ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52977

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 14, 27, 52, 45, 31, 22, 11, 4, 5, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.039, 0.048, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.048 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.026, 0.037, 0.048, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.037 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.024, 0.037, 0.050, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.037 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.025, 0.041, 0.056, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.025, 0.042, 0.059, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.042 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.034 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.077, 0.103, 0.130, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.103 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.022, 0.050, 0.078, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.050 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.052, 0.085, 0.118, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.085 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.012, 0.048, 0.084, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.048 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.095, 0.226, 0.357, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.226 std_dev=0.131
O4' A 0, 0.042, 0.175, 0.308, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.175 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.152, 0.320, 0.487, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.320 std_dev=0.168
C4 B 0, 0.222, 0.396, 0.569, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.396 std_dev=0.173
C4' A 0, 0.099, 0.290, 0.481, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.290 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.248, 0.449, 0.650, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.449 std_dev=0.201
C3' A 0, 0.145, 0.349, 0.553, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.349 std_dev=0.204
C5 B 0, 0.293, 0.544, 0.796, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.544 std_dev=0.251
N9 B 0, 0.254, 0.513, 0.772, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.513 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.265, 0.558, 0.852, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.558 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.280, 0.573, 0.867, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.573 std_dev=0.294
C1' B 0, 0.232, 0.541, 0.849, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.541 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.252, 0.572, 0.891, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.572 std_dev=0.319
O3' A 0, 0.191, 0.515, 0.840, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.515 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.130, 0.499, 0.868, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.499 std_dev=0.369
C8 B 0, 0.372, 0.760, 1.148, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.760 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.383, 0.773, 1.163, 2.679 max_d=2.679 avg_d=0.773 std_dev=0.390
N7 B 0, 0.386, 0.784, 1.182, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.784 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.331, 0.733, 1.136, 2.821 max_d=2.821 avg_d=0.733 std_dev=0.403
N6 B 0, 0.327, 0.764, 1.201, 2.424 max_d=2.424 avg_d=0.764 std_dev=0.437
O2' B 0, 0.335, 0.854, 1.372, 3.521 max_d=3.521 avg_d=0.854 std_dev=0.519
C4' B 0, 0.425, 0.968, 1.512, 3.108 max_d=3.108 avg_d=0.968 std_dev=0.543
O5' A 0, 0.204, 0.750, 1.297, 2.534 max_d=2.534 avg_d=0.750 std_dev=0.547
C3' B 0, 0.433, 1.095, 1.757, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.095 std_dev=0.662
P A 0, 0.227, 0.943, 1.659, 3.520 max_d=3.520 avg_d=0.943 std_dev=0.716
C5' B 0, 0.528, 1.248, 1.969, 3.722 max_d=3.722 avg_d=1.248 std_dev=0.720
