ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52978

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 14, 10, 12, 11, 6, 11, 17, 21, 17, 10, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.034 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.023, 0.049, 0.076, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.049 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.028, 0.062, 0.096, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.062 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.023, 0.060, 0.097, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.060 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.086, 0.236, 0.385, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.236 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.119, 0.272, 0.424, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.272 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.134, 0.310, 0.487, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.310 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.169, 0.404, 0.640, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.404 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.182, 0.428, 0.674, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.428 std_dev=0.246
N3 B 0, 0.210, 0.462, 0.715, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.462 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.268, 0.563, 0.858, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.563 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.238, 0.536, 0.834, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.536 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.220, 0.580, 0.940, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.580 std_dev=0.360
O3' A 0, 0.298, 0.660, 1.023, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.660 std_dev=0.362
C5' A 0, 0.285, 0.668, 1.051, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.668 std_dev=0.383
C2 B 0, 0.277, 0.719, 1.161, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.719 std_dev=0.442
N6 B 0, 0.358, 0.810, 1.262, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.810 std_dev=0.452
C5 B 0, 0.316, 0.808, 1.301, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.808 std_dev=0.492
C1' B 0, 0.465, 0.961, 1.456, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.961 std_dev=0.496
N9 B 0, 0.462, 1.004, 1.547, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.004 std_dev=0.543
O2' B 0, 0.402, 1.012, 1.621, 4.140 max_d=4.140 avg_d=1.012 std_dev=0.610
C2' B 0, 0.468, 1.119, 1.770, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.119 std_dev=0.651
O4' B 0, 0.556, 1.217, 1.878, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.217 std_dev=0.661
O5' A 0, 0.067, 0.743, 1.420, 2.621 max_d=2.621 avg_d=0.743 std_dev=0.677
P A 0, 0.139, 0.949, 1.758, 3.372 max_d=3.372 avg_d=0.949 std_dev=0.809
C4' B 0, 0.563, 1.412, 2.261, 4.451 max_d=4.451 avg_d=1.412 std_dev=0.849
C3' B 0, 0.572, 1.440, 2.309, 4.542 max_d=4.542 avg_d=1.440 std_dev=0.869
N7 B 0, 0.572, 1.470, 2.368, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.470 std_dev=0.898
C8 B 0, 0.649, 1.565, 2.481, 3.771 max_d=3.771 avg_d=1.565 std_dev=0.916
OP2 A 0, 0.078, 1.038, 1.998, 4.703 max_d=4.703 avg_d=1.038 std_dev=0.960
O3' B 0, 0.570, 1.596, 2.621, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.596 std_dev=1.026
C5' B 0, 0.788, 1.838, 2.889, 5.331 max_d=5.331 avg_d=1.838 std_dev=1.050
OP1 A 0, 0.138, 1.251, 2.364, 4.189 max_d=4.189 avg_d=1.251 std_dev=1.113
O5' B 0, 1.008, 2.220, 3.432, 5.247 max_d=5.247 avg_d=2.220 std_dev=1.212
P B 0, 1.221, 2.632, 4.043, 8.199 max_d=8.199 avg_d=2.632 std_dev=1.411
OP2 B 0, 1.250, 2.869, 4.488, 9.577 max_d=9.577 avg_d=2.869 std_dev=1.619
