Doublet Group distance statistics: 52972

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 1, 0, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C1'	A	0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O4	A	0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O2	A	0, 0.011, 0.038, 0.064, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.038 std_dev=0.027
O4'	A	0, 0.034, 0.138, 0.242, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.138 std_dev=0.104
C2'	A	0, 0.030, 0.147, 0.264, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.147 std_dev=0.117
O5'	A	0, 0.147, 0.283, 0.419, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.283 std_dev=0.136
O2'	A	0, 0.062, 0.209, 0.356, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.209 std_dev=0.147
C4'	A	0, 0.091, 0.249, 0.407, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.249 std_dev=0.158
C3'	A	0, 0.082, 0.248, 0.414, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.248 std_dev=0.166
N3	B	0, 0.112, 0.315, 0.519, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.315 std_dev=0.204
C2	B	0, 0.134, 0.377, 0.620, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.377 std_dev=0.243
N1	B	0, 0.193, 0.447, 0.702, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.447 std_dev=0.255
O3'	A	0, 0.119, 0.374, 0.629, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.374 std_dev=0.255
C5'	A	0, 0.107, 0.366, 0.625, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.366 std_dev=0.259
C4	B	0, 0.210, 0.504, 0.798, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.504 std_dev=0.294
C6	B	0, 0.254, 0.563, 0.871, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.563 std_dev=0.309
O6	B	0, 0.324, 0.682, 1.039, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.682 std_dev=0.358
N2	B	0, 0.192, 0.562, 0.933, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.562 std_dev=0.370
C1'	B	0, 0.181, 0.553, 0.925, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.553 std_dev=0.372
C5	B	0, 0.264, 0.648, 1.031, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.648 std_dev=0.383
P	A	0, 0.209, 0.635, 1.060, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.635 std_dev=0.426
N9	B	0, 0.230, 0.667, 1.104, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.667 std_dev=0.437
C2'	B	0, 0.230, 0.737, 1.243, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.737 std_dev=0.507
O2'	B	0, 0.257, 0.790, 1.324, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.790 std_dev=0.533
N7	B	0, 0.306, 0.927, 1.548, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.927 std_dev=0.621
O3'	B	0, 0.077, 0.714, 1.351, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.714 std_dev=0.637
C3'	B	0, 0.179, 0.827, 1.475, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.827 std_dev=0.648
C8	B	0, 0.285, 0.946, 1.607, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.946 std_dev=0.661
O4'	B	0, 0.176, 0.877, 1.578, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.877 std_dev=0.701
C4'	B	0, 0.211, 1.033, 1.855, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.033 std_dev=0.822
OP1	A	0, 0.027, 1.006, 1.985, 3.758 max_d=3.758 avg_d=1.006 std_dev=0.979
OP2	A	0, 0.131, 1.166, 2.202, 3.574 max_d=3.574 avg_d=1.166 std_dev=1.036
O5'	B	0, 0.256, 1.318, 2.380, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.318 std_dev=1.062
C5'	B	0, 0.257, 1.356, 2.456, 2.952 max_d=2.952 avg_d=1.356 std_dev=1.100
P	B	0, 0.245, 1.585, 2.925, 3.708 max_d=3.708 avg_d=1.585 std_dev=1.340
OP2	B	0, 0.280, 1.661, 3.042, 3.836 max_d=3.836 avg_d=1.661 std_dev=1.381
OP1	B	0, 0.165, 1.651, 3.138, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.651 std_dev=1.486

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.04	0.30	0.15	0.08
