ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52987

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 0, 1, 4, 5, 3, 6, 7, 10, 12, 11, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 2.252, 3.368, 4.483, 3.887 max_d=3.887 avg_d=3.368 std_dev=1.115
N3 B 0, 2.351, 3.550, 4.749, 4.030 max_d=4.030 avg_d=3.550 std_dev=1.199
N2 A 0, 2.081, 3.316, 4.550, 4.211 max_d=4.211 avg_d=3.316 std_dev=1.234
N3 A 0, 2.164, 3.445, 4.726, 4.141 max_d=4.141 avg_d=3.445 std_dev=1.281
C2 B 0, 2.610, 3.931, 5.252, 4.444 max_d=4.444 avg_d=3.931 std_dev=1.321
C2 A 0, 2.386, 3.807, 5.228, 4.651 max_d=4.651 avg_d=3.807 std_dev=1.421
C4 B 0, 3.809, 5.842, 7.874, 6.621 max_d=6.621 avg_d=5.842 std_dev=2.032
C4 A 0, 3.586, 5.706, 7.827, 6.742 max_d=6.742 avg_d=5.706 std_dev=2.120
N1 B 0, 4.125, 6.283, 8.441, 7.107 max_d=7.107 avg_d=6.283 std_dev=2.158
N1 A 0, 3.816, 6.080, 8.343, 7.300 max_d=7.300 avg_d=6.080 std_dev=2.263
O2' B 0, 4.518, 6.989, 9.459, 8.210 max_d=8.210 avg_d=6.989 std_dev=2.471
C2' B 0, 4.580, 7.105, 9.631, 8.289 max_d=8.289 avg_d=7.105 std_dev=2.526
O2' A 0, 4.457, 7.026, 9.594, 8.471 max_d=8.471 avg_d=7.026 std_dev=2.569
N9 B 0, 4.721, 7.298, 9.876, 8.282 max_d=8.282 avg_d=7.298 std_dev=2.577
C1' B 0, 4.751, 7.376, 10.001, 8.402 max_d=8.402 avg_d=7.376 std_dev=2.625
C2' A 0, 4.587, 7.258, 9.929, 8.574 max_d=8.574 avg_d=7.258 std_dev=2.671
N9 A 0, 4.520, 7.193, 9.867, 8.483 max_d=8.483 avg_d=7.193 std_dev=2.674
C5 B 0, 5.045, 7.745, 10.445, 8.761 max_d=8.761 avg_d=7.745 std_dev=2.700
C1' A 0, 4.607, 7.334, 10.061, 8.745 max_d=8.745 avg_d=7.334 std_dev=2.727
C6 B 0, 5.244, 8.024, 10.805, 9.076 max_d=9.076 avg_d=8.024 std_dev=2.781
C5 A 0, 4.732, 7.534, 10.336, 8.794 max_d=8.794 avg_d=7.534 std_dev=2.802
C6 A 0, 4.875, 7.764, 10.653, 9.193 max_d=9.193 avg_d=7.764 std_dev=2.889
C8 B 0, 6.122, 9.467, 12.813, 10.737 max_d=10.737 avg_d=9.467 std_dev=3.346
C3' B 0, 6.126, 9.543, 12.961, 11.219 max_d=11.219 avg_d=9.543 std_dev=3.418
N7 B 0, 6.338, 9.772, 13.207, 11.068 max_d=11.068 avg_d=9.772 std_dev=3.434
C8 A 0, 5.855, 9.314, 12.773, 10.876 max_d=10.876 avg_d=9.314 std_dev=3.459
O4' B 0, 6.262, 9.746, 13.229, 11.103 max_d=11.103 avg_d=9.746 std_dev=3.483
O6 B 0, 6.553, 10.038, 13.523, 11.362 max_d=11.362 avg_d=10.038 std_dev=3.485
N7 A 0, 6.004, 9.553, 13.102, 11.115 max_d=11.115 avg_d=9.553 std_dev=3.549
O4' A 0, 6.105, 9.670, 13.235, 11.431 max_d=11.431 avg_d=9.670 std_dev=3.565
O3' B 0, 6.456, 10.030, 13.604, 11.975 max_d=11.975 avg_d=10.030 std_dev=3.574
C3' A 0, 6.237, 9.816, 13.396, 11.459 max_d=11.459 avg_d=9.816 std_dev=3.579
O6 A 0, 6.099, 9.704, 13.309, 11.465 max_d=11.465 avg_d=9.704 std_dev=3.605
O3' A 0, 6.719, 10.515, 14.310, 12.271 max_d=12.271 avg_d=10.515 std_dev=3.796
