ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52968

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 7, 22, 12, 8, 7, 9, 19, 15, 8, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.041 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.024, 0.071, 0.118, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.071 std_dev=0.047
N3 B 0, 0.158, 0.316, 0.474, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.316 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.247, 0.449, 0.650, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.449 std_dev=0.201
O4' A 0, 0.103, 0.307, 0.510, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.307 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.242, 0.447, 0.651, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.447 std_dev=0.204
N2 B 0, 0.230, 0.438, 0.646, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.438 std_dev=0.208
C2' A 0, 0.126, 0.338, 0.550, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.338 std_dev=0.212
O2' A 0, 0.144, 0.384, 0.624, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.384 std_dev=0.240
N9 B 0, 0.288, 0.546, 0.805, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.546 std_dev=0.258
C4' A 0, 0.187, 0.476, 0.764, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.476 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.367, 0.664, 0.962, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.664 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.360, 0.679, 0.999, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.679 std_dev=0.320
C3' A 0, 0.201, 0.522, 0.843, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.522 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.401, 0.734, 1.067, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.734 std_dev=0.333
N7 B 0, 0.419, 0.765, 1.112, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.765 std_dev=0.347
N1 B 0, 0.362, 0.728, 1.093, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.728 std_dev=0.366
C1' B 0, 0.294, 0.671, 1.049, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.671 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.445, 0.828, 1.211, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.828 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.424, 0.842, 1.260, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.842 std_dev=0.418
O3' A 0, 0.300, 0.760, 1.220, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.760 std_dev=0.460
O3' B 0, 0.539, 1.040, 1.540, 2.379 max_d=2.379 avg_d=1.040 std_dev=0.501
O2' B 0, 0.431, 0.935, 1.440, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.935 std_dev=0.505
O5' B 0, 0.391, 0.898, 1.404, 3.115 max_d=3.115 avg_d=0.898 std_dev=0.506
C5' A 0, 0.280, 0.797, 1.314, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.797 std_dev=0.517
O5' A 0, 0.305, 0.852, 1.399, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.852 std_dev=0.547
O4' B 0, 0.326, 0.886, 1.445, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.886 std_dev=0.560
C4' B 0, 0.423, 0.987, 1.551, 2.271 max_d=2.271 avg_d=0.987 std_dev=0.564
OP2 B 0, 0.479, 1.062, 1.644, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.062 std_dev=0.583
O6 B 0, 0.511, 1.114, 1.717, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.114 std_dev=0.603
OP1 B 0, 0.438, 1.043, 1.649, 4.102 max_d=4.102 avg_d=1.043 std_dev=0.605
P B 0, 0.425, 1.032, 1.638, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.032 std_dev=0.606
C5' B 0, 0.439, 1.068, 1.697, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.068 std_dev=0.629
P A 0, 0.340, 1.162, 1.985, 4.360 max_d=4.360 avg_d=1.162 std_dev=0.823
OP2 A 0, 0.294, 1.246, 2.198, 6.083 max_d=6.083 avg_d=1.246 std_dev=0.952
OP1 A 0, 0.386, 1.361, 2.337, 5.249 max_d=5.249 avg_d=1.361 std_dev=0.975

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.16 0.08
C2 0.01 0.00 0.14 0.17 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.21 0.01 0.05 0.15 0.07 0.27 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.10 0.25 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.11 0.05
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.15 0.23 0.01 0.01 0.10 0.01 0.05 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.02 0.23 0.20 0.42 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.09 0.04 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.24 0.23 0.43 0.30
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.06 0.20 0.17 0.35 0.24
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.15 0.08 0.26 0.16
N3 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.20 0.01 0.04 0.19 0.13 0.35 0.22
