ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52986

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 18, 14, 14, 6, 12, 18, 24, 8, 5, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 1.074, 2.320, 3.566, 3.728 max_d=3.728 avg_d=2.320 std_dev=1.246
N3 B 0, 0.500, 2.124, 3.748, 3.920 max_d=3.920 avg_d=2.124 std_dev=1.624
N2 A 0, -0.117, 1.596, 3.310, 3.848 max_d=3.848 avg_d=1.596 std_dev=1.713
C2 B 0, 0.721, 2.467, 4.213, 4.413 max_d=4.413 avg_d=2.467 std_dev=1.746
N3 A 0, -0.148, 1.723, 3.593, 3.984 max_d=3.984 avg_d=1.723 std_dev=1.871
C2 A 0, -0.174, 1.893, 3.960, 4.381 max_d=4.381 avg_d=1.893 std_dev=2.067
C4 B 0, 0.368, 3.311, 6.254, 6.553 max_d=6.553 avg_d=3.311 std_dev=2.943
O4' B 0, 1.464, 4.451, 7.439, 9.309 max_d=9.309 avg_d=4.451 std_dev=2.988
N1 B 0, 0.643, 3.710, 6.777, 7.114 max_d=7.114 avg_d=3.710 std_dev=3.067
C4 A 0, -0.261, 2.925, 6.110, 6.635 max_d=6.635 avg_d=2.925 std_dev=3.186
O2' A 0, 1.484, 4.733, 7.982, 8.888 max_d=8.888 avg_d=4.733 std_dev=3.249
O5' B 0, 3.321, 6.661, 10.001, 13.182 max_d=13.182 avg_d=6.661 std_dev=3.340
C5' B 0, 3.213, 6.581, 9.948, 13.082 max_d=13.082 avg_d=6.581 std_dev=3.368
N1 A 0, -0.287, 3.117, 6.522, 7.078 max_d=7.078 avg_d=3.117 std_dev=3.404
C1' B 0, 0.483, 4.102, 7.722, 8.125 max_d=8.125 avg_d=4.102 std_dev=3.620
N9 B 0, 0.482, 4.123, 7.765, 8.126 max_d=8.126 avg_d=4.123 std_dev=3.642
O3' A 0, 1.991, 5.831, 9.671, 12.289 max_d=12.289 avg_d=5.831 std_dev=3.840
P B 0, 4.071, 7.983, 11.895, 15.474 max_d=15.474 avg_d=7.983 std_dev=3.912
C4' B 0, 1.863, 5.795, 9.728, 11.444 max_d=11.444 avg_d=5.795 std_dev=3.932
N9 A 0, -0.329, 3.672, 7.672, 8.348 max_d=8.348 avg_d=3.672 std_dev=4.000
C1' A 0, -0.345, 3.679, 7.704, 8.526 max_d=8.526 avg_d=3.679 std_dev=4.024
C5 B 0, 0.314, 4.348, 8.382, 8.784 max_d=8.784 avg_d=4.348 std_dev=4.034
OP2 B 0, 4.482, 8.632, 12.783, 15.540 max_d=15.540 avg_d=8.632 std_dev=4.150
C6 B 0, 0.349, 4.524, 8.698, 9.110 max_d=9.110 avg_d=4.524 std_dev=4.174
C5 A 0, -0.366, 3.906, 8.178, 8.822 max_d=8.822 avg_d=3.906 std_dev=4.272
C2' A 0, 0.625, 4.914, 9.204, 9.976 max_d=9.976 avg_d=4.914 std_dev=4.289
O4' A 0, 0.586, 4.933, 9.281, 10.511 max_d=10.511 avg_d=4.933 std_dev=4.348
C6 A 0, -0.384, 4.037, 8.458, 9.109 max_d=9.109 avg_d=4.037 std_dev=4.421
OP1 B 0, 4.420, 8.936, 13.452, 17.916 max_d=17.916 avg_d=8.936 std_dev=4.516
C3' A 0, 1.191, 5.907, 10.623, 12.024 max_d=12.024 avg_d=5.907 std_dev=4.716
C8 B 0, 0.643, 5.403, 10.162, 10.634 max_d=10.634 avg_d=5.403 std_dev=4.760
C2' B 0, 0.726, 5.524, 10.321, 11.017 max_d=11.017 avg_d=5.524 std_dev=4.797
O2' B 0, 0.848, 5.709, 10.569, 11.516 max_d=11.516 avg_d=5.709 std_dev=4.861
C3' B 0, 1.575, 6.551, 11.527, 12.227 max_d=12.227 avg_d=6.551 std_dev=4.976
C4' A 0, 1.208, 6.189, 11.171, 12.517 max_d=12.517 avg_d=6.189 std_dev=4.982
N7 B 0, 0.482, 5.528, 10.575, 11.078 max_d=11.078 avg_d=5.528 std_dev=5.047
C8 A 0, -0.421, 4.798, 10.016, 10.777 max_d=10.777 avg_d=4.798 std_dev=5.218
O6 B 0, 0.333, 5.607, 10.881, 11.432 max_d=11.432 avg_d=5.607 std_dev=5.274
