ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52965

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 10, 17, 6, 7, 4, 0, 2, 5, 7, 9, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.019 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.026, 0.049, 0.072, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.049 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.041, 0.097, 0.153, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.097 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.045, 0.133, 0.221, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.133 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.024, 0.116, 0.208, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.116 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.063, 0.194, 0.325, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.194 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.057, 0.203, 0.350, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.203 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.097, 0.251, 0.406, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.251 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.200, 0.402, 0.603, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.402 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.084, 0.309, 0.533, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.309 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.101, 0.335, 0.569, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.335 std_dev=0.234
C1' B 0, 0.196, 0.435, 0.674, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.435 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.225, 0.490, 0.755, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.490 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.152, 0.460, 0.768, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.460 std_dev=0.308
N9 B 0, 0.225, 0.535, 0.844, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.535 std_dev=0.310
C4 B 0, 0.219, 0.540, 0.861, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.540 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.235, 0.558, 0.882, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.558 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.223, 0.620, 1.017, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.620 std_dev=0.397
C5' B 0, 0.250, 0.653, 1.055, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.653 std_dev=0.403
O5' A 0, 0.084, 0.499, 0.914, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.499 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.240, 0.724, 1.208, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.724 std_dev=0.484
N1 B 0, 0.213, 0.707, 1.200, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.707 std_dev=0.493
C8 B 0, 0.236, 0.752, 1.269, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.752 std_dev=0.516
O2' B 0, 0.199, 0.732, 1.264, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.732 std_dev=0.532
OP1 A 0, 0.199, 0.736, 1.273, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.736 std_dev=0.537
P A 0, 0.123, 0.684, 1.245, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.684 std_dev=0.561
C5 B 0, 0.209, 0.776, 1.344, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.776 std_dev=0.567
O5' B 0, 0.258, 0.850, 1.442, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.850 std_dev=0.592
O3' B 0, 0.287, 0.941, 1.595, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.941 std_dev=0.654
C6 B 0, 0.199, 0.860, 1.522, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.860 std_dev=0.662
N7 B 0, 0.212, 0.908, 1.605, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.908 std_dev=0.697
OP1 B 0, 0.273, 1.118, 1.964, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.118 std_dev=0.846
P B 0, 0.255, 1.124, 1.994, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.124 std_dev=0.870
OP2 A 0, 0.062, 0.954, 1.845, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.954 std_dev=0.892
N6 B 0, 0.181, 1.096, 2.011, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.096 std_dev=0.915
OP2 B 0, 0.169, 1.448, 2.727, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.448 std_dev=1.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.06 0.20 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.07 0.02 0.02 0.17 0.17 0.36 0.20
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.07 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.11 0.05 0.06 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.08 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.02 0.25 0.34 0.52 0.31
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.02 0.29 0.37 0.55 0.33
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.14 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.02 0.27 0.28 0.45 0.28
