ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52980

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 3, 9, 5, 5, 1, 3, 2, 2, 3, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.017, 0.026, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.027, 0.040, 0.054, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.040 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.064, 0.088, 0.112, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.088 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.001, 0.033, 0.065, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.033 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.002, 0.037, 0.071, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.037 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.147, 0.277, 0.407, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.277 std_dev=0.130
C2' A 0, 0.175, 0.319, 0.462, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.319 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.106, 0.287, 0.468, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.287 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.300, 0.496, 0.691, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.496 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.318, 0.536, 0.754, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.536 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.544, 0.835, 1.126, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.835 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.344, 0.662, 0.981, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.662 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.279, 0.612, 0.945, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.612 std_dev=0.333
C5' A 0, 0.480, 0.821, 1.161, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.821 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.684, 1.026, 1.369, 1.622 max_d=1.622 avg_d=1.026 std_dev=0.342
N1 B 0, 0.263, 0.645, 1.027, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.645 std_dev=0.382
C6 B 0, 0.516, 0.903, 1.290, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.903 std_dev=0.387
C5 B 0, 0.676, 1.078, 1.479, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.078 std_dev=0.402
N9 B 0, 0.888, 1.320, 1.752, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.320 std_dev=0.432
N6 B 0, 0.647, 1.108, 1.569, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.108 std_dev=0.461
C1' B 0, 0.994, 1.461, 1.928, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.461 std_dev=0.467
O5' A 0, 0.471, 0.986, 1.502, 2.966 max_d=2.966 avg_d=0.986 std_dev=0.515
N7 B 0, 0.892, 1.415, 1.938, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.415 std_dev=0.523
C8 B 0, 0.989, 1.521, 2.053, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.521 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.930, 1.539, 2.148, 3.527 max_d=3.527 avg_d=1.539 std_dev=0.609
OP2 A 0, 0.514, 1.142, 1.770, 3.651 max_d=3.651 avg_d=1.142 std_dev=0.628
P A 0, 0.552, 1.183, 1.815, 3.531 max_d=3.531 avg_d=1.183 std_dev=0.632
OP1 A 0, 0.723, 1.506, 2.289, 4.031 max_d=4.031 avg_d=1.506 std_dev=0.783
O4' B 0, 1.183, 1.986, 2.790, 3.507 max_d=3.507 avg_d=1.986 std_dev=0.803
O2' B 0, 0.738, 1.612, 2.485, 4.239 max_d=4.239 avg_d=1.612 std_dev=0.873
C4' B 0, 1.619, 2.595, 3.572, 4.606 max_d=4.606 avg_d=2.595 std_dev=0.976
C3' B 0, 0.930, 1.944, 2.959, 3.859 max_d=3.859 avg_d=1.944 std_dev=1.014
O3' B 0, 1.103, 2.227, 3.350, 4.244 max_d=4.244 avg_d=2.227 std_dev=1.124
O5' B 0, 2.605, 3.823, 5.042, 5.476 max_d=5.476 avg_d=3.823 std_dev=1.218
C5' B 0, 2.529, 3.777, 5.024, 6.324 max_d=6.324 avg_d=3.777 std_dev=1.247
P B 0, 3.748, 5.452, 7.155, 7.618 max_d=7.618 avg_d=5.452 std_dev=1.703
OP2 B 0, 3.390, 5.159, 6.929, 7.661 max_d=7.661 avg_d=5.159 std_dev=1.769