OP1 B 0, 1.343, 3.008, 4.673, 8.756 max_d=8.756 avg_d=3.008 std_dev=1.665

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.02 0.30 0.21 0.21
C2 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.04 0.48 0.01 0.72 0.51 0.49
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.07 0.11 0.16 0.14 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.07 0.32 0.24 0.21
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.03 0.14 0.11 0.17 0.22 0.17 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.30 0.14 0.40 0.29 0.28
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.50 0.01 0.68 0.50 0.49
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.10 0.07 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.11 0.18 0.28 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.61 0.01 0.86 0.68 0.64
C5' 0.04 0.16 0.02 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.23 0.21 0.20 0.15 0.13 0.24 0.14 0.06 0.05 0.02 0.01 0.26 0.31 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03 0.62 0.00 0.94 0.74 0.68
C8 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.60 0.02 0.73 0.61 0.59
N1 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.03 0.56 0.01 0.86 0.65 0.60
N2 0.04 0.01 0.16 0.22 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.28 0.05 0.44 0.02 0.68 0.47 0.45
N3 0.03 0.01 0.14 0.17 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.04 0.43 0.01 0.61 0.43 0.42
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03 0.66 0.02 0.91 0.77 0.71
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.46 0.01 0.57 0.42 0.43
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.04 0.12 0.16 0.12 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.10 0.08 0.21 0.31 0.15
O3' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.05 0.17 0.12 0.21 0.28 0.20 0.12 0.06 0.05 0.00 0.02 0.27 0.17 0.42 0.50 0.34
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.21 0.03 0.22 0.24 0.18
O5' 0.25 0.48 0.23 0.30 0.50 0.02 0.61 0.01 0.62 0.60 0.56 0.44 0.43 0.66 0.46 0.10 0.27 0.21 0.00 0.67 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.17 0.03 0.67 0.00 1.05 0.84 0.76
OP1 0.30 0.72 0.32 0.40 0.68 0.18 0.86 0.31 0.94 0.73 0.86 0.68 0.61 0.91 0.57 0.21 0.42 0.22 0.02 1.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.51 0.24 0.29 0.50 0.28 0.68 0.38 0.74 0.61 0.65 0.47 0.43 0.77 0.42 0.31 0.50 0.24 0.02 0.84 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.49 0.21 0.28 0.49 0.05 0.64 0.02 0.68 0.59 0.60 0.45 0.42 0.71 0.43 0.15 0.34 0.18 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.17 0.30 0.26 0.19 0.34 0.22 0.46 0.27 0.24 0.25 0.20 0.36 0.24 0.23 0.36 0.28 0.39 0.59 0.63 0.91 0.66
C2 0.33 0.17 0.41 0.34 0.17 0.34 0.18 0.38 0.22 0.21 0.24 0.14 0.27 0.19 0.23 0.51 0.38 0.37 0.47 0.56 0.69 0.52
C2' 0.23 0.17 0.35 0.29 0.18 0.20 0.24 0.32 0.28 0.23 0.20 0.20 0.39 0.27 0.20 0.40 0.29 0.23 0.53 0.68 0.88 0.62
C3' 0.26 0.19 0.43 0.38 0.23 0.25 0.30 0.35 0.31 0.32 0.19 0.22 0.42 0.36 0.26 0.48 0.40 0.24 0.56 0.78 0.91 0.67
C4 0.31 0.17 0.37 0.30 0.18 0.33 0.19 0.41 0.25 0.21 0.26 0.18 0.32 0.21 0.23 0.46 0.34 0.39 0.51 0.57 0.77 0.57
C4' 0.21 0.15 0.28 0.22 0.15 0.26 0.19 0.42 0.24 0.19 0.17 0.18 0.37 0.23 0.16 0.36 0.27 0.31 0.60 0.74 0.99 0.70
C5 0.32 0.16 0.40 0.33 0.18 0.34 0.19 0.41 0.25 0.21 0.25 0.17 0.32 0.21 0.23 0.52 0.39 0.40 0.51 0.61 0.76 0.58
C5' 0.21 0.16 0.32 0.26 0.16 0.27 0.21 0.43 0.25 0.21 0.18 0.18 0.38 0.26 0.18 0.41 0.32 0.32 0.60 0.76 0.98 0.70
C6 0.33 0.16 0.44 0.37 0.17 0.36 0.19 0.41 0.24 0.22 0.24 0.15 0.30 0.20 0.23 0.56 0.44 0.40 0.50 0.65 0.74 0.58
C8 0.31 0.17 0.36 0.29 0.19 0.34 0.21 0.44 0.27 0.22 0.25 0.19 0.36 0.23 0.23 0.46 0.34 0.41 0.54 0.61 0.83 0.61
N1 0.34 0.16 0.44 0.38 0.17 0.36 0.18 0.40 0.23 0.22 0.24 0.14 0.28 0.20 0.23 0.57 0.44 0.38 0.49 0.63 0.71 0.56