C2	0.02	0.00	0.08	0.09	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.11	0.02	0.01	0.07	0.43	0.33	0.11
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.07	0.12	0.01	0.02	0.05	0.01	0.06	0.16	0.10	0.06
C3'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.07	0.00	0.05	0.02	0.04	0.04	0.10	0.12	0.01	0.01	0.08	0.01	0.08	0.26	0.15	0.13
C4	0.02	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.03	0.12	0.57	0.59	0.17
C4'	0.01	0.04	0.02	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.04	0.06	0.04	0.03	0.05	0.00	0.02	0.22	0.17	0.02
C5	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.06	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.04	0.13	0.62	0.60	0.20
C5'	0.02	0.05	0.02	0.02	0.11	0.01	0.13	0.00	0.11	0.06	0.07	0.03	0.04	0.03	0.12	0.02	0.01	0.27	0.26	0.02
C6	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.05	0.02	0.04	0.10	0.55	0.43	0.18
N1	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.06	0.43	0.29	0.12
N3	0.02	0.00	0.07	0.10	0.01	0.04	0.01	0.07	0.02	0.02	0.00	0.01	0.06	0.12	0.02	0.02	0.10	0.49	0.48	0.13
O2	0.04	0.00	0.12	0.12	0.01	0.06	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.15	0.03	0.03	0.05	0.37	0.25	0.08
O2'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.04	0.04	0.01	0.04	0.02	0.01	0.06	0.11	0.00	0.03	0.04	0.03	0.03	0.23	0.09	0.05
O3'	0.02	0.11	0.02	0.01	0.09	0.03	0.05	0.03	0.05	0.04	0.12	0.15	0.03	0.00	0.10	0.02	0.09	0.49	0.22	0.20
O4	0.02	0.02	0.05	0.08	0.00	0.05	0.01	0.12	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.10	0.00	0.03	0.13	0.59	0.67	0.19
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.02	0.04	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03	0.00	0.07	0.34	0.23	0.14
O5'	0.04	0.07	0.06	0.08	0.12	0.02	0.13	0.01	0.10	0.06	0.10	0.05	0.03	0.09	0.13	0.07	0.00	0.03	0.01	0.01
OP1	0.30	0.43	0.16	0.26	0.57	0.22	0.62	0.27	0.55	0.43	0.49	0.37	0.23	0.49	0.59	0.34	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.33	0.10	0.15	0.59	0.17	0.60	0.26	0.43	0.29	0.48	0.25	0.09	0.22	0.67	0.23	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.11	0.06	0.13	0.17	0.02	0.20	0.02	0.18	0.12	0.13	0.08	0.05	0.20	0.19	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.14	0.25	0.23	0.11	0.48	0.15	0.46	0.21	0.11	0.21	0.15	0.11	0.14	0.11	0.33	0.43	0.45	0.23	0.25	0.23	0.17	0.20
C2	0.17	0.15	0.25	0.25	0.10	0.49	0.14	0.48	0.20	0.09	0.21	0.18	0.10	0.12	0.09	0.36	0.47	0.46	0.27	0.23	0.29	0.17	0.24
C2'	0.23	0.15	0.26	0.31	0.09	0.57	0.12	0.57	0.20	0.11	0.23	0.20	0.10	0.10	0.12	0.33	0.47	0.53	0.33	0.24	0.36	0.20	0.30
C3'	0.25	0.12	0.27	0.30	0.08	0.55	0.10	0.55	0.18	0.12	0.20	0.16	0.08	0.09	0.14	0.30	0.43	0.52	0.30	0.23	0.32	0.17	0.26
C4	0.16	0.15	0.25	0.20	0.12	0.39	0.16	0.36	0.21	0.12	0.21	0.16	0.11	0.15	0.11	0.31	0.39	0.38	0.18	0.23	0.18	0.16	0.16
C4'	0.16	0.12	0.23	0.21	0.09	0.45	0.15	0.42	0.22	0.09	0.21	0.12	0.08	0.14	0.08	0.29	0.40	0.43	0.17	0.28	0.17	0.19	0.14
C5	0.17	0.16	0.26	0.18	0.15	0.35	0.19	0.31	0.23	0.16	0.22	0.15	0.14	0.19	0.14	0.27	0.35	0.35	0.14	0.27	0.13	0.21	0.14
C5'	0.10	0.15	0.20	0.13	0.12	0.36	0.21	0.32	0.28	0.14	0.25	0.13	0.09	0.21	0.09	0.28	0.38	0.35	0.11	0.34	0.10	0.30	0.13
C6	0.17	0.16	0.26	0.19	0.15	0.38	0.19	0.34	0.24	0.15	0.23	0.15	0.14	0.19	0.13	0.28	0.37	0.38	0.15	0.28	0.14	0.21	0.14
N1	0.17	0.15	0.25	0.22	0.12	0.45	0.16	0.43	0.21	0.11	0.22	0.15	0.11	0.15	0.11	0.32	0.42	0.43	0.21	0.25	0.22	0.17	0.18
N3	0.16	0.15	0.25	0.24	0.10	0.47	0.14	0.45	0.19	0.09	0.21	0.19	0.10	0.12	0.09	0.36	0.46	0.44	0.26	0.22	0.27	0.17	0.23
O2	0.16	0.16	0.24	0.28	0.09	0.53	0.13	0.54	0.19	0.08	0.22	0.20	0.10	0.10	0.08	0.39	0.50	0.49	0.32	0.22	0.36	0.20	0.30
O2'	0.23	0.16	0.25	0.33	0.10	0.60	0.13	0.61	0.20	0.11	0.22	0.20	0.11	0.11	0.13	0.35	0.51	0.55	0.36	0.24	0.40	0.22	0.34
