ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52949

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.002, 0.025, 0.049, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.001, 0.029, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.001, 0.038, 0.076, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.038 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.001, 0.060, 0.120, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.060 std_dev=0.059
O4' A 0, -0.003, 0.063, 0.129, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.063 std_dev=0.066
C8 A 0, -0.002, 0.072, 0.145, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.072 std_dev=0.073
C2' A 0, -0.005, 0.092, 0.189, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.092 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.018, 0.171, 0.324, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.171 std_dev=0.153
C4' A 0, -0.030, 0.133, 0.296, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.133 std_dev=0.163
C3' A 0, 0.003, 0.179, 0.355, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.179 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.035, 0.275, 0.515, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.275 std_dev=0.240
C5' A 0, -0.013, 0.230, 0.473, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.230 std_dev=0.243
P A 0, 0.020, 0.292, 0.563, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.292 std_dev=0.272
O3' A 0, 0.013, 0.295, 0.576, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.295 std_dev=0.281
OP2 A 0, 0.012, 0.300, 0.589, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.300 std_dev=0.288
O2' B 0, -0.002, 0.317, 0.635, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.317 std_dev=0.318
OP1 A 0, 0.014, 0.343, 0.673, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.329
C2' B 0, -0.054, 0.388, 0.829, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.388 std_dev=0.442
C1' B 0, -0.078, 0.449, 0.976, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.449 std_dev=0.527
N3 B 0, -0.055, 0.508, 1.070, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.508 std_dev=0.563
O3' B 0, -0.048, 0.551, 1.150, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.551 std_dev=0.599
C3' B 0, -0.073, 0.539, 1.151, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.539 std_dev=0.612
C2 B 0, -0.069, 0.568, 1.205, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.568 std_dev=0.637
O4' B 0, -0.106, 0.533, 1.172, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.533 std_dev=0.639
N9 B 0, -0.120, 0.521, 1.162, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.521 std_dev=0.641
C4 B 0, -0.104, 0.539, 1.182, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.539 std_dev=0.643
C4' B 0, -0.113, 0.568, 1.249, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.568 std_dev=0.681
N1 B 0, -0.124, 0.634, 1.392, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.634 std_dev=0.758
C5 B 0, -0.166, 0.607, 1.380, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.607 std_dev=0.773
C8 B 0, -0.182, 0.591, 1.364, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.591 std_dev=0.773
O5' B 0, -0.115, 0.676, 1.468, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.676 std_dev=0.792
C6 B 0, -0.173, 0.648, 1.470, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.648 std_dev=0.822
N7 B 0, -0.212, 0.635, 1.482, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.635 std_dev=0.847
C5' B 0, -0.114, 0.747, 1.609, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.747 std_dev=0.861
OP1 B 0, -0.149, 0.759, 1.667, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.759 std_dev=0.908
N6 B 0, -0.221, 0.718, 1.658, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.718 std_dev=0.940
P B 0, -0.233, 0.772, 1.777, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.772 std_dev=1.005
OP2 B 0, -0.151, 1.051, 2.253, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.051 std_dev=1.202

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.15 0.17 0.13 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.17 0.20 0.06 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.12 0.08 0.07
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.03 0.12 0.14 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.17 0.18 0.07 0.11
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.11 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.15 0.17 0.05 0.10
C5' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.17 0.05 0.19 0.15 0.19 0.10 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.04 0.16 0.18 0.04 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.16 0.02 0.17 0.19 0.13 0.13
N1 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04 0.17 0.20 0.06 0.13
N3 0.02 0.00 0.10 0.14 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.17 0.19 0.06 0.13
N6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.05 0.15 0.18 0.04 0.10
N7 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.15 0.16 0.08 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.18 0.19 0.12 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.11 0.06 0.05
O3' 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.16 0.04 0.08 0.05 0.13 0.08 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02 0.13 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.16 0.17 0.15 0.13
