ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52952

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 11, 4, 15, 4, 5, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.004, 0.009, 0.022, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.009 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.031, 0.100, 0.170, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.100 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.057, 0.136, 0.216, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.136 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.039, 0.138, 0.237, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.138 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.038, 0.140, 0.242, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.140 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.023, 0.142, 0.261, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.142 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.093, 0.223, 0.353, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.223 std_dev=0.130
N2 B 0, 0.208, 0.406, 0.603, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.406 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.027, 0.255, 0.483, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.255 std_dev=0.228
O5' A 0, 0.093, 0.325, 0.557, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.325 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.137, 0.383, 0.629, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.383 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.159, 0.407, 0.656, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.407 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.151, 0.402, 0.652, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.402 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.171, 0.432, 0.693, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.432 std_dev=0.261
O3' B 0, 0.125, 0.387, 0.649, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.387 std_dev=0.262
P A 0, 0.125, 0.392, 0.658, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.392 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.150, 0.443, 0.737, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.443 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.156, 0.450, 0.745, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.450 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.149, 0.449, 0.749, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.449 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.152, 0.462, 0.772, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.462 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.144, 0.460, 0.776, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.460 std_dev=0.316
N9 B 0, 0.156, 0.477, 0.799, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.477 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.169, 0.497, 0.825, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.497 std_dev=0.328
C6 B 0, 0.157, 0.497, 0.836, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.497 std_dev=0.340
C4' B 0, 0.163, 0.503, 0.843, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.503 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.155, 0.500, 0.845, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.500 std_dev=0.345
OP1 A 0, 0.164, 0.524, 0.885, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.524 std_dev=0.360
O6 B 0, 0.172, 0.545, 0.918, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.545 std_dev=0.373
C8 B 0, 0.165, 0.542, 0.918, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.542 std_dev=0.377
N7 B 0, 0.167, 0.558, 0.949, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.558 std_dev=0.391
C5' B 0, 0.173, 0.593, 1.012, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.593 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.144, 0.580, 1.017, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.580 std_dev=0.437
P B 0, 0.158, 0.654, 1.150, 2.157 max_d=2.157 avg_d=0.654 std_dev=0.496
OP2 B 0, 0.157, 0.656, 1.156, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.656 std_dev=0.500
OP1 B 0, 0.174, 0.699, 1.224, 2.271 max_d=2.271 avg_d=0.699 std_dev=0.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.10 0.08 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.07 0.12 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.11 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.12 0.07 0.10 0.06
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.09 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.13 0.07 0.10 0.06
C5' 0.03 0.20 0.05 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.16 0.07 0.19 0.18 0.16 0.10 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.13 0.08 0.12 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.13 0.09 0.09 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.06 0.12 0.09 0.13 0.09
N3 0.03 0.00 0.07 0.07 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.07 0.12 0.07 0.11 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.13 0.08 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.13 0.08 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.08 0.09 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.14 0.09
O3' 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.11 0.07 0.07
O5' 0.10 0.12 0.07 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.06 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.09 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.04 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.13 0.11 0.09 0.10 0.07 0.10 0.04 0.12 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.14 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.03 0.06 0.01 0.07 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.06 0.05 0.05 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.12 0.08 0.06 0.14 0.08 0.09
C2 0.09 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.13 0.09 0.09
C2' 0.10 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.15 0.10 0.09
C3' 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.05 0.09 0.04 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.15 0.09 0.09
C4 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.12 0.08 0.06 0.12 0.08 0.08
C4' 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08 0.16 0.09 0.09
C5 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.12 0.09 0.07 0.12 0.09 0.09
C5' 0.14 0.15 0.13 0.10 0.15 0.11 0.15 0.10 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.12 0.13 0.10 0.15 0.16 0.11 0.10
C6 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.07 0.13 0.10 0.10
C8 0.09 0.06 0.05 0.05 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.04 0.13 0.09 0.07 0.13 0.09 0.09
N1 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.07 0.13 0.10 0.10
N3 0.08 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.11 0.08 0.07 0.13 0.08 0.08
N6 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.08 0.13 0.11 0.10 0.13 0.11 0.11
N7 0.10 0.07 0.06 0.05 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.05 0.13 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09
N9 0.09 0.06 0.05 0.05 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.12 0.09 0.06 0.13 0.09 0.09
O2' 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.16 0.12 0.11
O3' 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.15 0.09 0.09
O4' 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.04 0.13 0.10 0.07 0.15 0.09 0.10
O5' 0.10 0.13 0.05 0.04 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.12 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.05 0.01 0.11 0.08 0.12 0.16 0.08 0.09
OP1 0.05 0.07 0.02 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.01 0.08 0.05 0.07 0.15 0.08 0.07
OP2 0.05 0.09 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.11 0.08 0.06 0.05 0.08 0.02 0.05 0.05 0.07 0.11 0.06 0.05
P 0.04 0.07 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.04 0.04 0.00 0.06 0.03 0.05 0.13 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.08
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.00 0.08 0.11 0.08
C8 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.08 0.02 0.07 0.11 0.07
N1 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08
N2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.05 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07
N3 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.09 0.02 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.09 0.07 0.06
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.10 0.05 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.12 0.09
OP1 0.05 0.07 0.08 0.10 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.09 0.10 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.07 0.05 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.05 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00