ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52991

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 1.208, 2.859, 4.509, 3.825 max_d=3.825 avg_d=2.859 std_dev=1.650
N2 A 0, 1.206, 2.863, 4.520, 3.933 max_d=3.933 avg_d=2.863 std_dev=1.657
N3 B 0, 1.234, 2.920, 4.606, 3.914 max_d=3.914 avg_d=2.920 std_dev=1.686
N2 B 0, 1.261, 2.985, 4.710, 4.063 max_d=4.063 avg_d=2.985 std_dev=1.724
C2 A 0, 1.378, 3.262, 5.146, 4.410 max_d=4.410 avg_d=3.262 std_dev=1.884
C2 B 0, 1.432, 3.388, 5.344, 4.541 max_d=4.541 avg_d=3.388 std_dev=1.956
C4 A 0, 2.026, 4.794, 7.561, 6.415 max_d=6.415 avg_d=4.794 std_dev=2.768
C4 B 0, 2.057, 4.866, 7.676, 6.507 max_d=6.507 avg_d=4.866 std_dev=2.810
N1 A 0, 2.224, 5.263, 8.302, 7.071 max_d=7.071 avg_d=5.263 std_dev=3.039
N1 B 0, 2.285, 5.406, 8.528, 7.239 max_d=7.239 avg_d=5.406 std_dev=3.121
C1' A 0, 2.502, 5.922, 9.342, 8.019 max_d=8.019 avg_d=5.922 std_dev=3.420
N9 A 0, 2.518, 5.959, 9.399, 8.000 max_d=8.000 avg_d=5.959 std_dev=3.440
C1' B 0, 2.521, 5.964, 9.408, 7.996 max_d=7.996 avg_d=5.964 std_dev=3.444
N9 B 0, 2.547, 6.026, 9.505, 8.053 max_d=8.053 avg_d=6.026 std_dev=3.479
O2' B 0, 2.588, 6.132, 9.675, 8.338 max_d=8.338 avg_d=6.132 std_dev=3.544
C5 A 0, 2.723, 6.444, 10.164, 8.644 max_d=8.644 avg_d=6.444 std_dev=3.720
C5 B 0, 2.771, 6.556, 10.342, 8.765 max_d=8.765 avg_d=6.556 std_dev=3.785
O4' A 0, 2.773, 6.611, 10.450, 9.478 max_d=9.478 avg_d=6.611 std_dev=3.838
C6 A 0, 2.837, 6.712, 10.588, 8.974 max_d=8.974 avg_d=6.712 std_dev=3.875
C6 B 0, 2.896, 6.853, 10.809, 9.155 max_d=9.155 avg_d=6.853 std_dev=3.956
O2' A 0, 2.771, 6.741, 10.712, 9.768 max_d=9.768 avg_d=6.741 std_dev=3.971
C2' B 0, 2.951, 7.010, 11.068, 9.714 max_d=9.714 avg_d=7.010 std_dev=4.058
O4' B 0, 3.067, 7.262, 11.457, 9.911 max_d=9.911 avg_d=7.262 std_dev=4.195
C2' A 0, 3.103, 7.377, 11.650, 10.208 max_d=10.208 avg_d=7.377 std_dev=4.274
C8 A 0, 3.303, 7.816, 12.329, 10.454 max_d=10.454 avg_d=7.816 std_dev=4.513
O3' B 0, 3.244, 7.764, 12.284, 11.292 max_d=11.292 avg_d=7.764 std_dev=4.520
C8 B 0, 3.344, 7.912, 12.479, 10.580 max_d=10.580 avg_d=7.912 std_dev=4.568
O3' A 0, 3.332, 7.913, 12.494, 10.873 max_d=10.873 avg_d=7.913 std_dev=4.581
C4' A 0, 3.407, 8.092, 12.777, 11.364 max_d=11.364 avg_d=8.092 std_dev=4.685
N7 A 0, 3.433, 8.124, 12.815, 10.901 max_d=10.901 avg_d=8.124 std_dev=4.691
N7 B 0, 3.494, 8.268, 13.041, 11.067 max_d=11.067 avg_d=8.268 std_dev=4.773
C3' B 0, 3.510, 8.305, 13.101, 11.178 max_d=11.178 avg_d=8.305 std_dev=4.796
C3' A 0, 3.539, 8.378, 13.217, 11.323 max_d=11.323 avg_d=8.378 std_dev=4.839
O6 A 0, 3.558, 8.417, 13.277, 11.273 max_d=11.273 avg_d=8.417 std_dev=4.860
O6 B 0, 3.635, 8.601, 13.567, 11.496 max_d=11.496 avg_d=8.601 std_dev=4.966
C4' B 0, 3.665, 8.677, 13.690, 11.842 max_d=11.842 avg_d=8.677 std_dev=5.013
C5' A 0, 4.055, 9.700, 15.344, 14.086 max_d=14.086 avg_d=9.700 std_dev=5.644
O5' A 0, 4.342, 10.346, 16.350, 14.778 max_d=14.778 avg_d=10.346 std_dev=6.004
C5' B 0, 4.522, 10.702, 16.882, 14.489 max_d=14.489 avg_d=10.702 std_dev=6.180