O2 0.02 0.00 0.25 0.23 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.30 0.01 0.09 0.12 0.07 0.22 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04 0.08 0.01 0.06 0.19 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.18 0.07 0.07
O3' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.13 0.02 0.07 0.03 0.08 0.07 0.20 0.30 0.03 0.00 0.14 0.01 0.09 0.16 0.11 0.11
O4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.02 0.25 0.24 0.47 0.32
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.08 0.06 0.13 0.08
O5' 0.09 0.15 0.06 0.05 0.23 0.01 0.24 0.01 0.20 0.15 0.19 0.12 0.04 0.09 0.25 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.10 0.10 0.20 0.09 0.23 0.07 0.17 0.08 0.13 0.07 0.18 0.16 0.24 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.27 0.11 0.07 0.42 0.04 0.43 0.02 0.35 0.26 0.35 0.22 0.07 0.11 0.47 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.15 0.05 0.05 0.28 0.04 0.30 0.01 0.24 0.16 0.22 0.10 0.07 0.11 0.32 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.21 0.18 0.09 0.24 0.14 0.22 0.22 0.09 0.24 0.20 0.10 0.11 0.11 0.30 0.21 0.24 0.15 0.28 0.16 0.13 0.15
C2 0.21 0.17 0.20 0.17 0.11 0.25 0.13 0.24 0.20 0.12 0.23 0.23 0.11 0.11 0.13 0.28 0.18 0.27 0.18 0.24 0.18 0.16 0.18
C2' 0.20 0.18 0.20 0.18 0.11 0.26 0.14 0.26 0.23 0.11 0.25 0.21 0.11 0.12 0.12 0.29 0.21 0.27 0.19 0.29 0.19 0.15 0.19
C3' 0.22 0.13 0.21 0.19 0.10 0.27 0.13 0.27 0.21 0.11 0.22 0.15 0.10 0.12 0.13 0.30 0.21 0.29 0.19 0.27 0.19 0.15 0.19
C4 0.17 0.16 0.18 0.14 0.10 0.19 0.12 0.18 0.17 0.10 0.20 0.22 0.10 0.11 0.11 0.24 0.16 0.21 0.14 0.20 0.14 0.14 0.14
C4' 0.18 0.13 0.19 0.16 0.09 0.22 0.14 0.20 0.22 0.09 0.22 0.14 0.09 0.12 0.10 0.28 0.18 0.23 0.12 0.30 0.12 0.11 0.12
C5 0.14 0.15 0.18 0.15 0.09 0.17 0.13 0.15 0.20 0.08 0.22 0.18 0.09 0.11 0.09 0.25 0.18 0.16 0.11 0.24 0.12 0.12 0.11
C5' 0.16 0.13 0.18 0.14 0.09 0.18 0.15 0.16 0.24 0.09 0.23 0.12 0.09 0.15 0.09 0.26 0.16 0.20 0.09 0.32 0.09 0.11 0.09
C6 0.15 0.15 0.20 0.16 0.09 0.19 0.14 0.17 0.21 0.08 0.23 0.18 0.09 0.12 0.09 0.27 0.19 0.18 0.12 0.27 0.12 0.12 0.11
N1 0.18 0.17 0.20 0.17 0.10 0.22 0.13 0.21 0.21 0.09 0.23 0.20 0.10 0.11 0.11 0.28 0.19 0.23 0.15 0.26 0.15 0.13 0.14
N3 0.20 0.17 0.19 0.16 0.11 0.23 0.12 0.23 0.18 0.13 0.21 0.23 0.11 0.11 0.14 0.26 0.17 0.27 0.17 0.21 0.17 0.17 0.18
O2 0.23 0.18 0.20 0.17 0.11 0.28 0.13 0.28 0.20 0.13 0.23 0.24 0.11 0.12 0.15 0.29 0.18 0.31 0.20 0.24 0.20 0.18 0.21
O2' 0.19 0.19 0.20 0.18 0.11 0.27 0.15 0.27 0.23 0.11 0.25 0.22 0.12 0.13 0.12 0.29 0.22 0.27 0.19 0.29 0.20 0.16 0.20
O3' 0.26 0.12 0.23 0.22 0.13 0.32 0.12 0.33 0.18 0.15 0.19 0.13 0.13 0.12 0.17 0.33 0.24 0.34 0.25 0.24 0.25 0.20 0.25
O4 0.16 0.15 0.17 0.13 0.11 0.17 0.12 0.17 0.15 0.12 0.17 0.21 0.11 0.11 0.12 0.21 0.15 0.20 0.14 0.17 0.14 0.16 0.15
O4' 0.16 0.15 0.20 0.16 0.09 0.20 0.15 0.18 0.24 0.08 0.24 0.17 0.09 0.13 0.09 0.28 0.19 0.20 0.11 0.31 0.12 0.13 0.10
O5' 0.26 0.26 0.24 0.22 0.24 0.26 0.28 0.25 0.33 0.24 0.32 0.25 0.24 0.27 0.24 0.28 0.20 0.29 0.25 0.39 0.23 0.20 0.23
OP1 0.27 0.35 0.24 0.22 0.33 0.24 0.40 0.25 0.47 0.34 0.44 0.33 0.30 0.40 0.30 0.24 0.18 0.29 0.30 0.55 0.30 0.32 0.30
OP2 0.51 0.56 0.48 0.48 0.55 0.49 0.59 0.50 0.63 0.56 0.62 0.54 0.53 0.60 0.54 0.44 0.44 0.52 0.55 0.68 0.54 0.53 0.54
P 0.34 0.39 0.32 0.30 0.37 0.32 0.42 0.32 0.47 0.38 0.45 0.38 0.36 0.42 0.35 0.31 0.27 0.36 0.36 0.53 0.35 0.35 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.05 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.03 0.11 0.12 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.10 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.13 0.10
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.10 0.00 0.12 0.14 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.10 0.02 0.10 0.12 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.08 0.01 0.10 0.13 0.10
N2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.06 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.00 0.04 0.05 0.07 0.10 0.10 0.12 0.07
O3' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.09 0.09 0.15 0.11 0.10
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.07
O5' 0.05 0.07 0.09 0.07 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.08 0.07 0.06 0.11 0.06 0.07 0.09 0.05 0.00 0.11 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.11 0.00 0.14 0.16 0.13
OP1 0.06 0.08 0.11 0.10 0.08 0.05 0.11 0.05 0.12 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.10 0.15 0.05 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.12 0.08 0.11 0.06 0.13 0.04 0.14 0.12 0.13 0.11 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.10 0.02 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.07 0.10 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00