ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52973

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.023, 0.049, 0.075, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.049 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.038, 0.084, 0.131, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.084 std_dev=0.047
O5' B 0, 0.162, 0.348, 0.534, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.348 std_dev=0.186
C2' A 0, -0.047, 0.169, 0.386, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.169 std_dev=0.216
O4' A 0, -0.054, 0.169, 0.392, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.169 std_dev=0.223
O2' A 0, 0.090, 0.344, 0.597, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.344 std_dev=0.253
C4' A 0, -0.041, 0.257, 0.556, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.257 std_dev=0.298
C3' A 0, 0.030, 0.345, 0.660, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.345 std_dev=0.315
P B 0, 0.116, 0.448, 0.781, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.448 std_dev=0.332
N3 B 0, 0.208, 0.556, 0.904, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.556 std_dev=0.348
N9 B 0, 0.282, 0.657, 1.032, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.657 std_dev=0.375
C4 B 0, 0.244, 0.622, 1.000, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.622 std_dev=0.378
C1' B 0, 0.278, 0.673, 1.068, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.673 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.181, 0.590, 1.000, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.590 std_dev=0.409
OP1 B 0, 0.263, 0.681, 1.098, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.681 std_dev=0.417
OP2 B 0, 0.173, 0.591, 1.008, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.591 std_dev=0.418
C8 B 0, 0.325, 0.757, 1.189, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.757 std_dev=0.432
O3' A 0, 0.097, 0.531, 0.966, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.531 std_dev=0.434
C2 B 0, 0.170, 0.614, 1.059, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.614 std_dev=0.445
N2 B 0, 0.157, 0.609, 1.062, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.609 std_dev=0.452
C2' B 0, 0.295, 0.770, 1.245, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.770 std_dev=0.475
C5 B 0, 0.248, 0.727, 1.206, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.727 std_dev=0.479
N7 B 0, 0.310, 0.794, 1.278, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.794 std_dev=0.484
O4' B 0, 0.336, 0.851, 1.365, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.851 std_dev=0.515
C5' A 0, -0.099, 0.427, 0.954, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.427 std_dev=0.527
N1 B 0, 0.180, 0.759, 1.339, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.759 std_dev=0.579
C6 B 0, 0.214, 0.816, 1.418, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.816 std_dev=0.602
O5' A 0, 0.076, 0.694, 1.313, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.694 std_dev=0.618
C4' B 0, 0.442, 1.124, 1.805, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.124 std_dev=0.681
C3' B 0, 0.419, 1.102, 1.786, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.102 std_dev=0.684
OP2 A 0, -0.028, 0.695, 1.417, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.695 std_dev=0.722
O6 B 0, 0.238, 0.978, 1.718, 2.419 max_d=2.419 avg_d=0.978 std_dev=0.740
O3' B 0, 0.434, 1.191, 1.949, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.191 std_dev=0.758
P A 0, -0.051, 0.721, 1.493, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.721 std_dev=0.772
C5' B 0, 0.565, 1.413, 2.260, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.413 std_dev=0.847
OP1 A 0, -0.007, 0.895, 1.797, 2.793 max_d=2.793 avg_d=0.895 std_dev=0.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.07 0.02
C2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.02 0.06 0.07 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.09 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.08 0.07 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.08 0.06 0.12 0.11 0.02 0.00 0.12 0.01 0.05 0.09 0.08 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.00 0.08 0.05 0.10 0.06
C4' 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.01 0.04 0.09 0.05 0.09 0.05
C5' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.12 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.08 0.06 0.10 0.06
N3 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.02 0.04 0.07 0.04 0.11 0.07
O2 0.05 0.01 0.13 0.11 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.14 0.02 0.10 0.07 0.06 0.11 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.09 0.03 0.09 0.03 0.03 0.09 0.13 0.00 0.03 0.07 0.05 0.05 0.16 0.04 0.05
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.13 0.01 0.10 0.04 0.09 0.06 0.15 0.14 0.03 0.00 0.15 0.01 0.07 0.12 0.11 0.06
