Doublet Group distance statistics: 52948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6	A	0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.019
C1'	A	0, 0.003, 0.027, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N3	A	0, 0.002, 0.029, 0.056, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C5	A	0, -0.003, 0.029, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.032
N1	A	0, -0.003, 0.030, 0.064, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.030 std_dev=0.033
C4	A	0, -0.004, 0.040, 0.084, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.040 std_dev=0.044
N9	A	0, -0.004, 0.045, 0.094, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.045 std_dev=0.049
N6	A	0, 0.001, 0.056, 0.111, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.056 std_dev=0.055
N7	A	0, -0.011, 0.064, 0.138, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.064 std_dev=0.075
C8	A	0, -0.010, 0.078, 0.165, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.078 std_dev=0.088
O4'	A	0, 0.070, 0.284, 0.498, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.284 std_dev=0.214
C2	B	0, 0.148, 0.476, 0.803, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.476 std_dev=0.327
C4'	A	0, 0.144, 0.474, 0.805, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.474 std_dev=0.331
N3	B	0, 0.116, 0.449, 0.783, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.449 std_dev=0.333
N1	B	0, 0.205, 0.540, 0.875, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.540 std_dev=0.335
C6	B	0, 0.123, 0.460, 0.797, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.460 std_dev=0.337
C2'	A	0, 0.101, 0.442, 0.784, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.442 std_dev=0.341
N6	B	0, 0.119, 0.491, 0.862, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.491 std_dev=0.372
C5	B	0, 0.166, 0.585, 1.004, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.585 std_dev=0.419
C3'	A	0, 0.187, 0.629, 1.071, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.629 std_dev=0.442
C4	B	0, 0.136, 0.580, 1.023, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.580 std_dev=0.443
O2'	A	0, 0.258, 0.718, 1.178, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.718 std_dev=0.460
O3'	A	0, 0.223, 0.819, 1.414, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.819 std_dev=0.595
C5'	A	0, 0.265, 0.890, 1.515, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.890 std_dev=0.625
N7	B	0, 0.108, 0.791, 1.474, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.791 std_dev=0.683
C5'	B	0, 0.448, 1.148, 1.848, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.148 std_dev=0.700
N9	B	0, 0.058, 0.788, 1.517, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.788 std_dev=0.729
O5'	A	0, 0.255, 0.990, 1.725, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.990 std_dev=0.735
O4'	B	0, 0.207, 1.010, 1.813, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.010 std_dev=0.803
C4'	B	0, 0.183, 1.022, 1.862, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.022 std_dev=0.839
