ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52962

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.040 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.011, 0.043, 0.075, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.016, 0.056, 0.096, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.056 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.022, 0.076, 0.129, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.076 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.079 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.023, 0.080, 0.136, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.080 std_dev=0.056
C5' A 0, 0.024, 0.083, 0.143, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.083 std_dev=0.060
O5' A 0, 0.042, 0.143, 0.244, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.143 std_dev=0.101
O3' A 0, 0.040, 0.141, 0.242, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.141 std_dev=0.101
C3' B 0, 0.056, 0.190, 0.325, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.190 std_dev=0.134
C2' B 0, 0.057, 0.193, 0.330, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.193 std_dev=0.137
C5' B 0, 0.070, 0.239, 0.407, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.239 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.072, 0.245, 0.419, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.245 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.072, 0.246, 0.421, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.246 std_dev=0.174
O5' B 0, 0.073, 0.250, 0.426, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.250 std_dev=0.177
O3' B 0, 0.074, 0.253, 0.432, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.253 std_dev=0.179
P B 0, 0.078, 0.266, 0.454, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.266 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.084, 0.288, 0.492, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.288 std_dev=0.204
OP2 B 0, 0.083, 0.288, 0.493, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.288 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.110, 0.378, 0.645, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.378 std_dev=0.268
N2 B 0, 0.111, 0.381, 0.650, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.381 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.118, 0.405, 0.692, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.405 std_dev=0.287
N3 B 0, 0.121, 0.413, 0.706, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.413 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.130, 0.443, 0.756, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.443 std_dev=0.313
P A 0, 0.144, 0.493, 0.842, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.493 std_dev=0.349
N9 B 0, 0.153, 0.524, 0.895, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.524 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.156, 0.532, 0.908, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.532 std_dev=0.376
N1 B 0, 0.173, 0.592, 1.012, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.592 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.210, 0.717, 1.224, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.717 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.210, 0.717, 1.225, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.717 std_dev=0.507
OP2 A 0, 0.213, 0.730, 1.246, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.730 std_dev=0.517
C6 B 0, 0.223, 0.765, 1.306, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.765 std_dev=0.541
OP1 A 0, 0.241, 0.826, 1.411, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.826 std_dev=0.585
N7 B 0, 0.245, 0.838, 1.430, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.838 std_dev=0.592
O6 B 0, 0.277, 0.949, 1.621, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.949 std_dev=0.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.20 0.02 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.06
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.11 0.06 0.03
C4' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01
C5' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.13 0.07 0.04
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.17 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.18 0.04 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.17 0.02 0.07
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.11 0.10 0.02
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.16 0.04
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.11 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.13 0.07
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.15 0.18 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
O5' 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.20 0.04 0.09 0.11 0.03 0.09 0.05 0.13 0.01 0.18 0.17 0.11 0.02 0.05 0.06 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.02 0.13 0.14 0.06 0.04 0.10 0.05 0.07 0.17 0.04 0.02 0.10 0.16 0.11 0.13 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.06 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.14 0.08 0.08 0.13 0.08 0.13 0.08 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.12 0.07 0.09 0.11 0.08 0.13 0.08 0.06 0.07
C2 0.12 0.13 0.08 0.08 0.13 0.09 0.12 0.08 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.06 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.07 0.08
C2' 0.11 0.15 0.08 0.08 0.13 0.08 0.14 0.08 0.14 0.12 0.15 0.15 0.13 0.13 0.12 0.07 0.09 0.11 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08
C3' 0.11 0.14 0.09 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.13 0.16 0.13 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.07 0.08
C4 0.11 0.14 0.08 0.08 0.13 0.08 0.13 0.07 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.06 0.08 0.10 0.07 0.13 0.08 0.06 0.07
C4' 0.08 0.11 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.13 0.10 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05
C5 0.09 0.14 0.07 0.07 0.12 0.06 0.12 0.06 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13 0.11 0.11 0.04 0.08 0.08 0.06 0.13 0.07 0.05 0.06
C5' 0.07 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.11 0.08 0.02 0.05 0.08 0.08 0.08 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05
C6 0.10 0.14 0.08 0.08 0.13 0.07 0.13 0.07 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.04 0.08 0.09 0.07 0.13 0.08 0.06 0.07
C8 0.09 0.13 0.07 0.08 0.12 0.06 0.12 0.06 0.13 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.05 0.09 0.08 0.07 0.13 0.07 0.05 0.06
N1 0.11 0.13 0.08 0.08 0.13 0.07 0.12 0.07 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.05 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.06 0.07
N3 0.12 0.13 0.07 0.07 0.13 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.06 0.08 0.12 0.08 0.12 0.08 0.06 0.08
N6 0.07 0.14 0.06 0.06 0.12 0.04 0.13 0.05 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.12 0.10 0.01 0.07 0.05 0.06 0.14 0.06 0.05 0.05
N7 0.08 0.13 0.07 0.07 0.11 0.05 0.12 0.06 0.13 0.10 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.04 0.08 0.07 0.06 0.13 0.07 0.05 0.06
N9 0.10 0.14 0.08 0.08 0.12 0.07 0.13 0.07 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13 0.12 0.12 0.06 0.09 0.10 0.07 0.13 0.08 0.06 0.07
O2' 0.12 0.14 0.08 0.08 0.13 0.08 0.14 0.08 0.15 0.13 0.15 0.15 0.14 0.14 0.13 0.07 0.09 0.11 0.08 0.15 0.09 0.07 0.08
O3' 0.11 0.15 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.14 0.16 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.12 0.10 0.07 0.08
O4' 0.08 0.10 0.05 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.03 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.11 0.06 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02
OP1 0.15 0.04 0.17 0.17 0.12 0.17 0.14 0.18 0.11 0.19 0.06 0.04 0.07 0.18 0.16 0.14 0.16 0.15 0.18 0.12 0.17 0.18 0.18
OP2 0.06 0.16 0.04 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.09 0.04 0.14 0.22 0.13 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03
P 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.03 0.10 0.02 0.08 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03
N2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.09 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04
O2' 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.08 0.06
O5' 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
OP1 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00