ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52967

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.014, 0.046, 0.079, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.046 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.009, 0.046, 0.083, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.037
N3 B 0, 0.166, 0.431, 0.695, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.431 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.253, 0.521, 0.789, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.521 std_dev=0.268
C5 B 0, 0.195, 0.480, 0.765, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.480 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.164, 0.453, 0.743, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.453 std_dev=0.289
C2' A 0, 0.039, 0.330, 0.620, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.330 std_dev=0.291
O4' A 0, 0.083, 0.376, 0.668, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.376 std_dev=0.293
N7 B 0, 0.173, 0.513, 0.853, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.513 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.285, 0.642, 0.998, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.642 std_dev=0.356
C4' A 0, 0.126, 0.493, 0.860, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.493 std_dev=0.367
C5' B 0, 0.283, 0.656, 1.030, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.656 std_dev=0.373
O5' B 0, 0.276, 0.651, 1.027, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.651 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.314, 0.693, 1.072, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.693 std_dev=0.379
O2' A 0, 0.167, 0.549, 0.931, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.549 std_dev=0.382
C8 B 0, 0.273, 0.657, 1.041, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.657 std_dev=0.384
N9 B 0, 0.283, 0.669, 1.055, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.669 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.301, 0.726, 1.150, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.726 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.303, 0.734, 1.165, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.734 std_dev=0.431
C3' A 0, 0.108, 0.546, 0.985, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.546 std_dev=0.439
P B 0, 0.289, 0.759, 1.228, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.759 std_dev=0.470
N6 B 0, 0.312, 0.838, 1.363, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.838 std_dev=0.526
OP1 B 0, 0.322, 0.864, 1.405, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.864 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.353, 0.897, 1.442, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.897 std_dev=0.544
OP2 B 0, 0.300, 0.882, 1.465, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.882 std_dev=0.583
C3' B 0, 0.338, 0.929, 1.520, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.929 std_dev=0.591
O3' A 0, 0.146, 0.806, 1.466, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.806 std_dev=0.660
C5' A 0, 0.261, 0.927, 1.592, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.927 std_dev=0.665
O3' B 0, 0.352, 1.045, 1.738, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.045 std_dev=0.693
C2' B 0, 0.367, 1.085, 1.803, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.085 std_dev=0.718
O5' A 0, 0.153, 1.057, 1.961, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.057 std_dev=0.904
O2' B 0, 0.410, 1.364, 2.319, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.364 std_dev=0.954
P A 0, 0.249, 1.771, 3.293, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.771 std_dev=1.522
OP1 A 0, 0.288, 2.016, 3.744, 4.175 max_d=4.175 avg_d=2.016 std_dev=1.728
OP2 A 0, 0.288, 2.037, 3.787, 4.160 max_d=4.160 avg_d=2.037 std_dev=1.749

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.04 0.18 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03 0.39 0.32 0.62 0.48
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.05 0.17 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.07 0.27 0.20
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.14 0.03 0.06 0.16 0.02 0.01 0.06 0.02 0.36 0.22 0.31 0.32
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.64 0.71 1.02 0.85
C4' 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.07 0.00 0.05 0.07 0.14 0.05
C5 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.16 0.02 0.07 0.69 0.78 1.02 0.90
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.14 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.15 0.01 0.00 0.12 0.29 0.01
C6 0.03 0.02 0.10 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.17 0.02 0.07 0.59 0.61 0.76 0.71
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.39 0.34 0.54 0.46
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.02 0.01 0.51 0.50 0.83 0.66
O2 0.06 0.01 0.17 0.16 0.03 0.08 0.03 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.20 0.04 0.06 0.27 0.16 0.48 0.33
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.08 0.07 0.00 0.07 0.18 0.00 0.04 0.03 0.03 0.14 0.28 0.10 0.17
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.16 0.05 0.17 0.04 0.06 0.20 0.04 0.00 0.08 0.01 0.32 0.17 0.26 0.26