C1'	B	0, 0.070, 0.948, 1.826, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.948 std_dev=0.878
C3'	B	0, 0.234, 1.115, 1.995, 2.269 max_d=2.269 avg_d=1.115 std_dev=0.881
C8	B	0, 0.018, 0.908, 1.798, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.908 std_dev=0.890
P	A	0, 0.359, 1.278, 2.197, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.278 std_dev=0.919
C2'	B	0, 0.391, 1.372, 2.353, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.372 std_dev=0.981
O3'	B	0, -0.036, 0.964, 1.964, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.964 std_dev=1.000
OP2	A	0, 0.584, 1.641, 2.697, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.641 std_dev=1.056
OP2	B	0, 0.507, 1.739, 2.972, 3.222 max_d=3.222 avg_d=1.739 std_dev=1.233
OP1	A	0, 0.484, 1.819, 3.154, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.819 std_dev=1.335
O2'	B	0, 0.556, 1.894, 3.232, 3.780 max_d=3.780 avg_d=1.894 std_dev=1.338
O5'	B	0, 0.243, 1.628, 3.013, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.628 std_dev=1.385
P	B	0, 0.296, 1.724, 3.151, 3.662 max_d=3.662 avg_d=1.724 std_dev=1.428
OP1	B	0, 0.457, 2.131, 3.805, 3.917 max_d=3.917 avg_d=2.131 std_dev=1.674

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.05	0.41	0.35	0.04
C2	0.04	0.00	0.14	0.20	0.00	0.08	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.24	0.02	0.14	0.28	0.60	0.16
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.08	0.01	0.09	0.03	0.11	0.08	0.13	0.14	0.13	0.10	0.03	0.00	0.04	0.00	0.17	0.46	0.27	0.11
C3'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.13	0.00	0.12	0.04	0.15	0.08	0.18	0.19	0.16	0.10	0.07	0.02	0.00	0.01	0.30	0.36	0.23	0.17
C4	0.02	0.00	0.08	0.13	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.14	0.02	0.14	0.21	0.60	0.18
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.06	0.07	0.07	0.08	0.06	0.06	0.04	0.07	0.02	0.00	0.02	0.46	0.19	0.16
C5	0.02	0.00	0.09	0.12	0.00	0.06	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.15	0.03	0.20	0.11	0.76	0.30
C5'	0.04	0.13	0.03	0.04	0.13	0.01	0.16	0.00	0.16	0.17	0.15	0.12	0.18	0.18	0.11	0.06	0.04	0.02	0.01	0.10	0.27	0.01
C6	0.03	0.00	0.11	0.15	0.01	0.06	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.20	0.03	0.22	0.13	0.80	0.33
C8	0.01	0.00	0.08	0.08	0.00	0.07	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.08	0.05	0.19	0.07	0.72	0.30
N1	0.03	0.00	0.13	0.18	0.01	0.07	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.23	0.02	0.19	0.18	0.72	0.25
N3	0.04	0.00	0.14	0.19	0.00	0.08	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.21	0.03	0.11	0.33	0.52	0.10
N6	0.02	0.00	0.13	0.16	0.01	0.06	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.14	0.21	0.04	0.25	0.19	0.90	0.41
N7	0.01	0.01	0.10	0.10	0.01	0.06	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.12	0.05	0.22	0.15	0.84	0.38
N9	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.07	0.02	0.13	0.21	0.55	0.15
O2'	0.02	0.13	0.00	0.02	0.07	0.07	0.09	0.06	0.12	0.05	0.14	0.11	0.14	0.08	0.02	0.00	0.09	0.05	0.10	0.74	0.10	0.29
