ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52966

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.004, 0.035, 0.067, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.035 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.034, 0.087, 0.139, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.087 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.012, 0.075, 0.138, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.075 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.025, 0.132, 0.238, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.132 std_dev=0.106
C2' A 0, -0.020, 0.114, 0.247, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.114 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.070, 0.211, 0.353, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.211 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.001, 0.167, 0.334, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.167 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.028, 0.211, 0.394, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.211 std_dev=0.183
P A 0, 0.065, 0.253, 0.442, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.253 std_dev=0.188
O2' A 0, -0.028, 0.183, 0.393, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.183 std_dev=0.211
OP1 A 0, 0.104, 0.347, 0.589, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.347 std_dev=0.242
OP2 A 0, 0.114, 0.357, 0.601, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.357 std_dev=0.243
O3' A 0, 0.011, 0.258, 0.505, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.258 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.060, 0.389, 0.718, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.389 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.049, 0.397, 0.745, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.397 std_dev=0.348
N1 B 0, 0.037, 0.450, 0.864, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.450 std_dev=0.414
C4 B 0, 0.006, 0.470, 0.934, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.470 std_dev=0.464
N9 B 0, -0.005, 0.533, 1.071, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.533 std_dev=0.538
C6 B 0, -0.021, 0.524, 1.070, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.524 std_dev=0.546
C1' B 0, 0.003, 0.555, 1.106, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.555 std_dev=0.551
C2' B 0, -0.011, 0.550, 1.110, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.550 std_dev=0.561
C5 B 0, -0.040, 0.526, 1.092, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.526 std_dev=0.566
O2' B 0, -0.001, 0.570, 1.142, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.570 std_dev=0.572
C8 B 0, -0.026, 0.598, 1.222, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.598 std_dev=0.624
C3' B 0, -0.023, 0.616, 1.254, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.616 std_dev=0.638
O4' B 0, -0.014, 0.644, 1.302, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.644 std_dev=0.658
N6 B 0, -0.043, 0.616, 1.275, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.616 std_dev=0.659
N7 B 0, -0.057, 0.604, 1.264, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.604 std_dev=0.660
O3' B 0, -0.019, 0.660, 1.340, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.660 std_dev=0.680
C4' B 0, -0.018, 0.673, 1.365, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.673 std_dev=0.691
O5' B 0, -0.046, 0.695, 1.436, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.695 std_dev=0.741
C5' B 0, -0.029, 0.737, 1.503, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.737 std_dev=0.766
P B 0, -0.042, 0.792, 1.626, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.792 std_dev=0.834
OP2 B 0, -0.046, 0.796, 1.638, 2.612 max_d=2.612 avg_d=0.796 std_dev=0.842
OP1 B 0, 0.013, 0.875, 1.736, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.875 std_dev=0.861

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.09 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.08 0.12 0.15 0.09
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.05 0.09 0.00 0.03 0.10 0.01 0.04 0.11 0.08 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.09 0.04 0.07 0.09 0.02 0.00 0.12 0.01 0.07 0.12 0.08 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.02 0.09 0.14 0.17 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.08 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.02 0.10 0.13 0.17 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.01 0.09 0.11 0.14 0.09
N1 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.08 0.10 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.02 0.08 0.13 0.16 0.10
O2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.03 0.08 0.12 0.15 0.09
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.05 0.11 0.08 0.06
