ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52951

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 15, 21, 13, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C2' B 0, 0.106, 0.221, 0.335, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.221 std_dev=0.115
O2' B 0, 0.088, 0.220, 0.351, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.220 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.077, 0.224, 0.370, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.224 std_dev=0.146
C1' B 0, 0.085, 0.238, 0.390, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.238 std_dev=0.153
C4 B 0, 0.087, 0.243, 0.399, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.243 std_dev=0.156
C3' B 0, 0.101, 0.262, 0.422, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.262 std_dev=0.160
N9 B 0, 0.093, 0.257, 0.420, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.257 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.086, 0.251, 0.415, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.251 std_dev=0.165
O3' B 0, 0.107, 0.297, 0.488, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.297 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.088, 0.280, 0.471, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.280 std_dev=0.192
N2 B 0, 0.072, 0.272, 0.472, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.272 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.080, 0.282, 0.484, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.282 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.069, 0.283, 0.496, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.283 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.074, 0.296, 0.518, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.296 std_dev=0.222
C8 B 0, 0.091, 0.314, 0.537, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.314 std_dev=0.223
C4' B 0, 0.063, 0.287, 0.510, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.287 std_dev=0.223
N7 B 0, 0.084, 0.328, 0.571, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.328 std_dev=0.244
O6 B 0, 0.066, 0.342, 0.618, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.342 std_dev=0.276
C5' B 0, 0.042, 0.334, 0.626, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.334 std_dev=0.292
O4' A 0, -0.170, 0.136, 0.442, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.136 std_dev=0.306
C2' A 0, -0.176, 0.135, 0.446, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.135 std_dev=0.311
C3' A 0, -0.251, 0.183, 0.617, 2.486 max_d=2.486 avg_d=0.183 std_dev=0.434
O2' A 0, -0.223, 0.212, 0.647, 2.512 max_d=2.512 avg_d=0.212 std_dev=0.435
O5' B 0, -0.024, 0.429, 0.882, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.429 std_dev=0.453
C4' A 0, -0.255, 0.205, 0.666, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.205 std_dev=0.461
O3' A 0, -0.292, 0.215, 0.722, 2.917 max_d=2.917 avg_d=0.215 std_dev=0.507
O5' A 0, -0.326, 0.336, 0.998, 3.565 max_d=3.565 avg_d=0.336 std_dev=0.662
C5' A 0, -0.361, 0.313, 0.987, 3.796 max_d=3.796 avg_d=0.313 std_dev=0.674
OP2 B 0, -0.199, 0.488, 1.175, 4.037 max_d=4.037 avg_d=0.488 std_dev=0.687
P B 0, -0.242, 0.477, 1.196, 4.069 max_d=4.069 avg_d=0.477 std_dev=0.719
OP1 A 0, -0.321, 0.447, 1.216, 4.330 max_d=4.330 avg_d=0.447 std_dev=0.769
P A 0, -0.404, 0.394, 1.193, 4.507 max_d=4.507 avg_d=0.394 std_dev=0.799
OP1 B 0, -0.331, 0.614, 1.558, 5.413 max_d=5.413 avg_d=0.614 std_dev=0.944
OP2 A 0, -0.623, 0.551, 1.725, 6.846 max_d=6.846 avg_d=0.551 std_dev=1.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.10 0.21 0.17 0.10
C2 0.03 0.00 0.19 0.13 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.08 0.17 0.17 0.29 0.14 0.09
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08 0.16 0.19 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.29 0.15 0.20
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.16 0.14 0.15 0.11 0.18 0.16 0.10 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.10 0.04
C4 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.09 0.13 0.28 0.18 0.09
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.12 0.08 0.10 0.05 0.10 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.10 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.04 0.12 0.31 0.23 0.11
C5' 0.03 0.15 0.08 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.12 0.12 0.14 0.08 0.11 0.04 0.05 0.09 0.01 0.01 0.16 0.15 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.08 0.14 0.32 0.22 0.10
C8 0.01 0.02 0.08 0.14 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.20 0.06 0.10 0.11 0.30 0.30 0.16
N1 0.03 0.01 0.16 0.15 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.14 0.16 0.31 0.16 0.08
N3 0.03 0.00 0.19 0.11 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.10 0.17 0.17 0.27 0.15 0.10
N6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.08 0.06 0.14 0.33 0.27 0.13
N7 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.08 0.05 0.12 0.33 0.33 0.17
N9 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.09 0.27 0.20 0.09
