ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52989

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 5, 23, 18, 7, 2, 1, 0, 1, 0, 4, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 0.733, 2.359, 3.984, 3.920 max_d=3.920 avg_d=2.359 std_dev=1.626
N2 A 0, 0.258, 1.994, 3.729, 4.115 max_d=4.115 avg_d=1.994 std_dev=1.735
N3 B 0, 0.683, 2.448, 4.213, 4.033 max_d=4.033 avg_d=2.448 std_dev=1.765
N3 A 0, 0.266, 2.138, 4.009, 3.939 max_d=3.939 avg_d=2.138 std_dev=1.872
C2 B 0, 0.657, 2.672, 4.687, 4.482 max_d=4.482 avg_d=2.672 std_dev=2.015
C2 A 0, 0.293, 2.376, 4.458, 4.393 max_d=4.393 avg_d=2.376 std_dev=2.083
O2' B 0, 3.385, 5.977, 8.569, 8.846 max_d=8.846 avg_d=5.977 std_dev=2.592
C4 B 0, 0.980, 3.972, 6.964, 6.639 max_d=6.639 avg_d=3.972 std_dev=2.992
C4 A 0, 0.439, 3.584, 6.729, 6.540 max_d=6.540 avg_d=3.584 std_dev=3.145
N1 B 0, 1.024, 4.268, 7.513, 7.176 max_d=7.176 avg_d=4.268 std_dev=3.245
N1 A 0, 0.476, 3.902, 7.328, 7.121 max_d=7.121 avg_d=3.902 std_dev=3.426
C1' B 0, 1.849, 5.365, 8.882, 8.534 max_d=8.534 avg_d=5.365 std_dev=3.517
C2' A 0, 0.793, 4.317, 7.841, 8.396 max_d=8.396 avg_d=4.317 std_dev=3.524
C2' B 0, 2.182, 5.740, 9.298, 9.256 max_d=9.256 avg_d=5.740 std_dev=3.558
N9 B 0, 1.473, 5.096, 8.719, 8.317 max_d=8.317 avg_d=5.096 std_dev=3.623
O2' A 0, 0.894, 4.667, 8.440, 8.271 max_d=8.271 avg_d=4.667 std_dev=3.773
N9 A 0, 0.553, 4.509, 8.465, 8.229 max_d=8.229 avg_d=4.509 std_dev=3.956
C1' A 0, 0.563, 4.643, 8.723, 8.456 max_d=8.456 avg_d=4.643 std_dev=4.080
C5 B 0, 1.030, 5.133, 9.236, 8.754 max_d=8.754 avg_d=5.133 std_dev=4.103
C5 A 0, 0.579, 4.786, 8.993, 8.651 max_d=8.651 avg_d=4.786 std_dev=4.207
C6 B 0, 1.155, 5.366, 9.577, 9.081 max_d=9.081 avg_d=5.366 std_dev=4.211
C6 A 0, 0.600, 5.001, 9.401, 9.046 max_d=9.046 avg_d=5.001 std_dev=4.400
C3' A 0, 1.131, 5.678, 10.225, 10.890 max_d=10.890 avg_d=5.678 std_dev=4.547
O3' A 0, 1.303, 6.104, 10.905, 11.325 max_d=11.325 avg_d=6.104 std_dev=4.801
C8 B 0, 1.661, 6.470, 11.280, 10.720 max_d=10.720 avg_d=6.470 std_dev=4.810
O4' B 0, 1.843, 6.664, 11.485, 11.016 max_d=11.016 avg_d=6.664 std_dev=4.821
C3' B 0, 1.772, 6.836, 11.900, 11.741 max_d=11.741 avg_d=6.836 std_dev=5.064
C8 A 0, 0.725, 5.846, 10.966, 10.601 max_d=10.601 avg_d=5.846 std_dev=5.120
N7 B 0, 1.392, 6.514, 11.637, 11.037 max_d=11.037 avg_d=6.514 std_dev=5.123
O3' B 0, 1.976, 7.147, 12.317, 12.437 max_d=12.437 avg_d=7.147 std_dev=5.171
O6 B 0, 1.565, 6.769, 11.972, 11.387 max_d=11.387 avg_d=6.769 std_dev=5.203
N7 A 0, 0.744, 6.046, 11.348, 10.928 max_d=10.928 avg_d=6.046 std_dev=5.302
O4' A 0, 1.032, 6.343, 11.654, 11.257 max_d=11.257 avg_d=6.343 std_dev=5.311
O6 A 0, 0.779, 6.313, 11.847, 11.385 max_d=11.385 avg_d=6.313 std_dev=5.534
C4' A 0, 1.269, 6.971, 12.674, 12.209 max_d=12.209 avg_d=6.971 std_dev=5.703
