Doublet Group distance statistics: 52956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 4, 0, 2, 1, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.038 std_dev=0.018
C1'	A	0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C5	A	0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N1	A	0, 0.021, 0.041, 0.061, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.041 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.021, 0.045, 0.069, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N9	A	0, 0.030, 0.056, 0.081, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.056 std_dev=0.025
N6	A	0, 0.021, 0.053, 0.084, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.053 std_dev=0.032
N7	A	0, 0.022, 0.061, 0.100, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.061 std_dev=0.039
C8	A	0, 0.030, 0.077, 0.124, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.077 std_dev=0.047
O4'	A	0, 0.039, 0.168, 0.297, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.168 std_dev=0.129
C2'	A	0, 0.188, 0.341, 0.495, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.341 std_dev=0.154
C4'	A	0, 0.164, 0.357, 0.551, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.357 std_dev=0.193
O2'	A	0, 0.302, 0.517, 0.733, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.517 std_dev=0.215
O5'	A	0, 0.234, 0.459, 0.683, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.459 std_dev=0.225
C3'	A	0, 0.263, 0.492, 0.720, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.492 std_dev=0.228
O3'	A	0, 0.399, 0.712, 1.024, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.712 std_dev=0.313
N3	B	0, 0.534, 0.857, 1.179, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.857 std_dev=0.322
C2	B	0, 0.567, 0.914, 1.260, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.914 std_dev=0.346
C5'	A	0, 0.233, 0.585, 0.936, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.585 std_dev=0.351
N2	B	0, 0.626, 0.982, 1.339, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.982 std_dev=0.356
C4	B	0, 0.533, 0.896, 1.258, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.896 std_dev=0.363
C5	B	0, 0.550, 0.956, 1.362, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.956 std_dev=0.406
N9	B	0, 0.537, 0.957, 1.376, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.957 std_dev=0.420
N1	B	0, 0.539, 0.963, 1.386, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.963 std_dev=0.423
P	A	0, 0.272, 0.697, 1.121, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.697 std_dev=0.424
C6	B	0, 0.550, 0.981, 1.412, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.981 std_dev=0.431
C2'	B	0, 0.489, 0.944, 1.399, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.944 std_dev=0.455
O2'	B	0, 0.474, 0.935, 1.395, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.935 std_dev=0.461
N7	B	0, 0.592, 1.054, 1.517, 1.616 max_d=1.616 avg_d=1.054 std_dev=0.462
O6	B	0, 0.613, 1.076, 1.538, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.076 std_dev=0.463
C1'	B	0, 0.497, 0.967, 1.436, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.967 std_dev=0.470
