ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52945

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 3, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.008, 0.039, 0.069, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.039 std_dev=0.031
N3 B 0, 0.235, 0.475, 0.714, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.475 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.285, 0.527, 0.768, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.527 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.409, 0.730, 1.051, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.730 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.310, 0.676, 1.043, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.676 std_dev=0.367
C1' B 0, 0.389, 0.793, 1.197, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.793 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.368, 0.772, 1.177, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.772 std_dev=0.404
N9 B 0, 0.427, 0.846, 1.265, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.846 std_dev=0.419
C2' B 0, 0.330, 0.764, 1.198, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.764 std_dev=0.434
C6 B 0, 0.389, 0.905, 1.421, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.905 std_dev=0.516
C5 B 0, 0.386, 0.906, 1.427, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.906 std_dev=0.521
O4' B 0, 0.675, 1.212, 1.749, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.212 std_dev=0.537
O4' A 0, 0.054, 0.593, 1.131, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.593 std_dev=0.538
C3' B 0, 0.602, 1.148, 1.693, 1.963 max_d=1.963 avg_d=1.148 std_dev=0.546
O3' B 0, 0.670, 1.238, 1.807, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.238 std_dev=0.569
C8 B 0, 0.563, 1.142, 1.722, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.142 std_dev=0.579
C4' B 0, 0.809, 1.389, 1.968, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.389 std_dev=0.580
C2' A 0, -0.054, 0.562, 1.178, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.562 std_dev=0.616
N7 B 0, 0.528, 1.189, 1.850, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.189 std_dev=0.661
N6 B 0, 0.457, 1.158, 1.859, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.158 std_dev=0.701
O2' A 0, 0.025, 0.784, 1.543, 3.429 max_d=3.429 avg_d=0.784 std_dev=0.759
C4' A 0, 0.000, 0.767, 1.534, 3.479 max_d=3.479 avg_d=0.767 std_dev=0.767
C5' B 0, 1.368, 2.226, 3.085, 3.820 max_d=3.820 avg_d=2.226 std_dev=0.859
C3' A 0, -0.080, 0.851, 1.782, 4.134 max_d=4.134 avg_d=0.851 std_dev=0.931
O5' B 0, 0.992, 1.951, 2.910, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.951 std_dev=0.959
P B 0, 1.637, 2.912, 4.186, 4.357 max_d=4.357 avg_d=2.912 std_dev=1.275
O3' A 0, -0.233, 1.104, 2.440, 5.855 max_d=5.855 avg_d=1.104 std_dev=1.337
C5' A 0, 0.208, 1.549, 2.890, 6.260 max_d=6.260 avg_d=1.549 std_dev=1.341
OP1 B 0, 2.107, 3.583, 5.059, 5.635 max_d=5.635 avg_d=3.583 std_dev=1.476
O5' A 0, -0.111, 1.431, 2.973, 6.977 max_d=6.977 avg_d=1.431 std_dev=1.542
OP2 B 0, 3.041, 4.794, 6.546, 6.683 max_d=6.683 avg_d=4.794 std_dev=1.753
OP1 A 0, -0.383, 1.823, 4.030, 9.460 max_d=9.460 avg_d=1.823 std_dev=2.206
P A 0, -0.542, 1.699, 3.941, 9.736 max_d=9.736 avg_d=1.699 std_dev=2.242
OP2 A 0, -0.715, 2.019, 4.753, 11.716 max_d=11.716 avg_d=2.019 std_dev=2.734

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.39 0.57 0.31
C2 0.02 0.00 0.12 0.42 0.01 0.46 0.00 0.73 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.41 0.31 0.65 0.86 0.95 0.86
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.13 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.25 0.30 0.47 0.30
