ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 14, 22, 13, 7, 0, 0, 5, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.370, 0.074, 0.518, 3.838 max_d=3.838 avg_d=0.074 std_dev=0.444
N3 B 0, -0.180, 0.270, 0.720, 3.873 max_d=3.873 avg_d=0.270 std_dev=0.450
N2 A 0, -0.372, 0.092, 0.556, 4.021 max_d=4.021 avg_d=0.092 std_dev=0.464
N2 B 0, -0.218, 0.257, 0.733, 4.083 max_d=4.083 avg_d=0.257 std_dev=0.476
C2 A 0, -0.438, 0.076, 0.590, 4.432 max_d=4.432 avg_d=0.076 std_dev=0.514
C2 B 0, -0.246, 0.280, 0.806, 4.522 max_d=4.522 avg_d=0.280 std_dev=0.526
C4 A 0, -0.629, 0.110, 0.850, 6.382 max_d=6.382 avg_d=0.110 std_dev=0.739
C4 B 0, -0.388, 0.352, 1.092, 6.430 max_d=6.430 avg_d=0.352 std_dev=0.740
N1 A 0, -0.698, 0.116, 0.930, 7.018 max_d=7.018 avg_d=0.116 std_dev=0.814
N1 B 0, -0.453, 0.367, 1.187, 7.100 max_d=7.100 avg_d=0.367 std_dev=0.820
C1' B 0, -0.501, 0.400, 1.301, 7.794 max_d=7.794 avg_d=0.400 std_dev=0.901
N9 B 0, -0.513, 0.403, 1.318, 7.953 max_d=7.953 avg_d=0.403 std_dev=0.915
N9 A 0, -0.791, 0.137, 1.064, 8.006 max_d=8.006 avg_d=0.137 std_dev=0.928
C1' A 0, -0.806, 0.132, 1.070, 8.091 max_d=8.091 avg_d=0.132 std_dev=0.938
C5 A 0, -0.853, 0.134, 1.122, 8.510 max_d=8.510 avg_d=0.134 std_dev=0.987
C5 B 0, -0.564, 0.428, 1.421, 8.635 max_d=8.635 avg_d=0.428 std_dev=0.992
C6 A 0, -0.895, 0.133, 1.161, 8.856 max_d=8.856 avg_d=0.133 std_dev=1.028
C6 B 0, -0.595, 0.439, 1.473, 8.982 max_d=8.982 avg_d=0.439 std_dev=1.034
O4' B 0, -0.638, 0.406, 1.451, 8.980 max_d=8.980 avg_d=0.406 std_dev=1.045
C2' B 0, -0.546, 0.502, 1.549, 8.963 max_d=8.963 avg_d=0.502 std_dev=1.047
O2' B 0, -0.488, 0.626, 1.741, 8.553 max_d=8.553 avg_d=0.626 std_dev=1.115
C2' A 0, -0.812, 0.303, 1.418, 9.418 max_d=9.418 avg_d=0.303 std_dev=1.115
O4' A 0, -0.820, 0.309, 1.438, 9.552 max_d=9.552 avg_d=0.309 std_dev=1.129
O2' A 0, -0.710, 0.451, 1.611, 9.005 max_d=9.005 avg_d=0.451 std_dev=1.160
C8 B 0, -0.710, 0.493, 1.696, 10.474 max_d=10.474 avg_d=0.493 std_dev=1.203
O3' B 0, -0.639, 0.566, 1.771, 10.219 max_d=10.219 avg_d=0.566 std_dev=1.205
C8 A 0, -1.023, 0.187, 1.396, 10.443 max_d=10.443 avg_d=0.187 std_dev=1.209
C3' B 0, -0.694, 0.531, 1.756, 10.602 max_d=10.602 avg_d=0.531 std_dev=1.225
N7 A 0, -1.063, 0.184, 1.430, 10.760 max_d=10.760 avg_d=0.184 std_dev=1.247
N7 B 0, -0.738, 0.512, 1.761, 10.889 max_d=10.889 avg_d=0.512 std_dev=1.250
C4' B 0, -0.777, 0.484, 1.744, 10.844 max_d=10.844 avg_d=0.484 std_dev=1.261
O6 A 0, -1.100, 0.183, 1.467, 11.073 max_d=11.073 avg_d=0.183 std_dev=1.284
O6 B 0, -0.763, 0.526, 1.814, 11.196 max_d=11.196 avg_d=0.526 std_dev=1.289
C3' A 0, -0.931, 0.406, 1.742, 11.119 max_d=11.119 avg_d=0.406 std_dev=1.337
C4' A 0, -0.963, 0.422, 1.807, 11.535 max_d=11.535 avg_d=0.422 std_dev=1.385
O3' A 0, -0.884, 0.514, 1.912, 10.935 max_d=10.935 avg_d=0.514 std_dev=1.398
C5' B 0, -1.021, 0.569, 2.160, 13.231 max_d=13.231 avg_d=0.569 std_dev=1.590
O5' B 0, -1.054, 0.577, 2.208, 13.965 max_d=13.965 avg_d=0.577 std_dev=1.631