C8	B	0, 0.589, 1.063, 1.536, 1.656 max_d=1.656 avg_d=1.063 std_dev=0.473
OP2	A	0, 0.264, 0.845, 1.425, 2.816 max_d=2.816 avg_d=0.845 std_dev=0.580
OP1	A	0, 0.270, 0.856, 1.443, 2.729 max_d=2.729 avg_d=0.856 std_dev=0.587
C3'	B	0, 0.544, 1.137, 1.731, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.137 std_dev=0.593
O4'	B	0, 0.531, 1.181, 1.831, 3.291 max_d=3.291 avg_d=1.181 std_dev=0.650
O3'	B	0, 0.559, 1.242, 1.924, 3.492 max_d=3.492 avg_d=1.242 std_dev=0.683
C4'	B	0, 0.596, 1.296, 1.996, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.296 std_dev=0.700
O5'	B	0, 0.881, 1.667, 2.453, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.667 std_dev=0.786
OP2	B	0, 1.025, 1.846, 2.667, 3.759 max_d=3.759 avg_d=1.846 std_dev=0.821
P	B	0, 0.989, 1.841, 2.694, 4.113 max_d=4.113 avg_d=1.841 std_dev=0.852
C5'	B	0, 0.747, 1.621, 2.495, 4.541 max_d=4.541 avg_d=1.621 std_dev=0.874
OP1	B	0, 0.984, 1.954, 2.924, 4.837 max_d=4.837 avg_d=1.954 std_dev=0.970

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.09	0.08	0.19	0.14
C2	0.03	0.00	0.10	0.09	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.11	0.04	0.15	0.16	0.39	0.25
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.05	0.05	0.08	0.09	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.01	0.13	0.12	0.16	0.12
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.02	0.08	0.10	0.08	0.08	0.09	0.10	0.04	0.02	0.01	0.01	0.17	0.18	0.13	0.14
C4	0.01	0.01	0.05	0.05	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.06	0.05	0.02	0.16	0.17	0.37	0.25
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.08	0.03	0.03	0.06	0.08	0.03	0.03	0.02	0.00	0.02	0.11	0.06	0.05
C5	0.01	0.01	0.04	0.07	0.01	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.07	0.02	0.18	0.24	0.45	0.31
C5'	0.02	0.05	0.02	0.02	0.05	0.01	0.08	0.00	0.08	0.09	0.07	0.04	0.10	0.10	0.05	0.03	0.02	0.02	0.01	0.09	0.14	0.02
C6	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.09	0.03	0.19	0.26	0.47	0.33
C8	0.02	0.01	0.05	0.10	0.01	0.08	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.10	0.04	0.18	0.23	0.38	0.28
N1	0.03	0.01	0.08	0.08	0.01	0.03	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.10	0.04	0.17	0.21	0.44	0.29
N3	0.03	0.00	0.09	0.08	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.10	0.04	0.15	0.13	0.34	0.23
N6	0.02	0.01	0.05	0.09	0.02	0.06	0.01	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.11	0.04	0.21	0.33	0.53	0.37
N7	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.08	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.10	0.04	0.19	0.28	0.46	0.33
N9	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.15	0.14	0.32	0.23
O2'	0.02	0.12	0.01	0.02	0.06	0.03	0.04	0.03	0.07	0.03	0.10	0.11	0.06	0.02	0.02	0.00	0.05	0.03	0.06	0.17	0.07	0.04
O3'	0.02	0.11	0.02	0.01	0.05	0.02	0.07	0.02	0.09	0.10	0.10	0.10	0.11	0.10	0.04	0.05	0.00	0.02	0.15	0.22	0.13	0.11
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.01	0.03	0.02	0.00	0.09	0.12	0.17	0.15
