ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52992

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 0.000, 1.516, 3.032, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.516 std_dev=1.516
N2 A 0, 0.000, 1.758, 3.517, 3.517 max_d=3.517 avg_d=1.758 std_dev=1.758
N3 A 0, 0.000, 1.850, 3.700, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.850 std_dev=1.850
N3 B 0, 0.000, 1.989, 3.979, 3.979 max_d=3.979 avg_d=1.989 std_dev=1.989
C2 B 0, 0.000, 2.002, 4.004, 4.004 max_d=4.004 avg_d=2.002 std_dev=2.002
C2 A 0, 0.000, 2.006, 4.013, 4.013 max_d=4.013 avg_d=2.006 std_dev=2.006
C4 A 0, 0.000, 3.124, 6.248, 6.248 max_d=6.248 avg_d=3.124 std_dev=3.124
N1 A 0, 0.000, 3.296, 6.592, 6.592 max_d=6.592 avg_d=3.296 std_dev=3.296
C4 B 0, 0.000, 3.322, 6.645, 6.645 max_d=6.645 avg_d=3.322 std_dev=3.322
N1 B 0, 0.000, 3.328, 6.656, 6.656 max_d=6.656 avg_d=3.328 std_dev=3.328
C2' A 0, 0.000, 3.637, 7.275, 7.275 max_d=7.275 avg_d=3.637 std_dev=3.637
O2' B 0, 0.000, 3.808, 7.617, 7.617 max_d=7.617 avg_d=3.808 std_dev=3.808
O2' A 0, 0.000, 3.816, 7.632, 7.632 max_d=7.632 avg_d=3.816 std_dev=3.816
N9 A 0, 0.000, 4.015, 8.030, 8.030 max_d=8.030 avg_d=4.015 std_dev=4.015
C5 A 0, 0.000, 4.136, 8.271, 8.271 max_d=8.271 avg_d=4.136 std_dev=4.136
C1' A 0, 0.000, 4.196, 8.392, 8.392 max_d=8.392 avg_d=4.196 std_dev=4.196
N9 B 0, 0.000, 4.227, 8.453, 8.453 max_d=8.453 avg_d=4.227 std_dev=4.227
C6 A 0, 0.000, 4.256, 8.513, 8.513 max_d=8.513 avg_d=4.256 std_dev=4.256
C2' B 0, 0.000, 4.314, 8.627, 8.627 max_d=8.627 avg_d=4.314 std_dev=4.314
C1' B 0, 0.000, 4.318, 8.635, 8.635 max_d=8.635 avg_d=4.318 std_dev=4.318
C5 B 0, 0.000, 4.338, 8.676, 8.676 max_d=8.676 avg_d=4.338 std_dev=4.338
C6 B 0, 0.000, 4.392, 8.785, 8.785 max_d=8.785 avg_d=4.392 std_dev=4.392
C3' A 0, 0.000, 4.753, 9.505, 9.505 max_d=9.505 avg_d=4.753 std_dev=4.753
C8 A 0, 0.000, 5.186, 10.371, 10.371 max_d=10.371 avg_d=5.186 std_dev=5.186
N7 A 0, 0.000, 5.291, 10.582, 10.582 max_d=10.582 avg_d=5.291 std_dev=5.291
O6 A 0, 0.000, 5.367, 10.734, 10.734 max_d=10.734 avg_d=5.367 std_dev=5.367
C8 B 0, 0.000, 5.429, 10.857, 10.857 max_d=10.857 avg_d=5.429 std_dev=5.429
O3' A 0, 0.000, 5.454, 10.909, 10.909 max_d=10.909 avg_d=5.454 std_dev=5.454
O6 B 0, 0.000, 5.507, 11.014, 11.014 max_d=11.014 avg_d=5.507 std_dev=5.507
N7 B 0, 0.000, 5.538, 11.075, 11.075 max_d=11.075 avg_d=5.538 std_dev=5.538
O4' A 0, 0.000, 5.562, 11.124, 11.124 max_d=11.124 avg_d=5.562 std_dev=5.562
O4' B 0, 0.000, 5.595, 11.191, 11.191 max_d=11.191 avg_d=5.595 std_dev=5.595
C3' B 0, 0.000, 5.811, 11.623, 11.623 max_d=11.623 avg_d=5.811 std_dev=5.811
C4' A 0, 0.000, 5.929, 11.858, 11.858 max_d=11.858 avg_d=5.929 std_dev=5.929
C4' B 0, 0.000, 6.382, 12.764, 12.764 max_d=12.764 avg_d=6.382 std_dev=6.382
O3' B 0, 0.000, 6.445, 12.891, 12.891 max_d=12.891 avg_d=6.445 std_dev=6.445
C5' A 0, 0.000, 6.980, 13.961, 13.961 max_d=13.961 avg_d=6.980 std_dev=6.980
C5' B 0, 0.000, 7.762, 15.523, 15.523 max_d=15.523 avg_d=7.762 std_dev=7.762
O5' B 0, 0.000, 7.854, 15.708, 15.708 max_d=15.708 avg_d=7.854 std_dev=7.854
O5' A 0, 0.000, 8.151, 16.303, 16.303 max_d=16.303 avg_d=8.151 std_dev=8.151
OP1 B 0, 0.000, 8.658, 17.317, 17.317 max_d=17.317 avg_d=8.658 std_dev=8.658
OP2 A 0, 0.000, 8.789, 17.579, 17.579 max_d=17.579 avg_d=8.789 std_dev=8.789
P A 0, 0.000, 8.909, 17.817, 17.817 max_d=17.817 avg_d=8.909 std_dev=8.909
P B 0, 0.000, 8.980, 17.961, 17.961 max_d=17.961 avg_d=8.980 std_dev=8.980
OP2 B 0, 0.000, 10.240, 20.480, 20.480 max_d=20.480 avg_d=10.240 std_dev=10.240
OP1 A 0, 0.000, 10.251, 20.502, 20.502 max_d=20.502 avg_d=10.251 std_dev=10.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.10 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.05 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.04 0.07
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.06 0.09
