ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52985

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O4' A 0, -0.002, 0.028, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.031
O2' B 0, 0.005, 0.046, 0.087, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.046 std_dev=0.041
C4' A 0, -0.005, 0.038, 0.081, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.038 std_dev=0.043
C2' A 0, -0.005, 0.040, 0.085, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.045
N3 B 0, -0.004, 0.050, 0.104, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.050 std_dev=0.054
C2' B 0, -0.005, 0.054, 0.112, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.054 std_dev=0.058
C2 B 0, -0.002, 0.059, 0.121, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.059 std_dev=0.062
C3' A 0, -0.009, 0.062, 0.132, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.062 std_dev=0.070
O2' A 0, -0.005, 0.066, 0.136, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.066 std_dev=0.071
N1 B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C5' A 0, -0.018, 0.069, 0.155, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.069 std_dev=0.087
C4 B 0, -0.010, 0.091, 0.192, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.091 std_dev=0.101
O3' B 0, -0.016, 0.086, 0.187, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.086 std_dev=0.102
C3' B 0, -0.020, 0.089, 0.199, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.089 std_dev=0.109
C1' B 0, -0.015, 0.098, 0.211, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.098 std_dev=0.113
O3' A 0, -0.016, 0.099, 0.215, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.099 std_dev=0.116
O5' A 0, -0.029, 0.089, 0.207, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.089 std_dev=0.118
C4' B 0, -0.023, 0.115, 0.254, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.115 std_dev=0.138
N9 B 0, -0.019, 0.124, 0.267, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.124 std_dev=0.143
C6 B 0, -0.013, 0.138, 0.288, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.138 std_dev=0.150
P A 0, -0.028, 0.125, 0.277, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.125 std_dev=0.153
O4' B 0, -0.029, 0.142, 0.313, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.142 std_dev=0.171
C5 B 0, -0.020, 0.152, 0.324, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.152 std_dev=0.172
OP1 B 0, -0.004, 0.177, 0.357, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.177 std_dev=0.180
O5' B 0, -0.017, 0.167, 0.350, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.167 std_dev=0.184
C5' B 0, -0.025, 0.160, 0.345, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.160 std_dev=0.185
OP2 A 0, -0.021, 0.167, 0.356, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.167 std_dev=0.189
OP1 A 0, -0.026, 0.167, 0.359, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.167 std_dev=0.192
P B 0, -0.018, 0.197, 0.412, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.197 std_dev=0.215
N6 B 0, -0.019, 0.198, 0.415, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.198 std_dev=0.217
C8 B 0, -0.034, 0.205, 0.444, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.205 std_dev=0.239
N7 B 0, -0.036, 0.225, 0.486, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.225 std_dev=0.261
OP2 B 0, -0.034, 0.237, 0.507, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.237 std_dev=0.271

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.09 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.04
C4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.13 0.09 0.08
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.14 0.09 0.09
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.09 0.08
N1 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.13 0.09 0.08
N2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.12 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.11 0.08 0.07
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.14 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.08 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.15 0.09 0.09
OP1 0.07 0.12 0.08 0.08 0.11 0.04 0.13 0.04 0.14 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.10 0.06 0.08 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.03 0.08 0.00 0.09 0.03 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.13 0.07
C2 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.12 0.07
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.15 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.14 0.08
C4 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.14 0.08
C4' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.13 0.06
C5 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.08 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.15 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.12 0.06
C6 0.05 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.09 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.15 0.09
C8 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.16 0.09
N1 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.13 0.08
N2 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.10 0.05
N3 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.13 0.07
N7 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.08 0.01 0.03 0.06 0.08 0.05 0.01 0.02 0.05 0.07 0.06 0.16 0.10
N9 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.14 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.08 0.15 0.09
O3' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.09 0.16 0.10
O4' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.12 0.05
O5' 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05 0.00 0.02 0.11 0.03
O6 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.06 0.04 0.10 0.01 0.01 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.08 0.08 0.06 0.15 0.10
OP1 0.10 0.13 0.12 0.12 0.09 0.10 0.06 0.07 0.05 0.04 0.10 0.13 0.02 0.03 0.08 0.12 0.13 0.09 0.04 0.03 0.07 0.00
OP2 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09 0.10 0.05 0.07 0.05 0.04 0.09 0.13 0.02 0.03 0.08 0.11 0.12 0.09 0.05 0.05 0.06 0.02
P 0.07 0.11 0.08 0.08 0.06 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.01 0.05 0.09 0.10 0.06 0.02 0.01 0.09 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.14 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.12 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.08 0.13 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.15 0.09
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.12 0.07
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.15 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.12 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02
O5' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.08 0.05 0.10 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.14 0.06 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.15 0.08 0.15 0.12 0.15 0.12 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00