O4 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.05 0.69 0.80 1.14 0.94
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.07 0.13 0.06
O5' 0.11 0.39 0.22 0.36 0.64 0.05 0.69 0.00 0.59 0.39 0.51 0.27 0.14 0.32 0.69 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.32 0.07 0.22 0.71 0.07 0.78 0.12 0.61 0.34 0.50 0.16 0.28 0.17 0.80 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.62 0.27 0.31 1.02 0.14 1.02 0.29 0.76 0.54 0.83 0.48 0.10 0.26 1.14 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.13 0.48 0.20 0.32 0.85 0.05 0.90 0.01 0.71 0.46 0.66 0.33 0.17 0.26 0.94 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.18 0.50 0.52 0.20 0.30 0.18 0.27 0.16 0.20 0.16 0.21 0.15 0.19 0.21 0.48 0.62 0.15 0.28 0.30 0.27 0.26
C2 0.20 0.16 0.49 0.52 0.18 0.29 0.18 0.27 0.16 0.19 0.16 0.18 0.16 0.18 0.19 0.46 0.62 0.13 0.29 0.32 0.29 0.27
C2' 0.25 0.20 0.51 0.51 0.22 0.29 0.21 0.25 0.19 0.23 0.18 0.23 0.18 0.22 0.24 0.50 0.58 0.15 0.26 0.27 0.26 0.24
C3' 0.26 0.22 0.50 0.48 0.24 0.26 0.23 0.21 0.21 0.24 0.21 0.25 0.21 0.24 0.25 0.49 0.54 0.15 0.23 0.22 0.25 0.21
C4 0.24 0.16 0.50 0.51 0.20 0.30 0.17 0.28 0.14 0.20 0.13 0.21 0.13 0.18 0.21 0.47 0.59 0.16 0.28 0.30 0.28 0.26
C4' 0.24 0.22 0.50 0.50 0.23 0.27 0.22 0.23 0.21 0.23 0.21 0.24 0.21 0.23 0.23 0.48 0.58 0.14 0.24 0.25 0.25 0.22
C5 0.28 0.22 0.51 0.51 0.24 0.32 0.21 0.29 0.17 0.24 0.16 0.26 0.14 0.22 0.26 0.49 0.59 0.20 0.29 0.30 0.27 0.26
C5' 0.28 0.29 0.54 0.53 0.29 0.28 0.29 0.22 0.29 0.28 0.29 0.30 0.29 0.29 0.29 0.52 0.61 0.14 0.25 0.26 0.27 0.23
C6 0.27 0.21 0.51 0.51 0.23 0.31 0.21 0.28 0.18 0.23 0.17 0.25 0.15 0.21 0.25 0.49 0.59 0.19 0.28 0.29 0.27 0.26
N1 0.22 0.18 0.49 0.51 0.20 0.29 0.18 0.27 0.16 0.20 0.16 0.21 0.15 0.19 0.21 0.47 0.60 0.15 0.27 0.30 0.27 0.25
N3 0.20 0.14 0.49 0.52 0.17 0.29 0.17 0.28 0.15 0.18 0.14 0.17 0.15 0.17 0.18 0.46 0.61 0.13 0.29 0.32 0.29 0.27
O2 0.19 0.16 0.49 0.54 0.18 0.30 0.19 0.29 0.18 0.19 0.17 0.18 0.18 0.19 0.18 0.46 0.64 0.13 0.31 0.35 0.32 0.30
O2' 0.25 0.19 0.51 0.51 0.21 0.30 0.20 0.26 0.18 0.22 0.17 0.22 0.17 0.21 0.23 0.50 0.60 0.15 0.27 0.29 0.26 0.25
O3' 0.29 0.26 0.52 0.49 0.28 0.27 0.27 0.22 0.26 0.29 0.25 0.28 0.25 0.28 0.29 0.52 0.54 0.17 0.24 0.22 0.26 0.21
O4 0.23 0.12 0.50 0.51 0.18 0.30 0.15 0.28 0.12 0.19 0.10 0.19 0.12 0.16 0.20 0.47 0.59 0.16 0.28 0.30 0.27 0.26
O4' 0.22 0.18 0.48 0.50 0.19 0.28 0.18 0.25 0.16 0.19 0.16 0.20 0.16 0.18 0.20 0.46 0.60 0.15 0.26 0.28 0.26 0.23
O5' 1.04 1.00 1.22 1.22 1.04 1.04 1.03 1.01 1.00 1.05 0.99 1.03 0.98 1.04 1.05 1.18 1.26 0.93 1.03 1.03 1.02 1.01
OP1 1.28 1.29 1.42 1.42 1.34 1.25 1.39 1.24 1.39 1.39 1.34 1.29 1.43 1.42 1.34 1.32 1.42 1.18 1.31 1.31 1.37 1.31
OP2 1.67 1.59 1.80 1.80 1.67 1.65 1.67 1.62 1.61 1.71 1.58 1.63 1.58 1.69 1.69 1.74 1.82 1.58 1.65 1.64 1.63 1.62
P 1.39 1.37 1.54 1.54 1.42 1.38 1.45 1.36 1.43 1.46 1.40 1.39 1.43 1.47 1.43 1.46 1.56 1.29 1.40 1.40 1.42 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04
C2 0.05 0.00 0.21 0.22 0.02 0.06 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.16 0.27 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.01 0.10 0.01 0.13 0.07 0.18 0.19 0.11 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.06
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.10 0.01 0.14 0.08 0.19 0.18 0.12 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07
C4 0.03 0.02 0.12 0.12 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.14 0.07 0.05 0.07 0.10 0.07
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C5 0.02 0.03 0.10 0.10 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.06 0.06 0.09 0.11 0.08
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.14 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.20 0.08 0.06 0.10 0.12 0.09
C8 0.02 0.03 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.10 0.10 0.08
N1 0.04 0.01 0.18 0.19 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.14 0.26 0.09 0.07 0.10 0.12 0.09
N3 0.05 0.00 0.19 0.18 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.21 0.10 0.06 0.08 0.10 0.07
N6 0.03 0.02 0.11 0.12 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.18 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10
N7 0.02 0.04 0.06 0.07 0.02 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.03 0.08 0.11 0.12 0.10
N9 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.05 0.10 0.06 0.14 0.14 0.08 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04
O3' 0.04 0.27 0.03 0.01 0.14 0.04 0.13 0.03 0.20 0.08 0.26 0.21 0.18 0.08 0.03 0.06 0.00 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.07 0.06 0.08
O5' 0.03 0.08 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.04 0.04 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.02 0.10 0.07 0.07 0.07 0.03 0.09 0.05 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.11 0.05 0.03 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.12 0.09 0.07 0.10 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.08 0.07 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.06 0.07 0.07 0.03 0.08 0.02 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.05 0.04 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00