C3' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.19 0.01 0.11 0.03 0.19 0.21 0.32 0.41 0.15 0.16 0.05 0.02 0.01 0.02 0.35 0.30 0.37 0.30
C4 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.21 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.17 0.16 0.33 0.67 0.73 0.55
C4' 0.01 0.46 0.02 0.01 0.21 0.00 0.09 0.01 0.19 0.24 0.35 0.45 0.13 0.16 0.04 0.06 0.03 0.01 0.04 0.17 0.33 0.08
C5 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.06 0.35 0.81 0.84 0.63
C5' 0.05 0.73 0.03 0.03 0.31 0.01 0.20 0.00 0.32 0.42 0.56 0.67 0.26 0.33 0.13 0.06 0.05 0.03 0.01 0.22 0.32 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.19 0.01 0.19 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.20 0.13 0.40 0.85 0.82 0.67
C8 0.01 0.00 0.07 0.21 0.00 0.24 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.19 0.55 0.93 1.12 0.80
N1 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.35 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.32 0.24 0.54 0.86 0.86 0.78
N3 0.02 0.01 0.13 0.41 0.00 0.45 0.00 0.67 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.37 0.32 0.59 0.75 0.86 0.76
N6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.07 0.41 0.94 0.88 0.72
N7 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.16 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.11 0.52 0.99 1.12 0.81
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.27 0.62 0.76 0.50
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.10 0.06 0.06 0.06 0.10 0.11 0.18 0.23 0.08 0.08 0.03 0.00 0.03 0.05 0.11 0.24 0.38 0.13
O3' 0.02 0.41 0.02 0.01 0.17 0.03 0.12 0.05 0.20 0.19 0.32 0.37 0.18 0.16 0.05 0.03 0.00 0.02 0.33 0.35 0.33 0.24
O4' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.03 0.13 0.19 0.24 0.32 0.07 0.11 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.33 0.51 0.23
O5' 0.13 0.65 0.25 0.35 0.33 0.04 0.35 0.01 0.40 0.55 0.54 0.59 0.41 0.52 0.27 0.11 0.33 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.86 0.30 0.30 0.67 0.17 0.81 0.22 0.85 0.93 0.86 0.75 0.94 0.99 0.62 0.24 0.35 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.95 0.47 0.37 0.73 0.33 0.84 0.32 0.82 1.12 0.86 0.86 0.88 1.12 0.76 0.38 0.33 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.86 0.30 0.30 0.55 0.08 0.63 0.01 0.67 0.80 0.78 0.76 0.72 0.81 0.50 0.13 0.24 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.19 0.33 0.28 0.25 0.29 0.23 0.30 0.19 0.32 0.19 0.21 0.19 0.27 0.32 0.26 0.31 0.44 0.29 0.38 0.53 0.31
C2 0.40 0.23 0.35 0.28 0.29 0.30 0.29 0.30 0.25 0.36 0.23 0.25 0.25 0.33 0.35 0.30 0.33 0.46 0.28 0.37 0.51 0.30
C2' 0.46 0.22 0.40 0.31 0.32 0.37 0.31 0.38 0.26 0.43 0.23 0.26 0.25 0.37 0.41 0.34 0.27 0.53 0.34 0.46 0.56 0.35
C3' 0.60 0.26 0.58 0.54 0.41 0.57 0.39 0.58 0.30 0.55 0.26 0.33 0.30 0.47 0.53 0.55 0.52 0.68 0.52 0.61 0.64 0.51
C4 0.36 0.20 0.32 0.27 0.25 0.26 0.24 0.27 0.21 0.31 0.20 0.22 0.20 0.27 0.31 0.24 0.31 0.41 0.28 0.35 0.52 0.30
C4' 0.62 0.24 0.56 0.53 0.40 0.60 0.36 0.62 0.27 0.53 0.23 0.33 0.25 0.44 0.53 0.53 0.50 0.72 0.57 0.65 0.65 0.57
C5 0.31 0.19 0.30 0.26 0.23 0.22 0.21 0.23 0.19 0.27 0.20 0.20 0.19 0.24 0.28 0.21 0.29 0.34 0.29 0.34 0.54 0.32
C5' 0.85 0.32 0.80 0.81 0.55 0.91 0.50 0.94 0.36 0.72 0.29 0.46 0.33 0.60 0.72 0.78 0.78 0.98 0.89 0.99 0.88 0.90
C6 0.31 0.21 0.29 0.25 0.24 0.21 0.23 0.22 0.21 0.27 0.21 0.21 0.21 0.25 0.28 0.21 0.28 0.32 0.29 0.33 0.55 0.33
C8 0.31 0.18 0.29 0.26 0.21 0.23 0.19 0.23 0.18 0.26 0.19 0.19 0.18 0.22 0.27 0.21 0.29 0.35 0.29 0.36 0.55 0.33
N1 0.37 0.23 0.33 0.26 0.28 0.25 0.27 0.25 0.25 0.33 0.23 0.24 0.25 0.30 0.33 0.25 0.30 0.39 0.28 0.32 0.52 0.30
N3 0.40 0.22 0.34 0.28 0.28 0.30 0.27 0.30 0.23 0.35 0.22 0.24 0.23 0.31 0.35 0.29 0.33 0.46 0.28 0.39 0.51 0.30
