ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52990

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 3, 7, 1, 1, 4, 1, 6, 6, 2, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 0.217, 1.547, 2.876, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.547 std_dev=1.329
N3 B 0, 0.249, 1.697, 3.145, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.697 std_dev=1.448
C2 B 0, 0.114, 1.713, 3.312, 4.271 max_d=4.271 avg_d=1.713 std_dev=1.599
N3 A 0, -0.568, 1.037, 2.642, 3.970 max_d=3.970 avg_d=1.037 std_dev=1.605
N2 A 0, -0.570, 1.188, 2.947, 4.467 max_d=4.467 avg_d=1.188 std_dev=1.758
C2 A 0, -0.699, 1.235, 3.170, 4.824 max_d=4.824 avg_d=1.235 std_dev=1.934
C4 B 0, -0.195, 2.409, 5.013, 6.688 max_d=6.688 avg_d=2.409 std_dev=2.604
O2' A 0, 0.249, 3.003, 5.757, 8.279 max_d=8.279 avg_d=3.003 std_dev=2.754
C4 A 0, -1.019, 1.751, 4.521, 6.614 max_d=6.614 avg_d=1.751 std_dev=2.770
N1 B 0, -0.341, 2.432, 5.206, 6.913 max_d=6.913 avg_d=2.432 std_dev=2.773
O2' B 0, 0.364, 3.509, 6.654, 10.162 max_d=10.162 avg_d=3.509 std_dev=3.145
N1 A 0, -1.178, 1.977, 5.131, 7.562 max_d=7.562 avg_d=1.977 std_dev=3.154
C1' B 0, -0.009, 3.261, 6.530, 8.543 max_d=8.543 avg_d=3.261 std_dev=3.269
N9 B 0, -0.267, 3.032, 6.330, 8.427 max_d=8.427 avg_d=3.032 std_dev=3.299
C2' A 0, -0.699, 2.752, 6.202, 8.529 max_d=8.529 avg_d=2.752 std_dev=3.450
N9 A 0, -1.278, 2.189, 5.656, 8.248 max_d=8.248 avg_d=2.189 std_dev=3.467
C1' A 0, -1.291, 2.193, 5.677, 8.365 max_d=8.365 avg_d=2.193 std_dev=3.484
C2' B 0, -0.201, 3.319, 6.840, 9.888 max_d=9.888 avg_d=3.319 std_dev=3.520
C5 B 0, -0.608, 2.941, 6.490, 8.744 max_d=8.744 avg_d=2.941 std_dev=3.549
C6 B 0, -0.661, 2.991, 6.643, 8.912 max_d=8.912 avg_d=2.991 std_dev=3.652
C5 A 0, -1.424, 2.367, 6.157, 8.877 max_d=8.877 avg_d=2.367 std_dev=3.791
C6 A 0, -1.510, 2.490, 6.490, 9.422 max_d=9.422 avg_d=2.490 std_dev=4.000
O4' B 0, 0.112, 4.175, 8.238, 11.177 max_d=11.177 avg_d=4.175 std_dev=4.063
O4' A 0, -0.902, 3.347, 7.595, 11.073 max_d=11.073 avg_d=3.347 std_dev=4.249
O3' A 0, 0.047, 4.329, 8.611, 11.850 max_d=11.850 avg_d=4.329 std_dev=4.282
C8 B 0, -0.650, 3.712, 8.075, 10.848 max_d=10.848 avg_d=3.712 std_dev=4.363
C3' A 0, -0.636, 3.736, 8.108, 11.067 max_d=11.067 avg_d=3.736 std_dev=4.372
N7 B 0, -0.873, 3.672, 8.218, 11.107 max_d=11.107 avg_d=3.672 std_dev=4.545
C8 A 0, -1.712, 2.883, 7.478, 10.755 max_d=10.755 avg_d=2.883 std_dev=4.595
O6 B 0, -0.933, 3.688, 8.308, 11.173 max_d=11.173 avg_d=3.688 std_dev=4.620