OP1 B 0, 4.678, 6.710, 8.741, 9.144 max_d=9.144 avg_d=6.710 std_dev=2.031

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.02 0.14 0.14 0.09
C2 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.03 0.28 0.01 0.46 0.28 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.16 0.13 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.05 0.22 0.10 0.12
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.12 0.11 0.20 0.14 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.19 0.06 0.28 0.12 0.18
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.28 0.01 0.40 0.26 0.26
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.36 0.01 0.50 0.35 0.34
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.10 0.11 0.12 0.09 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.12 0.18 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.37 0.01 0.56 0.39 0.37
C8 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.36 0.02 0.37 0.30 0.30
N1 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.33 0.01 0.54 0.35 0.34
N2 0.03 0.01 0.16 0.20 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.25 0.05 0.25 0.01 0.45 0.26 0.27
N3 0.02 0.01 0.13 0.14 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.03 0.24 0.01 0.38 0.23 0.23
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.03 0.40 0.02 0.49 0.39 0.37
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.25 0.01 0.30 0.21 0.21
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.15 0.11 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.16 0.09 0.05
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.13 0.14 0.25 0.17 0.11 0.04 0.04 0.00 0.02 0.15 0.07 0.35 0.19 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.21 0.09
O5' 0.11 0.28 0.15 0.19 0.28 0.01 0.36 0.01 0.37 0.36 0.33 0.25 0.24 0.40 0.25 0.05 0.15 0.05 0.00 0.40 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.03 0.40 0.00 0.62 0.45 0.41
OP1 0.14 0.46 0.22 0.28 0.40 0.13 0.50 0.18 0.56 0.37 0.54 0.45 0.38 0.49 0.30 0.16 0.35 0.06 0.02 0.62 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.28 0.10 0.12 0.26 0.16 0.35 0.22 0.39 0.30 0.35 0.26 0.23 0.39 0.21 0.09 0.19 0.21 0.02 0.45 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.28 0.12 0.18 0.26 0.02 0.34 0.02 0.37 0.30 0.34 0.27 0.23 0.37 0.21 0.05 0.20 0.09 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.48 0.41 0.16 0.26 0.23 0.46 0.28 0.21 0.23 0.12 0.35 0.26 0.16 0.44 0.42 0.38 0.40 0.87 0.79 0.58
C2 0.27 0.12 0.62 0.39 0.16 0.23 0.15 0.27 0.14 0.21 0.14 0.14 0.16 0.18 0.21 0.63 0.48 0.34 0.33 0.46 0.50 0.34
C2' 0.23 0.17 0.56 0.58 0.21 0.22 0.27 0.36 0.28 0.28 0.20 0.18 0.37 0.31 0.23 0.50 0.47 0.25 0.36 0.81 0.86 0.49
C3' 0.30 0.20 0.64 0.71 0.26 0.32 0.31 0.40 0.30 0.35 0.21 0.23 0.39 0.37 0.30 0.56 0.58 0.26 0.38 0.78 0.98 0.49
C4 0.21 0.12 0.62 0.47 0.14 0.21 0.19 0.30 0.21 0.20 0.19 0.11 0.27 0.22 0.17 0.59 0.47 0.32 0.33 0.57 0.62 0.39
C4' 0.17 0.12 0.50 0.52 0.17 0.27 0.25 0.49 0.28 0.24 0.20 0.13 0.39 0.29 0.18 0.45 0.42 0.35 0.39 0.93 0.93 0.59
C5 0.25 0.12 0.69 0.54 0.14 0.25 0.18 0.27 0.21 0.22 0.19 0.12 0.27 0.22 0.19 0.67 0.53 0.30 0.34 0.51 0.58 0.34
C5' 0.21 0.14 0.58 0.60 0.19 0.31 0.26 0.49 0.29 0.27 0.20 0.15 0.40 0.31 0.21 0.50 0.49 0.35 0.37 0.87 0.98 0.57
C6 0.30 0.12 0.73 0.55 0.15 0.31 0.16 0.28 0.17 0.23 0.16 0.13 0.22 0.20 0.22 0.73 0.55 0.31 0.36 0.48 0.49 0.30
C8 0.20 0.13 0.63 0.54 0.15 0.23 0.23 0.32 0.27 0.23 0.22 0.11 0.35 0.26 0.17 0.59 0.52 0.30 0.35 0.64 0.71 0.43
N1 0.31 0.12 0.70 0.48 0.16 0.30 0.15 0.27 0.14 0.23 0.14 0.14 0.17 0.19 0.23 0.73 0.52 0.34 0.36 0.44 0.45 0.30
N2 0.29 0.14 0.57 0.31 0.19 0.25 0.17 0.31 0.14 0.23 0.13 0.16 0.14 0.20 0.24 0.62 0.52 0.38 0.35 0.45 0.48 0.37
N3 0.21 0.12 0.57 0.38 0.14 0.20 0.17 0.32 0.18 0.18 0.16 0.12 0.21 0.19 0.17 0.55 0.44 0.35 0.33 0.58 0.59 0.41
