ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52974

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
P A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N2 B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.000, 0.135, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C2 B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
OP2 A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O4' B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP1 A 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.000, 0.201, 0.402, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
N9 B 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
N1 B 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C5 B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C5' B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C8 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.000, 0.245, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.000, 0.259, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.000, 0.269, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.269 std_dev=0.269
O5' B 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O3' B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
P B 0, 0.000, 0.320, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.320 std_dev=0.320
O6 B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
OP1 B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
OP2 B 0, 0.000, 0.420, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.420 std_dev=0.420

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.08 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02
C4 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
N3 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.06 0.08 0.06 0.05
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05
O4 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.11 0.08 0.08
O5' 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.08 0.06 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.01 0.06 0.04 0.11 0.04
C2 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.03
C2' 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.03 0.06 0.10 0.02
C3' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.02
C4 0.04 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.05 0.02 0.02 0.00 0.15 0.08
C4' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.02
C5 0.06 0.04 0.07 0.09 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.12 0.06 0.03 0.06 0.02 0.17 0.09
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.10 0.01
C6 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.11 0.05 0.02 0.08 0.00 0.16 0.08
N1 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.00 0.05 0.03 0.12 0.05
N3 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.05
O2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01
O2' 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.04 0.07 0.09 0.02
O3' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.05 0.11 0.03
O4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.15 0.08
O4' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.04 0.12 0.04
O5' 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.06 0.05 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.09 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01 0.16 0.07
OP1 0.05 0.04 0.06 0.08 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.12 0.05 0.00 0.10 0.02 0.16 0.07
OP2 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.02 0.08 0.01 0.16 0.06
P 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.07 0.11 0.04 0.00 0.10 0.01 0.16 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.11 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.02
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.12 0.03
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.00
C5 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.05 0.01 0.11 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.04 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.05 0.01 0.00
C6 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.08 0.01
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.09 0.01 0.11 0.03
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.09 0.00 0.03 0.09 0.00
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.02 0.02 0.12 0.03
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01 0.12 0.04
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.08 0.01 0.11 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.12 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.08 0.03
O5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.10 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.16 0.02 0.00 0.00
O6 0.06 0.00 0.08 0.08 0.04 0.09 0.05 0.12 0.01 0.09 0.00 0.02 0.02 0.08 0.07 0.04 0.04 0.08 0.16 0.00 0.08 0.03 0.06
OP1 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01
OP2 0.09 0.11 0.04 0.02 0.12 0.02 0.11 0.01 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.11 0.12 0.04 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00