Doublet Group distance statistics: 52947

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N6	A	0, 0.014, 0.033, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N7	A	0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O2'	B	0, 0.125, 0.263, 0.401, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.263 std_dev=0.138
C1'	B	0, 0.176, 0.361, 0.545, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.361 std_dev=0.184
C2'	B	0, 0.178, 0.363, 0.547, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.363 std_dev=0.185
N3	B	0, 0.201, 0.412, 0.623, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.412 std_dev=0.211
P	A	0, 0.143, 0.358, 0.573, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.358 std_dev=0.215
N9	B	0, 0.214, 0.434, 0.654, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.434 std_dev=0.220
O4'	A	0, 0.027, 0.251, 0.475, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.251 std_dev=0.224
C4	B	0, 0.224, 0.452, 0.680, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.452 std_dev=0.228
C2'	A	0, 0.027, 0.271, 0.516, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.271 std_dev=0.244
C2	B	0, 0.244, 0.491, 0.739, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.491 std_dev=0.247
O4'	B	0, 0.193, 0.442, 0.691, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.442 std_dev=0.249
C3'	B	0, 0.242, 0.494, 0.745, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.494 std_dev=0.251
O3'	B	0, 0.251, 0.513, 0.776, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.513 std_dev=0.263
C4'	B	0, 0.229, 0.505, 0.781, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.505 std_dev=0.276
C8	B	0, 0.252, 0.532, 0.813, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.532 std_dev=0.280
C5	B	0, 0.274, 0.558, 0.842, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.558 std_dev=0.284
O2'	A	0, 0.057, 0.356, 0.655, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.356 std_dev=0.299
N1	B	0, 0.290, 0.591, 0.892, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.591 std_dev=0.301
N7	B	0, 0.287, 0.603, 0.919, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.603 std_dev=0.316
C6	B	0, 0.305, 0.626, 0.948, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.626 std_dev=0.321
OP1	A	0, 0.220, 0.545, 0.869, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.545 std_dev=0.325
C4'	A	0, 0.025, 0.367, 0.708, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.367 std_dev=0.341
C5'	B	0, 0.284, 0.659, 1.034, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.659 std_dev=0.375
C3'	A	0, 0.069, 0.452, 0.834, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.452 std_dev=0.382
N6	B	0, 0.353, 0.738, 1.124, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.738 std_dev=0.386
O5'	B	0, 0.334, 0.749, 1.165, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.749 std_dev=0.415
O5'	A	0, 0.020, 0.437, 0.854, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.437 std_dev=0.417
P	B	0, 0.367, 0.790, 1.214, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.790 std_dev=0.423
OP2	B	0, 0.373, 0.802, 1.231, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.802 std_dev=0.429
OP1	B	0, 0.354, 0.789, 1.224, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.789 std_dev=0.435
OP2	A	0, 0.194, 0.674, 1.154, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.674 std_dev=0.480
O3'	A	0, 0.110, 0.672, 1.233, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.672 std_dev=0.561
C5'	A	0, 0.060, 0.653, 1.247, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.653 std_dev=0.594

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.11	0.23	0.42	0.17