O3' 0.02 0.07 0.03 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.11 0.05 0.09 0.11 0.07 0.00 0.16 0.01 0.12 0.17 0.10 0.12
O4 0.02 0.01 0.10 0.12 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.02 0.09 0.15 0.19 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.10 0.11 0.08
O5' 0.06 0.08 0.04 0.07 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.08 0.08 0.08 0.05 0.12 0.09 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.12 0.11 0.12 0.14 0.08 0.13 0.08 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.17 0.15 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.15 0.08 0.08 0.17 0.04 0.17 0.03 0.14 0.13 0.16 0.15 0.08 0.10 0.19 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.05 0.07 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.12 0.11 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.16 0.15 0.11 0.12 0.17 0.18 0.20 0.23 0.19
C2 0.18 0.17 0.15 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.12 0.13 0.19 0.20 0.23 0.25 0.21
C2' 0.14 0.14 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.17 0.15 0.16 0.13 0.19 0.16 0.14 0.11 0.12 0.16 0.16 0.18 0.21 0.17
C3' 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.17 0.15 0.16 0.10 0.20 0.17 0.14 0.12 0.13 0.16 0.16 0.17 0.21 0.17
C4 0.09 0.13 0.09 0.10 0.11 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.15 0.10 0.15 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.18 0.20 0.15
C4' 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.09 0.17 0.14 0.11 0.09 0.10 0.13 0.14 0.16 0.19 0.15
C5 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.06 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.07 0.14 0.11 0.08 0.09 0.10 0.07 0.11 0.16 0.19 0.13
C5' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.05 0.15 0.11 0.07 0.08 0.11 0.09 0.11 0.13 0.16 0.12
C6 0.10 0.11 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10 0.16 0.12 0.10 0.08 0.10 0.11 0.14 0.17 0.20 0.15
N1 0.14 0.14 0.12 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.14 0.10 0.12 0.16 0.17 0.20 0.22 0.19
N3 0.15 0.17 0.13 0.14 0.16 0.13 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.16 0.16 0.10 0.12 0.16 0.18 0.22 0.24 0.20
O2 0.22 0.19 0.19 0.18 0.20 0.20 0.20 0.21 0.19 0.21 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.16 0.16 0.23 0.23 0.26 0.27 0.24
O2' 0.14 0.14 0.12 0.12 0.14 0.13 0.16 0.14 0.17 0.15 0.16 0.13 0.19 0.16 0.14 0.11 0.12 0.16 0.16 0.17 0.20 0.16
O3' 0.15 0.11 0.15 0.15 0.12 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.14 0.10 0.19 0.17 0.14 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.21 0.17
O4 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.12 0.09 0.12 0.07 0.13 0.10 0.07 0.12 0.11 0.07 0.11 0.17 0.19 0.14
O4' 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.16 0.14 0.13 0.09 0.11 0.15 0.16 0.18 0.22 0.18
O5' 0.07 0.07 0.10 0.10 0.07 0.07 0.10 0.08 0.13 0.09 0.11 0.05 0.16 0.11 0.07 0.10 0.14 0.07 0.11 0.14 0.17 0.12
OP1 0.14 0.13 0.19 0.19 0.14 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15 0.13 0.20 0.16 0.14 0.18 0.21 0.12 0.17 0.20 0.22 0.17
OP2 0.13 0.14 0.20 0.19 0.14 0.14 0.14 0.13 0.16 0.14 0.15 0.14 0.19 0.15 0.13 0.19 0.23 0.11 0.16 0.19 0.20 0.16
P 0.09 0.09 0.14 0.14 0.09 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.12 0.08 0.17 0.12 0.09 0.14 0.17 0.07 0.13 0.16 0.19 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.09 0.13 0.17 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.11 0.15 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.08 0.12 0.15 0.11
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03 0.08 0.12 0.15 0.11
C8 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.09 0.11 0.14 0.10
N1 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03 0.09 0.13 0.17 0.12
N3 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.12 0.16 0.11
N6 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.10 0.03 0.08 0.11 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.09 0.11 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.10 0.14 0.10
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.08 0.04 0.08 0.06 0.09 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.11 0.06 0.06
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.12 0.07 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.08 0.10 0.07
O5' 0.06 0.09 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.05 0.06 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.13 0.08 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.11 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.17 0.06 0.05 0.15 0.04 0.15 0.03 0.15 0.14 0.17 0.16 0.13 0.14 0.14 0.06 0.07 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.03 0.03 0.10 0.03 0.11 0.02 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.06 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00