ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52960

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.025, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.044 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.024, 0.064, 0.104, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.064 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.021, 0.063, 0.105, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.063 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.020, 0.068, 0.116, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.068 std_dev=0.048
C4' B 0, 0.034, 0.133, 0.232, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.133 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.083, 0.189, 0.294, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.189 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.066, 0.173, 0.279, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.173 std_dev=0.106
O3' B 0, 0.062, 0.171, 0.279, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.171 std_dev=0.109
O4' B 0, 0.069, 0.189, 0.310, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.189 std_dev=0.121
O4' A 0, 0.091, 0.214, 0.338, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.214 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.105, 0.246, 0.387, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.246 std_dev=0.141
C3' B 0, 0.096, 0.240, 0.384, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.240 std_dev=0.144
O5' B 0, 0.049, 0.203, 0.358, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.203 std_dev=0.154
N9 B 0, 0.118, 0.280, 0.442, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.280 std_dev=0.162
C5' B 0, 0.089, 0.261, 0.433, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.261 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.119, 0.297, 0.474, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.297 std_dev=0.178
C8 B 0, 0.138, 0.322, 0.505, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.322 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.112, 0.307, 0.501, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.307 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.136, 0.333, 0.530, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.333 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.150, 0.350, 0.549, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.350 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.147, 0.349, 0.552, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.349 std_dev=0.202
P B 0, 0.161, 0.365, 0.569, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.365 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.124, 0.341, 0.558, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.341 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.144, 0.364, 0.585, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.364 std_dev=0.220
P A 0, 0.167, 0.391, 0.615, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.391 std_dev=0.224
O3' A 0, 0.169, 0.397, 0.624, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.397 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.139, 0.367, 0.595, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.367 std_dev=0.228
N2 B 0, 0.128, 0.358, 0.589, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.358 std_dev=0.231
O6 B 0, 0.160, 0.404, 0.648, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.404 std_dev=0.244
O2' A 0, 0.169, 0.422, 0.675, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.422 std_dev=0.253
OP1 A 0, 0.158, 0.413, 0.669, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.413 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.219, 0.483, 0.747, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.483 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.229, 0.538, 0.846, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.538 std_dev=0.308
C4' A 0, 0.208, 0.524, 0.841, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.524 std_dev=0.316
O2' B 0, 0.249, 0.568, 0.888, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.568 std_dev=0.320
O5' A 0, 0.240, 0.590, 0.940, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.590 std_dev=0.350
OP2 A 0, 0.348, 0.856, 1.364, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.856 std_dev=0.508
C5' A 0, 0.424, 1.108, 1.792, 1.673 max_d=1.673 avg_d=1.108 std_dev=0.684

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.10 0.24 0.13
C2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.15 0.02 0.29 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.06 0.09 0.15 0.07 0.07 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.35 0.06 0.31 0.21
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.26 0.10
C4 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.24 0.07 0.15 0.12
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.14 0.14 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.28 0.17 0.05
C5 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.26 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.24 0.08 0.12 0.10
C5' 0.10 0.29 0.14 0.05 0.24 0.01 0.26 0.00 0.29 0.18 0.30 0.26 0.29 0.24 0.17 0.13 0.02 0.03 0.02 0.40 0.31 0.05
C6 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.29 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.05 0.21 0.08 0.07 0.08
C8 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.18 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.27 0.08 0.20 0.14
N1 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.14 0.02 0.30 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.04 0.08 0.16 0.08 0.07 0.07
N3 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.09 0.19 0.06 0.11 0.10
N6 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.29 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.05 0.04 0.21 0.09 0.06 0.07