C2	0.02	0.00	0.17	0.20	0.01	0.09	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.25	0.01	0.20	0.30	0.40	0.19
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.06	0.01	0.09	0.05	0.14	0.17	0.08	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.16	0.16	0.29	0.07
C3'	0.02	0.20	0.00	0.00	0.11	0.00	0.08	0.00	0.11	0.12	0.16	0.19	0.10	0.09	0.05	0.01	0.01	0.01	0.18	0.18	0.18	0.10
C4	0.01	0.01	0.09	0.11	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.13	0.01	0.23	0.28	0.41	0.18
C4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.09	0.07	0.08	0.05	0.07	0.03	0.04	0.03	0.00	0.03	0.18	0.22	0.07
C5	0.00	0.00	0.06	0.08	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.09	0.02	0.29	0.28	0.37	0.17
C5'	0.02	0.07	0.01	0.00	0.03	0.01	0.06	0.00	0.06	0.14	0.06	0.07	0.08	0.13	0.05	0.04	0.03	0.02	0.01	0.16	0.04	0.01
C6	0.01	0.00	0.09	0.11	0.01	0.04	0.01	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.14	0.02	0.30	0.29	0.35	0.18
C8	0.01	0.00	0.05	0.12	0.01	0.09	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.12	0.03	0.31	0.26	0.41	0.17
N1	0.02	0.00	0.14	0.16	0.01	0.07	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.14	0.21	0.02	0.26	0.30	0.37	0.18
N3	0.02	0.01	0.17	0.19	0.00	0.08	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.15	0.23	0.01	0.18	0.29	0.41	0.19
N6	0.01	0.01	0.08	0.10	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.12	0.03	0.33	0.28	0.30	0.18
N7	0.01	0.00	0.03	0.09	0.01	0.07	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.09	0.03	0.34	0.28	0.35	0.17
N9	0.00	0.01	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.01	0.22	0.26	0.43	0.18
O2'	0.02	0.17	0.00	0.01	0.08	0.04	0.06	0.04	0.10	0.04	0.14	0.15	0.08	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.10	0.17	0.30	0.09
O3'	0.03	0.25	0.02	0.01	0.13	0.03	0.09	0.03	0.14	0.12	0.21	0.23	0.12	0.09	0.05	0.03	0.00	0.02	0.14	0.25	0.15	0.17
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.04	0.02	0.00	0.06	0.27	0.42	0.23
O5'	0.11	0.20	0.16	0.18	0.23	0.03	0.29	0.01	0.30	0.31	0.26	0.18	0.33	0.34	0.22	0.10	0.14	0.06	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.23	0.30	0.16	0.18	0.28	0.18	0.28	0.16	0.29	0.26	0.30	0.29	0.28	0.28	0.26	0.17	0.25	0.27	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.42	0.40	0.29	0.18	0.41	0.22	0.37	0.04	0.35	0.41	0.37	0.41	0.30	0.35	0.43	0.30	0.15	0.42	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.17	0.19	0.07	0.10	0.18	0.07	0.17	0.01	0.18	0.17	0.18	0.19	0.18	0.17	0.18	0.09	0.17	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.07	0.14	0.14	0.08	0.15	0.07	0.12	0.07	0.12	0.08	0.07	0.07	0.09	0.12	0.14	0.17	0.18	0.14	0.22	0.24	0.17
C2	0.16	0.05	0.14	0.15	0.07	0.16	0.06	0.14	0.03	0.13	0.04	0.04	0.03	0.10	0.12	0.14	0.19	0.18	0.16	0.20	0.23	0.17
C2'	0.27	0.09	0.25	0.25	0.16	0.28	0.14	0.25	0.09	0.22	0.08	0.14	0.08	0.17	0.22	0.25	0.28	0.29	0.26	0.34	0.34	0.29
C3'	0.29	0.09	0.26	0.25	0.16	0.30	0.12	0.27	0.08	0.21	0.08	0.14	0.07	0.16	0.23	0.28	0.27	0.32	0.27	0.34	0.34	0.29
C4	0.17	0.07	0.15	0.14	0.08	0.16	0.07	0.14	0.05	0.13	0.07	0.07	0.05	0.09	0.13	0.14	0.18	0.18	0.15	0.20	0.24	0.17
C4'	0.19	0.09	0.16	0.15	0.10	0.18	0.09	0.15	0.11	0.13	0.13	0.09	0.13	0.09	0.14	0.17	0.17	0.21	0.15	0.23	0.23	0.17
C5	0.17	0.07	0.14	0.13	0.09	0.15	0.07	0.14	0.06	0.12	0.07	0.08	0.06	0.09	0.13	0.12	0.17	0.18	0.15	0.19	0.23	0.16
C5'	0.20	0.17	0.16	0.15	0.14	0.18	0.17	0.15	0.21	0.15	0.22	0.14	0.25	0.16	0.15	0.17	0.18	0.21	0.16	0.22	0.23	0.17
C6	0.17	0.06	0.14	0.13	0.08	0.15	0.06	0.14	0.04	0.12	0.06	0.07	0.04	0.09	0.12	0.11	0.16	0.18	0.16	0.17	0.23	0.15
C8	0.16	0.09	0.14	0.13	0.09	0.14	0.08	0.13	0.08	0.11	0.10	0.09	0.09	0.09	0.12	0.12	0.16	0.17	0.14	0.19	0.22	0.15