C4' B 0, 7.078, 11.051, 15.024, 12.630 max_d=12.630 avg_d=11.051 std_dev=3.973
C4' A 0, 7.088, 11.173, 15.259, 13.072 max_d=13.072 avg_d=11.173 std_dev=4.086
C5' B 0, 8.668, 13.503, 18.338, 15.431 max_d=15.431 avg_d=13.503 std_dev=4.835
C5' A 0, 8.615, 13.555, 18.496, 15.793 max_d=15.793 avg_d=13.555 std_dev=4.941
O5' B 0, 8.993, 13.965, 18.937, 16.331 max_d=16.331 avg_d=13.965 std_dev=4.972
O5' A 0, 8.679, 13.681, 18.684, 15.925 max_d=15.925 avg_d=13.681 std_dev=5.003
P B 0, 10.576, 16.427, 22.279, 18.951 max_d=18.951 avg_d=16.427 std_dev=5.851
OP2 A 0, 10.556, 16.429, 22.302, 18.896 max_d=18.896 avg_d=16.429 std_dev=5.873
OP2 B 0, 10.822, 16.753, 22.685, 19.456 max_d=19.456 avg_d=16.753 std_dev=5.932
P A 0, 10.293, 16.249, 22.205, 18.766 max_d=18.766 avg_d=16.249 std_dev=5.956
OP1 B 0, 11.761, 18.238, 24.714, 21.058 max_d=21.058 avg_d=18.238 std_dev=6.477
OP1 A 0, 11.348, 17.873, 24.398, 20.747 max_d=20.747 avg_d=17.873 std_dev=6.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.05
C2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.04 0.10 0.03 0.12 0.18 0.13
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.07 0.10 0.12 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.09 0.02 0.11 0.15 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.05 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.12 0.02 0.14 0.18 0.14
C5' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.13 0.10 0.08 0.16 0.09 0.06 0.03 0.03 0.01 0.18 0.08 0.07 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.10 0.02 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.12 0.03 0.14 0.01 0.16 0.21 0.17
C8 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.12 0.03 0.13 0.15 0.12
N1 0.03 0.01 0.06 0.10 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.04 0.12 0.02 0.15 0.20 0.15
N2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.02 0.06 0.02 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.12 0.05 0.10 0.04 0.12 0.18 0.12
N3 0.04 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.09 0.04 0.09 0.03 0.10 0.15 0.10
N7 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03 0.14 0.03 0.16 0.19 0.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.09 0.13 0.09
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.11 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.07 0.05 0.11 0.10 0.07
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.03 0.12 0.10 0.11 0.12 0.09 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.14 0.14 0.17 0.17 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.04 0.08 0.09 0.06
O5' 0.04 0.10 0.08 0.12 0.09 0.02 0.12 0.01 0.14 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.08 0.07 0.14 0.07 0.00 0.16 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.07 0.12 0.02 0.10 0.02 0.18 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.14 0.04 0.16 0.00 0.20 0.24 0.20