O5' B 0, 0.654, 1.497, 2.340, 4.232 max_d=4.232 avg_d=1.497 std_dev=0.843
OP2 A 0, 0.089, 1.080, 2.072, 5.464 max_d=5.464 avg_d=1.080 std_dev=0.991
OP1 A 0, 0.159, 1.163, 2.166, 4.738 max_d=4.738 avg_d=1.163 std_dev=1.004
O3' B 0, 0.436, 1.517, 2.599, 4.759 max_d=4.759 avg_d=1.517 std_dev=1.082
P B 0, 0.641, 2.151, 3.661, 6.020 max_d=6.020 avg_d=2.151 std_dev=1.510
OP2 B 0, 0.647, 2.460, 4.273, 6.382 max_d=6.382 avg_d=2.460 std_dev=1.813
OP1 B 0, 0.605, 2.558, 4.512, 7.543 max_d=7.543 avg_d=2.558 std_dev=1.954

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.02 0.25 0.22 0.14
C2 0.04 0.00 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.04 0.39 0.01 0.67 0.46 0.38
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.09 0.10 0.15 0.13 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.21 0.08 0.26 0.17 0.17
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.14 0.15 0.16 0.20 0.16 0.15 0.07 0.02 0.01 0.02 0.28 0.15 0.33 0.22 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.39 0.01 0.59 0.47 0.35
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.10 0.17 0.26 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.02 0.46 0.01 0.73 0.63 0.45
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.17 0.18 0.16 0.13 0.19 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.22 0.25 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.48 0.01 0.82 0.68 0.49
C8 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.04 0.45 0.02 0.58 0.59 0.40
N1 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.03 0.45 0.01 0.78 0.59 0.45
N2 0.05 0.01 0.15 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.26 0.05 0.37 0.02 0.65 0.42 0.37
N3 0.04 0.01 0.13 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.04 0.34 0.01 0.56 0.39 0.32
N7 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.04 0.50 0.02 0.73 0.73 0.48
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.34 0.02 0.46 0.40 0.29
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.10 0.15 0.11 0.05 0.02 0.00 0.05 0.05 0.07 0.08 0.20 0.20 0.08
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.12 0.03 0.15 0.04 0.17 0.17 0.19 0.26 0.18 0.18 0.07 0.05 0.00 0.02 0.24 0.20 0.42 0.36 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.12 0.04 0.18 0.26 0.13
O5' 0.18 0.39 0.21 0.28 0.39 0.02 0.46 0.01 0.48 0.45 0.45 0.37 0.34 0.50 0.34 0.07 0.24 0.12 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.20 0.04 0.52 0.00 0.90 0.78 0.54
OP1 0.25 0.67 0.26 0.33 0.59 0.17 0.73 0.25 0.82 0.58 0.78 0.65 0.56 0.73 0.46 0.20 0.42 0.18 0.02 0.90 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.46 0.17 0.22 0.47 0.26 0.63 0.38 0.68 0.59 0.59 0.42 0.39 0.73 0.40 0.20 0.36 0.26 0.02 0.78 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.38 0.17 0.24 0.35 0.04 0.45 0.02 0.49 0.40 0.45 0.37 0.32 0.48 0.29 0.08 0.26 0.13 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.21 0.29 0.29 0.16 0.19 0.21 0.27 0.28 0.18 0.29 0.15 0.34 0.22 0.15 0.43 0.68 0.24 0.38 0.52 0.73 0.55
C2 0.19 0.13 0.35 0.43 0.15 0.24 0.20 0.24 0.22 0.20 0.19 0.11 0.26 0.22 0.17 0.42 0.86 0.23 0.30 0.55 0.48 0.34
C2' 0.21 0.20 0.35 0.36 0.21 0.22 0.27 0.28 0.31 0.26 0.25 0.19 0.39 0.30 0.22 0.48 0.60 0.21 0.41 0.63 0.83 0.61
C3' 0.30 0.22 0.45 0.48 0.29 0.32 0.35 0.38 0.35 0.38 0.26 0.24 0.44 0.41 0.32 0.56 0.67 0.28 0.49 0.74 0.92 0.68
C4 0.18 0.16 0.34 0.39 0.15 0.21 0.21 0.23 0.26 0.20 0.24 0.12 0.32 0.23 0.16 0.45 0.82 0.22 0.30 0.53 0.55 0.39
C4' 0.17 0.19 0.32 0.32 0.17 0.19 0.24 0.29 0.29 0.22 0.27 0.15 0.38 0.27 0.17 0.47 0.62 0.22 0.43 0.63 0.89 0.66
C5 0.19 0.14 0.37 0.46 0.15 0.25 0.22 0.25 0.26 0.22 0.23 0.11 0.33 0.25 0.17 0.45 0.89 0.23 0.31 0.61 0.53 0.37
C5' 0.23 0.20 0.40 0.41 0.21 0.25 0.27 0.33 0.30 0.28 0.27 0.17 0.39 0.31 0.23 0.55 0.70 0.25 0.44 0.66 0.89 0.66
C6 0.21 0.12 0.39 0.51 0.15 0.29 0.22 0.28 0.25 0.23 0.20 0.11 0.32 0.26 0.18 0.45 0.94 0.25 0.33 0.69 0.53 0.39
C8 0.17 0.17 0.35 0.40 0.15 0.21 0.23 0.24 0.28 0.21 0.26 0.13 0.36 0.25 0.16 0.47 0.83 0.22 0.32 0.56 0.60 0.42