N1	0.16	0.05	0.14	0.14	0.07	0.16	0.06	0.15	0.03	0.13	0.04	0.05	0.02	0.09	0.12	0.13	0.18	0.18	0.16	0.18	0.23	0.16
N3	0.16	0.06	0.14	0.14	0.07	0.16	0.06	0.14	0.04	0.13	0.06	0.05	0.05	0.10	0.12	0.14	0.19	0.18	0.15	0.21	0.23	0.17
N6	0.16	0.07	0.13	0.12	0.09	0.14	0.07	0.14	0.06	0.12	0.07	0.08	0.06	0.09	0.13	0.09	0.14	0.17	0.16	0.16	0.23	0.15
N7	0.16	0.09	0.13	0.13	0.09	0.14	0.08	0.13	0.08	0.11	0.09	0.09	0.08	0.09	0.12	0.11	0.16	0.17	0.14	0.18	0.22	0.15
N9	0.17	0.07	0.15	0.14	0.09	0.15	0.07	0.13	0.07	0.12	0.08	0.08	0.07	0.09	0.13	0.13	0.17	0.18	0.15	0.21	0.24	0.16
O2'	0.27	0.11	0.26	0.27	0.17	0.28	0.16	0.26	0.12	0.23	0.11	0.15	0.11	0.19	0.23	0.26	0.29	0.29	0.27	0.35	0.35	0.30
O3'	0.34	0.10	0.31	0.32	0.19	0.36	0.15	0.35	0.09	0.26	0.08	0.17	0.07	0.20	0.27	0.34	0.34	0.38	0.34	0.42	0.40	0.36
O4'	0.15	0.10	0.13	0.12	0.08	0.13	0.09	0.11	0.12	0.11	0.13	0.07	0.14	0.10	0.11	0.12	0.16	0.16	0.12	0.19	0.20	0.14
O5'	0.33	0.39	0.32	0.32	0.36	0.31	0.39	0.31	0.42	0.35	0.42	0.35	0.44	0.38	0.34	0.29	0.33	0.33	0.31	0.29	0.32	0.31
OP1	0.34	0.35	0.32	0.31	0.32	0.34	0.33	0.33	0.37	0.31	0.38	0.33	0.39	0.32	0.32	0.35	0.30	0.35	0.34	0.38	0.39	0.35
OP2	0.38	0.28	0.37	0.35	0.30	0.37	0.28	0.36	0.28	0.31	0.28	0.30	0.30	0.29	0.33	0.40	0.37	0.39	0.37	0.44	0.43	0.38
P	0.27	0.24	0.24	0.22	0.22	0.25	0.23	0.24	0.26	0.22	0.27	0.23	0.28	0.22	0.23	0.26	0.23	0.28	0.25	0.30	0.32	0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.02	0.06	0.03
C2	0.02	0.00	0.04	0.05	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.10	0.05	0.03	0.06	0.07	0.14	0.05
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.05	0.07	0.12	0.05
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.05	0.06	0.05	0.04	0.06	0.06	0.03	0.03	0.00	0.01	0.04	0.10	0.12	0.06
C4	0.01	0.00	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.04	0.02	0.08	0.06	0.13	0.05
C4'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.01	0.03	0.06	0.02	0.01	0.04	0.06	0.03	0.05	0.03	0.00	0.02	0.02	0.04	0.02
C5	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.05	0.02	0.10	0.10	0.16	0.09
C5'	0.02	0.03	0.01	0.02	0.04	0.01	0.07	0.00	0.07	0.10	0.05	0.02	0.08	0.10	0.05	0.04	0.08	0.02	0.00	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.05	0.03	0.10	0.11	0.17	0.10
C8	0.01	0.01	0.02	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.02	0.13	0.09	0.13	0.08
N1	0.02	0.00	0.03	0.05	0.01	0.02	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.05	0.03	0.08	0.09	0.16	0.08
N3	0.02	0.00	0.04	0.04	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.04	0.03	0.06	0.04	0.12	0.03
N6	0.01	0.01	0.02	0.06	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.06	0.02	0.11	0.13	0.18	0.12
N7	0.01	0.00	0.02	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.02	0.13	0.12	0.17	0.11
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.03	0.02	0.08	0.04	0.10	0.04
O2'	0.01	0.10	0.00	0.03	0.06	0.05	0.04	0.04	0.06	0.02	0.09	0.09	0.05	0.01	0.02	0.00	0.07	0.05	0.06	0.06	0.11	0.04
O3'	0.02	0.05	0.04	0.00	0.04	0.03	0.05	0.08	0.05	0.06	0.05	0.04	0.06	0.06	0.03	0.07	0.00	0.01	0.08	0.14	0.13	0.10
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.00	0.03	0.08	0.03	0.07
O5'	0.04	0.06	0.05	0.04	0.08	0.02	0.10	0.00	0.10	0.13	0.08	0.06	0.11	0.13	0.08	0.06	0.08	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01
OP1	0.02	0.07	0.07	0.10	0.06	0.02	0.10	0.04	0.11	0.09	0.09	0.04	0.13	0.12	0.04	0.06	0.14	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.06	0.14	0.12	0.12	0.13	0.04	0.16	0.02	0.17	0.13	0.16	0.12	0.18	0.17	0.10	0.11	0.13	0.03	0.03	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.05	0.05	0.06	0.05	0.02	0.09	0.01	0.10	0.08	0.08	0.03	0.12	0.11	0.04	0.04	0.10	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00