ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52975

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.017, 0.040, 0.064, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.017, 0.042, 0.066, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.003, 0.028, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.024, 0.061, 0.097, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.061 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.040, 0.104, 0.167, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.104 std_dev=0.064
N2 B 0, 0.193, 0.507, 0.821, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.507 std_dev=0.314
C2 B 0, 0.139, 0.513, 0.887, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.513 std_dev=0.374
N3 B 0, 0.250, 0.682, 1.115, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.682 std_dev=0.433
N1 B 0, 0.053, 0.515, 0.978, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.515 std_dev=0.463
C4 B 0, 0.245, 0.743, 1.242, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.743 std_dev=0.499
C6 B 0, 0.180, 0.684, 1.189, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.684 std_dev=0.505
C5 B 0, 0.207, 0.730, 1.254, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.730 std_dev=0.523
O6 B 0, 0.282, 0.857, 1.432, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.857 std_dev=0.575
N9 B 0, 0.352, 0.954, 1.555, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.954 std_dev=0.602
N7 B 0, 0.292, 0.901, 1.510, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.901 std_dev=0.609
C2' B 0, 0.339, 0.965, 1.592, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.965 std_dev=0.627
C8 B 0, 0.351, 0.996, 1.641, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.996 std_dev=0.645
C1' B 0, 0.454, 1.176, 1.898, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.176 std_dev=0.722
O4' B 0, 0.587, 1.481, 2.374, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.481 std_dev=0.893
C3' B 0, 0.604, 1.512, 2.421, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.512 std_dev=0.909
C4' B 0, 0.675, 1.648, 2.621, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.648 std_dev=0.973
O5' B 0, 0.777, 1.854, 2.930, 2.600 max_d=2.600 avg_d=1.854 std_dev=1.077
C5' B 0, 0.767, 1.849, 2.930, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.849 std_dev=1.082
O2' B 0, 0.654, 1.768, 2.883, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.768 std_dev=1.115
O4' A 0, 0.814, 1.930, 3.046, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.930 std_dev=1.116
C2' A 0, 0.849, 2.009, 3.169, 2.685 max_d=2.685 avg_d=2.009 std_dev=1.160
O3' B 0, 0.664, 1.893, 3.122, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.893 std_dev=1.229
P B 0, 0.900, 2.138, 3.376, 2.977 max_d=2.977 avg_d=2.138 std_dev=1.238
OP2 B 0, 0.899, 2.144, 3.390, 3.078 max_d=3.078 avg_d=2.144 std_dev=1.246
OP1 B 0, 0.919, 2.282, 3.644, 3.428 max_d=3.428 avg_d=2.282 std_dev=1.363
C4' A 0, 1.044, 2.478, 3.912, 3.408 max_d=3.408 avg_d=2.478 std_dev=1.434
C3' A 0, 0.920, 2.364, 3.809, 3.642 max_d=3.642 avg_d=2.364 std_dev=1.445
O3' A 0, 0.428, 2.110, 3.793, 3.928 max_d=3.928 avg_d=2.110 std_dev=1.682
O2' A 0, 1.311, 3.131, 4.952, 4.517 max_d=4.517 avg_d=3.131 std_dev=1.820
C5' A 0, 1.977, 4.682, 7.386, 6.373 max_d=6.373 avg_d=4.682 std_dev=2.704
O5' A 0, 2.497, 5.914, 9.331, 8.107 max_d=8.107 avg_d=5.914 std_dev=3.417
P A 0, 3.462, 8.196, 12.930, 11.140 max_d=11.140 avg_d=8.196 std_dev=4.734
OP1 A 0, 3.629, 8.588, 13.546, 11.507 max_d=11.507 avg_d=8.588 std_dev=4.958
OP2 A 0, 3.944, 9.340, 14.735, 12.765 max_d=12.765 avg_d=9.340 std_dev=5.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.15 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.35 0.00 0.19 0.33 0.39 0.17
C2 0.03 0.00 0.13 0.37 0.03 0.23 0.04 0.37 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.35 0.16 0.15 0.74 0.80 1.16 0.75
