Doublet Group distance statistics: 52971

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 3, 4, 5, 8, 3, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.023, 0.056, 0.089, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.056 std_dev=0.033
O4	A	0, 0.029, 0.090, 0.152, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.090 std_dev=0.062
O4'	A	0, 0.059, 0.213, 0.367, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.213 std_dev=0.154
C2'	A	0, 0.078, 0.234, 0.389, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.234 std_dev=0.156
O2'	A	0, 0.152, 0.358, 0.565, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.358 std_dev=0.207
C4'	A	0, 0.103, 0.326, 0.549, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.326 std_dev=0.223
C3'	A	0, 0.113, 0.367, 0.620, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.367 std_dev=0.253
N3	B	0, 0.318, 0.641, 0.964, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.641 std_dev=0.323
C4	B	0, 0.330, 0.660, 0.991, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.660 std_dev=0.331
C5	B	0, 0.368, 0.705, 1.043, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.705 std_dev=0.337
C2	B	0, 0.283, 0.626, 0.970, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.626 std_dev=0.343
C6	B	0, 0.369, 0.715, 1.061, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.715 std_dev=0.346
N1	B	0, 0.302, 0.654, 1.006, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.654 std_dev=0.352
N7	B	0, 0.433, 0.796, 1.159, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.796 std_dev=0.363
N9	B	0, 0.345, 0.716, 1.086, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.716 std_dev=0.371
O6	B	0, 0.435, 0.811, 1.186, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.811 std_dev=0.375
N2	B	0, 0.288, 0.663, 1.039, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.663 std_dev=0.376
C8	B	0, 0.406, 0.785, 1.163, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.785 std_dev=0.379
C5'	A	0, 0.184, 0.564, 0.944, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.564 std_dev=0.380
O3'	A	0, 0.176, 0.557, 0.937, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.557 std_dev=0.381
C2'	B	0, 0.362, 0.777, 1.192, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.777 std_dev=0.415
C1'	B	0, 0.372, 0.795, 1.217, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.795 std_dev=0.423
O5'	A	0, 0.225, 0.692, 1.160, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.692 std_dev=0.467
C3'	B	0, 0.364, 0.846, 1.327, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.846 std_dev=0.482
O2'	B	0, 0.437, 0.931, 1.426, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.931 std_dev=0.495
O5'	B	0, 0.537, 1.061, 1.586, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.061 std_dev=0.525
O4'	B	0, 0.428, 0.953, 1.479, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.953 std_dev=0.525
C4'	B	0, 0.423, 0.998, 1.572, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.998 std_dev=0.575
O3'	B	0, 0.420, 0.997, 1.573, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.997 std_dev=0.577
P	B	0, 0.608, 1.214, 1.820, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.214 std_dev=0.606
P	A	0, 0.347, 0.972, 1.596, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.972 std_dev=0.625
OP2	B	0, 0.626, 1.254, 1.881, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.254 std_dev=0.627
OP1	B	0, 0.708, 1.353, 1.998, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.353 std_dev=0.645
C5'	B	0, 0.441, 1.114, 1.788, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.114 std_dev=0.673
OP2	A	0, 0.315, 1.076, 1.837, 3.491 max_d=3.491 avg_d=1.076 std_dev=0.761
OP1	A	0, 0.406, 1.199, 1.991, 3.605 max_d=3.605 avg_d=1.199 std_dev=0.792

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.02	0.01	0.09	0.08	0.09	0.07