C5' A 0, -1.114, 0.570, 2.253, 13.929 max_d=13.929 avg_d=0.570 std_dev=1.684
O5' A 0, -1.175, 0.678, 2.531, 14.462 max_d=14.462 avg_d=0.678 std_dev=1.853
P B 0, -1.284, 0.704, 2.691, 16.836 max_d=16.836 avg_d=0.704 std_dev=1.987
OP2 B 0, -1.276, 0.780, 2.837, 17.485 max_d=17.485 avg_d=0.780 std_dev=2.056
P A 0, -1.409, 0.785, 2.979, 15.604 max_d=15.604 avg_d=0.785 std_dev=2.194
OP1 B 0, -1.409, 0.791, 2.991, 18.642 max_d=18.642 avg_d=0.791 std_dev=2.200
OP1 A 0, -1.441, 0.856, 3.152, 15.638 max_d=15.638 avg_d=0.856 std_dev=2.297
OP2 A 0, -1.535, 0.896, 3.327, 15.545 max_d=15.545 avg_d=0.896 std_dev=2.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.19 0.03 0.22 0.22 0.12
C2 0.05 0.00 0.18 0.12 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.37 0.20 0.27 0.02 0.32 0.43 0.18
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04 0.15 0.08 0.10 0.14 0.22 0.18 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.18 0.06 0.19 0.23 0.15
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.13 0.00 0.18 0.02 0.18 0.22 0.15 0.14 0.11 0.23 0.13 0.02 0.01 0.02 0.09 0.21 0.17 0.20 0.13
C4 0.03 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.24 0.10 0.36 0.02 0.16 0.56 0.31
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.18 0.08 0.20 0.14 0.16 0.06 0.20 0.02 0.01 0.01 0.08 0.27 0.14 0.12
C5 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.17 0.04 0.51 0.01 0.22 0.86 0.54
C5' 0.05 0.16 0.15 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.20 0.12 0.21 0.16 0.20 0.08 0.09 0.14 0.01 0.01 0.15 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.08 0.51 0.01 0.20 0.89 0.54
C8 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.18 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.09 0.13 0.60 0.02 0.37 0.91 0.65
N1 0.05 0.00 0.14 0.15 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.30 0.15 0.39 0.02 0.19 0.67 0.35
N2 0.06 0.01 0.22 0.14 0.02 0.20 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.24 0.45 0.25 0.21 0.02 0.48 0.30 0.12
N3 0.05 0.01 0.18 0.11 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.37 0.20 0.24 0.02 0.34 0.34 0.13
N7 0.01 0.01 0.06 0.23 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.12 0.08 0.65 0.02 0.42 1.08 0.74
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.13 0.15 0.01 0.39 0.02 0.14 0.55 0.35
O2' 0.03 0.15 0.00 0.02 0.08 0.20 0.18 0.09 0.16 0.30 0.10 0.24 0.16 0.30 0.13 0.00 0.05 0.14 0.16 0.21 0.36 0.26 0.23
O3' 0.24 0.37 0.04 0.01 0.24 0.02 0.17 0.14 0.21 0.09 0.30 0.45 0.37 0.12 0.15 0.05 0.00 0.16 0.17 0.18 0.20 0.24 0.17
O4' 0.00 0.20 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.13 0.15 0.25 0.20 0.08 0.01 0.14 0.16 0.00 0.16 0.06 0.26 0.14 0.09
O5' 0.19 0.27 0.18 0.09 0.36 0.01 0.51 0.01 0.51 0.60 0.39 0.21 0.24 0.65 0.39 0.16 0.17 0.16 0.00 0.59 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.06 0.21 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.21 0.18 0.06 0.59 0.00 0.30 1.07 0.67