N7 0.24 0.12 0.69 0.58 0.15 0.26 0.21 0.28 0.24 0.23 0.21 0.11 0.32 0.25 0.19 0.66 0.56 0.29 0.34 0.55 0.64 0.37
N9 0.17 0.12 0.58 0.47 0.15 0.21 0.22 0.36 0.26 0.21 0.21 0.11 0.33 0.25 0.16 0.54 0.46 0.33 0.35 0.68 0.71 0.46
O2' 0.14 0.13 0.40 0.44 0.15 0.21 0.23 0.45 0.27 0.23 0.16 0.13 0.37 0.27 0.16 0.37 0.35 0.30 0.42 1.04 0.89 0.63
O3' 0.38 0.27 0.67 0.81 0.34 0.40 0.38 0.44 0.35 0.43 0.25 0.30 0.42 0.45 0.38 0.59 0.69 0.29 0.45 0.83 1.10 0.53
O4' 0.14 0.13 0.45 0.40 0.15 0.33 0.23 0.55 0.28 0.20 0.22 0.12 0.37 0.25 0.15 0.41 0.41 0.44 0.44 0.95 0.85 0.64
O5' 0.30 0.19 0.73 0.75 0.26 0.40 0.31 0.48 0.31 0.35 0.23 0.21 0.40 0.37 0.29 0.66 0.70 0.34 0.43 0.77 0.97 0.53
O6 0.33 0.12 0.76 0.59 0.15 0.37 0.16 0.32 0.17 0.24 0.16 0.14 0.23 0.21 0.23 0.78 0.60 0.33 0.39 0.53 0.47 0.31
OP1 0.49 0.27 0.85 0.92 0.38 0.57 0.40 0.59 0.38 0.48 0.28 0.34 0.47 0.48 0.44 0.82 0.91 0.48 0.58 0.89 1.07 0.64
OP2 0.36 0.19 0.84 0.88 0.26 0.49 0.30 0.53 0.28 0.36 0.21 0.23 0.37 0.37 0.31 0.74 0.86 0.33 0.49 0.78 1.01 0.56
P 0.35 0.19 0.78 0.82 0.28 0.45 0.33 0.50 0.32 0.38 0.23 0.23 0.41 0.40 0.32 0.71 0.78 0.35 0.45 0.76 1.00 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.29 0.43 0.32 0.31
C2 0.04 0.00 0.37 0.29 0.01 0.15 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.28 0.29 0.34 0.86 0.77 0.53
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.03 0.10 0.24 0.18 0.19 0.30 0.37 0.14 0.10 0.02 0.01 0.04 0.02 0.57 0.45 0.59 0.59
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.27 0.01 0.35 0.04 0.37 0.32 0.34 0.25 0.41 0.37 0.23 0.02 0.01 0.02 0.24 0.47 0.25 0.21
C4 0.02 0.01 0.20 0.27 0.00 0.09 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.16 0.16 0.33 0.79 0.71 0.49
C4' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.20 0.12 0.14 0.12 0.18 0.09 0.30 0.04 0.01 0.02 0.25 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.35 0.00 0.11 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.08 0.35 0.96 0.91 0.56
C5' 0.15 0.38 0.24 0.04 0.32 0.01 0.35 0.00 0.37 0.32 0.39 0.35 0.37 0.34 0.26 0.09 0.24 0.03 0.01 0.24 0.40 0.03
C6 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01 0.11 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.19 0.14 0.35 1.04 0.99 0.60
C8 0.01 0.01 0.19 0.32 0.01 0.20 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.20 0.18 0.35 0.81 0.76 0.49
N1 0.03 0.00 0.30 0.34 0.01 0.12 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.22 0.23 0.35 0.98 0.91 0.58
N3 0.04 0.00 0.37 0.25 0.00 0.14 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.30 0.29 0.33 0.74 0.65 0.48
N6 0.02 0.01 0.14 0.41 0.01 0.12 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.23 0.10 0.36 1.14 1.11 0.63
N7 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.38 0.23 0.10 0.36 0.99 0.98 0.57
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.09 0.02 0.32 0.66 0.58 0.43
O2' 0.02 0.28 0.01 0.02 0.16 0.30 0.24 0.09 0.21 0.40 0.21 0.28 0.26 0.38 0.19 0.00 0.06 0.23 0.40 0.36 0.60 0.48
O3' 0.29 0.28 0.04 0.01 0.16 0.04 0.15 0.24 0.19 0.20 0.22 0.30 0.23 0.23 0.09 0.06 0.00 0.25 0.28 0.91 0.28 0.39
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.16 0.01 0.08 0.03 0.14 0.18 0.23 0.29 0.10 0.10 0.02 0.23 0.25 0.00 0.21 0.35 0.15 0.14
O5' 0.29 0.34 0.57 0.24 0.33 0.02 0.35 0.01 0.35 0.35 0.35 0.33 0.36 0.36 0.32 0.40 0.28 0.21 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.43 0.86 0.45 0.47 0.79 0.25 0.96 0.24 1.04 0.81 0.98 0.74 1.14 0.99 0.66 0.36 0.91 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.77 0.59 0.25 0.71 0.23 0.91 0.40 0.99 0.76 0.91 0.65 1.11 0.98 0.58 0.60 0.28 0.15 0.04 0.02 0.00 0.02
P 0.31 0.53 0.59 0.21 0.49 0.06 0.56 0.03 0.60 0.49 0.58 0.48 0.63 0.57 0.43 0.48 0.39 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00