O4 0.02 0.02 0.05 0.12 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.15 0.00 0.01 0.07 0.04 0.10 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.07 0.05
O5' 0.05 0.07 0.02 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.05 0.08 0.09 0.05 0.11 0.05 0.12 0.06 0.06 0.04 0.06 0.16 0.12 0.04 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.04 0.09 0.03 0.10 0.10 0.11 0.11 0.04 0.11 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.18 0.17 0.16 0.07 0.20 0.09 0.23 0.15 0.23 0.20 0.16 0.19 0.14 0.12 0.18 0.09 0.14 0.26 0.14 0.24 0.12
C2 0.07 0.15 0.14 0.14 0.12 0.05 0.14 0.06 0.18 0.11 0.18 0.16 0.11 0.13 0.10 0.10 0.16 0.07 0.11 0.20 0.12 0.20 0.08
C2' 0.09 0.17 0.17 0.15 0.14 0.05 0.17 0.07 0.20 0.13 0.20 0.19 0.14 0.16 0.12 0.15 0.18 0.10 0.15 0.23 0.14 0.22 0.11
C3' 0.14 0.22 0.21 0.19 0.18 0.14 0.18 0.12 0.20 0.15 0.21 0.26 0.21 0.16 0.16 0.22 0.24 0.12 0.23 0.21 0.21 0.21 0.16
C4 0.09 0.13 0.16 0.16 0.11 0.08 0.12 0.09 0.14 0.10 0.15 0.14 0.11 0.12 0.10 0.13 0.18 0.09 0.11 0.16 0.12 0.20 0.09
C4' 0.11 0.20 0.18 0.18 0.17 0.08 0.21 0.09 0.24 0.17 0.24 0.22 0.18 0.20 0.15 0.16 0.19 0.08 0.19 0.27 0.17 0.25 0.15
C5 0.12 0.19 0.19 0.19 0.16 0.10 0.18 0.12 0.20 0.15 0.20 0.21 0.16 0.17 0.14 0.15 0.19 0.11 0.14 0.21 0.14 0.24 0.13
C5' 0.12 0.19 0.18 0.18 0.17 0.10 0.21 0.12 0.24 0.18 0.23 0.21 0.17 0.21 0.16 0.15 0.18 0.10 0.21 0.28 0.19 0.26 0.17
C6 0.11 0.21 0.19 0.19 0.17 0.09 0.20 0.12 0.23 0.16 0.24 0.23 0.17 0.19 0.15 0.14 0.19 0.11 0.15 0.26 0.14 0.25 0.13
N1 0.09 0.18 0.17 0.17 0.15 0.07 0.18 0.09 0.21 0.14 0.21 0.19 0.14 0.17 0.13 0.12 0.17 0.09 0.13 0.24 0.13 0.23 0.11
N3 0.07 0.14 0.14 0.14 0.10 0.06 0.12 0.06 0.15 0.09 0.16 0.16 0.10 0.11 0.08 0.11 0.16 0.07 0.10 0.18 0.12 0.19 0.07
O2 0.06 0.15 0.13 0.13 0.11 0.04 0.14 0.05 0.18 0.09 0.19 0.17 0.11 0.12 0.08 0.09 0.15 0.06 0.09 0.21 0.12 0.19 0.06
O2' 0.10 0.18 0.18 0.16 0.15 0.06 0.18 0.08 0.21 0.14 0.21 0.20 0.15 0.17 0.13 0.14 0.17 0.12 0.12 0.24 0.12 0.24 0.11
O3' 0.21 0.25 0.25 0.24 0.22 0.21 0.20 0.21 0.21 0.19 0.23 0.29 0.25 0.19 0.21 0.27 0.29 0.20 0.29 0.21 0.26 0.23 0.22
O4 0.09 0.12 0.16 0.16 0.08 0.10 0.09 0.10 0.12 0.08 0.13 0.15 0.08 0.08 0.08 0.14 0.18 0.09 0.09 0.13 0.12 0.19 0.07
O4' 0.12 0.22 0.20 0.20 0.20 0.11 0.23 0.12 0.27 0.19 0.26 0.23 0.19 0.23 0.17 0.15 0.20 0.09 0.14 0.30 0.15 0.26 0.13
O5' 0.11 0.18 0.17 0.16 0.16 0.09 0.19 0.12 0.21 0.16 0.20 0.22 0.16 0.19 0.15 0.15 0.17 0.10 0.22 0.24 0.19 0.25 0.17
OP1 0.20 0.22 0.23 0.24 0.24 0.19 0.29 0.23 0.31 0.28 0.27 0.22 0.20 0.32 0.24 0.19 0.21 0.19 0.25 0.37 0.27 0.38 0.28
OP2 0.21 0.23 0.25 0.26 0.24 0.20 0.27 0.23 0.29 0.26 0.27 0.24 0.21 0.29 0.24 0.21 0.24 0.19 0.22 0.33 0.24 0.34 0.24
P 0.17 0.20 0.21 0.22 0.21 0.16 0.25 0.19 0.27 0.23 0.24 0.22 0.18 0.26 0.20 0.17 0.20 0.15 0.21 0.31 0.21 0.31 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.13 0.16 0.05
C2 0.05 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.12 0.03 0.30 0.02 0.23 0.13 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.05 0.26 0.05 0.17
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.11 0.14 0.11 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.30 0.07 0.30 0.08 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.31 0.01 0.22 0.11 0.18
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.25 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.37 0.01 0.25 0.13 0.23
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.12 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.38 0.00 0.26 0.17 0.24
C8 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.37 0.02 0.22 0.08 0.21
N1 0.04 0.01 0.08 0.11 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.02 0.34 0.01 0.25 0.15 0.22
N2 0.06 0.00 0.13 0.14 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.05 0.27 0.02 0.23 0.13 0.17
N3 0.04 0.01 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.27 0.02 0.21 0.12 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.40 0.02 0.25 0.13 0.25
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.29 0.02 0.19 0.10 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.11 0.04 0.17 0.11 0.07
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.09 0.05 0.11 0.14 0.10 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.22 0.09 0.30 0.13 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.02 0.09 0.29 0.10
O5' 0.15 0.30 0.26 0.30 0.31 0.01 0.37 0.00 0.38 0.37 0.34 0.27 0.27 0.40 0.29 0.11 0.22 0.10 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.40 0.00 0.28 0.20 0.27
OP1 0.13 0.23 0.26 0.30 0.22 0.10 0.25 0.12 0.26 0.22 0.25 0.23 0.21 0.25 0.19 0.17 0.30 0.09 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.13 0.05 0.08 0.11 0.25 0.13 0.29 0.17 0.08 0.15 0.13 0.12 0.13 0.10 0.11 0.13 0.29 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.18 0.17 0.21 0.18 0.01 0.23 0.01 0.24 0.21 0.22 0.17 0.16 0.25 0.15 0.07 0.19 0.10 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00