C4' B 0, 1.830, 7.585, 13.339, 12.783 max_d=12.783 avg_d=7.585 std_dev=5.754
O5' A 0, 1.706, 8.278, 14.850, 14.848 max_d=14.848 avg_d=8.278 std_dev=6.572
C5' A 0, 1.891, 8.560, 15.230, 14.660 max_d=14.660 avg_d=8.560 std_dev=6.670
C5' B 0, 2.207, 9.150, 16.092, 15.335 max_d=15.335 avg_d=9.150 std_dev=6.943
O5' B 0, 1.850, 9.197, 16.545, 15.830 max_d=15.830 avg_d=9.197 std_dev=7.347
OP1 A 0, 2.658, 10.212, 17.766, 18.074 max_d=18.074 avg_d=10.212 std_dev=7.554
OP2 B 0, 3.361, 11.206, 19.050, 19.780 max_d=19.780 avg_d=11.206 std_dev=7.845
OP1 B 0, 2.237, 10.101, 17.966, 17.766 max_d=17.766 avg_d=10.101 std_dev=7.865
P A 0, 1.870, 9.741, 17.613, 17.586 max_d=17.586 avg_d=9.741 std_dev=7.871
OP2 A 0, 3.535, 11.539, 19.543, 18.862 max_d=18.862 avg_d=11.539 std_dev=8.004
P B 0, 2.190, 10.376, 18.562, 17.771 max_d=17.771 avg_d=10.376 std_dev=8.186

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.25 0.11 0.09
C2 0.05 0.00 0.16 0.16 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.07 0.11 0.02 0.31 0.15 0.17
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.07 0.06 0.08 0.12 0.19 0.16 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.04 0.22 0.20 0.17
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.15 0.11 0.16 0.17 0.15 0.13 0.09 0.02 0.01 0.01 0.05 0.15 0.16 0.09 0.05
C4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.10 0.01 0.32 0.14 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.04 0.12 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.07 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.02 0.13 0.01 0.36 0.16 0.18
C5' 0.03 0.07 0.07 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.05 0.05 0.09 0.01 0.01 0.10 0.11 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.03 0.14 0.00 0.37 0.17 0.20
C8 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.05 0.13 0.02 0.36 0.15 0.15
N1 0.04 0.00 0.12 0.16 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.12 0.05 0.13 0.01 0.34 0.16 0.19
N2 0.07 0.01 0.19 0.17 0.02 0.09 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.14 0.19 0.09 0.12 0.03 0.29 0.15 0.17
N3 0.05 0.01 0.16 0.15 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.07 0.11 0.01 0.30 0.14 0.16
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.07 0.04 0.15 0.02 0.39 0.17 0.19
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.09 0.02 0.31 0.13 0.13
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.09 0.12 0.13 0.05 0.13 0.14 0.12 0.14 0.10 0.16 0.08 0.00 0.03 0.09 0.11 0.15 0.22 0.18 0.15
O3' 0.11 0.15 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.09 0.08 0.06 0.12 0.19 0.15 0.07 0.05 0.03 0.00 0.08 0.12 0.08 0.14 0.18 0.10
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.01 0.09 0.08 0.00 0.05 0.04 0.30 0.12 0.11