C3' B 0, -0.647, 4.000, 8.647, 12.029 max_d=12.029 avg_d=4.000 std_dev=4.647
N7 A 0, -1.790, 2.999, 7.789, 11.137 max_d=11.137 avg_d=2.999 std_dev=4.790
C4' B 0, -0.258, 4.637, 9.533, 12.897 max_d=12.897 avg_d=4.637 std_dev=4.895
C4' A 0, -0.936, 3.968, 8.872, 12.565 max_d=12.565 avg_d=3.968 std_dev=4.904
O3' B 0, -0.315, 4.591, 9.497, 13.949 max_d=13.949 avg_d=4.591 std_dev=4.906
O6 A 0, -1.855, 3.168, 8.192, 11.789 max_d=11.789 avg_d=3.168 std_dev=5.024
O5' B 0, 0.203, 5.826, 11.449, 15.458 max_d=15.458 avg_d=5.826 std_dev=5.623
C5' B 0, 0.128, 5.803, 11.477, 15.508 max_d=15.508 avg_d=5.803 std_dev=5.674
C5' A 0, -0.887, 5.078, 11.043, 15.422 max_d=15.422 avg_d=5.078 std_dev=5.965
O5' A 0, -0.902, 5.282, 11.466, 15.800 max_d=15.800 avg_d=5.282 std_dev=6.184
P B 0, 0.207, 6.858, 13.510, 18.183 max_d=18.183 avg_d=6.858 std_dev=6.652
OP2 A 0, -0.063, 6.596, 13.255, 17.958 max_d=17.958 avg_d=6.596 std_dev=6.659
OP2 B 0, 0.611, 7.400, 14.190, 18.725 max_d=18.725 avg_d=7.400 std_dev=6.790
P A 0, -0.751, 6.106, 12.962, 17.962 max_d=17.962 avg_d=6.106 std_dev=6.856
OP1 B 0, 1.109, 8.060, 15.010, 20.315 max_d=20.315 avg_d=8.060 std_dev=6.950
OP1 A 0, -0.783, 6.911, 14.605, 20.478 max_d=20.478 avg_d=6.911 std_dev=7.694

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.26 0.03 0.32 0.27 0.20
C2 0.05 0.00 0.24 0.17 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.50 0.23 0.39 0.02 0.44 0.75 0.47
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.03 0.06 0.19 0.11 0.14 0.18 0.29 0.23 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.45 0.09 0.54 0.60 0.49
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.23 0.01 0.36 0.02 0.34 0.45 0.24 0.19 0.15 0.47 0.25 0.02 0.01 0.03 0.15 0.40 0.41 0.26 0.17
C4 0.03 0.01 0.12 0.23 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.25 0.11 0.47 0.02 0.46 0.80 0.54
C4' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.11 0.29 0.09 0.23 0.16 0.27 0.11 0.35 0.03 0.01 0.02 0.15 0.27 0.20 0.11
C5 0.02 0.01 0.06 0.36 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.15 0.06 0.66 0.02 0.69 1.17 0.81
C5' 0.07 0.15 0.19 0.02 0.12 0.01 0.23 0.00 0.21 0.35 0.14 0.22 0.15 0.37 0.14 0.16 0.24 0.02 0.01 0.28 0.21 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.34 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.46 0.20 0.09 0.66 0.01 0.72 1.26 0.85
C8 0.02 0.01 0.14 0.45 0.01 0.29 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.26 0.16 0.72 0.03 0.72 1.08 0.82