N7 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.24 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.25 0.10 0.15 0.11
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.27 0.07 0.22 0.15
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.13 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.37 0.05 0.33 0.25
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.19 0.17 0.02
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.16 0.20 0.06
O5' 0.23 0.15 0.35 0.17 0.24 0.04 0.24 0.02 0.21 0.27 0.16 0.19 0.21 0.25 0.27 0.37 0.04 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.10 0.07 0.06 0.15 0.07 0.28 0.08 0.40 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07 0.05 0.19 0.16 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.24 0.07 0.31 0.26 0.15 0.17 0.12 0.31 0.07 0.20 0.07 0.11 0.06 0.15 0.22 0.33 0.17 0.20 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.13 0.08 0.21 0.10 0.12 0.05 0.10 0.05 0.08 0.14 0.07 0.10 0.07 0.11 0.15 0.25 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.11 0.05 0.02 0.03 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.17 0.08 0.09
C2 0.10 0.05 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.12 0.10 0.11 0.07 0.04 0.11 0.07 0.07
C2' 0.03 0.09 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.13 0.07 0.03 0.03 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.23 0.15 0.15
C3' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.08 0.04 0.04 0.06 0.11 0.05 0.04 0.04 0.08 0.07 0.03 0.04 0.04 0.14 0.08 0.06
C4 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.10 0.04 0.02 0.04 0.12 0.08 0.09 0.06 0.03 0.14 0.05 0.07
C4' 0.17 0.09 0.17 0.16 0.14 0.17 0.15 0.22 0.13 0.19 0.09 0.09 0.10 0.18 0.17 0.20 0.18 0.15 0.18 0.14 0.10 0.15 0.15
C5 0.05 0.08 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.07 0.11 0.05 0.01 0.03 0.15 0.08 0.10 0.05 0.05 0.12 0.04 0.06
C5' 0.44 0.28 0.45 0.45 0.37 0.44 0.38 0.48 0.35 0.44 0.30 0.23 0.32 0.43 0.42 0.48 0.47 0.40 0.45 0.36 0.33 0.40 0.39
C6 0.07 0.06 0.09 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.05 0.06 0.10 0.04 0.03 0.06 0.15 0.08 0.11 0.05 0.04 0.09 0.06 0.05
C8 0.04 0.12 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.03 0.11 0.16 0.09 0.04 0.04 0.12 0.06 0.12 0.07 0.09 0.17 0.07 0.09
N1 0.10 0.05 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.13 0.09 0.11 0.06 0.03 0.08 0.07 0.06
N3 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.02 0.14 0.07 0.08
N6 0.09 0.08 0.12 0.08 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.07 0.08 0.19 0.06 0.11 0.05 0.08 0.07 0.09 0.06
N7 0.04 0.12 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.03 0.11 0.16 0.09 0.04 0.04 0.15 0.07 0.12 0.05 0.09 0.13 0.05 0.07
N9 0.03 0.08 0.05 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.02 0.07 0.12 0.06 0.01 0.02 0.11 0.07 0.10 0.06 0.05 0.17 0.07 0.09
O2' 0.16 0.16 0.17 0.19 0.15 0.19 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.18 0.15 0.16 0.16 0.11 0.15 0.21 0.23 0.15 0.38 0.30 0.30
O3' 0.04 0.10 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.09 0.15 0.08 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.17 0.11 0.09
O4' 0.10 0.05 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.08 0.05 0.10 0.10 0.14 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07
O5' 0.20 0.22 0.26 0.28 0.19 0.23 0.18 0.17 0.18 0.18 0.21 0.24 0.22 0.17 0.19 0.24 0.25 0.20 0.20 0.16 0.28 0.21 0.21
OP1 0.11 0.03 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.05 0.02 0.04 0.11 0.09 0.11 0.15 0.10 0.05 0.08 0.08 0.03 0.03
OP2 0.11 0.05 0.05 0.04 0.11 0.07 0.15 0.13 0.13 0.18 0.08 0.04 0.06 0.19 0.13 0.06 0.05 0.12 0.13 0.16 0.12 0.15 0.15
P 0.04 0.07 0.07 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.10 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02
C2 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.08 0.11 0.06 0.02 0.06 0.08 0.02
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.13 0.07 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.14 0.07 0.08
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.04 0.10 0.05
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.14 0.08
C5' 0.04 0.13 0.04 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.10 0.06 0.13 0.15 0.12 0.07 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.01 0.06 0.15 0.08
C8 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.07 0.02 0.08 0.14 0.10
N1 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.09 0.06 0.02 0.05 0.11 0.05
N2 0.06 0.00 0.04 0.07 0.02 0.11 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.10 0.14 0.07 0.02 0.09 0.06 0.03
N3 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.07 0.11 0.06 0.02 0.07 0.06 0.02
N7 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.08 0.02 0.09 0.17 0.11
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.09 0.05
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.17 0.13 0.12
O3' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.13 0.06 0.06
O4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.09 0.14 0.11 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.04 0.05 0.14 0.10
O5' 0.02 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.08 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.00 0.08 0.18 0.11
OP1 0.05 0.06 0.13 0.14 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.04 0.17 0.13 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.07 0.07 0.10 0.03 0.14 0.02 0.15 0.14 0.11 0.06 0.06 0.17 0.09 0.13 0.06 0.14 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.08 0.08 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.10 0.05 0.03 0.02 0.11 0.05 0.12 0.06 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00