N7 A 0, -0.449, 4.964, 10.376, 11.137 max_d=11.137 avg_d=4.964 std_dev=5.412
O3' B 0, 2.588, 8.093, 13.599, 14.595 max_d=14.595 avg_d=8.093 std_dev=5.506
O6 A 0, -0.465, 5.080, 10.625, 11.393 max_d=11.393 avg_d=5.080 std_dev=5.545
C5' A 0, 1.755, 7.774, 13.794, 15.174 max_d=15.174 avg_d=7.774 std_dev=6.019
O5' A 0, 1.523, 8.081, 14.638, 15.895 max_d=15.895 avg_d=8.081 std_dev=6.558
OP2 A 0, 2.739, 10.390, 18.041, 19.098 max_d=19.098 avg_d=10.390 std_dev=7.651
P A 0, 2.011, 9.773, 17.534, 18.626 max_d=18.626 avg_d=9.773 std_dev=7.761
OP1 A 0, 3.084, 10.997, 18.910, 20.128 max_d=20.128 avg_d=10.997 std_dev=7.913

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.39 0.01 0.08 0.02 0.29 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.39 0.24 0.01 0.14 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.39 0.28 0.22 0.01 0.48 0.64 0.37
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.21 0.01 0.11 0.21 0.18 0.18 0.31 0.46 0.37 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.45 0.14 0.51 0.63 0.51
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.28 0.00 0.40 0.02 0.41 0.41 0.33 0.20 0.19 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.04 0.46 0.23 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.21 0.28 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.21 0.15 0.28 0.01 0.53 0.60 0.41
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.09 0.30 0.05 0.22 0.15 0.27 0.11 0.35 0.03 0.00 0.01 0.14 0.13 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.11 0.40 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.08 0.07 0.45 0.01 0.77 0.88 0.64
C5' 0.05 0.12 0.21 0.02 0.07 0.01 0.19 0.00 0.16 0.35 0.08 0.20 0.14 0.35 0.12 0.12 0.24 0.02 0.01 0.23 0.08 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.41 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.12 0.47 0.00 0.82 0.99 0.69
C8 0.01 0.01 0.18 0.41 0.01 0.30 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.49 0.19 0.18 0.51 0.01 0.77 0.72 0.62
N1 0.02 0.00 0.31 0.33 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.22 0.35 0.01 0.65 0.85 0.54
N2 0.03 0.00 0.46 0.20 0.01 0.22 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.51 0.33 0.16 0.01 0.40 0.57 0.29
N3 0.02 0.01 0.37 0.19 0.00 0.15 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.43 0.28 0.16 0.01 0.40 0.49 0.27
N7 0.01 0.01 0.09 0.46 0.01 0.27 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.50 0.21 0.10 0.59 0.01 0.94 1.00 0.79
N9 0.00 0.01 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.14 0.01 0.25 0.01 0.48 0.45 0.34
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.15 0.35 0.32 0.12 0.28 0.49 0.14 0.31 0.19 0.50 0.24 0.00 0.04 0.25 0.33 0.36 0.45 0.76 0.47
O3' 0.39 0.39 0.04 0.01 0.21 0.03 0.08 0.24 0.10 0.19 0.23 0.51 0.43 0.21 0.14 0.04 0.00 0.26 0.25 0.12 0.32 0.29 0.26
O4' 0.01 0.28 0.03 0.02 0.15 0.00 0.07 0.02 0.12 0.18 0.22 0.33 0.28 0.10 0.01 0.25 0.26 0.00 0.10 0.09 0.32 0.19 0.17
O5' 0.08 0.22 0.45 0.04 0.28 0.01 0.45 0.01 0.47 0.51 0.35 0.16 0.16 0.59 0.25 0.33 0.25 0.10 0.00 0.55 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.14 0.46 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.12 0.09 0.55 0.00 0.97 1.15 0.82