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.02 0.16 0.24 0.18 0.02 0.08 0.06 0.27 0.00 0.04 0.01 0.13 0.58 0.08 0.27
C3' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.40 0.01 0.33 0.03 0.25 0.23 0.42 0.44 0.41 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.25 0.04
C4 0.03 0.03 0.05 0.40 0.00 0.10 0.00 0.23 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.28 0.19 0.06 0.60 0.65 1.12 0.54
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.16 0.04 0.20 0.12 0.41 0.32 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.06
C5 0.03 0.04 0.16 0.33 0.00 0.13 0.00 0.34 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.14 0.06 0.15 0.43 0.53 0.81 0.31
C5' 0.15 0.37 0.24 0.03 0.23 0.01 0.34 0.00 0.38 0.20 0.34 0.24 0.64 0.08 0.29 0.04 0.01 0.14 0.12 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.25 0.02 0.16 0.01 0.38 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.13 0.18 0.37 0.50 0.64 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.02 0.04 0.03 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.09 0.03 0.38 0.47 0.70 0.32
N3 0.03 0.00 0.08 0.42 0.02 0.20 0.01 0.34 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.37 0.25 0.10 0.78 0.86 1.34 0.81
N4 0.03 0.03 0.06 0.44 0.00 0.12 0.01 0.24 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.31 0.26 0.07 0.66 0.70 1.25 0.61
O2 0.06 0.00 0.27 0.41 0.03 0.41 0.04 0.64 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.41 0.25 0.33 1.04 1.10 1.42 1.10
O2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.28 0.32 0.14 0.08 0.07 0.18 0.37 0.31 0.41 0.00 0.08 0.22 0.03 0.44 0.10 0.18
O3' 0.35 0.16 0.04 0.01 0.19 0.01 0.06 0.29 0.13 0.09 0.25 0.26 0.25 0.08 0.00 0.28 0.30 0.40 0.54 0.34
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.06 0.01 0.15 0.04 0.18 0.03 0.10 0.07 0.33 0.22 0.28 0.00 0.28 0.09 0.37 0.29
O5' 0.19 0.74 0.13 0.08 0.60 0.03 0.43 0.01 0.37 0.38 0.78 0.66 1.04 0.03 0.30 0.28 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.33 0.80 0.58 0.07 0.65 0.13 0.53 0.14 0.50 0.47 0.86 0.70 1.10 0.44 0.40 0.09 0.04 0.00 0.05 0.00
OP2 0.39 1.16 0.08 0.25 1.12 0.02 0.81 0.12 0.64 0.70 1.34 1.25 1.42 0.10 0.54 0.37 0.05 0.05 0.00 0.00
P 0.17 0.75 0.27 0.04 0.54 0.06 0.31 0.02 0.28 0.32 0.81 0.61 1.10 0.18 0.34 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.05 0.26 0.19 0.06 0.10 0.05 0.13 0.05 0.07 0.02 0.08 0.07 0.06 0.08 0.17 0.31 0.24 0.18 0.08 0.36 0.54 0.40
C2 0.05 0.06 0.20 0.26 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.10 0.06 0.06 0.05 0.29 0.15 0.15 0.20 0.07 0.41 0.55 0.40
C2' 0.30 0.29 0.59 0.49 0.27 0.30 0.23 0.23 0.19 0.26 0.23 0.32 0.31 0.22 0.28 0.34 0.29 0.22 0.22 0.15 0.20 0.32 0.17
C3' 0.25 0.29 0.51 0.39 0.30 0.24 0.33 0.22 0.34 0.32 0.32 0.26 0.28 0.34 0.29 0.21 0.22 0.20 0.22 0.34 0.19 0.24 0.13
C4 0.05 0.08 0.20 0.35 0.05 0.09 0.06 0.13 0.06 0.06 0.07 0.11 0.06 0.06 0.06 0.31 0.04 0.11 0.25 0.08 0.45 0.59 0.43
C4' 0.36 0.31 0.52 0.43 0.30 0.34 0.24 0.34 0.20 0.27 0.24 0.35 0.33 0.23 0.31 0.43 0.41 0.36 0.38 0.14 0.51 0.62 0.49
C5 0.07 0.06 0.23 0.30 0.05 0.04 0.05 0.11 0.06 0.06 0.04 0.11 0.05 0.06 0.06 0.25 0.10 0.17 0.22 0.09 0.42 0.58 0.42
C5' 0.83 0.70 0.95 0.88 0.70 0.82 0.58 0.80 0.49 0.65 0.55 0.78 0.77 0.56 0.73 0.96 0.85 0.81 0.80 0.38 0.92 0.95 0.86
C6 0.10 0.06 0.24 0.23 0.07 0.06 0.06 0.12 0.06 0.07 0.03 0.11 0.07 0.07 0.08 0.21 0.22 0.22 0.19 0.09 0.38 0.56 0.41
N1 0.08 0.06 0.23 0.22 0.06 0.05 0.05 0.10 0.04 0.06 0.02 0.10 0.06 0.05 0.07 0.23 0.23 0.20 0.18 0.08 0.38 0.55 0.39
N3 0.05 0.07 0.19 0.33 0.05 0.08 0.06 0.11 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06 0.07 0.05 0.32 0.06 0.11 0.24 0.08 0.44 0.57 0.41
N4 0.09 0.10 0.19 0.42 0.09 0.16 0.09 0.18 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.34 0.11 0.10 0.31 0.10 0.50 0.61 0.45