OP1 0.22 0.32 0.19 0.17 0.16 0.27 0.22 0.05 0.20 0.37 0.19 0.48 0.34 0.42 0.14 0.36 0.20 0.26 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.43 0.23 0.20 0.56 0.14 0.86 0.02 0.89 0.91 0.67 0.30 0.34 1.08 0.55 0.26 0.24 0.14 0.01 1.07 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.15 0.13 0.31 0.12 0.54 0.01 0.54 0.65 0.35 0.12 0.13 0.74 0.35 0.23 0.17 0.09 0.00 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.31 0.15 0.12 0.29 0.12 0.35 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.41 0.30 0.36 0.33 0.14 0.36 0.31 0.33
C2 0.13 0.11 0.35 0.14 0.10 0.35 0.10 0.47 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.11 0.63 0.30 0.32 0.36 0.11 0.42 0.31 0.36
C2' 0.28 0.25 0.57 0.39 0.27 0.22 0.26 0.22 0.24 0.27 0.23 0.24 0.27 0.26 0.28 0.65 0.37 0.26 0.25 0.23 0.28 0.35 0.28
C3' 0.22 0.32 0.34 0.23 0.30 0.28 0.35 0.32 0.40 0.31 0.39 0.29 0.27 0.35 0.27 0.42 0.32 0.40 0.34 0.44 0.36 0.37 0.36
C4 0.10 0.09 0.35 0.14 0.07 0.33 0.07 0.43 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08 0.57 0.31 0.34 0.35 0.09 0.40 0.31 0.35
C4' 0.33 0.44 0.21 0.21 0.42 0.45 0.47 0.53 0.51 0.42 0.50 0.41 0.38 0.47 0.39 0.26 0.36 0.58 0.54 0.54 0.55 0.53 0.55
C5 0.12 0.09 0.36 0.16 0.08 0.35 0.08 0.48 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.09 0.63 0.33 0.32 0.37 0.10 0.44 0.32 0.38
C5' 0.33 0.47 0.20 0.21 0.44 0.47 0.52 0.58 0.58 0.46 0.57 0.43 0.40 0.52 0.41 0.27 0.35 0.59 0.59 0.64 0.60 0.60 0.61
C6 0.15 0.10 0.36 0.18 0.10 0.37 0.10 0.52 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.68 0.34 0.29 0.38 0.11 0.47 0.34 0.41
C8 0.09 0.09 0.35 0.15 0.08 0.32 0.08 0.43 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.56 0.32 0.34 0.35 0.11 0.41 0.32 0.36
N1 0.16 0.11 0.35 0.17 0.12 0.37 0.11 0.52 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.69 0.33 0.29 0.38 0.12 0.46 0.33 0.40
N2 0.15 0.13 0.35 0.14 0.13 0.35 0.12 0.47 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.63 0.28 0.32 0.35 0.13 0.42 0.30 0.36
N3 0.10 0.09 0.35 0.14 0.08 0.32 0.08 0.41 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.55 0.29 0.34 0.34 0.09 0.39 0.30 0.34
N7 0.11 0.09 0.36 0.16 0.08 0.34 0.08 0.47 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.62 0.33 0.32 0.37 0.10 0.43 0.33 0.38
N9 0.09 0.09 0.34 0.15 0.08 0.31 0.08 0.40 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.52 0.31 0.35 0.34 0.11 0.39 0.31 0.34
O2' 0.45 0.60 0.66 0.48 0.57 0.34 0.62 0.34 0.65 0.57 0.64 0.57 0.55 0.61 0.54 0.68 0.41 0.39 0.42 0.66 0.42 0.56 0.44
O3' 0.63 0.67 0.50 0.51 0.69 0.64 0.73 0.65 0.73 0.71 0.71 0.61 0.66 0.73 0.68 0.52 0.60 0.77 0.69 0.74 0.69 0.68 0.69
O4' 0.30 0.36 0.21 0.25 0.34 0.50 0.36 0.58 0.37 0.34 0.37 0.36 0.33 0.36 0.33 0.27 0.41 0.59 0.55 0.37 0.58 0.51 0.56
O5' 0.20 0.41 0.29 0.19 0.37 0.27 0.51 0.38 0.63 0.40 0.59 0.35 0.30 0.51 0.31 0.41 0.27 0.40 0.43 0.74 0.43 0.49 0.46
O6 0.17 0.11 0.35 0.20 0.12 0.38 0.12 0.56 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.13 0.14 0.70 0.36 0.28 0.40 0.13 0.49 0.37 0.43