O5'	0.09	0.15	0.13	0.17	0.16	0.02	0.18	0.01	0.19	0.18	0.17	0.15	0.21	0.19	0.15	0.06	0.15	0.09	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.08	0.16	0.12	0.18	0.17	0.11	0.24	0.09	0.26	0.23	0.21	0.13	0.33	0.28	0.14	0.17	0.22	0.12	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.19	0.39	0.16	0.13	0.37	0.06	0.45	0.14	0.47	0.38	0.44	0.34	0.53	0.46	0.32	0.07	0.13	0.17	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.14	0.25	0.12	0.14	0.25	0.05	0.31	0.02	0.33	0.28	0.29	0.23	0.37	0.33	0.23	0.04	0.11	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.22	0.10	0.15	0.15	0.15	0.15	0.14	0.15	0.12	0.20	0.11	0.11	0.13	0.17	0.20	0.15	0.22	0.22	0.17	0.13	0.20	0.17	0.17
C2	0.19	0.11	0.08	0.11	0.14	0.09	0.13	0.09	0.12	0.17	0.13	0.14	0.12	0.15	0.18	0.13	0.20	0.19	0.09	0.14	0.14	0.10	0.10
C2'	0.30	0.14	0.27	0.27	0.22	0.25	0.21	0.24	0.18	0.29	0.15	0.12	0.17	0.25	0.27	0.25	0.30	0.31	0.28	0.18	0.36	0.30	0.30
C3'	0.37	0.15	0.33	0.33	0.26	0.35	0.24	0.34	0.18	0.34	0.15	0.11	0.21	0.29	0.33	0.34	0.36	0.41	0.36	0.18	0.45	0.37	0.39
C4	0.23	0.08	0.13	0.13	0.14	0.15	0.12	0.14	0.10	0.19	0.10	0.09	0.12	0.15	0.20	0.15	0.20	0.24	0.15	0.11	0.19	0.14	0.15
C4'	0.29	0.11	0.21	0.21	0.19	0.23	0.17	0.22	0.13	0.25	0.12	0.11	0.15	0.21	0.25	0.23	0.25	0.30	0.24	0.14	0.30	0.24	0.26
C5	0.25	0.07	0.14	0.14	0.14	0.19	0.10	0.18	0.08	0.18	0.09	0.09	0.12	0.13	0.20	0.18	0.20	0.28	0.16	0.10	0.20	0.13	0.16
C5'	0.33	0.12	0.24	0.24	0.21	0.28	0.18	0.27	0.14	0.28	0.13	0.11	0.18	0.23	0.28	0.27	0.27	0.37	0.28	0.14	0.34	0.26	0.30
C6	0.25	0.09	0.14	0.15	0.14	0.19	0.10	0.19	0.09	0.17	0.11	0.12	0.14	0.12	0.19	0.19	0.20	0.29	0.16	0.11	0.20	0.12	0.15
C8	0.25	0.07	0.15	0.15	0.14	0.20	0.10	0.19	0.08	0.19	0.09	0.09	0.12	0.14	0.20	0.18	0.21	0.29	0.18	0.11	0.22	0.15	0.18
N1	0.21	0.07	0.12	0.14	0.13	0.15	0.09	0.15	0.08	0.16	0.09	0.11	0.12	0.12	0.18	0.17	0.21	0.24	0.13	0.10	0.17	0.10	0.12
N3	0.21	0.12	0.11	0.11	0.16	0.10	0.15	0.10	0.13	0.20	0.13	0.13	0.14	0.17	0.20	0.12	0.20	0.20	0.12	0.14	0.16	0.13	0.13
N6	0.28	0.15	0.18	0.18	0.17	0.24	0.13	0.25	0.14	0.19	0.16	0.19	0.18	0.14	0.22	0.22	0.21	0.34	0.20	0.16	0.23	0.14	0.19
N7	0.26	0.08	0.15	0.15	0.14	0.21	0.10	0.21	0.09	0.18	0.11	0.11	0.13	0.12	0.20	0.19	0.20	0.31	0.18	0.12	0.22	0.13	0.17
N9	0.24	0.08	0.15	0.15	0.15	0.17	0.13	0.16	0.10	0.20	0.09	0.09	0.13	0.16	0.21	0.17	0.21	0.26	0.17	0.11	0.21	0.16	0.17
O2'	0.21	0.12	0.20	0.20	0.17	0.15	0.18	0.16	0.17	0.23	0.15	0.13	0.13	0.21	0.21	0.16	0.25	0.20	0.21	0.18	0.28	0.25	0.23
O3'	0.40	0.17	0.39	0.40	0.28	0.40	0.27	0.39	0.21	0.38	0.17	0.12	0.23	0.33	0.36	0.39	0.43	0.44	0.43	0.21	0.54	0.44	0.46
O4'	0.23	0.11	0.15	0.16	0.15	0.16	0.14	0.17	0.12	0.20	0.12	0.12	0.13	0.16	0.20	0.17	0.23	0.23	0.19	0.13	0.20	0.17	0.18
O5'	0.18	0.17	0.08	0.09	0.14	0.10	0.14	0.09	0.18	0.15	0.20	0.21	0.14	0.14	0.16	0.08	0.18	0.20	0.10	0.20	0.16	0.10	0.11
OP1	0.21	0.22	0.13	0.14	0.14	0.17	0.15	0.17	0.22	0.16	0.26	0.27	0.15	0.14	0.17	0.15	0.21	0.25	0.18	0.25	0.29	0.17	0.21
OP2	0.19	0.48	0.20	0.21	0.34	0.13	0.39	0.14	0.50	0.27	0.54	0.54	0.37	0.34	0.26	0.14	0.28	0.18	0.14	0.54	0.14	0.18	0.14