OP1 0.29 0.48 0.51 0.23 0.53 0.13 0.77 0.08 0.82 0.77 0.65 0.40 0.40 0.94 0.48 0.45 0.32 0.32 0.02 0.97 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.64 0.63 0.13 0.60 0.08 0.88 0.17 0.99 0.72 0.85 0.57 0.49 1.00 0.45 0.76 0.29 0.19 0.02 1.15 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.37 0.51 0.10 0.41 0.03 0.64 0.01 0.69 0.62 0.54 0.29 0.27 0.79 0.34 0.47 0.26 0.17 0.00 0.82 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.14 0.46 0.20 0.16 0.78 0.17 1.34 0.17 0.19 0.17 0.14 0.15 0.18 0.19 0.65 0.50 0.98 1.42 0.19 1.61 1.17 1.48
C2 0.12 0.12 0.44 0.31 0.10 0.87 0.10 1.38 0.10 0.12 0.11 0.17 0.11 0.11 0.11 0.66 0.60 0.96 1.36 0.10 1.56 1.13 1.36
C2' 0.39 0.61 1.04 0.73 0.51 0.24 0.54 0.67 0.59 0.46 0.63 0.69 0.53 0.51 0.45 1.20 1.09 0.48 0.74 0.60 1.03 0.65 0.85
C3' 0.30 0.31 0.69 0.40 0.37 0.57 0.46 1.13 0.49 0.44 0.41 0.23 0.29 0.49 0.36 1.00 0.83 0.87 1.30 0.55 1.54 1.23 1.47
C4 0.16 0.13 0.47 0.27 0.12 0.83 0.12 1.37 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.69 0.59 0.98 1.39 0.13 1.61 1.16 1.42
C4' 0.44 0.49 0.34 0.24 0.51 0.99 0.58 1.65 0.61 0.55 0.57 0.43 0.45 0.59 0.49 0.65 0.46 1.20 1.81 0.65 2.08 1.63 1.97
C5 0.15 0.13 0.46 0.33 0.11 0.84 0.11 1.36 0.12 0.12 0.13 0.17 0.12 0.11 0.12 0.69 0.66 0.96 1.35 0.12 1.59 1.14 1.38
C5' 0.40 0.52 0.40 0.28 0.51 0.99 0.60 1.70 0.67 0.54 0.63 0.48 0.45 0.61 0.48 0.75 0.52 1.19 1.85 0.73 2.18 1.70 2.05
C6 0.13 0.13 0.43 0.38 0.10 0.84 0.10 1.32 0.11 0.13 0.12 0.18 0.11 0.12 0.12 0.66 0.72 0.91 1.28 0.11 1.54 1.11 1.30
C8 0.18 0.14 0.48 0.28 0.13 0.81 0.14 1.36 0.15 0.14 0.16 0.15 0.13 0.14 0.15 0.70 0.61 0.99 1.39 0.16 1.63 1.17 1.44
N1 0.13 0.13 0.42 0.38 0.10 0.86 0.11 1.34 0.10 0.14 0.12 0.18 0.11 0.13 0.12 0.65 0.71 0.90 1.29 0.10 1.52 1.11 1.29
N2 0.12 0.12 0.42 0.33 0.11 0.90 0.11 1.40 0.10 0.14 0.11 0.16 0.11 0.13 0.13 0.62 0.58 0.96 1.36 0.10 1.52 1.12 1.33
N3 0.15 0.12 0.46 0.26 0.11 0.84 0.11 1.38 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12 0.11 0.12 0.67 0.54 0.98 1.41 0.11 1.59 1.16 1.42
N7 0.16 0.14 0.47 0.33 0.12 0.82 0.12 1.35 0.13 0.13 0.15 0.16 0.12 0.12 0.13 0.70 0.66 0.97 1.36 0.14 1.61 1.15 1.40
N9 0.19 0.13 0.48 0.25 0.14 0.81 0.14 1.36 0.15 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.69 0.56 0.99 1.41 0.16 1.62 1.17 1.45
O2' 0.27 0.92 0.81 0.59 0.61 0.28 0.76 0.63 0.98 0.50 1.09 1.07 0.63 0.67 0.44 0.81 0.89 0.57 0.61 1.08 0.89 0.53 0.68
O3' 0.89 0.91 0.28 0.39 1.01 1.13 1.13 1.69 1.14 1.11 1.04 0.74 0.89 1.18 1.00 0.57 0.44 1.50 1.90 1.19 2.06 1.84 2.07
O4' 0.49 0.50 0.24 0.40 0.49 1.16 0.50 1.82 0.50 0.50 0.50 0.49 0.49 0.50 0.49 0.47 0.43 1.31 1.92 0.49 2.18 1.66 2.03
O5' 0.23 0.31 0.69 0.39 0.30 0.68 0.40 1.33 0.47 0.34 0.43 0.27 0.25 0.41 0.28 1.04 0.80 0.90 1.48 0.54 1.79 1.37 1.66
O6 0.13 0.13 0.41 0.42 0.10 0.81 0.11 1.27 0.10 0.14 0.13 0.19 0.11 0.13 0.12 0.63 0.77 0.84 1.21 0.11 1.50 1.09 1.24
OP1 0.40 0.51 0.75 0.56 0.51 0.72 0.65 1.36 0.76 0.56 0.69 0.44 0.43 0.67 0.47 1.14 1.03 0.95 1.57 0.89 1.92 1.57 1.81