O2 0.04 0.06 0.19 0.26 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.10 0.06 0.06 0.04 0.29 0.16 0.15 0.20 0.08 0.41 0.56 0.40
O2' 0.22 0.17 0.53 0.33 0.14 0.19 0.16 0.15 0.23 0.12 0.19 0.24 0.19 0.16 0.14 0.37 0.29 0.26 0.18 0.35 0.36 0.60 0.42
O3' 0.24 0.16 0.41 0.30 0.13 0.23 0.07 0.23 0.07 0.09 0.09 0.23 0.18 0.06 0.14 0.36 0.58 0.29 0.26 0.09 0.38 0.56 0.42
O4' 0.42 0.31 0.42 0.36 0.33 0.37 0.29 0.41 0.24 0.33 0.25 0.31 0.34 0.29 0.36 0.49 0.47 0.46 0.45 0.19 0.61 0.74 0.61
O5' 0.73 0.66 0.95 0.90 0.63 0.77 0.55 0.69 0.53 0.58 0.56 0.74 0.71 0.54 0.65 0.85 0.74 0.67 0.63 0.51 0.57 0.38 0.46
OP1 1.14 0.87 1.26 1.18 0.89 1.16 0.72 1.11 0.62 0.83 0.66 0.97 1.00 0.71 0.96 1.40 1.21 1.12 1.05 0.58 1.21 1.21 1.13
OP2 0.99 0.91 1.20 1.22 0.92 1.08 0.92 1.00 0.96 0.92 0.92 0.94 0.96 0.95 0.93 1.04 0.99 0.96 0.95 1.06 0.83 0.66 0.76
P 0.93 0.74 1.16 1.12 0.71 0.99 0.54 0.88 0.45 0.62 0.53 0.86 0.85 0.51 0.76 1.15 1.01 0.87 0.78 0.41 0.74 0.51 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.17 0.01 0.16 0.39 0.25
C2 0.04 0.00 0.30 0.25 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.18 0.18 0.15 0.01 0.31 0.47 0.35
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.15 0.01 0.06 0.23 0.11 0.18 0.21 0.37 0.29 0.11 0.02 0.00 0.00 0.02 0.50 0.09 0.45 0.74 0.56
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.27 0.00 0.34 0.02 0.36 0.30 0.31 0.22 0.20 0.35 0.23 0.01 0.01 0.02 0.11 0.39 0.14 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.15 0.27 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.09 0.10 0.16 0.02 0.32 0.47 0.35
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.10 0.18 0.07 0.05 0.05 0.17 0.09 0.31 0.01 0.01 0.04 0.12 0.09 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.34 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.06 0.07 0.23 0.02 0.41 0.54 0.40
C5' 0.08 0.11 0.23 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.14 0.17 0.13 0.11 0.11 0.20 0.10 0.07 0.21 0.02 0.01 0.15 0.10 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.39 0.06 0.09 0.23 0.01 0.42 0.54 0.41
C8 0.01 0.01 0.18 0.30 0.00 0.18 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.42 0.12 0.10 0.24 0.04 0.39 0.52 0.38
N1 0.03 0.00 0.21 0.31 0.01 0.07 0.02 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.28 0.07 0.15 0.19 0.01 0.37 0.51 0.39
N2 0.04 0.01 0.37 0.22 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.20 0.13 0.01 0.27 0.45 0.34
N3 0.04 0.00 0.29 0.20 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.24 0.17 0.14 0.01 0.27 0.45 0.33
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.17 0.01 0.20 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.48 0.17 0.06 0.29 0.04 0.47 0.58 0.44
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.07 0.03 0.15 0.02 0.28 0.44 0.32
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.25 0.31 0.39 0.07 0.39 0.42 0.28 0.16 0.14 0.48 0.25 0.00 0.03 0.22 0.39 0.45 0.32 0.82 0.47
O3' 0.31 0.18 0.00 0.01 0.09 0.01 0.06 0.21 0.06 0.12 0.07 0.26 0.24 0.17 0.07 0.03 0.00 0.21 0.19 0.13 0.44 0.19 0.23
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.10 0.01 0.07 0.02 0.09 0.10 0.15 0.20 0.17 0.06 0.03 0.22 0.21 0.00 0.03 0.07 0.08 0.18 0.11
O5' 0.17 0.15 0.50 0.11 0.16 0.04 0.23 0.01 0.23 0.24 0.19 0.13 0.14 0.29 0.15 0.39 0.19 0.03 0.00 0.26 0.05 0.06 0.01
O6 0.01 0.01 0.09 0.39 0.02 0.12 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.45 0.13 0.07 0.26 0.00 0.46 0.56 0.42
OP1 0.16 0.31 0.45 0.14 0.32 0.09 0.41 0.10 0.42 0.39 0.37 0.27 0.27 0.47 0.28 0.32 0.44 0.08 0.05 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.47 0.74 0.19 0.47 0.09 0.54 0.05 0.54 0.52 0.51 0.45 0.45 0.58 0.44 0.82 0.19 0.18 0.06 0.56 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.35 0.56 0.11 0.35 0.03 0.40 0.01 0.41 0.38 0.39 0.34 0.33 0.44 0.32 0.47 0.23 0.11 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00