OP1 0.86 1.12 0.55 0.65 1.12 0.94 1.32 1.06 1.46 1.20 1.37 0.97 0.99 1.34 1.05 0.45 0.75 1.09 1.12 1.62 1.10 1.16 1.13
OP2 0.29 0.63 0.26 0.22 0.60 0.31 0.84 0.41 1.02 0.68 0.92 0.50 0.46 0.87 0.51 0.36 0.35 0.45 0.47 1.24 0.46 0.57 0.49
P 0.39 0.68 0.20 0.25 0.66 0.47 0.86 0.59 1.01 0.72 0.93 0.57 0.54 0.87 0.58 0.25 0.39 0.61 0.64 1.17 0.63 0.70 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.09 0.02 0.22 0.17 0.13
C2 0.03 0.00 0.24 0.17 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.24 0.25 0.01 0.28 0.33 0.29
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.11 0.11 0.12 0.19 0.29 0.23 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.09 0.51 0.41 0.40
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.02 0.23 0.20 0.21 0.17 0.15 0.23 0.14 0.01 0.01 0.01 0.14 0.25 0.37 0.17 0.23
C4 0.01 0.01 0.12 0.17 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.12 0.19 0.01 0.22 0.29 0.23
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.19 0.08 0.18 0.12 0.17 0.08 0.15 0.02 0.00 0.02 0.10 0.13 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.06 0.21 0.01 0.26 0.37 0.30
C5' 0.03 0.18 0.11 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.15 0.24 0.15 0.24 0.17 0.24 0.10 0.05 0.09 0.01 0.01 0.18 0.07 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.10 0.24 0.00 0.30 0.42 0.35
C8 0.01 0.01 0.12 0.20 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.08 0.13 0.18 0.03 0.18 0.27 0.23
N1 0.03 0.00 0.19 0.21 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.12 0.18 0.25 0.01 0.29 0.39 0.33
N2 0.04 0.00 0.29 0.17 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.20 0.29 0.27 0.02 0.30 0.32 0.30
N3 0.03 0.00 0.23 0.15 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.23 0.22 0.01 0.25 0.28 0.25
N7 0.01 0.01 0.06 0.23 0.01 0.17 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.07 0.22 0.03 0.26 0.38 0.31
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.01 0.12 0.02 0.17 0.21 0.16
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.15 0.13 0.05 0.10 0.30 0.11 0.29 0.19 0.27 0.12 0.00 0.04 0.12 0.21 0.14 0.48 0.46 0.36
O3' 0.16 0.15 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.09 0.10 0.08 0.12 0.20 0.15 0.10 0.04 0.04 0.00 0.11 0.08 0.12 0.24 0.13 0.13
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.13 0.18 0.29 0.23 0.07 0.01 0.12 0.11 0.00 0.08 0.08 0.09 0.13 0.09
O5' 0.09 0.25 0.30 0.14 0.19 0.02 0.21 0.01 0.24 0.18 0.25 0.27 0.22 0.22 0.12 0.21 0.08 0.08 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.14 0.12 0.08 0.25 0.00 0.35 0.47 0.39
OP1 0.22 0.28 0.51 0.37 0.22 0.13 0.26 0.07 0.30 0.18 0.29 0.30 0.25 0.26 0.17 0.48 0.24 0.09 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.33 0.41 0.17 0.29 0.07 0.37 0.09 0.42 0.27 0.39 0.32 0.28 0.38 0.21 0.46 0.13 0.13 0.02 0.47 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.29 0.40 0.23 0.23 0.05 0.30 0.01 0.35 0.23 0.33 0.30 0.25 0.31 0.16 0.36 0.13 0.09 0.00 0.39 0.01 0.00 0.00