O3'	0.02	0.24	0.04	0.00	0.14	0.02	0.15	0.04	0.20	0.08	0.23	0.21	0.21	0.12	0.07	0.09	0.00	0.02	0.27	0.49	0.07	0.22
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.05	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.05	0.02	0.00	0.13	0.41	0.29	0.11
O5'	0.05	0.14	0.17	0.30	0.14	0.02	0.20	0.01	0.22	0.19	0.19	0.11	0.25	0.22	0.13	0.10	0.27	0.13	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.41	0.28	0.46	0.36	0.21	0.46	0.11	0.10	0.13	0.07	0.18	0.33	0.19	0.15	0.21	0.74	0.49	0.41	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.35	0.60	0.27	0.23	0.60	0.19	0.76	0.27	0.80	0.72	0.72	0.52	0.90	0.84	0.55	0.10	0.07	0.29	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.16	0.11	0.17	0.18	0.16	0.30	0.01	0.33	0.30	0.25	0.10	0.41	0.38	0.15	0.29	0.22	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.41	0.11	0.41	0.43	0.19	0.60	0.18	0.61	0.13	0.29	0.11	0.14	0.12	0.23	0.28	0.57	0.50	0.53	0.61	1.06	0.44	0.58
C2	0.42	0.18	0.36	0.40	0.08	0.65	0.07	0.66	0.07	0.25	0.16	0.07	0.08	0.16	0.23	0.56	0.44	0.59	0.68	1.13	0.53	0.71
C2'	0.39	0.17	0.35	0.38	0.24	0.59	0.23	0.62	0.20	0.30	0.17	0.21	0.20	0.27	0.29	0.48	0.44	0.54	0.54	0.99	0.42	0.54
C3'	0.34	0.19	0.35	0.36	0.22	0.54	0.22	0.56	0.21	0.26	0.19	0.21	0.21	0.24	0.26	0.47	0.42	0.48	0.47	0.85	0.48	0.47
C4	0.41	0.12	0.40	0.41	0.16	0.59	0.15	0.58	0.10	0.28	0.11	0.11	0.10	0.21	0.26	0.58	0.45	0.53	0.61	1.01	0.44	0.57
C4'	0.34	0.11	0.38	0.38	0.18	0.54	0.18	0.54	0.14	0.24	0.12	0.14	0.14	0.21	0.23	0.52	0.45	0.46	0.50	0.92	0.44	0.47
C5	0.41	0.12	0.40	0.38	0.18	0.55	0.17	0.52	0.11	0.28	0.11	0.13	0.11	0.22	0.28	0.58	0.40	0.52	0.57	0.88	0.40	0.48
C5'	0.17	0.12	0.29	0.26	0.09	0.36	0.11	0.36	0.12	0.11	0.13	0.09	0.12	0.12	0.09	0.42	0.33	0.28	0.32	0.69	0.50	0.33
C6	0.43	0.15	0.37	0.36	0.13	0.56	0.12	0.53	0.08	0.26	0.13	0.08	0.08	0.18	0.26	0.58	0.36	0.55	0.59	0.87	0.42	0.50
C8	0.39	0.14	0.41	0.40	0.24	0.52	0.23	0.49	0.17	0.30	0.13	0.19	0.17	0.27	0.30	0.57	0.43	0.48	0.54	0.84	0.36	0.41
N1	0.44	0.19	0.35	0.37	0.07	0.63	0.06	0.61	0.09	0.24	0.17	0.08	0.09	0.15	0.23	0.59	0.38	0.60	0.66	1.02	0.49	0.63
N3	0.40	0.14	0.38	0.42	0.11	0.63	0.11	0.64	0.07	0.26	0.13	0.07	0.07	0.18	0.24	0.56	0.47	0.56	0.66	1.13	0.50	0.68
N6	0.43	0.15	0.34	0.31	0.15	0.50	0.12	0.46	0.09	0.25	0.14	0.09	0.09	0.18	0.27	0.50	0.28	0.53	0.55	0.71	0.40	0.39
N7	0.40	0.14	0.40	0.38	0.24	0.50	0.22	0.47	0.17	0.30	0.13	0.20	0.16	0.26	0.30	0.56	0.39	0.47	0.53	0.77	0.36	0.37
N9	0.40	0.12	0.41	0.41	0.19	0.56	0.19	0.55	0.13	0.29	0.11	0.14	0.13	0.24	0.28	0.57	0.46	0.51	0.58	0.97	0.41	0.52
O2'	0.43	0.17	0.33	0.40	0.25	0.65	0.24	0.70	0.19	0.33	0.17	0.22	0.19	0.28	0.32	0.45	0.47	0.60	0.61	1.12	0.41	0.62
O3'	0.36	0.24	0.33	0.37	0.26	0.58	0.25	0.63	0.24	0.28	0.24	0.25	0.25	0.26	0.28	0.45	0.44	0.53	0.48	0.87	0.49	0.50
O4'	0.38	0.13	0.42	0.43	0.19	0.57	0.18	0.56	0.14	0.28	0.14	0.15	0.14	0.23	0.27	0.59	0.50	0.49	0.58	1.01	0.41	0.53
O5'	0.60	0.44	0.60	0.57	0.50	0.72	0.49	0.70	0.46	0.53	0.44	0.47	0.46	0.51	0.53	0.73	0.58	0.69	0.70	1.00	0.40	0.55
OP1	0.52	0.60	0.46	0.44	0.54	0.61	0.59	0.59	0.65	0.53	0.65	0.53	0.70	0.58	0.51	0.62	0.48	0.62	0.59	0.86	0.30	0.45