O5' B 0, 4.659, 11.023, 17.387, 14.740 max_d=14.740 avg_d=11.023 std_dev=6.364
OP1 A 0, 5.119, 12.117, 19.115, 16.435 max_d=16.435 avg_d=12.117 std_dev=6.998
P A 0, 5.135, 12.189, 19.244, 17.050 max_d=17.050 avg_d=12.189 std_dev=7.055
OP2 B 0, 5.478, 12.966, 20.453, 17.478 max_d=17.478 avg_d=12.966 std_dev=7.488
P B 0, 5.514, 13.047, 20.579, 17.504 max_d=17.504 avg_d=13.047 std_dev=7.533
OP2 A 0, 5.677, 13.555, 21.433, 19.541 max_d=19.541 avg_d=13.555 std_dev=7.878
OP1 B 0, 5.952, 14.087, 22.221, 18.933 max_d=18.933 avg_d=14.087 std_dev=8.135

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.26 0.28 0.08
C2 0.04 0.00 0.29 0.12 0.02 0.22 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.59 0.23 0.31 0.17 0.02 0.61 0.48 0.10
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.08 0.14 0.15 0.23 0.34 0.26 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.12 0.22 0.32 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05 0.10 0.16 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.59 0.14 0.18
C4 0.02 0.02 0.14 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.27 0.11 0.17 0.07 0.01 0.70 0.44 0.19
C4' 0.00 0.22 0.01 0.00 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07 0.16 0.16 0.28 0.21 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.20 0.09 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.06 0.07 0.09 0.02 0.98 0.46 0.33
C5' 0.04 0.25 0.08 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.31 0.17 0.35 0.23 0.24 0.09 0.07 0.04 0.01 0.02 0.07 0.13 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.11 0.14 0.10 0.01 1.01 0.49 0.32
C8 0.02 0.01 0.15 0.05 0.01 0.16 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.06 0.19 0.23 0.04 1.04 0.34 0.45
N1 0.02 0.00 0.23 0.10 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.47 0.18 0.25 0.14 0.02 0.82 0.51 0.21
N2 0.05 0.01 0.34 0.16 0.03 0.28 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.73 0.29 0.37 0.22 0.03 0.49 0.48 0.04
N3 0.03 0.01 0.26 0.11 0.00 0.21 0.02 0.23 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.53 0.20 0.31 0.15 0.02 0.50 0.45 0.07
N7 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.11 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.03 0.09 0.19 0.05 1.19 0.40 0.48
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.03 0.66 0.36 0.22
O2' 0.01 0.59 0.00 0.01 0.27 0.01 0.13 0.07 0.27 0.29 0.47 0.73 0.53 0.15 0.01 0.00 0.04 0.02 0.25 0.22 0.33 0.38 0.06
O3' 0.03 0.23 0.02 0.01 0.11 0.02 0.06 0.04 0.11 0.06 0.18 0.29 0.20 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.11 0.10 0.68 0.12 0.21
O4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.17 0.00 0.07 0.01 0.14 0.19 0.25 0.37 0.31 0.09 0.00 0.02 0.03 0.00 0.09 0.11 0.32 0.16 0.09
O5' 0.06 0.17 0.20 0.14 0.07 0.02 0.09 0.02 0.10 0.23 0.14 0.22 0.15 0.19 0.08 0.25 0.11 0.09 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.22 0.10 0.11 0.12 0.00 1.14 0.49 0.39