O5' 0.07 0.11 0.16 0.05 0.10 0.01 0.13 0.01 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.15 0.09 0.11 0.12 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.15 0.08 0.04 0.16 0.00 0.40 0.19 0.22
OP1 0.25 0.31 0.22 0.16 0.32 0.15 0.36 0.11 0.37 0.36 0.34 0.29 0.30 0.39 0.31 0.22 0.14 0.30 0.01 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.15 0.20 0.09 0.14 0.07 0.16 0.08 0.17 0.15 0.16 0.15 0.14 0.17 0.13 0.18 0.18 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.17 0.17 0.05 0.16 0.04 0.18 0.01 0.20 0.15 0.19 0.17 0.16 0.19 0.13 0.15 0.10 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.18 0.18 0.12 0.23 0.18 0.26 0.20 0.25 0.27 0.21 0.14 0.20 0.28 0.25 0.17 0.22 0.25 0.33 0.27 0.34 0.44 0.31
C2 0.17 0.10 0.22 0.14 0.12 0.16 0.11 0.17 0.10 0.16 0.11 0.15 0.10 0.13 0.16 0.25 0.26 0.22 0.25 0.10 0.25 0.30 0.21
C2' 0.21 0.13 0.20 0.20 0.23 0.19 0.27 0.20 0.27 0.29 0.20 0.12 0.16 0.31 0.25 0.24 0.32 0.22 0.29 0.30 0.41 0.59 0.36
C3' 0.18 0.13 0.19 0.19 0.18 0.15 0.24 0.15 0.25 0.26 0.19 0.19 0.12 0.28 0.21 0.29 0.33 0.19 0.27 0.30 0.35 0.53 0.31
C4 0.21 0.13 0.20 0.13 0.20 0.18 0.21 0.18 0.19 0.24 0.16 0.11 0.17 0.23 0.22 0.20 0.25 0.24 0.29 0.19 0.31 0.36 0.27
C4' 0.18 0.16 0.14 0.11 0.20 0.15 0.24 0.16 0.25 0.25 0.20 0.17 0.17 0.27 0.21 0.20 0.24 0.23 0.31 0.29 0.31 0.47 0.29
C5 0.21 0.12 0.21 0.14 0.19 0.17 0.20 0.17 0.18 0.24 0.15 0.11 0.15 0.23 0.22 0.23 0.26 0.23 0.25 0.19 0.32 0.32 0.25
C5' 0.17 0.16 0.14 0.12 0.19 0.14 0.23 0.14 0.24 0.25 0.20 0.18 0.16 0.27 0.21 0.22 0.26 0.22 0.29 0.29 0.32 0.47 0.28
C6 0.19 0.10 0.22 0.14 0.15 0.16 0.16 0.16 0.14 0.20 0.12 0.12 0.12 0.18 0.19 0.26 0.26 0.21 0.22 0.15 0.29 0.27 0.21
C8 0.23 0.17 0.21 0.14 0.24 0.18 0.26 0.18 0.25 0.29 0.20 0.13 0.19 0.29 0.26 0.21 0.25 0.25 0.30 0.27 0.36 0.39 0.30
N1 0.17 0.10 0.22 0.14 0.12 0.16 0.12 0.15 0.10 0.16 0.11 0.14 0.10 0.14 0.16 0.27 0.26 0.20 0.21 0.11 0.26 0.26 0.19
N2 0.16 0.15 0.26 0.17 0.10 0.17 0.10 0.18 0.12 0.13 0.15 0.21 0.11 0.11 0.13 0.31 0.27 0.21 0.24 0.12 0.20 0.28 0.19
N3 0.20 0.11 0.20 0.13 0.17 0.18 0.16 0.19 0.14 0.20 0.12 0.12 0.15 0.18 0.20 0.19 0.25 0.24 0.29 0.14 0.28 0.36 0.26
N7 0.22 0.14 0.22 0.15 0.21 0.18 0.23 0.17 0.22 0.27 0.18 0.12 0.17 0.26 0.24 0.24 0.26 0.24 0.27 0.24 0.35 0.34 0.27
N9 0.22 0.17 0.20 0.13 0.24 0.19 0.25 0.19 0.24 0.28 0.20 0.13 0.20 0.28 0.25 0.19 0.24 0.26 0.32 0.25 0.34 0.41 0.30
O2' 0.18 0.14 0.17 0.14 0.21 0.17 0.26 0.19 0.28 0.27 0.22 0.10 0.16 0.29 0.22 0.20 0.21 0.22 0.34 0.32 0.37 0.55 0.35
O3' 0.20 0.29 0.14 0.13 0.24 0.17 0.29 0.18 0.32 0.28 0.32 0.38 0.24 0.31 0.24 0.28 0.23 0.25 0.32 0.37 0.29 0.46 0.28
O4' 0.24 0.21 0.19 0.14 0.25 0.22 0.27 0.24 0.26 0.28 0.23 0.19 0.23 0.29 0.27 0.16 0.21 0.30 0.36 0.28 0.33 0.42 0.31
O5' 0.17 0.14 0.17 0.17 0.17 0.13 0.21 0.14 0.22 0.24 0.18 0.19 0.13 0.25 0.19 0.26 0.31 0.19 0.24 0.27 0.34 0.46 0.27