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.07 0.13 0.11 0.05 0.11 0.20 0.12 0.16 0.13 0.19 0.08 0.00 0.05 0.09 0.12 0.26 0.12 0.16
O3' 0.14 0.08 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.06 0.06 0.06 0.10 0.08 0.08 0.05 0.05 0.00 0.10 0.13 0.25 0.19 0.15
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.10 0.14 0.17 0.06 0.05 0.01 0.09 0.10 0.00 0.06 0.12 0.20 0.08
O5' 0.10 0.17 0.17 0.05 0.13 0.01 0.12 0.01 0.14 0.11 0.16 0.17 0.14 0.12 0.09 0.12 0.13 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.29 0.29 0.07 0.28 0.10 0.31 0.16 0.32 0.30 0.31 0.27 0.33 0.33 0.27 0.26 0.25 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.14 0.15 0.10 0.18 0.12 0.23 0.15 0.22 0.30 0.16 0.15 0.27 0.33 0.20 0.12 0.19 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.09 0.20 0.04 0.09 0.03 0.11 0.01 0.10 0.16 0.08 0.10 0.13 0.17 0.09 0.16 0.15 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.10 0.12 0.12
C2 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.17 0.11 0.08
C2' 0.26 0.10 0.25 0.27 0.18 0.29 0.19 0.30 0.15 0.27 0.11 0.09 0.14 0.24 0.24 0.26 0.25 0.29 0.17 0.15 0.22 0.16 0.12
C3' 0.29 0.14 0.22 0.22 0.24 0.27 0.27 0.29 0.23 0.33 0.17 0.09 0.18 0.32 0.29 0.21 0.17 0.32 0.16 0.24 0.20 0.17 0.13
C4 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09
C4' 0.13 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.15 0.08 0.14 0.08 0.13 0.12 0.09 0.12 0.15 0.11 0.09 0.11 0.13 0.12
C5 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.12 0.11
C5' 0.13 0.15 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.13 0.21 0.13 0.14 0.13 0.12 0.16 0.15 0.12 0.11 0.13 0.15 0.14
C6 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.09 0.08 0.15 0.12 0.09
C8 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.08 0.12 0.14 0.14
N1 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.18 0.11 0.08
N3 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08
N6 0.10 0.07 0.11 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.13 0.12 0.11 0.12 0.08 0.17 0.15 0.12
N7 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.08 0.13 0.14 0.14
N9 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.12 0.12
O2' 0.16 0.13 0.19 0.21 0.12 0.20 0.12 0.21 0.11 0.15 0.12 0.15 0.12 0.14 0.14 0.21 0.24 0.17 0.15 0.11 0.13 0.13 0.14
O3' 0.17 0.08 0.09 0.09 0.14 0.15 0.17 0.16 0.14 0.23 0.09 0.10 0.09 0.22 0.18 0.08 0.11 0.21 0.10 0.16 0.11 0.10 0.11
O4' 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.16 0.12 0.09 0.10 0.14 0.18 0.11 0.19 0.09 0.14 0.18 0.20
O5' 0.19 0.17 0.15 0.15 0.17 0.17 0.18 0.18 0.16 0.23 0.16 0.23 0.16 0.21 0.20 0.15 0.16 0.21 0.16 0.17 0.17 0.19 0.16
OP1 0.24 0.45 0.30 0.30 0.32 0.23 0.30 0.21 0.35 0.22 0.43 0.55 0.39 0.24 0.25 0.30 0.34 0.20 0.25 0.34 0.20 0.26 0.27
OP2 0.30 0.17 0.21 0.21 0.24 0.27 0.28 0.29 0.23 0.36 0.18 0.21 0.18 0.35 0.30 0.18 0.19 0.35 0.30 0.24 0.31 0.29 0.25
P 0.15 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.15 0.11 0.19 0.12 0.22 0.11 0.18 0.15 0.11 0.14 0.18 0.14 0.11 0.14 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.03 0.18 0.10 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.30 0.01 0.42 0.34 0.30
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.05 0.29 0.12 0.14
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.37 0.13 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.30 0.02 0.36 0.26 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.16 0.10 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.36 0.02 0.40 0.33 0.32
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.15 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.39 0.00 0.45 0.40 0.37
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.32 0.03 0.28 0.19 0.22
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.35 0.01 0.46 0.39 0.35
N2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.28 0.02 0.43 0.34 0.29
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.26 0.01 0.37 0.27 0.25
N7 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.37 0.03 0.35 0.29 0.30
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.25 0.03 0.27 0.17 0.18
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.20 0.07 0.06
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.08 0.12 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.42 0.14 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.04 0.08 0.15 0.07
O5' 0.13 0.30 0.12 0.14 0.30 0.01 0.36 0.01 0.39 0.32 0.35 0.28 0.26 0.37 0.25 0.05 0.09 0.07 0.00 0.42 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.09 0.04 0.42 0.00 0.48 0.44 0.41
OP1 0.18 0.42 0.29 0.37 0.36 0.16 0.40 0.15 0.45 0.28 0.46 0.43 0.37 0.35 0.27 0.20 0.42 0.08 0.01 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.34 0.12 0.13 0.26 0.10 0.33 0.17 0.40 0.19 0.39 0.34 0.27 0.29 0.17 0.07 0.14 0.15 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.30 0.14 0.20 0.25 0.03 0.32 0.01 0.37 0.22 0.35 0.29 0.25 0.30 0.18 0.06 0.21 0.07 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00