OP2 0.31 0.16 1.00 0.61 0.15 0.30 0.18 0.87 0.27 0.16 0.25 0.18 0.18 0.18 0.19 1.33 1.01 0.54 1.07 0.38 1.29 0.96 1.19
P 0.24 0.30 0.81 0.51 0.29 0.57 0.39 1.22 0.48 0.33 0.45 0.27 0.23 0.40 0.26 1.18 0.95 0.78 1.40 0.59 1.74 1.33 1.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.25 0.02 0.44 0.49 0.30
C2 0.04 0.00 0.47 0.13 0.01 0.63 0.01 1.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.59 0.27 0.69 1.39 0.01 1.50 1.16 1.46
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.27 0.03 0.16 0.12 0.26 0.20 0.39 0.55 0.45 0.08 0.04 0.00 0.04 0.02 0.19 0.22 0.50 0.62 0.36
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.21 0.03 0.22 0.23 0.18 0.12 0.11 0.25 0.14 0.03 0.01 0.03 0.20 0.26 0.30 0.55 0.29
C4 0.02 0.01 0.27 0.15 0.00 0.38 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.14 0.36 1.00 0.01 1.01 0.92 1.01
C4' 0.01 0.63 0.03 0.01 0.38 0.00 0.31 0.01 0.43 0.15 0.57 0.72 0.56 0.13 0.13 0.18 0.04 0.00 0.02 0.39 0.17 0.28 0.08
C5 0.01 0.01 0.16 0.21 0.01 0.31 0.00 0.69 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.13 0.18 0.96 0.01 1.03 0.98 1.05
C5' 0.11 1.22 0.12 0.03 0.77 0.01 0.69 0.00 0.92 0.14 1.16 1.36 1.05 0.29 0.32 0.09 0.11 0.02 0.01 0.88 0.14 0.17 0.03
C6 0.02 0.01 0.26 0.22 0.01 0.43 0.01 0.92 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.17 0.32 1.18 0.00 1.33 1.13 1.34
C8 0.02 0.01 0.20 0.23 0.01 0.15 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.17 0.33 0.30 0.02 0.50 0.56 0.32
N1 0.03 0.00 0.39 0.18 0.01 0.57 0.01 1.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.50 0.22 0.54 1.38 0.01 1.54 1.20 1.52
N2 0.05 0.01 0.55 0.12 0.01 0.72 0.01 1.36 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.70 0.34 0.82 1.48 0.02 1.66 1.21 1.57
N3 0.03 0.01 0.45 0.11 0.01 0.56 0.01 1.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.54 0.26 0.68 1.22 0.01 1.25 1.02 1.22
N7 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.17 0.18 0.16 0.53 0.03 0.67 0.76 0.62
N9 0.00 0.02 0.04 0.14 0.01 0.13 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.02 0.54 0.02 0.62 0.66 0.54
O2' 0.02 0.59 0.00 0.03 0.33 0.18 0.26 0.09 0.36 0.21 0.50 0.70 0.54 0.17 0.12 0.00 0.05 0.15 0.14 0.33 0.39 0.54 0.23
O3' 0.16 0.27 0.04 0.01 0.14 0.04 0.13 0.11 0.17 0.17 0.22 0.34 0.26 0.18 0.05 0.05 0.00 0.12 0.24 0.19 0.36 0.60 0.33
O4' 0.01 0.69 0.02 0.03 0.36 0.00 0.18 0.02 0.32 0.33 0.54 0.82 0.68 0.16 0.02 0.15 0.12 0.00 0.09 0.25 0.29 0.33 0.21
O5' 0.25 1.39 0.19 0.20 1.00 0.02 0.96 0.01 1.18 0.30 1.38 1.48 1.22 0.53 0.54 0.14 0.24 0.09 0.00 1.12 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.22 0.26 0.01 0.39 0.01 0.88 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.33 0.19 0.25 1.12 0.00 1.34 1.13 1.35
OP1 0.44 1.50 0.50 0.30 1.01 0.17 1.03 0.14 1.33 0.50 1.54 1.66 1.25 0.67 0.62 0.39 0.36 0.29 0.03 1.34 0.00 0.03 0.02
OP2 0.49 1.16 0.62 0.55 0.92 0.28 0.98 0.17 1.13 0.56 1.20 1.21 1.02 0.76 0.66 0.54 0.60 0.33 0.02 1.13 0.03 0.00 0.01
P 0.30 1.46 0.36 0.29 1.01 0.08 1.05 0.03 1.34 0.32 1.52 1.57 1.22 0.62 0.54 0.23 0.33 0.21 0.01 1.35 0.02 0.01 0.00