O6 0.19 0.10 0.23 0.17 0.15 0.18 0.15 0.17 0.13 0.20 0.12 0.12 0.11 0.18 0.19 0.28 0.27 0.21 0.20 0.14 0.30 0.25 0.20
OP1 0.19 0.16 0.28 0.31 0.16 0.22 0.19 0.22 0.21 0.21 0.19 0.20 0.15 0.21 0.18 0.32 0.44 0.19 0.24 0.26 0.32 0.46 0.26
OP2 0.17 0.18 0.17 0.17 0.20 0.12 0.27 0.13 0.29 0.28 0.24 0.22 0.16 0.31 0.22 0.22 0.30 0.18 0.26 0.35 0.37 0.45 0.29
P 0.17 0.12 0.19 0.22 0.15 0.15 0.20 0.16 0.21 0.23 0.17 0.17 0.11 0.25 0.18 0.28 0.36 0.18 0.21 0.27 0.34 0.45 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.11 0.02 0.26 0.27 0.15
C2 0.04 0.00 0.14 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.24 0.07 0.21 0.02 0.19 0.50 0.20
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.10 0.06 0.09 0.11 0.18 0.14 0.07 0.02 0.00 0.05 0.01 0.19 0.05 0.35 0.16 0.16
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.24 0.15 0.12
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.04 0.20 0.01 0.20 0.46 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.03 0.00 0.01 0.06 0.20 0.11 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.03 0.23 0.01 0.20 0.53 0.21
C5' 0.04 0.06 0.10 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.08 0.06 0.05 0.11 0.06 0.07 0.08 0.01 0.01 0.12 0.16 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.04 0.25 0.01 0.20 0.57 0.23
C8 0.02 0.01 0.09 0.11 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.07 0.05 0.21 0.03 0.22 0.45 0.17
N1 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.05 0.23 0.02 0.19 0.55 0.22
N2 0.05 0.01 0.18 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.08 0.21 0.02 0.19 0.49 0.20
N3 0.04 0.01 0.14 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.06 0.19 0.02 0.20 0.44 0.18
N7 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.04 0.23 0.03 0.21 0.53 0.20
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.17 0.02 0.22 0.39 0.16
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.11 0.09 0.11 0.07 0.12 0.14 0.16 0.24 0.19 0.14 0.07 0.00 0.06 0.06 0.20 0.12 0.37 0.15 0.16
O3' 0.15 0.24 0.05 0.01 0.16 0.03 0.12 0.08 0.15 0.07 0.20 0.28 0.24 0.08 0.11 0.06 0.00 0.11 0.17 0.14 0.23 0.20 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.05 0.24 0.29 0.18
O5' 0.11 0.21 0.19 0.18 0.20 0.01 0.23 0.01 0.25 0.21 0.23 0.21 0.19 0.23 0.17 0.20 0.17 0.10 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.14 0.05 0.26 0.00 0.22 0.61 0.25
OP1 0.26 0.19 0.35 0.24 0.20 0.20 0.20 0.16 0.20 0.22 0.19 0.19 0.20 0.21 0.22 0.37 0.23 0.24 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.50 0.16 0.15 0.46 0.11 0.53 0.17 0.57 0.45 0.55 0.49 0.44 0.53 0.39 0.15 0.20 0.29 0.02 0.61 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.20 0.16 0.12 0.18 0.06 0.21 0.02 0.23 0.17 0.22 0.20 0.18 0.20 0.16 0.16 0.15 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00