N1 0.22 0.12 0.38 0.50 0.15 0.29 0.21 0.28 0.23 0.23 0.19 0.11 0.28 0.25 0.19 0.43 0.93 0.26 0.33 0.67 0.51 0.38
N2 0.20 0.13 0.34 0.41 0.15 0.24 0.19 0.24 0.19 0.20 0.17 0.12 0.22 0.21 0.18 0.40 0.84 0.24 0.29 0.53 0.45 0.32
N3 0.17 0.16 0.32 0.36 0.14 0.20 0.20 0.22 0.23 0.18 0.22 0.12 0.27 0.21 0.15 0.43 0.78 0.22 0.30 0.49 0.53 0.37
N7 0.19 0.15 0.37 0.45 0.15 0.24 0.23 0.25 0.28 0.22 0.24 0.12 0.36 0.26 0.17 0.47 0.88 0.23 0.31 0.61 0.55 0.39
N9 0.17 0.18 0.33 0.36 0.15 0.20 0.22 0.24 0.27 0.19 0.26 0.13 0.34 0.23 0.16 0.45 0.77 0.22 0.32 0.52 0.62 0.45
O2' 0.15 0.20 0.27 0.28 0.16 0.17 0.21 0.28 0.27 0.19 0.24 0.17 0.35 0.23 0.16 0.43 0.49 0.20 0.46 0.66 0.93 0.70
O3' 0.40 0.27 0.53 0.58 0.37 0.43 0.44 0.49 0.41 0.50 0.28 0.30 0.51 0.53 0.42 0.61 0.67 0.38 0.62 0.90 1.09 0.83
O4' 0.18 0.23 0.28 0.29 0.17 0.23 0.22 0.32 0.28 0.19 0.30 0.17 0.35 0.22 0.17 0.44 0.68 0.28 0.42 0.55 0.79 0.61
O5' 0.34 0.23 0.52 0.54 0.27 0.37 0.30 0.37 0.31 0.34 0.26 0.26 0.40 0.35 0.31 0.69 0.86 0.33 0.49 0.71 0.84 0.62
O6 0.23 0.12 0.40 0.55 0.16 0.33 0.23 0.32 0.25 0.25 0.20 0.11 0.33 0.28 0.19 0.45 0.97 0.27 0.37 0.78 0.57 0.44
OP1 0.61 0.35 0.81 0.84 0.46 0.66 0.45 0.63 0.41 0.54 0.35 0.44 0.50 0.51 0.53 0.97 1.14 0.57 0.67 0.88 0.94 0.77
OP2 0.32 0.26 0.50 0.52 0.27 0.34 0.33 0.37 0.36 0.35 0.29 0.27 0.47 0.38 0.30 0.57 0.78 0.32 0.42 0.70 0.78 0.55
P 0.40 0.23 0.60 0.63 0.31 0.43 0.34 0.43 0.34 0.40 0.27 0.27 0.43 0.40 0.36 0.76 0.95 0.37 0.53 0.76 0.86 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.23 0.30 0.34 0.26
C2 0.03 0.00 0.22 0.20 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.49 0.16 0.37 0.50 0.73 0.55
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.08 0.16 0.12 0.10 0.18 0.22 0.11 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.43 0.60 0.62 0.50
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.18 0.01 0.26 0.02 0.25 0.35 0.22 0.18 0.30 0.35 0.19 0.02 0.01 0.02 0.28 0.47 0.30 0.27
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.27 0.09 0.41 0.49 0.74 0.56
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.11 0.20 0.09 0.09 0.14 0.19 0.09 0.23 0.03 0.01 0.02 0.23 0.17 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.18 0.05 0.54 0.68 1.02 0.77
C5' 0.07 0.20 0.16 0.02 0.19 0.01 0.26 0.00 0.27 0.30 0.24 0.17 0.31 0.33 0.18 0.08 0.17 0.02 0.01 0.24 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.25 0.09 0.54 0.73 1.08 0.81
C8 0.01 0.02 0.10 0.35 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.22 0.22 0.09 0.59 0.64 0.96 0.75
N1 0.03 0.00 0.18 0.22 0.01 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.38 0.13 0.46 0.62 0.93 0.70
N3 0.03 0.01 0.22 0.18 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.48 0.15 0.32 0.43 0.60 0.46
N6 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.33 0.23 0.07 0.62 0.86 1.25 0.93
N7 0.01 0.01 0.06 0.35 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.22 0.05 0.65 0.80 1.18 0.89
N9 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.39 0.42 0.65 0.50
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.24 0.23 0.28 0.08 0.32 0.22 0.33 0.28 0.33 0.27 0.16 0.00 0.06 0.17 0.28 0.59 0.65 0.43
O3' 0.27 0.49 0.03 0.01 0.27 0.03 0.18 0.17 0.25 0.22 0.38 0.48 0.23 0.22 0.14 0.06 0.00 0.18 0.26 0.47 0.22 0.23
O4' 0.01 0.16 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.09 0.13 0.15 0.07 0.05 0.01 0.17 0.18 0.00 0.15 0.23 0.22 0.22
O5' 0.23 0.37 0.43 0.28 0.41 0.02 0.54 0.01 0.54 0.59 0.46 0.32 0.62 0.65 0.39 0.28 0.26 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.50 0.60 0.47 0.49 0.23 0.68 0.24 0.73 0.64 0.62 0.43 0.86 0.80 0.42 0.59 0.47 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.73 0.62 0.30 0.74 0.17 1.02 0.28 1.08 0.96 0.93 0.60 1.25 1.18 0.65 0.65 0.22 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.55 0.50 0.27 0.56 0.08 0.77 0.02 0.81 0.75 0.70 0.46 0.93 0.89 0.50 0.43 0.23 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00