O5' 0.15 0.17 0.10 0.02 0.17 0.02 0.15 0.00 0.16 0.17 0.17 0.17 0.15 0.15 0.18 0.08 0.07 0.16 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.17 0.20 0.12 0.03 0.18 0.06 0.17 0.04 0.18 0.19 0.20 0.19 0.18 0.16 0.19 0.11 0.02 0.17 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.04 0.13 0.06 0.06 0.04 0.08 0.12 0.06 0.13 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.07 0.04 0.11 0.02 0.10 0.01 0.11 0.13 0.13 0.13 0.10 0.10 0.13 0.05 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.05 0.15 0.18 0.06 0.17 0.07 0.16 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.08 0.19 0.17 0.14 0.22 0.31 0.15 0.15
C2 0.07 0.18 0.05 0.07 0.05 0.16 0.06 0.22 0.12 0.05 0.17 0.13 0.12 0.03 0.03 0.11 0.09 0.17 0.30 0.31 0.25 0.25
C2' 0.12 0.08 0.15 0.18 0.09 0.19 0.10 0.19 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.11 0.18 0.17 0.17 0.25 0.30 0.18 0.17
C3' 0.10 0.06 0.15 0.18 0.08 0.18 0.09 0.17 0.09 0.10 0.07 0.06 0.11 0.11 0.09 0.18 0.17 0.14 0.23 0.28 0.18 0.16
C4 0.02 0.07 0.09 0.08 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.16 0.08 0.07 0.17 0.26 0.04 0.07
C4' 0.08 0.08 0.14 0.15 0.08 0.14 0.10 0.13 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.08 0.19 0.15 0.09 0.20 0.27 0.14 0.13
C5 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.13 0.06 0.08 0.17 0.26 0.07 0.09
C5' 0.12 0.15 0.17 0.13 0.15 0.09 0.18 0.06 0.20 0.16 0.18 0.13 0.22 0.19 0.14 0.23 0.13 0.05 0.15 0.26 0.11 0.10
C6 0.16 0.06 0.09 0.10 0.08 0.17 0.08 0.20 0.06 0.15 0.06 0.02 0.06 0.12 0.14 0.09 0.08 0.21 0.26 0.27 0.22 0.21
C8 0.05 0.06 0.14 0.17 0.05 0.13 0.05 0.12 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.20 0.20 0.08 0.14 0.34 0.13 0.14
N1 0.18 0.16 0.11 0.15 0.02 0.25 0.03 0.29 0.07 0.15 0.14 0.08 0.08 0.09 0.13 0.11 0.15 0.27 0.35 0.34 0.32 0.31
N3 0.02 0.13 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.11 0.10 0.03 0.13 0.11 0.11 0.05 0.03 0.14 0.03 0.07 0.21 0.26 0.11 0.12
N6 0.26 0.08 0.17 0.18 0.18 0.25 0.17 0.26 0.12 0.24 0.08 0.13 0.11 0.21 0.24 0.12 0.14 0.29 0.30 0.27 0.28 0.26
N7 0.01 0.08 0.10 0.12 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.05 0.08 0.08 0.09 0.07 0.05 0.16 0.15 0.05 0.11 0.30 0.05 0.09
N9 0.06 0.04 0.13 0.15 0.04 0.12 0.05 0.11 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.19 0.16 0.10 0.17 0.30 0.10 0.11
O2' 0.20 0.14 0.22 0.27 0.17 0.28 0.17 0.28 0.16 0.20 0.15 0.15 0.16 0.19 0.19 0.20 0.24 0.26 0.32 0.34 0.25 0.25
O3' 0.17 0.11 0.22 0.27 0.13 0.27 0.13 0.26 0.12 0.15 0.11 0.12 0.12 0.14 0.15 0.23 0.27 0.22 0.30 0.31 0.24 0.22
O4' 0.06 0.04 0.13 0.14 0.04 0.13 0.06 0.13 0.07 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.04 0.18 0.15 0.10 0.21 0.27 0.11 0.11
O5' 0.19 0.15 0.22 0.24 0.15 0.24 0.14 0.23 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15 0.16 0.25 0.24 0.22 0.27 0.28 0.16 0.16
OP1 0.14 0.09 0.20 0.20 0.09 0.18 0.10 0.17 0.10 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.10 0.25 0.22 0.15 0.20 0.26 0.10 0.11
OP2 0.08 0.07 0.12 0.11 0.06 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.08 0.06 0.13 0.12 0.07 0.16 0.10 0.09 0.19 0.19 0.06 0.05
P 0.11 0.09 0.16 0.16 0.08 0.15 0.09 0.15 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.21 0.16 0.13 0.20 0.24 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.30 0.04 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.10 0.04 0.04 0.26 0.10 0.06
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.09 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.08 0.07
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.07 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.12 0.03
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.06 0.26 0.10 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.23 0.04 0.07
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.23 0.14 0.05
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.08 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.23 0.14 0.05
C8 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.21 0.14 0.05
N1 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.06 0.24 0.13 0.05
N3 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.04 0.04 0.27 0.08 0.07
N6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.11 0.22 0.15 0.05
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.19 0.16 0.04
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.26 0.09 0.08
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.12 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.27 0.06 0.08
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.10 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.11 0.14 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.28 0.01 0.12
O5' 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.11 0.11 0.07 0.06 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.30 0.26 0.25 0.19 0.26 0.23 0.23 0.11 0.23 0.21 0.24 0.27 0.22 0.19 0.26 0.27 0.11 0.28 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.10 0.08 0.12 0.10 0.04 0.14 0.08 0.14 0.14 0.13 0.08 0.15 0.16 0.09 0.06 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.06 0.07 0.03 0.07 0.07 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.03 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00