C2	0.03	0.00	0.07	0.07	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.08	0.02	0.04	0.21	0.19	0.28	0.20
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.01	0.08	0.02	0.09	0.02	0.06	0.14	0.01	0.02	0.05	0.01	0.13	0.18	0.12	0.12
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.07	0.00	0.13	0.02	0.14	0.05	0.06	0.13	0.02	0.01	0.08	0.01	0.17	0.27	0.11	0.16
C4	0.02	0.01	0.04	0.07	0.00	0.08	0.01	0.18	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.09	0.01	0.04	0.35	0.33	0.50	0.35
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.10	0.04	0.05	0.06	0.04	0.02	0.08	0.00	0.02	0.10	0.09	0.02
C5	0.01	0.01	0.08	0.13	0.01	0.11	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.16	0.01	0.04	0.37	0.35	0.49	0.36
C5'	0.03	0.11	0.02	0.02	0.18	0.01	0.21	0.00	0.19	0.11	0.14	0.10	0.04	0.03	0.20	0.01	0.01	0.16	0.16	0.02
C6	0.01	0.01	0.09	0.14	0.01	0.10	0.00	0.19	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.16	0.01	0.04	0.31	0.26	0.35	0.27
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.02	0.04	0.01	0.11	0.00	0.00	0.01	0.03	0.03	0.05	0.02	0.02	0.20	0.17	0.24	0.17
N3	0.02	0.01	0.06	0.06	0.01	0.05	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.07	0.02	0.04	0.28	0.26	0.40	0.28
O2	0.05	0.01	0.14	0.13	0.02	0.06	0.02	0.10	0.02	0.03	0.01	0.00	0.15	0.16	0.03	0.08	0.17	0.15	0.23	0.16
O2'	0.01	0.09	0.01	0.02	0.05	0.04	0.05	0.04	0.06	0.03	0.08	0.15	0.00	0.05	0.06	0.04	0.06	0.11	0.08	0.06
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.09	0.02	0.16	0.03	0.16	0.05	0.07	0.16	0.05	0.00	0.10	0.02	0.17	0.35	0.17	0.20
O4	0.02	0.02	0.05	0.08	0.01	0.08	0.01	0.20	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.10	0.00	0.04	0.38	0.38	0.57	0.40
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.08	0.04	0.02	0.04	0.00	0.10	0.11	0.11	0.11
O5'	0.09	0.21	0.13	0.17	0.35	0.02	0.37	0.01	0.31	0.20	0.28	0.17	0.06	0.17	0.38	0.10	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.08	0.19	0.18	0.27	0.33	0.10	0.35	0.16	0.26	0.17	0.26	0.15	0.11	0.35	0.38	0.11	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.09	0.28	0.12	0.11	0.50	0.09	0.49	0.16	0.35	0.24	0.40	0.23	0.08	0.17	0.57	0.11	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.07	0.20	0.12	0.16	0.35	0.02	0.36	0.02	0.27	0.17	0.28	0.16	0.06	0.20	0.40	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.23	0.22	0.23	0.18	0.18	0.22	0.18	0.27	0.18	0.28	0.25	0.17	0.20	0.16	0.22	0.27	0.17	0.18	0.32	0.19	0.32	0.18
C2	0.16	0.22	0.22	0.23	0.16	0.19	0.19	0.19	0.24	0.15	0.26	0.26	0.16	0.17	0.15	0.23	0.27	0.18	0.14	0.28	0.16	0.31	0.16
C2'	0.17	0.24	0.23	0.24	0.19	0.17	0.22	0.18	0.27	0.19	0.28	0.26	0.19	0.21	0.18	0.22	0.27	0.18	0.19	0.30	0.18	0.30	0.17
C3'	0.17	0.24	0.21	0.21	0.21	0.16	0.24	0.18	0.28	0.21	0.28	0.26	0.20	0.23	0.19	0.19	0.24	0.19	0.22	0.32	0.20	0.28	0.19
C4	0.16	0.22	0.22	0.23	0.16	0.18	0.19	0.19	0.23	0.16	0.25	0.26	0.16	0.18	0.15	0.23	0.26	0.18	0.16	0.26	0.18	0.32	0.16
C4'	0.14	0.19	0.18	0.19	0.17	0.15	0.20	0.16	0.25	0.17	0.25	0.20	0.16	0.20	0.16	0.18	0.23	0.17	0.21	0.30	0.20	0.29	0.19
C5	0.18	0.23	0.23	0.24	0.19	0.19	0.22	0.20	0.27	0.19	0.27	0.25	0.18	0.21	0.18	0.22	0.26	0.19	0.22	0.30	0.23	0.33	0.20
C5'	0.15	0.18	0.17	0.17	0.17	0.15	0.20	0.16	0.23	0.18	0.22	0.19	0.17	0.20	0.16	0.19	0.21	0.18	0.24	0.28	0.22	0.28	0.22
C6	0.18	0.23	0.22	0.24	0.20	0.18	0.23	0.20	0.28	0.19	0.28	0.25	0.19	0.22	0.18	0.22	0.26	0.18	0.22	0.32	0.22	0.34	0.20
N1	0.16	0.23	0.22	0.23	0.18	0.18	0.21	0.18	0.26	0.17	0.27	0.25	0.17	0.20	0.16	0.22	0.27	0.17	0.17	0.31	0.19	0.32	0.17
N3	0.16	0.22	0.22	0.23	0.15	0.20	0.18	0.20	0.23	0.14	0.25	0.26	0.16	0.16	0.14	0.23	0.26	0.18	0.13	0.26	0.16	0.31	0.16
O2	0.17	0.22	0.23	0.24	0.16	0.22	0.19	0.22	0.24	0.15	0.26	0.26	0.17	0.17	0.15	0.24	0.28	0.20	0.14	0.28	0.17	0.32	0.17
O2'	0.18	0.24	0.25	0.26	0.19	0.19	0.22	0.19	0.26	0.18	0.28	0.26	0.19	0.20	0.18	0.24	0.30	0.18	0.19	0.30	0.18	0.31	0.17