O3'	0.29	0.13	0.30	0.34	0.09	0.59	0.08	0.61	0.17	0.15	0.21	0.19	0.08	0.09	0.17	0.34	0.43	0.56	0.35	0.23	0.39	0.18	0.32
O4	0.15	0.15	0.25	0.19	0.12	0.36	0.16	0.33	0.20	0.12	0.21	0.17	0.11	0.14	0.11	0.29	0.38	0.36	0.17	0.21	0.17	0.15	0.15
O4'	0.15	0.13	0.24	0.19	0.12	0.42	0.17	0.38	0.22	0.13	0.20	0.13	0.12	0.18	0.11	0.31	0.40	0.41	0.16	0.27	0.15	0.22	0.14
O5'	0.11	0.14	0.19	0.14	0.11	0.35	0.18	0.31	0.25	0.12	0.24	0.13	0.10	0.18	0.09	0.25	0.36	0.35	0.11	0.31	0.10	0.29	0.13
OP1	0.65	0.72	0.87	0.70	0.69	0.51	0.71	0.47	0.75	0.67	0.76	0.74	0.69	0.69	0.67	0.81	0.47	0.46	0.58	0.78	0.59	0.67	0.59
OP2	0.70	0.80	0.64	0.65	0.81	0.78	0.88	0.82	0.92	0.84	0.89	0.73	0.76	0.89	0.79	0.80	0.87	0.82	0.83	0.95	0.87	1.05	0.91
P	0.09	0.21	0.29	0.09	0.20	0.19	0.28	0.16	0.35	0.23	0.32	0.17	0.16	0.29	0.17	0.35	0.25	0.21	0.16	0.42	0.20	0.43	0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.02	0.03	0.01	0.02	0.06	0.03	0.02	0.04	0.05	0.05	0.01	0.01	0.02	0.18	0.00	0.12	0.02	0.10	0.18	0.13
C2	0.05	0.00	0.18	0.16	0.02	0.07	0.01	0.06	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.14	0.20	0.11	0.09	0.02	0.11	0.19	0.14
C2'	0.00	0.18	0.00	0.01	0.11	0.02	0.08	0.13	0.11	0.09	0.15	0.20	0.17	0.07	0.05	0.01	0.06	0.02	0.30	0.10	0.31	0.31	0.31
C3'	0.02	0.16	0.01	0.00	0.17	0.01	0.22	0.03	0.23	0.22	0.21	0.14	0.14	0.25	0.15	0.02	0.01	0.01	0.11	0.25	0.12	0.19	0.11
C4	0.03	0.02	0.11	0.17	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.14	0.14	0.06	0.10	0.01	0.11	0.18	0.13
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.04	0.00	0.08	0.01	0.07	0.15	0.04	0.10	0.08	0.14	0.06	0.20	0.03	0.01	0.02	0.09	0.07	0.07	0.03
C5	0.02	0.01	0.08	0.22	0.00	0.08	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.21	0.17	0.04	0.17	0.01	0.19	0.24	0.20
C5'	0.06	0.06	0.13	0.03	0.05	0.01	0.09	0.00	0.09	0.13	0.05	0.09	0.08	0.14	0.05	0.09	0.13	0.03	0.01	0.13	0.11	0.05	0.03
C6	0.03	0.01	0.11	0.23	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.22	0.19	0.05	0.18	0.01	0.21	0.27	0.23
C8	0.02	0.02	0.09	0.22	0.01	0.15	0.01	0.13	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.21	0.19	0.11	0.18	0.03	0.18	0.21	0.18
N1	0.04	0.01	0.15	0.21	0.02	0.04	0.01	0.05	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.18	0.18	0.07	0.13	0.02	0.16	0.23	0.19
N2	0.05	0.01	0.20	0.14	0.02	0.10	0.02	0.09	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.14	0.24	0.14	0.10	0.03	0.10	0.19	0.14
N3	0.05	0.01	0.17	0.14	0.01	0.08	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.11	0.19	0.12	0.08	0.01	0.09	0.16	0.11
N7	0.01	0.02	0.07	0.25	0.01	0.14	0.00	0.14	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.24	0.22	0.09	0.22	0.03	0.24	0.27	0.24
N9	0.01	0.02	0.05	0.15	0.01	0.06	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.13	0.11	0.02	0.09	0.02	0.10	0.17	0.12
O2'	0.02	0.14	0.01	0.02	0.14	0.20	0.21	0.09	0.22	0.21	0.18	0.14	0.11	0.24	0.13	0.00	0.08	0.13	0.23	0.25	0.26	0.35	0.27
O3'	0.18	0.20	0.06	0.01	0.14	0.03	0.17	0.13	0.19	0.19	0.18	0.24	0.19	0.22	0.11	0.08	0.00	0.13	0.15	0.22	0.28	0.41	0.25
O4'	0.00	0.11	0.02	0.01	0.06	0.01	0.04	0.03	0.05	0.11	0.07	0.14	0.12	0.09	0.02	0.13	0.13	0.00	0.09	0.06	0.11	0.09	0.09
O5'	0.12	0.09	0.30	0.11	0.10	0.02	0.17	0.01	0.18	0.18	0.13	0.10	0.08	0.22	0.09	0.23	0.15	0.09	0.00	0.23	0.01	0.01	0.01
O6	0.02	0.02	0.10	0.25	0.01	0.09	0.01	0.13	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.03	0.02	0.25	0.22	0.06	0.23	0.00	0.28	0.33	0.29
OP1	0.10	0.11	0.31	0.12	0.11	0.07	0.19	0.11	0.21	0.18	0.16	0.10	0.09	0.24	0.10	0.26	0.28	0.11	0.01	0.28	0.00	0.02	0.01
OP2	0.18	0.19	0.31	0.19	0.18	0.07	0.24	0.05	0.27	0.21	0.23	0.19	0.16	0.27	0.17	0.35	0.41	0.09	0.01	0.33	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.14	0.31	0.11	0.13	0.03	0.20	0.03	0.23	0.18	0.19	0.14	0.11	0.24	0.12	0.27	0.25	0.09	0.01	0.29	0.01	0.01	0.00