31 0.42 0.42 0.46 0.61 0.45
O3' 0.27 0.29 0.35 0.43 0.21 0.40 0.21 0.45 0.23 0.27 0.28 0.24 0.24 0.24 0.24 0.40 0.57 0.35 0.45 0.46 0.57 0.47
O4' 0.30 0.21 0.22 0.25 0.21 0.34 0.20 0.37 0.20 0.26 0.22 0.20 0.20 0.23 0.25 0.24 0.27 0.39 0.35 0.30 0.55 0.38
O5' 0.42 0.61 0.38 0.41 0.45 0.51 0.47 0.57 0.56 0.43 0.64 0.49 0.59 0.44 0.41 0.39 0.44 0.52 0.53 0.57 0.60 0.57
OP1 0.49 0.62 0.45 0.51 0.47 0.63 0.49 0.71 0.58 0.48 0.66 0.50 0.62 0.48 0.46 0.46 0.53 0.62 0.65 0.73 0.68 0.71
OP2 0.41 1.05 0.42 0.46 0.67 0.57 0.74 0.67 0.96 0.49 1.12 0.80 1.02 0.61 0.48 0.41 0.52 0.50 0.58 0.72 0.62 0.66
P 0.46 0.61 0.41 0.50 0.40 0.66 0.44 0.75 0.56 0.42 0.66 0.46 0.60 0.42 0.40 0.44 0.53 0.63 0.67 0.77 0.71 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.13 0.27 0.12
C2 0.03 0.00 0.13 0.17 0.01 0.08 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.13 0.21 0.04 0.26 0.33 0.39 0.30
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.10 0.13 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.18 0.38 0.16
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.13 0.13 0.16 0.16 0.13 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.16 0.22 0.45 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.24 0.30 0.32 0.24
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.09 0.07 0.12 0.13 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.14 0.32 0.07
C5 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.32 0.39 0.35 0.29
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.22 0.22 0.19 0.13 0.25 0.25 0.13 0.05 0.03 0.01 0.01 0.18 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.04 0.34 0.43 0.38 0.34
C8 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.06 0.30 0.32 0.32 0.21
N1 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.19 0.04 0.31 0.40 0.39 0.34
N3 0.03 0.01 0.13 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.18 0.04 0.21 0.27 0.36 0.25
N6 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.15 0.05 0.38 0.49 0.41 0.37
N7 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.14 0.05 0.35 0.41 0.38 0.28
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.21 0.24 0.28 0.18
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.11 0.12 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.18 0.44 0.15
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.15 0.14 0.19 0.18 0.15 0.14 0.06 0.04 0.00 0.02 0.15 0.32 0.66 0.29
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.09 0.28 0.14
O5' 0.09 0.26 0.12 0.16 0.24 0.02 0.32 0.01 0.34 0.30 0.31 0.21 0.38 0.35 0.21 0.05 0.15 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.33 0.18 0.22 0.30 0.14 0.39 0.18 0.43 0.32 0.40 0.27 0.49 0.41 0.24 0.18 0.32 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.39 0.38 0.45 0.32 0.32 0.35 0.27 0.38 0.32 0.39 0.36 0.41 0.38 0.28 0.44 0.66 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.30 0.16 0.21 0.24 0.07 0.29 0.02 0.34 0.21 0.34 0.25 0.37 0.28 0.18 0.15 0.29 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00