OP1 0.26 0.61 0.22 0.59 0.70 0.20 0.98 0.13 1.01 1.04 0.82 0.49 0.50 1.19 0.66 0.33 0.68 0.32 0.01 1.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.48 0.32 0.14 0.44 0.09 0.46 0.30 0.49 0.34 0.51 0.48 0.45 0.40 0.36 0.38 0.12 0.16 0.02 0.49 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.10 0.04 0.18 0.19 0.08 0.33 0.02 0.32 0.45 0.21 0.04 0.07 0.48 0.22 0.06 0.21 0.09 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.22 0.36 0.05 0.17 0.10 0.20 0.06 0.23 0.16 0.24 0.24 0.16 0.20 0.15 0.23 0.69 0.10 0.16 0.25 0.26 0.41 0.24
C2 0.22 0.06 0.21 0.27 0.13 0.30 0.11 0.29 0.08 0.16 0.07 0.12 0.11 0.13 0.17 0.21 0.80 0.31 0.25 0.09 0.20 0.18 0.22
C2' 0.39 0.63 0.63 0.30 0.55 0.23 0.63 0.30 0.70 0.54 0.71 0.64 0.52 0.62 0.50 0.37 0.43 0.29 0.53 0.75 0.65 0.87 0.64
C3' 0.24 0.40 0.46 0.17 0.36 0.13 0.44 0.19 0.51 0.37 0.50 0.38 0.32 0.43 0.33 0.23 0.54 0.18 0.43 0.57 0.55 0.78 0.54
C4 0.12 0.09 0.26 0.25 0.05 0.29 0.05 0.27 0.07 0.07 0.11 0.16 0.04 0.06 0.08 0.24 0.85 0.25 0.16 0.10 0.15 0.12 0.12
C4' 0.33 0.27 0.21 0.39 0.30 0.50 0.27 0.44 0.23 0.31 0.22 0.25 0.32 0.28 0.32 0.29 1.02 0.47 0.21 0.19 0.16 0.11 0.14
C5 0.24 0.06 0.22 0.42 0.09 0.46 0.06 0.45 0.05 0.15 0.10 0.15 0.07 0.09 0.16 0.25 1.00 0.38 0.35 0.08 0.31 0.21 0.31
C5' 0.63 0.43 0.38 0.67 0.56 0.85 0.54 0.82 0.45 0.63 0.39 0.34 0.53 0.58 0.61 0.41 1.27 0.84 0.55 0.41 0.48 0.24 0.48
C6 0.35 0.04 0.20 0.54 0.16 0.57 0.12 0.58 0.05 0.23 0.07 0.13 0.12 0.16 0.25 0.24 1.07 0.49 0.52 0.06 0.47 0.38 0.48
C8 0.12 0.14 0.27 0.31 0.06 0.35 0.08 0.33 0.13 0.06 0.17 0.20 0.07 0.07 0.07 0.26 0.94 0.27 0.18 0.17 0.17 0.11 0.14
N1 0.36 0.07 0.20 0.48 0.19 0.51 0.15 0.51 0.10 0.25 0.07 0.12 0.15 0.19 0.26 0.23 0.99 0.46 0.48 0.09 0.40 0.37 0.44
N2 0.22 0.13 0.20 0.15 0.17 0.21 0.16 0.20 0.15 0.19 0.13 0.15 0.15 0.17 0.19 0.21 0.61 0.26 0.20 0.15 0.19 0.19 0.18
N3 0.08 0.06 0.29 0.14 0.05 0.19 0.04 0.16 0.05 0.07 0.08 0.13 0.04 0.06 0.06 0.21 0.72 0.19 0.07 0.07 0.14 0.15 0.08
N7 0.22 0.09 0.23 0.43 0.08 0.48 0.05 0.47 0.08 0.13 0.13 0.18 0.05 0.07 0.14 0.26 1.03 0.38 0.35 0.11 0.33 0.18 0.31
N9 0.06 0.15 0.30 0.20 0.08 0.24 0.10 0.20 0.14 0.07 0.18 0.21 0.09 0.10 0.06 0.25 0.83 0.19 0.06 0.17 0.11 0.19 0.06
O2' 0.89 1.16 1.09 0.81 1.10 0.75 1.20 0.85 1.27 1.11 1.26 1.13 1.04 1.20 1.04 0.70 0.34 0.81 1.08 1.31 1.23 1.44 1.22
O3' 0.60 0.66 0.71 0.51 0.69 0.51 0.77 0.61 0.80 0.73 0.76 0.56 0.61 0.78 0.68 0.37 0.33 0.56 0.84 0.84 0.95 1.16 0.96
O4' 0.42 0.37 0.29 0.51 0.41 0.58 0.38 0.54 0.34 0.41 0.32 0.34 0.42 0.39 0.42 0.37 1.13 0.54 0.35 0.31 0.30 0.13 0.29
O5' 0.59 0.21 0.32 0.65 0.40 0.87 0.32 0.84 0.18 0.49 0.11 0.11 0.37 0.39 0.50 0.32 1.25 0.85 0.53 0.10 0.45 0.16 0.44
O6 0.42 0.04 0.21 0.65 0.19 0.69 0.14 0.71 0.06 0.28 0.06 0.14 0.13 0.20 0.30 0.21 1.14 0.58 0.66 0.05 0.64 0.53 0.64
OP1 0.11 0.12 0.45 0.15 0.14 0.25 0.19 0.25 0.21 0.18 0.16 0.14 0.13 0.22 0.13 0.50 0.61 0.30 0.17 0.25 0.30 0.35 0.21
OP2 0.79 0.28 0.51 0.96 0.50 1.16 0.37 1.12 0.18 0.59 0.13 0.20 0.48 0.44 0.64 0.51 1.62 1.07 0.78 0.08 0.75 0.35 0.68