OP1 0.06 0.12 0.10 0.13 0.11 0.07 0.14 0.08 0.16 0.13 0.15 0.12 0.10 0.16 0.09 0.11 0.17 0.08 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.18 0.12 0.13 0.15 0.05 0.18 0.07 0.21 0.15 0.20 0.18 0.15 0.19 0.13 0.10 0.17 0.09 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.09 0.11 0.11 0.02 0.14 0.02 0.17 0.12 0.15 0.12 0.10 0.16 0.09 0.07 0.14 0.06 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.19 0.19 0.23 0.16 0.13 0.20 0.17 0.24 0.16 0.24 0.20 0.15 0.19 0.14 0.22 0.30 0.13 0.19 0.27 0.18 0.23 0.14
C2 0.17 0.17 0.22 0.20 0.14 0.19 0.15 0.19 0.16 0.16 0.17 0.21 0.14 0.15 0.15 0.30 0.30 0.21 0.24 0.16 0.20 0.25 0.18
C2' 0.15 0.22 0.17 0.23 0.19 0.15 0.21 0.20 0.24 0.18 0.25 0.25 0.20 0.21 0.17 0.18 0.29 0.17 0.20 0.27 0.21 0.24 0.15
C3' 0.18 0.22 0.17 0.24 0.20 0.17 0.22 0.21 0.25 0.19 0.25 0.23 0.20 0.21 0.18 0.17 0.29 0.19 0.22 0.28 0.24 0.26 0.17
C4 0.13 0.18 0.19 0.19 0.13 0.15 0.14 0.14 0.18 0.13 0.20 0.23 0.13 0.13 0.12 0.24 0.27 0.17 0.21 0.19 0.19 0.23 0.16
C4' 0.12 0.18 0.17 0.23 0.16 0.14 0.20 0.19 0.25 0.17 0.24 0.18 0.15 0.20 0.15 0.18 0.29 0.14 0.20 0.29 0.20 0.24 0.14
C5 0.16 0.19 0.18 0.18 0.13 0.21 0.15 0.21 0.18 0.13 0.21 0.25 0.14 0.13 0.13 0.24 0.26 0.22 0.25 0.20 0.22 0.27 0.19
C5' 0.14 0.20 0.19 0.24 0.18 0.16 0.22 0.19 0.27 0.18 0.26 0.19 0.17 0.22 0.16 0.19 0.30 0.16 0.20 0.31 0.21 0.24 0.15
C6 0.21 0.19 0.20 0.21 0.15 0.29 0.15 0.31 0.18 0.17 0.20 0.25 0.16 0.16 0.17 0.27 0.28 0.28 0.29 0.18 0.25 0.31 0.24
C8 0.12 0.21 0.17 0.18 0.14 0.15 0.18 0.15 0.23 0.13 0.25 0.24 0.15 0.16 0.12 0.21 0.25 0.17 0.21 0.26 0.20 0.25 0.16
N1 0.22 0.19 0.22 0.22 0.17 0.28 0.17 0.30 0.17 0.19 0.18 0.23 0.17 0.18 0.19 0.29 0.30 0.29 0.28 0.17 0.24 0.30 0.23
N2 0.18 0.19 0.26 0.23 0.19 0.19 0.20 0.17 0.20 0.20 0.19 0.20 0.18 0.20 0.19 0.37 0.34 0.21 0.24 0.20 0.18 0.24 0.17
N3 0.13 0.16 0.21 0.21 0.12 0.14 0.13 0.13 0.15 0.13 0.17 0.20 0.12 0.13 0.12 0.27 0.30 0.16 0.20 0.16 0.18 0.22 0.14
N7 0.15 0.20 0.17 0.17 0.13 0.20 0.16 0.20 0.21 0.13 0.23 0.25 0.14 0.14 0.12 0.22 0.25 0.21 0.24 0.23 0.22 0.27 0.19
N9 0.12 0.20 0.18 0.20 0.14 0.13 0.17 0.13 0.22 0.14 0.23 0.23 0.14 0.16 0.13 0.22 0.28 0.15 0.20 0.24 0.19 0.23 0.15
O2' 0.15 0.23 0.21 0.28 0.19 0.19 0.22 0.26 0.25 0.19 0.26 0.28 0.20 0.21 0.17 0.23 0.35 0.16 0.22 0.28 0.22 0.27 0.18
O3' 0.21 0.26 0.19 0.26 0.23 0.21 0.24 0.26 0.27 0.22 0.27 0.28 0.24 0.24 0.22 0.19 0.31 0.22 0.25 0.29 0.29 0.31 0.22
O4' 0.13 0.22 0.20 0.24 0.19 0.14 0.23 0.18 0.27 0.19 0.27 0.21 0.17 0.22 0.16 0.22 0.30 0.14 0.20 0.31 0.19 0.25 0.16
O5' 0.15 0.22 0.18 0.22 0.18 0.15 0.22 0.17 0.27 0.18 0.27 0.22 0.18 0.21 0.16 0.21 0.28 0.17 0.17 0.31 0.19 0.22 0.15
