ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52984

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.012, 0.042, 0.071, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.042 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.012, 0.041, 0.071, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.013, 0.046, 0.078, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.015, 0.052, 0.090, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.016, 0.054, 0.093, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.054 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.017, 0.060, 0.102, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.060 std_dev=0.042
N2 A 0, 0.020, 0.067, 0.114, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.067 std_dev=0.047
C2 B 0, 0.012, 0.081, 0.150, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.081 std_dev=0.069
C4 B 0, 0.021, 0.090, 0.160, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.090 std_dev=0.069
N3 B 0, 0.015, 0.088, 0.160, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.072
N1 B 0, 0.018, 0.103, 0.189, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.103 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.038, 0.137, 0.236, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.137 std_dev=0.099
C5 B 0, 0.023, 0.128, 0.233, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.105
C6 B 0, 0.025, 0.134, 0.244, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.047, 0.163, 0.278, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.163 std_dev=0.116
N9 B 0, 0.013, 0.150, 0.286, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.150 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.058, 0.199, 0.339, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.199 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.066, 0.235, 0.404, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.235 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.070, 0.252, 0.433, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.252 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.074, 0.258, 0.441, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.258 std_dev=0.183
N6 B 0, 0.030, 0.215, 0.399, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.215 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.009, 0.194, 0.379, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.194 std_dev=0.185
C2' B 0, 0.065, 0.256, 0.447, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.256 std_dev=0.191
C8 B 0, 0.003, 0.195, 0.388, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.195 std_dev=0.192
O3' B 0, 0.058, 0.261, 0.464, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.261 std_dev=0.203
C3' B 0, 0.013, 0.219, 0.425, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.219 std_dev=0.206
O5' A 0, 0.070, 0.279, 0.489, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.279 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.006, 0.223, 0.439, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.223 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.088, 0.330, 0.573, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.330 std_dev=0.242
O5' B 0, 0.068, 0.364, 0.660, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.364 std_dev=0.296
C4' B 0, -0.001, 0.300, 0.601, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.300 std_dev=0.301
O4' B 0, -0.011, 0.294, 0.598, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.294 std_dev=0.304
C5' B 0, 0.036, 0.348, 0.660, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.348 std_dev=0.312
P A 0, 0.126, 0.474, 0.822, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.474 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.121, 0.489, 0.858, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.489 std_dev=0.369
O2' B 0, 0.119, 0.489, 0.860, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.489 std_dev=0.371
P B 0, 0.085, 0.474, 0.864, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.474 std_dev=0.389
OP1 A 0, 0.169, 0.583, 0.996, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.583 std_dev=0.414
OP1 B 0, -0.047, 1.028, 2.104, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.028 std_dev=1.076
OP2 B 0, -0.150, 0.970, 2.089, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.970 std_dev=1.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03
C2 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.10 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.06 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.10 0.10
N1 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01
N2 0.04 0.00 0.04 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06
N3 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.05 0.08 0.05 0.05
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.05 0.08 0.05