P 0.45 0.15 0.20 0.48 0.32 0.74 0.28 0.72 0.17 0.42 0.10 0.09 0.27 0.35 0.40 0.18 1.08 0.73 0.43 0.13 0.35 0.12 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.04 0.00 0.02 0.34 0.00 0.06 0.02 0.20 0.21 0.13
C2 0.06 0.00 0.22 0.17 0.03 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.23 0.36 0.06 0.26 0.04 0.41 0.48 0.34
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.19 0.05 0.12 0.16 0.28 0.22 0.08 0.02 0.00 0.06 0.03 0.37 0.01 0.39 0.52 0.43
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.18 0.00 0.25 0.02 0.25 0.28 0.23 0.16 0.14 0.31 0.17 0.01 0.01 0.01 0.10 0.26 0.17 0.08 0.06
C4 0.01 0.03 0.09 0.18 0.00 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.26 0.23 0.03 0.28 0.02 0.41 0.45 0.33
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.20 0.09 0.07 0.05 0.20 0.09 0.26 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.01 0.25 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.11 0.03 0.41 0.02 0.55 0.62 0.48
C5' 0.02 0.10 0.19 0.02 0.12 0.00 0.20 0.00 0.20 0.25 0.16 0.09 0.07 0.28 0.12 0.06 0.18 0.03 0.01 0.22 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.02 0.05 0.25 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.37 0.14 0.04 0.42 0.01 0.59 0.69 0.51
C8 0.03 0.01 0.12 0.28 0.01 0.20 0.02 0.25 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.07 0.08 0.44 0.06 0.51 0.52 0.45
N1 0.05 0.01 0.16 0.23 0.03 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.30 0.25 0.04 0.36 0.03 0.53 0.62 0.45
N2 0.08 0.01 0.28 0.16 0.03 0.07 0.02 0.09 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.20 0.44 0.07 0.22 0.06 0.37 0.45 0.30
N3 0.05 0.01 0.22 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.38 0.06 0.21 0.03 0.35 0.40 0.27
N7 0.04 0.01 0.08 0.31 0.02 0.20 0.01 0.28 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.37 0.08 0.07 0.51 0.06 0.63 0.70 0.57
N9 0.00 0.03 0.02 0.17 0.01 0.09 0.02 0.12 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.21 0.16 0.01 0.25 0.03 0.35 0.35 0.27
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.26 0.26 0.35 0.06 0.37 0.31 0.30 0.20 0.18 0.37 0.21 0.00 0.05 0.20 0.30 0.43 0.40 0.65 0.43
O3' 0.34 0.36 0.06 0.01 0.23 0.01 0.11 0.18 0.14 0.07 0.25 0.44 0.38 0.08 0.16 0.05 0.00 0.20 0.14 0.09 0.44 0.20 0.23
O4' 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.07 0.01 0.20 0.20 0.00 0.11 0.06 0.16 0.15 0.10
O5' 0.06 0.26 0.37 0.10 0.28 0.01 0.41 0.01 0.42 0.44 0.36 0.22 0.21 0.51 0.25 0.30 0.14 0.11 0.00 0.46 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.04 0.01 0.26 0.02 0.12 0.02 0.22 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.43 0.09 0.06 0.46 0.00 0.65 0.77 0.58
OP1 0.20 0.41 0.39 0.17 0.41 0.12 0.55 0.08 0.59 0.51 0.53 0.37 0.35 0.63 0.35 0.40 0.44 0.16 0.02 0.65 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.48 0.52 0.08 0.45 0.07 0.62 0.03 0.69 0.52 0.62 0.45 0.40 0.70 0.35 0.65 0.20 0.15 0.01 0.77 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.34 0.43 0.06 0.33 0.03 0.48 0.01 0.51 0.45 0.45 0.30 0.27 0.57 0.27 0.43 0.23 0.10 0.00 0.58 0.00 0.01 0.00