N1 0.04 0.01 0.18 0.24 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.34 0.17 0.53 0.02 0.56 1.04 0.68
N2 0.06 0.01 0.29 0.19 0.02 0.23 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.51 0.66 0.28 0.31 0.03 0.45 0.63 0.38
N3 0.05 0.01 0.23 0.15 0.01 0.16 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.41 0.51 0.23 0.33 0.02 0.39 0.59 0.37
N7 0.02 0.01 0.08 0.47 0.01 0.27 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.27 0.11 0.80 0.03 0.88 1.38 0.99
N9 0.01 0.02 0.02 0.25 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.11 0.03 0.47 0.03 0.42 0.68 0.49
O2' 0.03 0.46 0.01 0.02 0.35 0.35 0.42 0.16 0.46 0.41 0.46 0.51 0.41 0.46 0.26 0.00 0.07 0.25 0.33 0.50 0.56 0.70 0.43
O3' 0.32 0.50 0.03 0.01 0.25 0.03 0.15 0.24 0.20 0.26 0.34 0.66 0.51 0.27 0.11 0.07 0.00 0.19 0.28 0.20 0.52 0.36 0.30
O4' 0.01 0.23 0.03 0.03 0.11 0.01 0.06 0.02 0.09 0.16 0.17 0.28 0.23 0.11 0.03 0.25 0.19 0.00 0.23 0.07 0.30 0.28 0.22
O5' 0.26 0.39 0.45 0.15 0.47 0.02 0.66 0.01 0.66 0.72 0.53 0.31 0.33 0.80 0.47 0.33 0.28 0.23 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.40 0.02 0.15 0.02 0.28 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.50 0.20 0.07 0.75 0.00 0.88 1.48 1.01
OP1 0.32 0.44 0.54 0.41 0.46 0.27 0.69 0.21 0.72 0.72 0.56 0.45 0.39 0.88 0.42 0.56 0.52 0.30 0.02 0.88 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.75 0.60 0.26 0.80 0.20 1.17 0.21 1.26 1.08 1.04 0.63 0.59 1.38 0.68 0.70 0.36 0.28 0.02 1.48 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.47 0.49 0.17 0.54 0.11 0.81 0.02 0.85 0.82 0.68 0.38 0.37 0.99 0.49 0.43 0.30 0.22 0.01 1.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.24 0.41 0.26 0.25 0.60 0.24 0.93 0.25 0.26 0.26 0.26 0.25 0.24 0.28 0.65 0.74 0.84 0.97 0.27 1.29 0.82 0.95
C2 0.27 0.24 0.47 0.39 0.23 0.71 0.23 1.12 0.23 0.25 0.24 0.28 0.22 0.23 0.25 0.79 0.93 0.92 1.11 0.23 1.46 0.90 1.12
C2' 0.28 0.43 0.71 0.58 0.31 0.33 0.34 0.53 0.42 0.27 0.47 0.54 0.34 0.31 0.27 0.89 1.00 0.56 0.51 0.46 0.82 0.66 0.48
C3' 0.50 0.64 0.44 0.36 0.56 0.59 0.60 0.83 0.67 0.54 0.70 0.69 0.56 0.58 0.52 0.72 0.78 0.88 0.90 0.71 1.27 0.74 0.90
C4 0.29 0.23 0.45 0.34 0.21 0.68 0.21 1.08 0.22 0.23 0.24 0.27 0.22 0.21 0.24 0.73 0.89 0.90 1.08 0.23 1.48 0.86 1.10
C4' 0.58 0.61 0.31 0.30 0.60 0.81 0.62 1.16 0.64 0.60 0.63 0.60 0.58 0.62 0.59 0.56 0.60 1.07 1.27 0.65 1.64 1.10 1.31
C5 0.30 0.23 0.45 0.41 0.22 0.74 0.21 1.18 0.22 0.24 0.24 0.28 0.22 0.22 0.25 0.73 0.99 0.93 1.16 0.23 1.64 0.96 1.21