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.18 0.17 0.33 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01 0.02 0.21 0.25 0.44 0.25
O2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.12 0.02 0.03 0.13 0.12 0.30 0.16
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.10 0.14 0.00 0.03 0.09 0.04 0.04 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.03 0.12 0.05 0.07 0.12 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.14 0.22 0.14
O4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.08 0.00 0.03 0.26 0.38 0.55 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.05 0.19 0.11
O5' 0.10 0.17 0.03 0.06 0.25 0.02 0.29 0.01 0.27 0.18 0.21 0.13 0.04 0.11 0.26 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.17 0.06 0.08 0.34 0.07 0.37 0.07 0.28 0.17 0.25 0.12 0.08 0.14 0.38 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.36 0.06 0.09 0.52 0.03 0.55 0.01 0.45 0.33 0.44 0.30 0.06 0.22 0.55 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.03 0.06 0.31 0.02 0.33 0.01 0.28 0.19 0.25 0.16 0.05 0.14 0.33 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.10 0.37 0.37 0.11 0.26 0.10 0.24 0.14 0.11 0.14 0.13 0.21 0.10 0.14 0.43 0.48 0.18 0.26 0.27 0.18 0.21
C2 0.24 0.09 0.42 0.43 0.13 0.29 0.10 0.28 0.10 0.15 0.11 0.14 0.14 0.11 0.17 0.46 0.54 0.20 0.31 0.34 0.26 0.27
C2' 0.19 0.09 0.36 0.35 0.08 0.23 0.12 0.19 0.19 0.07 0.18 0.10 0.28 0.12 0.10 0.45 0.48 0.15 0.20 0.21 0.09 0.13
C3' 0.23 0.09 0.38 0.35 0.09 0.26 0.11 0.21 0.18 0.08 0.15 0.14 0.28 0.11 0.12 0.48 0.47 0.18 0.20 0.20 0.09 0.13
C4 0.22 0.10 0.35 0.35 0.14 0.26 0.10 0.25 0.10 0.15 0.10 0.15 0.11 0.11 0.17 0.38 0.43 0.19 0.29 0.31 0.25 0.27
C4' 0.24 0.12 0.37 0.35 0.12 0.26 0.10 0.23 0.15 0.11 0.13 0.17 0.23 0.11 0.15 0.45 0.45 0.20 0.24 0.24 0.13 0.18
C5 0.20 0.10 0.29 0.28 0.12 0.23 0.11 0.22 0.13 0.12 0.13 0.15 0.17 0.11 0.15 0.34 0.35 0.18 0.25 0.25 0.19 0.22
C5' 0.30 0.19 0.40 0.38 0.19 0.31 0.12 0.28 0.13 0.15 0.12 0.24 0.20 0.12 0.21 0.48 0.46 0.26 0.29 0.27 0.17 0.23
C6 0.21 0.10 0.31 0.30 0.12 0.23 0.11 0.22 0.15 0.11 0.14 0.14 0.21 0.11 0.14 0.37 0.38 0.18 0.24 0.25 0.17 0.21
N1 0.22 0.10 0.37 0.37 0.12 0.26 0.10 0.24 0.13 0.12 0.13 0.14 0.18 0.10 0.15 0.42 0.47 0.18 0.27 0.29 0.20 0.23
N3 0.24 0.09 0.42 0.43 0.14 0.29 0.11 0.28 0.09 0.16 0.10 0.14 0.11 0.12 0.19 0.45 0.53 0.20 0.33 0.35 0.28 0.29
O2 0.26 0.09 0.46 0.48 0.14 0.32 0.10 0.30 0.10 0.16 0.11 0.14 0.13 0.11 0.19 0.50 0.61 0.22 0.34 0.38 0.28 0.30
O2' 0.17 0.10 0.34 0.34 0.08 0.22 0.13 0.18 0.19 0.08 0.18 0.09 0.27 0.12 0.09 0.43 0.48 0.13 0.19 0.20 0.10 0.12
O3' 0.23 0.08 0.38 0.35 0.08 0.25 0.12 0.19 0.20 0.07 0.16 0.13 0.31 0.13 0.11 0.49 0.47 0.18 0.18 0.17 0.10 0.10
O4 0.22 0.10 0.35 0.35 0.16 0.25 0.13 0.25 0.10 0.17 0.10 0.16 0.10 0.14 0.19 0.35 0.42 0.19 0.31 0.33 0.29 0.29
O4' 0.21 0.11 0.34 0.34 0.12 0.25 0.11 0.22 0.15 0.11 0.14 0.15 0.22 0.12 0.14 0.40 0.43 0.17 0.25 0.25 0.17 0.21
O5' 0.36 0.26 0.46 0.43 0.24 0.36 0.16 0.33 0.13 0.19 0.15 0.32 0.18 0.14 0.27 0.54 0.51 0.31 0.33 0.31 0.19 0.27
OP1 0.56 0.48 0.60 0.57 0.46 0.55 0.36 0.53 0.30 0.40 0.36 0.53 0.22 0.33 0.48 0.67 0.61 0.53 0.53 0.50 0.38 0.48
OP2 0.55 0.56 0.65 0.61 0.47 0.53 0.35 0.49 0.31 0.37 0.42 0.58 0.21 0.30 0.47 0.72 0.67 0.48 0.49 0.45 0.33 0.42
P 0.40 0.35 0.48 0.45 0.31 0.40 0.21 0.37 0.17 0.24 0.23 0.39 0.16 0.18 0.32 0.55 0.50 0.36 0.37 0.34 0.24 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.07 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.03 0.13 0.14 0.14 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.09 0.08 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.13 0.14 0.12 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.16 0.16 0.16 0.18
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.16 0.17 0.19 0.20
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.15 0.15 0.12 0.16
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.15 0.16 0.17 0.17
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.03 0.12 0.12 0.11 0.12
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.18 0.19 0.22 0.22
N7 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.17 0.18 0.17 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.12 0.09 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.13 0.11 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.11 0.08
O5' 0.06 0.13 0.05 0.05 0.13 0.01 0.16 0.01 0.16 0.15 0.15 0.12 0.18 0.17 0.12 0.04 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.14 0.09 0.10 0.14 0.08 0.16 0.09 0.17 0.15 0.16 0.12 0.19 0.18 0.12 0.08 0.13 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.14 0.08 0.08 0.12 0.04 0.16 0.02 0.19 0.12 0.17 0.11 0.22 0.17 0.09 0.06 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.14 0.05 0.06 0.14 0.02 0.18 0.01 0.20 0.16 0.17 0.12 0.22 0.21 0.11 0.04 0.08 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00