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.09 0.10
N2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.09 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.08 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03
O5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.05 0.09
OP1 0.05 0.09 0.03 0.02 0.09 0.02 0.10 0.00 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.04 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.09 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.04 0.10 0.10 0.08 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.06 0.13 0.10 0.06 0.02 0.08 0.06
C2 0.14 0.01 0.11 0.09 0.08 0.13 0.06 0.13 0.03 0.10 0.01 0.04 0.06 0.08 0.11 0.09 0.04 0.16 0.09 0.02 0.04 0.10 0.07
C2' 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.05 0.04 0.11 0.07 0.06 0.01 0.05 0.03
C3' 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.02 0.02 0.09 0.05 0.06 0.02 0.03 0.02
C4 0.14 0.08 0.15 0.12 0.11 0.14 0.10 0.13 0.08 0.12 0.07 0.06 0.11 0.11 0.13 0.12 0.08 0.15 0.12 0.07 0.05 0.11 0.09
C4' 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.04 0.10 0.07 0.06 0.01 0.05 0.03
C5 0.16 0.10 0.19 0.16 0.14 0.16 0.13 0.15 0.10 0.15 0.09 0.07 0.13 0.14 0.15 0.16 0.11 0.16 0.15 0.10 0.07 0.15 0.12
C5' 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.04 0.03 0.10 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02
C6 0.17 0.08 0.20 0.17 0.13 0.17 0.12 0.17 0.10 0.16 0.08 0.04 0.12 0.14 0.16 0.18 0.13 0.18 0.16 0.09 0.09 0.17 0.14
C8 0.15 0.12 0.18 0.16 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.11 0.14 0.14 0.15 0.14 0.11 0.15 0.14 0.11 0.06 0.14 0.12
N1 0.16 0.04 0.17 0.14 0.11 0.16 0.09 0.16 0.06 0.13 0.04 0.00 0.08 0.11 0.14 0.15 0.08 0.17 0.13 0.06 0.08 0.14 0.12
N2 0.11 0.07 0.03 0.03 0.02 0.12 0.01 0.11 0.02 0.06 0.06 0.11 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.15 0.06 0.03 0.02 0.07 0.04
N3 0.13 0.03 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.12 0.04 0.09 0.02 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08 0.04 0.14 0.09 0.03 0.02 0.08 0.06
N7 0.16 0.12 0.20 0.17 0.15 0.16 0.14 0.16 0.13 0.16 0.11 0.10 0.14 0.15 0.16 0.16 0.13 0.16 0.16 0.12 0.08 0.16 0.14
N9 0.14 0.10 0.15 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.09 0.12 0.08 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11 0.08 0.14 0.12 0.08 0.04 0.11 0.09
O2' 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.06 0.05 0.12 0.08 0.06 0.01 0.06 0.05
O3' 0.08 0.08 0.05 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.01 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01
O4' 0.12 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.13 0.09 0.06 0.01 0.07 0.05
O5' 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.04 0.03 0.09 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02
O6 0.18 0.09 0.22 0.20 0.14 0.18 0.14 0.19 0.11 0.17 0.09 0.05 0.12 0.16 0.17 0.20 0.16 0.18 0.19 0.11 0.12 0.20 0.17
OP1 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00
OP2 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.02 0.09 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02
P 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.02 0.00 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.04 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.10 0.05 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.09 0.03 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.06 0.06
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.10 0.05 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.05 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.00 0.04
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.05 0.05
O5' 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.07 0.07
OP1 0.09 0.10 0.09 0.04 0.10 0.04 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.00 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00