N6 0.24 0.20 0.26 0.25 0.21 0.19 0.20 0.20 0.20 0.23 0.20 0.19 0.20 0.21 0.23 0.24 0.27 0.24 0.32 0.39 0.59 0.39
N7 0.28 0.18 0.28 0.26 0.20 0.21 0.19 0.22 0.18 0.24 0.19 0.19 0.18 0.20 0.25 0.21 0.29 0.31 0.30 0.38 0.56 0.35
N9 0.35 0.19 0.32 0.27 0.24 0.26 0.22 0.27 0.19 0.30 0.19 0.21 0.19 0.25 0.30 0.24 0.30 0.40 0.29 0.35 0.53 0.30
O2' 0.48 0.22 0.40 0.34 0.32 0.44 0.31 0.46 0.25 0.43 0.22 0.26 0.24 0.37 0.42 0.37 0.33 0.57 0.39 0.56 0.62 0.43
O3' 0.63 0.28 0.63 0.60 0.44 0.62 0.43 0.64 0.34 0.60 0.29 0.35 0.34 0.52 0.56 0.61 0.60 0.71 0.54 0.66 0.68 0.52
O4' 0.49 0.21 0.41 0.37 0.32 0.44 0.28 0.44 0.22 0.40 0.20 0.27 0.21 0.33 0.41 0.36 0.35 0.58 0.42 0.47 0.57 0.43
O5' 0.87 0.44 0.71 0.75 0.61 0.96 0.58 1.01 0.50 0.76 0.45 0.52 0.50 0.67 0.75 0.73 0.68 1.05 0.93 0.97 0.93 0.93
OP1 1.29 1.07 1.13 1.13 1.17 1.29 1.16 1.35 1.11 1.27 1.07 1.11 1.11 1.22 1.24 1.06 0.99 1.42 1.31 1.35 1.32 1.33
OP2 1.25 0.95 1.12 1.17 1.01 1.35 0.99 1.44 0.95 1.14 0.96 0.97 0.96 1.05 1.13 1.04 1.08 1.43 1.41 1.47 1.44 1.45
P 1.22 0.79 1.04 1.07 0.97 1.29 0.93 1.36 0.84 1.12 0.79 0.89 0.83 1.02 1.11 0.99 0.94 1.40 1.31 1.36 1.33 1.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.16 0.33 0.35 0.18
C2 0.04 0.00 0.15 0.21 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.22 0.10 0.42 0.58 0.71 0.55
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.07 0.13 0.15 0.10 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.31 0.26 0.63 0.34
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.19 0.00 0.23 0.02 0.25 0.21 0.24 0.18 0.28 0.25 0.15 0.02 0.01 0.01 0.45 0.26 0.77 0.43
C4 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.05 0.44 0.54 0.66 0.52
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.13 0.19 0.08 0.05 0.17 0.20 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.22 0.33 0.06
C5 0.01 0.00 0.07 0.23 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.25 0.04 0.60 0.65 0.86 0.70
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.18 0.01 0.28 0.00 0.29 0.32 0.22 0.11 0.35 0.36 0.17 0.06 0.03 0.02 0.01 0.32 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.28 0.06 0.62 0.71 0.93 0.76
C8 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.19 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.23 0.07 0.63 0.56 0.79 0.64
N1 0.03 0.00 0.13 0.24 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.09 0.53 0.67 0.85 0.68
N3 0.04 0.00 0.15 0.18 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.18 0.10 0.35 0.51 0.60 0.45
N6 0.01 0.01 0.10 0.28 0.01 0.17 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.32 0.06 0.70 0.79 1.06 0.88
N7 0.01 0.00 0.07 0.25 0.01 0.20 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.28 0.04 0.71 0.68 0.96 0.79
N9 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.01 0.41 0.46 0.57 0.43
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.14 0.06 0.11 0.06 0.15 0.06 0.20 0.22 0.14 0.07 0.06 0.00 0.06 0.09 0.13 0.18 0.50 0.20
O3' 0.03 0.22 0.02 0.01 0.17 0.03 0.25 0.03 0.28 0.23 0.25 0.18 0.32 0.28 0.13 0.06 0.00 0.03 0.42 0.32 0.92 0.44
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.10 0.06 0.04 0.01 0.09 0.03 0.00 0.15 0.34 0.34 0.14
O5' 0.16 0.42 0.31 0.45 0.44 0.02 0.60 0.01 0.62 0.63 0.53 0.35 0.70 0.71 0.41 0.13 0.42 0.15 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.33 0.58 0.26 0.26 0.54 0.22 0.65 0.32 0.71 0.56 0.67 0.51 0.79 0.68 0.46 0.18 0.32 0.34 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.71 0.63 0.77 0.66 0.33 0.86 0.30 0.93 0.79 0.85 0.60 1.06 0.96 0.57 0.50 0.92 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.55 0.34 0.43 0.52 0.06 0.70 0.02 0.76 0.64 0.68 0.45 0.88 0.79 0.43 0.20 0.44 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00