C5' 0.55 0.63 0.32 0.31 0.61 0.82 0.66 1.23 0.71 0.62 0.70 0.62 0.58 0.66 0.58 0.61 0.66 1.07 1.36 0.75 1.79 1.19 1.42
C6 0.30 0.24 0.45 0.51 0.23 0.79 0.23 1.26 0.23 0.26 0.25 0.30 0.22 0.24 0.26 0.74 1.08 0.95 1.23 0.24 1.73 1.09 1.29
C8 0.30 0.23 0.44 0.34 0.22 0.68 0.21 1.09 0.23 0.23 0.25 0.26 0.22 0.21 0.24 0.70 0.90 0.90 1.09 0.25 1.55 0.87 1.13
N1 0.29 0.24 0.47 0.51 0.24 0.79 0.24 1.24 0.24 0.27 0.25 0.29 0.22 0.25 0.26 0.77 1.07 0.94 1.21 0.24 1.64 1.06 1.25
N2 0.26 0.24 0.49 0.39 0.24 0.69 0.25 1.07 0.25 0.26 0.24 0.26 0.23 0.26 0.25 0.83 0.90 0.92 1.08 0.25 1.35 0.87 1.06
N3 0.27 0.23 0.46 0.31 0.22 0.64 0.21 1.02 0.22 0.23 0.23 0.27 0.22 0.21 0.23 0.75 0.84 0.88 1.03 0.22 1.37 0.82 1.03
N7 0.30 0.23 0.44 0.40 0.22 0.73 0.21 1.18 0.22 0.24 0.25 0.28 0.22 0.21 0.25 0.71 0.98 0.93 1.16 0.24 1.67 0.96 1.22
N9 0.30 0.22 0.44 0.30 0.22 0.64 0.21 1.02 0.23 0.23 0.24 0.26 0.22 0.21 0.24 0.70 0.85 0.87 1.04 0.25 1.44 0.83 1.05
O2' 0.48 0.85 0.69 0.64 0.61 0.46 0.70 0.51 0.86 0.51 0.94 0.98 0.67 0.62 0.51 0.97 1.04 0.65 0.46 0.95 0.82 0.58 0.41
O3' 1.14 1.33 0.61 0.64 1.25 1.12 1.30 1.30 1.36 1.23 1.39 1.34 1.23 1.27 1.20 0.84 0.77 1.46 1.36 1.37 1.77 0.96 1.37
O4' 0.52 0.53 0.31 0.30 0.51 0.84 0.52 1.24 0.54 0.51 0.55 0.55 0.51 0.52 0.51 0.54 0.64 1.06 1.35 0.55 1.73 1.16 1.38
O5' 0.36 0.47 0.47 0.29 0.44 0.61 0.51 1.01 0.59 0.44 0.57 0.46 0.41 0.50 0.41 0.75 0.72 0.86 1.11 0.67 1.54 1.00 1.17
O6 0.31 0.25 0.45 0.58 0.24 0.83 0.24 1.33 0.24 0.28 0.26 0.31 0.23 0.26 0.27 0.71 1.14 0.94 1.28 0.25 1.84 1.22 1.38
OP1 0.75 0.94 0.62 0.56 0.93 0.88 1.08 1.24 1.20 0.98 1.14 0.86 0.84 1.09 0.87 0.82 0.81 1.13 1.37 1.33 1.76 1.28 1.45
OP2 0.34 0.50 0.76 0.53 0.46 0.41 0.62 0.75 0.78 0.50 0.72 0.44 0.39 0.63 0.41 1.02 0.97 0.62 0.83 0.95 1.19 0.88 0.87
P 0.37 0.54 0.60 0.40 0.51 0.51 0.64 0.91 0.76 0.54 0.71 0.49 0.44 0.64 0.46 0.91 0.88 0.76 1.02 0.89 1.47 0.95 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.03 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.17 0.04 0.55 0.39 0.23
C2 0.07 0.00 0.38 0.20 0.02 0.39 0.02 0.69 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.69 0.41 0.50 0.85 0.02 1.04 0.98 0.82
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.04 0.11 0.16 0.18 0.22 0.30 0.46 0.37 0.13 0.04 0.00 0.07 0.02 0.39 0.14 0.62 0.34 0.42
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.20 0.01 0.28 0.02 0.27 0.35 0.22 0.22 0.18 0.36 0.21 0.04 0.02 0.03 0.16 0.31 0.33 0.45 0.15