OP1 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.10 0.02 0.07 0.04 0.10 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.03 0.04 0.02 0.11 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.10 0.01 0.06 0.03 0.10 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.10 0.06 0.05 0.09 0.12 0.13 0.10 0.19 0.03 0.07 0.15 0.20 0.09 0.20 0.07 0.14 0.21 0.33 0.09 0.19
C2 0.19 0.05 0.09 0.10 0.09 0.17 0.10 0.19 0.05 0.18 0.03 0.02 0.06 0.15 0.16 0.05 0.06 0.23 0.27 0.11 0.30 0.07
C2' 0.08 0.07 0.13 0.08 0.05 0.08 0.11 0.09 0.10 0.16 0.04 0.08 0.16 0.18 0.07 0.23 0.10 0.10 0.15 0.41 0.05 0.19
C3' 0.15 0.11 0.19 0.14 0.09 0.12 0.11 0.10 0.11 0.14 0.07 0.13 0.16 0.17 0.09 0.29 0.15 0.12 0.11 0.52 0.08 0.20
C4 0.14 0.05 0.06 0.09 0.07 0.17 0.12 0.19 0.08 0.20 0.00 0.03 0.11 0.19 0.14 0.08 0.06 0.23 0.26 0.07 0.14 0.13
C4' 0.18 0.13 0.22 0.15 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.14 0.08 0.15 0.13 0.16 0.10 0.32 0.16 0.13 0.13 0.45 0.06 0.20
C5 0.17 0.05 0.08 0.12 0.08 0.20 0.11 0.21 0.07 0.21 0.01 0.02 0.10 0.18 0.15 0.07 0.09 0.26 0.27 0.02 0.09 0.12
C5' 0.20 0.15 0.25 0.18 0.12 0.16 0.10 0.11 0.09 0.13 0.10 0.17 0.11 0.14 0.12 0.37 0.20 0.15 0.09 0.34 0.14 0.17
C6 0.19 0.05 0.12 0.14 0.09 0.22 0.11 0.22 0.05 0.20 0.03 0.02 0.07 0.17 0.16 0.09 0.11 0.27 0.28 0.14 0.13 0.08
C8 0.11 0.05 0.05 0.09 0.07 0.17 0.12 0.19 0.09 0.21 0.01 0.03 0.13 0.20 0.13 0.12 0.07 0.22 0.25 0.16 0.03 0.18
N1 0.20 0.05 0.12 0.13 0.09 0.20 0.10 0.21 0.05 0.19 0.04 0.03 0.06 0.15 0.16 0.10 0.10 0.25 0.28 0.18 0.24 0.06
N2 0.18 0.05 0.10 0.09 0.09 0.15 0.09 0.18 0.04 0.15 0.04 0.04 0.05 0.12 0.15 0.10 0.04 0.20 0.27 0.16 0.42 0.07
N3 0.15 0.05 0.05 0.07 0.08 0.15 0.11 0.18 0.07 0.19 0.01 0.03 0.09 0.17 0.15 0.05 0.04 0.22 0.26 0.06 0.26 0.10
N7 0.15 0.05 0.07 0.11 0.08 0.20 0.12 0.21 0.08 0.21 0.00 0.02 0.11 0.20 0.15 0.09 0.10 0.25 0.27 0.05 0.03 0.16
N9 0.10 0.05 0.05 0.07 0.06 0.14 0.12 0.17 0.09 0.20 0.01 0.04 0.13 0.20 0.12 0.13 0.05 0.20 0.24 0.19 0.07 0.17
O2' 0.08 0.05 0.12 0.08 0.06 0.08 0.14 0.10 0.13 0.17 0.06 0.07 0.20 0.20 0.08 0.20 0.09 0.11 0.16 0.48 0.09 0.21
O3' 0.18 0.12 0.20 0.15 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.09 0.15 0.18 0.17 0.12 0.29 0.16 0.14 0.10 0.62 0.16 0.21
O4' 0.09 0.10 0.15 0.08 0.05 0.09 0.10 0.13 0.08 0.18 0.05 0.11 0.12 0.18 0.08 0.27 0.10 0.13 0.21 0.31 0.07 0.19
O5' 0.13 0.12 0.20 0.13 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.13 0.07 0.13 0.11 0.14 0.07 0.32 0.16 0.10 0.08 0.23 0.19 0.15
O6 0.20 0.05 0.14 0.16 0.09 0.24 0.10 0.23 0.05 0.20 0.04 0.03 0.06 0.17 0.17 0.13 0.14 0.28 0.29 0.20 0.09 0.08
OP1 0.19 0.14 0.24 0.20 0.12 0.19 0.11 0.18 0.10 0.14 0.09 0.16 0.14 0.16 0.13 0.35 0.22 0.17 0.12 0.45 0.33 0.22
OP2 0.12 0.11 0.20 0.14 0.07 0.12 0.08 0.10 0.06 0.12 0.06 0.13 0.11 0.14 0.07 0.32 0.17 0.09 0.05 0.11 0.27 0.10
P 0.16 0.13 0.22 0.17 0.09 0.15 0.08 0.13 0.08 0.12 0.08 0.15 0.11 0.14 0.10 0.34 0.20 0.13 0.07 0.22 0.29 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.40 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.01 0.18 0.09 0.73 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.35 0.41 0.11
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.50 0.31 0.17
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.18 0.15 0.65 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.33 0.11 0.11
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.19 0.34 0.69 0.09
C5' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.11 0.07 0.06 0.09 0.12 0.08 0.03 0.05 0.01 0.01 0.21 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.19 0.32 0.76 0.09
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.42 0.52 0.11
N1 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.01 0.19 0.19 0.78 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.02 0.17 0.08 0.66 0.07
N6 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.18 0.44 0.78 0.11
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.18 0.52 0.61 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.16 0.16 0.54 0.04
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.01 0.11 0.11 0.09 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.47 0.30 0.14
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.08 0.02 0.10 0.07 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.78 0.18 0.23
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.25 0.04
O5' 0.11 0.18 0.12 0.10 0.18 0.02 0.19 0.01 0.19 0.17 0.19 0.17 0.18 0.18 0.16 0.09 0.07 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.09 0.35 0.50 0.15 0.33 0.34 0.21 0.32 0.42 0.19 0.08 0.44 0.52 0.16 0.47 0.78 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.73 0.41 0.31 0.65 0.11 0.69 0.20 0.76 0.52 0.78 0.66 0.78 0.61 0.54 0.30 0.18 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.11 0.17 0.06 0.11 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.14 0.04 0.14 0.23 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00