N2 0.33 0.18 0.42 0.36 0.17 0.34 0.18 0.37 0.21 0.23 0.23 0.13 0.24 0.20 0.24 0.51 0.37 0.35 0.45 0.54 0.64 0.50
N3 0.31 0.17 0.36 0.30 0.18 0.32 0.18 0.38 0.24 0.21 0.26 0.17 0.29 0.19 0.23 0.44 0.33 0.37 0.49 0.54 0.73 0.54
N7 0.32 0.16 0.39 0.32 0.18 0.35 0.20 0.43 0.26 0.22 0.25 0.18 0.35 0.22 0.23 0.51 0.38 0.41 0.52 0.62 0.79 0.60
N9 0.30 0.17 0.34 0.28 0.19 0.33 0.21 0.43 0.26 0.22 0.26 0.19 0.35 0.23 0.23 0.42 0.32 0.40 0.55 0.59 0.83 0.61
O2' 0.20 0.19 0.26 0.23 0.15 0.21 0.17 0.36 0.21 0.16 0.14 0.21 0.34 0.20 0.16 0.30 0.22 0.25 0.60 0.74 1.00 0.71
O3' 0.36 0.25 0.52 0.51 0.33 0.36 0.42 0.45 0.38 0.49 0.21 0.27 0.50 0.53 0.39 0.53 0.52 0.33 0.68 0.97 1.02 0.81
O4' 0.31 0.18 0.29 0.27 0.22 0.40 0.25 0.54 0.28 0.28 0.25 0.21 0.39 0.29 0.26 0.35 0.31 0.46 0.66 0.71 1.00 0.73
O5' 0.35 0.20 0.46 0.41 0.21 0.39 0.22 0.48 0.26 0.23 0.19 0.27 0.42 0.26 0.25 0.56 0.49 0.41 0.62 0.74 0.95 0.69
O6 0.34 0.16 0.46 0.40 0.17 0.38 0.19 0.43 0.24 0.23 0.24 0.15 0.30 0.21 0.24 0.60 0.48 0.40 0.51 0.70 0.75 0.61
OP1 0.49 0.33 0.69 0.65 0.35 0.54 0.33 0.57 0.34 0.38 0.28 0.40 0.48 0.38 0.40 0.82 0.78 0.48 0.63 0.79 0.92 0.69
OP2 0.42 0.30 0.56 0.50 0.30 0.45 0.33 0.50 0.39 0.32 0.34 0.35 0.55 0.36 0.33 0.66 0.58 0.45 0.59 0.76 0.85 0.65
P 0.36 0.20 0.52 0.46 0.23 0.40 0.26 0.47 0.31 0.28 0.23 0.27 0.47 0.31 0.27 0.62 0.56 0.40 0.60 0.73 0.92 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.25 0.26 0.38 0.25
C2 0.03 0.00 0.22 0.18 0.01 0.16 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.20 0.22 0.51 0.57 0.79 0.56
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.11 0.11 0.11 0.18 0.21 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.33 0.35 0.47 0.33
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.17 0.19 0.17 0.16 0.19 0.19 0.11 0.02 0.01 0.02 0.28 0.33 0.26 0.22
C4 0.01 0.01 0.12 0.13 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.11 0.49 0.52 0.76 0.53
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.08 0.15 0.12 0.15 0.09 0.12 0.05 0.14 0.03 0.00 0.02 0.22 0.23 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.05 0.62 0.70 0.99 0.69
C5' 0.07 0.31 0.11 0.02 0.21 0.01 0.22 0.00 0.25 0.24 0.28 0.28 0.25 0.25 0.15 0.06 0.11 0.02 0.01 0.30 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.10 0.62 0.74 1.04 0.72
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.14 0.12 0.70 0.73 0.96 0.74
N1 0.02 0.00 0.18 0.17 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.17 0.56 0.65 0.93 0.64
N3 0.03 0.00 0.21 0.16 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.21 0.45 0.49 0.68 0.49
N6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.19 0.07 0.69 0.87 1.19 0.82
N7 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.16 0.07 0.74 0.86 1.15 0.84
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.47 0.46 0.67 0.48
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.10 0.14 0.10 0.06 0.11 0.20 0.16 0.20 0.12 0.18 0.08 0.00 0.08 0.10 0.19 0.29 0.46 0.25
O3' 0.11 0.20 0.03 0.01 0.12 0.03 0.14 0.11 0.17 0.14 0.19 0.19 0.19 0.16 0.07 0.08 0.00 0.10 0.25 0.38 0.27 0.23
O4' 0.00 0.22 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.10 0.12 0.17 0.21 0.07 0.07 0.01 0.10 0.10 0.00 0.14 0.24 0.26 0.20
O5' 0.25 0.51 0.33 0.28 0.49 0.02 0.62 0.01 0.62 0.70 0.56 0.45 0.69 0.74 0.47 0.19 0.25 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.57 0.35 0.33 0.52 0.22 0.70 0.30 0.74 0.73 0.65 0.49 0.87 0.86 0.46 0.29 0.38 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.79 0.47 0.26 0.76 0.23 0.99 0.33 1.04 0.96 0.93 0.68 1.19 1.15 0.67 0.46 0.27 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.56 0.33 0.22 0.53 0.07 0.69 0.02 0.72 0.74 0.64 0.49 0.82 0.84 0.48 0.25 0.23 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00