P	0.16	0.30	0.10	0.13	0.20	0.10	0.23	0.10	0.31	0.16	0.34	0.35	0.22	0.20	0.17	0.09	0.21	0.18	0.07	0.34	0.15	0.08	0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.05	0.02	0.05	0.10	0.08
C2	0.02	0.00	0.13	0.14	0.01	0.06	0.01	0.05	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.02	0.17	0.20	0.03	0.07	0.01	0.07	0.12	0.09
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.07	0.02	0.04	0.01	0.06	0.07	0.10	0.17	0.14	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.05	0.05	0.09	0.07	0.06
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.07	0.01	0.07	0.01	0.07	0.14	0.10	0.18	0.13	0.12	0.05	0.02	0.01	0.01	0.11	0.08	0.13	0.10	0.10
C4	0.01	0.01	0.07	0.07	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.09	0.09	0.02	0.06	0.01	0.07	0.11	0.08
C4'	0.01	0.06	0.02	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.05	0.12	0.04	0.09	0.06	0.11	0.04	0.06	0.02	0.00	0.02	0.06	0.04	0.04	0.02
C5	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.06	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.08	0.03	0.10	0.02	0.12	0.13	0.12
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.07	0.01	0.12	0.00	0.11	0.18	0.07	0.07	0.05	0.19	0.08	0.06	0.04	0.01	0.01	0.14	0.07	0.02	0.02
C6	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.10	0.10	0.03	0.10	0.01	0.12	0.15	0.13
C8	0.02	0.02	0.07	0.14	0.01	0.12	0.01	0.18	0.02	0.00	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.05	0.15	0.04	0.13	0.03	0.12	0.11	0.11
N1	0.02	0.00	0.10	0.10	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.14	0.15	0.03	0.07	0.01	0.09	0.13	0.10
N2	0.03	0.00	0.17	0.18	0.02	0.09	0.02	0.07	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.22	0.26	0.04	0.08	0.02	0.08	0.12	0.10
N3	0.02	0.00	0.14	0.13	0.01	0.06	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.18	0.03	0.06	0.01	0.06	0.11	0.08
N7	0.02	0.02	0.05	0.12	0.01	0.11	0.01	0.19	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.13	0.04	0.15	0.03	0.16	0.16	0.15
N9	0.01	0.02	0.01	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.05	0.02	0.06	0.02	0.06	0.10	0.07
O2'	0.02	0.17	0.00	0.02	0.09	0.06	0.07	0.06	0.10	0.05	0.14	0.22	0.16	0.04	0.03	0.00	0.04	0.05	0.06	0.09	0.11	0.06	0.06
O3'	0.02	0.20	0.02	0.01	0.09	0.02	0.08	0.04	0.10	0.15	0.15	0.26	0.18	0.13	0.05	0.04	0.00	0.02	0.17	0.10	0.24	0.19	0.19
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.04	0.03	0.04	0.03	0.04	0.02	0.05	0.02	0.00	0.13	0.04	0.11	0.17	0.15
O5'	0.05	0.07	0.05	0.11	0.06	0.02	0.10	0.01	0.10	0.13	0.07	0.08	0.06	0.15	0.06	0.06	0.17	0.13	0.00	0.12	0.03	0.03	0.01
O6	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.06	0.02	0.14	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.09	0.10	0.04	0.12	0.00	0.15	0.18	0.15
OP1	0.05	0.07	0.09	0.13	0.07	0.04	0.12	0.07	0.12	0.12	0.09	0.08	0.06	0.16	0.06	0.11	0.24	0.11	0.03	0.15	0.00	0.02	0.01
OP2	0.10	0.12	0.07	0.10	0.11	0.04	0.13	0.02	0.15	0.11	0.13	0.12	0.11	0.16	0.10	0.06	0.19	0.17	0.03	0.18	0.02	0.00	0.01
P	0.08	0.09	0.06	0.10	0.08	0.02	0.12	0.02	0.13	0.11	0.10	0.10	0.08	0.15	0.07	0.06	0.19	0.15	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00