OP2	1.20	1.29	1.04	1.04	1.28	1.17	1.32	1.19	1.35	1.28	1.33	1.25	1.37	1.33	1.25	1.07	0.99	1.25	1.21	1.31	0.60	0.94
P	0.74	0.77	0.65	0.62	0.76	0.78	0.80	0.76	0.82	0.77	0.81	0.74	0.85	0.80	0.74	0.75	0.61	0.81	0.79	1.02	0.19	0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.04	0.01	0.02	0.04	0.04	0.04	0.08	0.09	0.02	0.03	0.00	0.03	0.06	0.00	0.14	0.23	0.63	0.28
C2	0.09	0.00	0.11	0.19	0.01	0.02	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.10	0.19	0.14	0.25	0.27	0.71	0.37
C2'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.07	0.01	0.08	0.06	0.06	0.16	0.06	0.13	0.08	0.14	0.07	0.01	0.02	0.01	0.38	0.57	0.38	0.30
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.15	0.00	0.14	0.02	0.18	0.03	0.19	0.17	0.19	0.09	0.07	0.04	0.00	0.01	0.43	0.71	0.26	0.38
C4	0.04	0.01	0.07	0.15	0.00	0.04	0.00	0.14	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.10	0.14	0.05	0.25	0.25	0.70	0.35
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.10	0.14	0.04	0.04	0.15	0.16	0.06	0.07	0.06	0.00	0.02	0.24	0.46	0.11
C5	0.02	0.01	0.08	0.14	0.00	0.11	0.00	0.23	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.15	0.14	0.03	0.27	0.28	0.71	0.38
C5'	0.04	0.11	0.06	0.02	0.14	0.01	0.23	0.00	0.24	0.24	0.17	0.08	0.32	0.29	0.13	0.02	0.13	0.02	0.01	0.17	0.39	0.04
C6	0.04	0.01	0.06	0.18	0.01	0.10	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.18	0.03	0.26	0.30	0.72	0.40
C8	0.04	0.01	0.16	0.03	0.00	0.14	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.17	0.05	0.15	0.28	0.26	0.69	0.34
N1	0.08	0.00	0.06	0.19	0.02	0.04	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.14	0.19	0.09	0.26	0.28	0.72	0.39
N3	0.09	0.01	0.13	0.17	0.00	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.17	0.16	0.25	0.28	0.70	0.36
N6	0.02	0.01	0.08	0.19	0.01	0.15	0.01	0.32	0.00	0.03	0.01	0.00	0.00	0.03	0.01	0.18	0.19	0.05	0.25	0.36	0.72	0.43
N7	0.03	0.01	0.14	0.09	0.00	0.16	0.00	0.29	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.18	0.09	0.12	0.28	0.31	0.70	0.37
N9	0.00	0.02	0.07	0.07	0.01	0.06	0.00	0.13	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.11	0.07	0.02	0.25	0.24	0.68	0.32
O2'	0.03	0.10	0.01	0.04	0.10	0.07	0.15	0.02	0.16	0.17	0.14	0.07	0.18	0.18	0.11	0.00	0.11	0.06	0.16	0.47	0.40	0.18
O3'	0.06	0.19	0.02	0.00	0.14	0.06	0.14	0.13	0.18	0.05	0.19	0.17	0.19	0.09	0.07	0.11	0.00	0.02	0.35	0.92	0.24	0.47
O4'	0.00	0.14	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.02	0.03	0.15	0.09	0.16	0.05	0.12	0.02	0.06	0.02	0.00	0.10	0.17	0.74	0.39
O5'	0.14	0.25	0.38	0.43	0.25	0.02	0.27	0.01	0.26	0.28	0.26	0.25	0.25	0.28	0.25	0.16	0.35	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.23	0.27	0.57	0.71	0.25	0.24	0.28	0.17	0.30	0.26	0.28	0.28	0.36	0.31	0.24	0.47	0.92	0.17	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.63	0.71	0.38	0.26	0.70	0.46	0.71	0.39	0.72	0.69	0.72	0.70	0.72	0.70	0.68	0.40	0.24	0.74	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.28	0.37	0.30	0.38	0.35	0.11	0.38	0.04	0.40	0.34	0.39	0.36	0.43	0.37	0.32	0.18	0.47	0.39	0.01	0.00	0.01	0.00