O6 0.25 0.20 0.22 0.25 0.17 0.36 0.17 0.40 0.19 0.21 0.21 0.26 0.17 0.18 0.20 0.28 0.31 0.34 0.33 0.20 0.30 0.37 0.30
OP1 0.16 0.22 0.19 0.24 0.19 0.16 0.23 0.19 0.27 0.19 0.27 0.21 0.18 0.22 0.18 0.20 0.29 0.18 0.17 0.31 0.20 0.22 0.15
OP2 0.17 0.22 0.20 0.23 0.18 0.19 0.21 0.20 0.25 0.17 0.26 0.24 0.18 0.19 0.17 0.22 0.28 0.20 0.17 0.29 0.23 0.19 0.18
P 0.15 0.21 0.19 0.22 0.17 0.16 0.21 0.17 0.26 0.17 0.26 0.22 0.17 0.20 0.16 0.20 0.27 0.18 0.16 0.30 0.20 0.20 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.03 0.08 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.13 0.03 0.33 0.02 0.14 0.28 0.13
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.20 0.05 0.21 0.15 0.07
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.25 0.10 0.37 0.21 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.35 0.02 0.14 0.27 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.13 0.22 0.08
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.41 0.01 0.18 0.32 0.18
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.12 0.00 0.16 0.00 0.17 0.16 0.15 0.09 0.09 0.19 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.20 0.27 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.02 0.42 0.01 0.20 0.34 0.19
C8 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.42 0.03 0.17 0.29 0.17
N1 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02 0.38 0.01 0.17 0.32 0.16
N2 0.04 0.01 0.10 0.12 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.16 0.05 0.30 0.03 0.13 0.27 0.11
N3 0.03 0.01 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.30 0.02 0.12 0.26 0.11
N7 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.45 0.03 0.21 0.34 0.21
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.33 0.02 0.12 0.25 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.03 0.10 0.14 0.11 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.07 0.08 0.20 0.18 0.11
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.10 0.11 0.12 0.16 0.12 0.11 0.05 0.03 0.00 0.02 0.18 0.11 0.48 0.35 0.26
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.13 0.04 0.12 0.30 0.20
O5' 0.18 0.33 0.20 0.25 0.35 0.02 0.41 0.01 0.42 0.42 0.38 0.30 0.30 0.45 0.33 0.07 0.18 0.13 0.00 0.45 0.01 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.09 0.01 0.20 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.11 0.04 0.45 0.00 0.22 0.36 0.22
OP1 0.08 0.14 0.21 0.37 0.14 0.13 0.18 0.27 0.20 0.17 0.17 0.13 0.12 0.21 0.12 0.20 0.48 0.12 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.28 0.15 0.21 0.27 0.22 0.32 0.29 0.34 0.29 0.32 0.27 0.26 0.34 0.25 0.18 0.35 0.30 0.02 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.13 0.07 0.18 0.13 0.08 0.18 0.01 0.19 0.17 0.16 0.11 0.11 0.21 0.12 0.11 0.26 0.20 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00