C4 0.03 0.02 0.20 0.20 0.00 0.22 0.01 0.38 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.43 0.20 0.26 0.54 0.02 0.72 0.84 0.48
C4' 0.02 0.39 0.04 0.01 0.22 0.00 0.18 0.01 0.24 0.18 0.33 0.46 0.35 0.15 0.09 0.33 0.04 0.01 0.03 0.22 0.22 0.35 0.07
C5 0.03 0.02 0.11 0.28 0.01 0.18 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.40 0.20 0.12 0.52 0.02 0.78 1.06 0.50
C5' 0.08 0.69 0.16 0.02 0.38 0.01 0.32 0.00 0.44 0.35 0.61 0.83 0.60 0.28 0.15 0.18 0.19 0.02 0.01 0.41 0.20 0.41 0.02
C6 0.04 0.01 0.18 0.27 0.02 0.24 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.51 0.23 0.22 0.66 0.01 0.87 1.18 0.65
C8 0.03 0.02 0.22 0.35 0.01 0.18 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.35 0.27 0.47 0.03 1.00 0.93 0.52
N1 0.07 0.01 0.30 0.22 0.03 0.33 0.01 0.61 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.64 0.31 0.38 0.81 0.01 1.01 1.11 0.80
N2 0.09 0.01 0.46 0.22 0.02 0.46 0.02 0.83 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.78 0.55 0.60 0.95 0.03 1.22 0.99 0.95
N3 0.07 0.01 0.37 0.18 0.01 0.35 0.01 0.60 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.62 0.39 0.49 0.73 0.02 0.88 0.82 0.67
N7 0.02 0.02 0.13 0.36 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.27 0.34 0.14 0.44 0.03 0.94 1.15 0.49
N9 0.01 0.03 0.04 0.21 0.01 0.09 0.02 0.15 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.19 0.12 0.02 0.30 0.03 0.68 0.66 0.29
O2' 0.04 0.69 0.00 0.04 0.43 0.33 0.40 0.18 0.51 0.23 0.64 0.78 0.62 0.27 0.19 0.00 0.10 0.24 0.24 0.49 0.46 0.42 0.33
O3' 0.17 0.41 0.07 0.02 0.20 0.04 0.20 0.19 0.23 0.35 0.31 0.55 0.39 0.34 0.12 0.10 0.00 0.11 0.20 0.26 0.55 0.78 0.32
O4' 0.01 0.50 0.02 0.03 0.26 0.01 0.12 0.02 0.22 0.27 0.38 0.60 0.49 0.14 0.02 0.24 0.11 0.00 0.09 0.16 0.42 0.37 0.23
O5' 0.17 0.85 0.39 0.16 0.54 0.03 0.52 0.01 0.66 0.47 0.81 0.95 0.73 0.44 0.30 0.24 0.20 0.09 0.00 0.64 0.03 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.14 0.31 0.02 0.22 0.02 0.41 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.49 0.26 0.16 0.64 0.00 0.88 1.30 0.66
OP1 0.55 1.04 0.62 0.33 0.72 0.22 0.78 0.20 0.87 1.00 1.01 1.22 0.88 0.94 0.68 0.46 0.55 0.42 0.03 0.88 0.00 0.03 0.01
OP2 0.39 0.98 0.34 0.45 0.84 0.35 1.06 0.41 1.18 0.93 1.11 0.99 0.82 1.15 0.66 0.42 0.78 0.37 0.03 1.30 0.03 0.00 0.01
P 0.23 0.82 0.42 0.15 0.48 0.07 0.50 0.02 0.65 0.52 0.80 0.95 0.67 0.49 0.29 0.33 0.32 0.23 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00