O3'	0.22	0.27	0.25	0.24	0.25	0.20	0.27	0.22	0.30	0.25	0.30	0.29	0.24	0.27	0.24	0.22	0.26	0.23	0.25	0.34	0.22	0.29	0.22
O4	0.16	0.22	0.22	0.23	0.15	0.19	0.17	0.19	0.22	0.15	0.24	0.27	0.16	0.16	0.15	0.23	0.26	0.18	0.15	0.24	0.18	0.31	0.16
O4'	0.17	0.23	0.21	0.22	0.19	0.18	0.24	0.19	0.29	0.20	0.29	0.23	0.18	0.23	0.18	0.21	0.26	0.19	0.22	0.35	0.22	0.34	0.21
O5'	0.35	0.35	0.24	0.22	0.35	0.33	0.37	0.34	0.39	0.37	0.38	0.34	0.35	0.38	0.35	0.28	0.19	0.40	0.51	0.42	0.48	0.43	0.46
OP1	0.39	0.39	0.27	0.26	0.40	0.38	0.42	0.39	0.43	0.42	0.41	0.38	0.39	0.43	0.41	0.32	0.22	0.46	0.59	0.46	0.55	0.51	0.55
OP2	0.61	0.62	0.51	0.50	0.63	0.61	0.65	0.62	0.65	0.64	0.64	0.61	0.62	0.65	0.63	0.54	0.46	0.66	0.80	0.67	0.76	0.70	0.75
P	0.39	0.39	0.28	0.26	0.40	0.37	0.41	0.38	0.42	0.41	0.41	0.39	0.39	0.42	0.39	0.33	0.23	0.44	0.56	0.45	0.53	0.48	0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.05	0.07	0.06	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.11	0.05	0.10	0.22	0.07
C2	0.06	0.00	0.12	0.14	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.17	0.05	0.23	0.02	0.19	0.26	0.18
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.01	0.06	0.02	0.08	0.04	0.11	0.14	0.11	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.17	0.09	0.20	0.18	0.11
C3'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.10	0.00	0.09	0.01	0.12	0.05	0.14	0.15	0.13	0.06	0.05	0.02	0.01	0.01	0.20	0.12	0.26	0.17	0.15
C4	0.03	0.01	0.07	0.10	0.00	0.05	0.01	0.09	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.11	0.03	0.24	0.03	0.18	0.25	0.17
C4'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.07	0.06	0.08	0.06	0.07	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.08	0.10	0.22	0.03
C5	0.02	0.01	0.06	0.09	0.01	0.06	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.11	0.03	0.30	0.02	0.23	0.28	0.24
C5'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.09	0.01	0.12	0.00	0.13	0.13	0.11	0.08	0.08	0.15	0.08	0.04	0.03	0.01	0.01	0.16	0.11	0.23	0.02
C6	0.04	0.01	0.08	0.12	0.02	0.07	0.01	0.13	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.09	0.14	0.04	0.31	0.01	0.26	0.31	0.26
C8	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.07	0.01	0.13	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.05	0.05	0.30	0.03	0.20	0.23	0.20
N1	0.05	0.01	0.11	0.14	0.02	0.06	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.12	0.16	0.04	0.27	0.01	0.23	0.29	0.23
N2	0.07	0.00	0.14	0.15	0.01	0.08	0.01	0.08	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.15	0.19	0.07	0.21	0.02	0.18	0.26	0.17
N3	0.06	0.01	0.11	0.13	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.11	0.14	0.05	0.20	0.02	0.16	0.25	0.15
N7	0.02	0.01	0.04	0.06	0.01	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.07	0.05	0.33	0.03	0.25	0.28	0.26
N9	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.05	0.02	0.22	0.03	0.16	0.23	0.14
O2'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.07	0.04	0.06	0.04	0.09	0.03	0.12	0.15	0.11	0.04	0.03	0.00	0.04	0.04	0.07	0.10	0.15	0.19	0.05
O3'	0.02	0.17	0.02	0.01	0.11	0.02	0.11	0.03	0.14	0.05	0.16	0.19	0.14	0.07	0.05	0.04	0.00	0.02	0.18	0.15	0.31	0.19	0.17
O4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.05	0.04	0.07	0.05	0.05	0.02	0.04	0.02	0.00	0.08	0.05	0.09	0.27	0.12
O5'	0.11	0.23	0.17	0.20	0.24	0.01	0.30	0.01	0.31	0.30	0.27	0.21	0.20	0.33	0.22	0.07	0.18	0.08	0.00	0.34	0.02	0.02	0.01
O6	0.05	0.02	0.09	0.12	0.03	0.08	0.02	0.16	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.10	0.15	0.05	0.34	0.00	0.29	0.34	0.31
OP1	0.10	0.19	0.20	0.26	0.18	0.10	0.23	0.11	0.26	0.20	0.23	0.18	0.16	0.25	0.16	0.15	0.31	0.09	0.02	0.29	0.00	0.02	0.01
OP2	0.22	0.26	0.18	0.17	0.25	0.22	0.28	0.23	0.31	0.23	0.29	0.26	0.25	0.28	0.23	0.19	0.19	0.27	0.02	0.34	0.02	0.00	0.01
P	0.07	0.18	0.11	0.15	0.17	0.03	0.24	0.02	0.26	0.20	0.23	0.17	0.15	0.26	0.14	0.05	0.17	0.12	0.01	0.31	0.01	0.01	0.00